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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2372 | |||||||||
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タイトル | Negative stain EM structure of the trypsin digested Colicin E9 translocon complex | |||||||||
マップデータ | Negative stain EM structure of the trypsin digested Colicin E9 translocon complex comprising OmpF trimer and TolB connected by colicin fragment (residues 2-122). | |||||||||
試料 |
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キーワード | Colicins / Porins / Translocon | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to bacteriocin / regulation of membrane invagination / bacteriocin transport / extrachromosomal circular DNA / protein import / cell division site / protein transport / outer membrane-bounded periplasmic space / endonuclease activity / killing of cells of another organism ...cellular response to bacteriocin / regulation of membrane invagination / bacteriocin transport / extrachromosomal circular DNA / protein import / cell division site / protein transport / outer membrane-bounded periplasmic space / endonuclease activity / killing of cells of another organism / periplasmic space / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / defense response to bacterium / protein domain specific binding / cell division / protein-containing complex binding / protein-containing complex / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Lukoyanova N / Housden NG / Hopper JTS / Rodriguez-Larrea D / Wojdyla JA / Klein A / Kaminska R / Bayley H / Robinson CV / Kleanthous C / Saibil HR | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2013 タイトル: Intrinsically disordered protein threads through the bacterial outer-membrane porin OmpF. 著者: Nicholas G Housden / Jonathan T S Hopper / Natalya Lukoyanova / David Rodriguez-Larrea / Justyna A Wojdyla / Alexander Klein / Renata Kaminska / Hagan Bayley / Helen R Saibil / Carol V ...著者: Nicholas G Housden / Jonathan T S Hopper / Natalya Lukoyanova / David Rodriguez-Larrea / Justyna A Wojdyla / Alexander Klein / Renata Kaminska / Hagan Bayley / Helen R Saibil / Carol V Robinson / Colin Kleanthous / 要旨: Porins are β-barrel outer-membrane proteins through which small solutes and metabolites diffuse that are also exploited during cell death. We have studied how the bacteriocin colicin E9 (ColE9) ...Porins are β-barrel outer-membrane proteins through which small solutes and metabolites diffuse that are also exploited during cell death. We have studied how the bacteriocin colicin E9 (ColE9) assembles a cytotoxic translocon at the surface of Escherichia coli that incorporates the trimeric porin OmpF. Formation of the translocon involved ColE9's unstructured N-terminal domain threading in opposite directions through two OmpF subunits, capturing its target TolB on the other side of the membrane in a fixed orientation that triggers colicin import. Thus, an intrinsically disordered protein can tunnel through the narrow pores of an oligomeric porin to deliver an epitope signal to the cell to initiate cell death. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2372.map.gz | 57.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2372-v30.xml emd-2372.xml | 13.9 KB 13.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-2372_image.png | 143.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2372 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2372 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_2372_validation.pdf.gz | 180.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_2372_full_validation.pdf.gz | 179.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_2372_validation.xml.gz | 6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2372 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2372 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2372.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Negative stain EM structure of the trypsin digested Colicin E9 translocon complex comprising OmpF trimer and TolB connected by colicin fragment (residues 2-122). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Trypsin digested colicin E9 translocon complex comprising OmpF tr...
全体 | 名称: Trypsin digested colicin E9 translocon complex comprising OmpF trimer and TolB connected by Colicin fragment (residues 2-122). |
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要素 |
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-超分子 #1000: Trypsin digested colicin E9 translocon complex comprising OmpF tr...
超分子 | 名称: Trypsin digested colicin E9 translocon complex comprising OmpF trimer and TolB connected by Colicin fragment (residues 2-122). タイプ: sample / ID: 1000 集合状態: OmpF trimer and TolB connected by colicin fragment Number unique components: 3 |
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分子量 | 実験値: 166.528 KDa / 理論値: 166.572 KDa / 手法: native state ESI-MS |
-分子 #1: Outer membrane porin 1a (Ia;b;F)
分子 | 名称: Outer membrane porin 1a (Ia;b;F) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: OmpF / コピー数: 1 / 集合状態: trimer / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 別称: Escherichia coli / 細胞中の位置: outer membrane |
分子量 | 実験値: 111.294 KDa / 理論値: 111.253 KDa |
配列 | UniProtKB: UNIPROTKB: C4ZQ55 |
-分子 #2: Colicin-E9
分子 | 名称: Colicin-E9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: A33C colicin E9 residues 2-122 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 別称: Escherichia coli / 細胞中の位置: outer membrane |
分子量 | 理論値: 10 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21 |
配列 | UniProtKB: Colicin-E9 |
-分子 #3: Protein TolB
分子 | 名称: Protein TolB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: P201C TolBHis6 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 別称: Escherichia coli / 細胞中の位置: periplasm |
分子量 | 理論値: 44 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21 |
配列 | UniProtKB: Tol-Pal system protein TolB |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.02 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 6.5 / 詳細: 1% (w/v) n-octyl-D-glucopyranoside, 20 mM MES |
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: Grids with adsorbed protein floated on 2% w/v uranyl acetate for 60 seconds |
グリッド | 詳細: 300 square mesh copper grid with ~9nm carbon support, negatively glow discharged |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 135,000 times magnification |
日付 | 2012年12月11日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 92 / 平均電子線量: 25 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 80925 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.3 µm / 倍率(公称値): 80000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | Individual images (n=15,500) of the digested translocon complex were interactively selected from micrographs using the EMAN/Boxer software package. Particle images were normalized and band-pass filtered between 150 A and 8 A. Both angular reconstitution sub-tomogram averages were used as initial models for independent projection matching with SPIDER. Independently of initial model for projection matching, final reconstructions displayed similar features at ~20 A resolution estimated by FSC at 0.5 correlation. |
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CTF補正 | 詳細: phases corrected only |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF ソフトウェア - 名称: CTFFIND, Spider, EMAN1/Boxer, Imagic, IMOD, Peet 詳細: Both reconstruction by angular reconstitution and selected sub-tomogram averages were used as initial models for independent projection matching with SPIDER. Independently of initial model ...詳細: Both reconstruction by angular reconstitution and selected sub-tomogram averages were used as initial models for independent projection matching with SPIDER. Independently of initial model for projection matching, final reconstructions displayed similar features at ~20 A resolution estimated by FSC at 0.5 correlation 使用した粒子像数: 7000 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: Chimera |
詳細 | crystal structures were manually fitted into the EM map |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
-原子モデル構築 2
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: Chimera |
詳細 | crystal structures were manually fitted into the EM map |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |