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- EMDB-23589: Cryo-EM structure of 2909 Fab in complex with 3BNC117 Fab and CAP... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23589
タイトルCryo-EM structure of 2909 Fab in complex with 3BNC117 Fab and CAP256.wk34.c80 SOSIP.RnS2 N160K HIV-1 Env trimer
マップデータSharpened map
試料
  • 複合体: 2909 Fab in complex with 3BNC117 Fab and CAP256.wk34.c80 SOSIP.RnS2 N160K HIV-1 Env trimer
    • タンパク質・ペプチド: 2909 Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: 2909 Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp120Gp120 (HIV)
    • タンパク質・ペプチド: 3BNC117 Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: 3BNC117 Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp41
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Gp120 (HIV) / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.91 Å
データ登録者Gorman J / Kwong PD
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103310 米国
Simons FoundationSF349247 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Extended antibody-framework-to-antigen distance observed exclusively with broad HIV-1-neutralizing antibodies recognizing glycan-dense surfaces.
著者: Myungjin Lee / Anita Changela / Jason Gorman / Reda Rawi / Tatsiana Bylund / Cara W Chao / Bob C Lin / Mark K Louder / Adam S Olia / Baoshan Zhang / Nicole A Doria-Rose / Susan Zolla-Pazner / ...著者: Myungjin Lee / Anita Changela / Jason Gorman / Reda Rawi / Tatsiana Bylund / Cara W Chao / Bob C Lin / Mark K Louder / Adam S Olia / Baoshan Zhang / Nicole A Doria-Rose / Susan Zolla-Pazner / Lawrence Shapiro / Gwo-Yu Chuang / Peter D Kwong /
要旨: Antibody-Framework-to-Antigen Distance (AFAD) - the distance between the body of an antibody and a protein antigen - is an important parameter governing antibody recognition. Here, we quantify AFAD ...Antibody-Framework-to-Antigen Distance (AFAD) - the distance between the body of an antibody and a protein antigen - is an important parameter governing antibody recognition. Here, we quantify AFAD for ~2,000 non-redundant antibody-protein-antigen complexes in the Protein Data Bank. AFADs showed a gaussian distribution with mean of 16.3 Å and standard deviation (σ) of 2.4 Å. Notably, antibody-antigen complexes with extended AFADs (>3σ) were exclusively human immunodeficiency virus-type 1 (HIV-1)-neutralizing antibodies. High correlation (R = 0.8110) was observed between AFADs and glycan coverage, as assessed by molecular dynamics simulations of the HIV-1-envelope trimer. Especially long AFADs were observed for antibodies targeting the glycosylated trimer apex, and we tested the impact of introducing an apex-glycan hole (N160K); the cryo-EM structure of the glycan hole-targeting HIV-1-neutralizing antibody 2909 in complex with an N160K-envelope trimer revealed a substantially shorter AFAD. Overall, extended AFADs exclusively recognized densely glycosylated surfaces, with the introduction of a glycan hole enabling closer recognition.
履歴
登録2021年3月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年8月18日-
マップ公開2021年8月18日-
更新2021年11月24日-
現状2021年11月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7ly9
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7ly9
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23589.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23589.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0961 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.5 / ムービー #1: 0.6
最小 - 最大-0.47937018 - 1.9753766
平均 (標準偏差)0.01043956 (±0.061473276)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 438.44 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.09611.09611.0961
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z438.440438.440438.440
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ260260260
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.4791.9750.010

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_23589_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Density modified map from phenix resolve

ファイルemd_23589_additional_1.map
注釈Density modified map from phenix resolve
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Unsharpened Map

ファイルemd_23589_additional_2.map
注釈Unsharpened Map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_23589_half_map_1.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_23589_half_map_2.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 2909 Fab in complex with 3BNC117 Fab and CAP256.wk34.c80 SOSIP.Rn...

全体名称: 2909 Fab in complex with 3BNC117 Fab and CAP256.wk34.c80 SOSIP.RnS2 N160K HIV-1 Env trimer
要素
  • 複合体: 2909 Fab in complex with 3BNC117 Fab and CAP256.wk34.c80 SOSIP.RnS2 N160K HIV-1 Env trimer
    • タンパク質・ペプチド: 2909 Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: 2909 Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp120Gp120 (HIV)
    • タンパク質・ペプチド: 3BNC117 Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: 3BNC117 Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp41
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: 2909 Fab in complex with 3BNC117 Fab and CAP256.wk34.c80 SOSIP.Rn...

超分子名称: 2909 Fab in complex with 3BNC117 Fab and CAP256.wk34.c80 SOSIP.RnS2 N160K HIV-1 Env trimer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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分子 #1: 2909 Light Chain

分子名称: 2909 Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.582885 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SYVLTQPPSV SVAPGKTARI TCGGNNIANK NVHWYQQKPG QAPVLVIYYD DDRPSGIPDR FSGSNSGNTA TLTISRVEAG DEADYYCQV WDSNSDHVVF GGGTQLTVLG QPKAAPSVTL FPPSSEELQA NKATLVCLIS DFYPGAVTVA WKADSSPVKA G VETTTPSK ...文字列:
SYVLTQPPSV SVAPGKTARI TCGGNNIANK NVHWYQQKPG QAPVLVIYYD DDRPSGIPDR FSGSNSGNTA TLTISRVEAG DEADYYCQV WDSNSDHVVF GGGTQLTVLG QPKAAPSVTL FPPSSEELQA NKATLVCLIS DFYPGAVTVA WKADSSPVKA G VETTTPSK QSNNKYAASS YLSLTPEQWK SHRSYSCQVT HEGSTVEKTV APT

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分子 #2: 2909 Heavy Chain

分子名称: 2909 Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.067795 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLVESGGN VVQPGGSLRL SCTASGFSFD DSTMHWVRQA PGKGLQWVSL ISWNGGRTYY ADSVKGRFTI SRDNSKNSLY LQMNSLKTE DTAFYFCAKD KGDSD(TYS)D(TYS)NL GYSYFYYMDG WGKGTTVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGT AALGCL ...文字列:
EVQLVESGGN VVQPGGSLRL SCTASGFSFD DSTMHWVRQA PGKGLQWVSL ISWNGGRTYY ADSVKGRFTI SRDNSKNSLY LQMNSLKTE DTAFYFCAKD KGDSD(TYS)D(TYS)NL GYSYFYYMDG WGKGTTVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGT AALGCL VKDYFPEPVT VSWNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKRV EPK

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分子 #3: Envelope glycoprotein gp120

分子名称: Envelope glycoprotein gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 53.337512 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GLWVTVYYGV PVWREAKTTL FCASDAKSYE KEVHNVWATH ACVPTDPNPQ ELVLENVTEN FNMWKNDMVD QMHEDIISLW DQSLKPCVK LTPLCVTLNC SDAKVNATYK GTREEIKNCS FKATTELRDK KRREYALFYR LDIVPLSGEG NNNSEYRLIN C NTSVITQI ...文字列:
GLWVTVYYGV PVWREAKTTL FCASDAKSYE KEVHNVWATH ACVPTDPNPQ ELVLENVTEN FNMWKNDMVD QMHEDIISLW DQSLKPCVK LTPLCVTLNC SDAKVNATYK GTREEIKNCS FKATTELRDK KRREYALFYR LDIVPLSGEG NNNSEYRLIN C NTSVITQI CPKVTFDPIP IHYCAPAGYA ILKCNNKTFN GTGPCNNVST VQCTHGIKPV VSTQLLLNGS LAEEEIIIRS EN LTDNVKT IIVHLNESVE ITCTRPNNMT RKSVRIGPGQ TFYALGDIIG DIRQPHCNIS EIKWEKTLQR VSEKLREHFN KTI IFNQSS GGDLEITTHS FNCGGEFFYC NTSDLFFNKT FNETYSTGSN STNSTITLPC RIKQIINMWQ EVGRAMYAPP IAGN ITCKS NITGLLLTRD GGGNNSTKET FRPGGGNMRD NWRSELYKYK VVEVKPLGIA PTECNRTVVQ RRRRRR

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分子 #4: 3BNC117 Heavy Chain

分子名称: 3BNC117 Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.656484 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLLQSGAA VTKPGASVRV SCEASGYNIR DYFIHWWRQA PGQGLQWVGW INPKTGQPNN PRQFQGRVSL TRHASWDFDT YSFYMDLKA LRSDDTAVYF CARQRSDYWD FDVWGSGTQV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA ...文字列:
QVQLLQSGAA VTKPGASVRV SCEASGYNIR DYFIHWWRQA PGQGLQWVGW INPKTGQPNN PRQFQGRVSL TRHASWDFDT YSFYMDLKA LRSDDTAVYF CARQRSDYWD FDVWGSGTQV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYICNV NHKPSNTKVD KKVEPKSC

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分子 #5: 3BNC117 Light Chain

分子名称: 3BNC117 Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.022658 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDTVT ITCQANGYLN WYQQRRGKAP KLLIYDGSKL ERGVPSRFSG RRWGQEYNLT INNLQPEDIA TYFCQVYEF VVPGTRLDLK RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG NSQESVTEQD S KDSTYSLS ...文字列:
DIQMTQSPSS LSASVGDTVT ITCQANGYLN WYQQRRGKAP KLLIYDGSKL ERGVPSRFSG RRWGQEYNLT INNLQPEDIA TYFCQVYEF VVPGTRLDLK RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG NSQESVTEQD S KDSTYSLS STLTLSKADY EKHKVYACEV THQGLSSPVT KSFNRGEC

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分子 #6: Envelope glycoprotein gp41

分子名称: Envelope glycoprotein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 17.355703 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AVVGLGAVFL GFLGAAGSTM GAASNTLTVQ ARQLLSGIVQ QQSNLLRAPE AQQHMLQLGV WGFKQLQARV LAIERYLEVQ QLLGMWGCS GKLICCTNVP WNSSWSNKTY NEIWDNMTWM QWDREIGNYT DTIYKLLEVS QFQQEINEKD NLTLD

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分子 #11: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 54 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 式: PBS
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE
詳細PBS

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 66.88 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6vrw

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.91 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) / 使用した粒子像数: 35406

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-7ly9:
Cryo-EM structure of 2909 Fab in complex with 3BNC117 Fab and CAP256.wk34.c80 SOSIP.RnS2 N160K HIV-1 Env trimer

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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