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- EMDB-23563: Quantitative assessment of chlorophyll types in cryo-EM maps of p... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23563
タイトルQuantitative assessment of chlorophyll types in cryo-EM maps of photosystem I adapted to far-red light
マップデータTrimeric photosystem I adapted to far-red light from Fischerella thermalis sp. PCC 7521
試料
  • 複合体: Photosystem I adapted to far-red light
    • タンパク質・ペプチド: x 12種
  • リガンド: x 10種
キーワードPhotosystem I / Photosynthesis / Far-red light / Chlorophyll f
機能・相同性
機能・相同性情報


: / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / membrane => GO:0016020 / photosynthesis / endomembrane system ...: / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / membrane => GO:0016020 / photosynthesis / endomembrane system / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I PsaX / Photosystem I PsaX superfamily / PsaX family / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI ...Photosystem I PsaX / Photosystem I PsaX superfamily / PsaX family / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit XI / Uncharacterized protein / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem one PsaX / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I reaction center subunit XII
類似検索 - 構成要素
生物種Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Gisriel CJ / Wang J
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Department of Energy (DOE, United States)DE-FG02-05ER15646 米国
引用ジャーナル: BBA Adv / 年: 2021
タイトル: Quantitative assessment of chlorophyll types in cryo-EM maps of photosystem I acclimated to far-red light
著者: Gisriel CJ / Huang HL / Reiss KM / Flesher DA / Batista VS / Bryant DA / Brudvig GW / Wang J
履歴
登録2021年3月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年7月28日-
マップ公開2021年7月28日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.055
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.055
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7lx0
  • 表面レベル: 0.055
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23563.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23563.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Trimeric photosystem I adapted to far-red light from Fischerella thermalis sp. PCC 7521
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.49 Å/pix.
x 256 pix.
= 381.601 Å		1.49 Å/pix.
x 256 pix.
= 381.601 Å		1.49 Å/pix.
x 256 pix.
= 381.601 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.49063 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.055 / ムービー #1: 0.055
最小 - 最大-0.15547588 - 0.32351974
平均 (標準偏差)0.0006775416 (±0.0107421875)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 381.6013 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.490628906251.490628906251.49062890625
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z381.601381.601381.601
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ1331310
NX/NY/NZ223226424
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.1550.3240.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Photosystem I adapted to far-red light

全体名称: Photosystem I adapted to far-red light
要素
  • 複合体: Photosystem I adapted to far-red light
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I protein PsaD
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IV
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center protein PsaF subunit III
    • タンパク質・ペプチド: photosystem I subunit VIII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit PsaK
    • タンパク質・ペプチド: PSI subunit V
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem one PsaX
  • リガンド: CHLOROPHYLL A ISOMER
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: Chlorophyll F
  • リガンド: PHYLLOQUINONE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: CALCIUM ION

+
超分子 #1: Photosystem I adapted to far-red light

超分子名称: Photosystem I adapted to far-red light / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#12
由来(天然)生物種: Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)

+
分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
分子量理論値: 87.627914 KDa
配列文字列: MTLTPEREQE VRVVVDNDPV PTSFQKWSQP GHFDRTLAKG AKTTTWIWNL HANAHDFDTH TSDLEDISRK IFAAHFGHLA VVFIWLSGM YFHGARFSNF EAWMANPTGI KPSAQVVWPI FGQEILNGDM GGGFHGIQIT SGLFQMWRAA GFTNTFQLYC T AIGGLVMA ...文字列:
MTLTPEREQE VRVVVDNDPV PTSFQKWSQP GHFDRTLAKG AKTTTWIWNL HANAHDFDTH TSDLEDISRK IFAAHFGHLA VVFIWLSGM YFHGARFSNF EAWMANPTGI KPSAQVVWPI FGQEILNGDM GGGFHGIQIT SGLFQMWRAA GFTNTFQLYC T AIGGLVMA ALMLFAGWFH YHKRAPKLEW FQNTQSMLNH HLAGLLGLGS LGWTGHLIHV SLPTNKLLDT GVALKDIPLP HE FILNPSL MNKLYPHADW GFVKGVVPFF TLQWGHFTDF LTFKGGLNPV TGGLWLTDVA HHHLAIAVMF IIAGHMYRTN WGI GHSIKE MLDDARTPNM LPFLSFIGPV GHKGLFEVLT TSWHAQLSIN LAMLGSLSII IAHHMYAMPP YPYLATDYGT VVSL FTHHV WIGGFLIVGG AAHAAIYMVR DYDPEQNFNN VLDRVLRHRD AIISHLAWVC QFLGFHSFAM YCHNDTMRAF GRPQD MFSD TGIQLQPVFA QWLQHIHTMT IGNPSLQVAA PLGHAFGGLR NLELTGLGTA APNLHDPVSY AFGGGVVAVG GKVAMM PIT LGTADFLIHH IHAFTIHVTV LVLLKGVLFA RSSRLIPDKA NLGFRFPCDG PGRGGTCQVS AWDHVFLGLF WMYNSLS MV IFHFFWKMQS DVWGTVGADG VVTHITGGNF ATSSITNNGW LRDFLWAQST QVITSYNTSL SAYGLMFLGG HFIFGFSL M FLFSGRGYWQ ELIESIVWAH NKLKVAPAIQ PRALSIIHGR AVGVAHYLLG GIVTTWAFFL ARMTAFG

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

+
分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
分子量理論値: 83.450969 KDa
配列文字列: MATKFPKFSQ DLANDPTTRR IFYAIATAHD FESHDGMTEE NLYQRIFASH FGHLAIIFLW ASGILFHVAW QGNFEVWIKD PVHVRPIAH AIWDAQFGPG AIKAFTQAGA RNPVDICYSG VYHWWYTIGL RTNTELYVGA LFLILLAAVF LFAGWLHLQP R YRPNLGWF ...文字列:
MATKFPKFSQ DLANDPTTRR IFYAIATAHD FESHDGMTEE NLYQRIFASH FGHLAIIFLW ASGILFHVAW QGNFEVWIKD PVHVRPIAH AIWDAQFGPG AIKAFTQAGA RNPVDICYSG VYHWWYTIGL RTNTELYVGA LFLILLAAVF LFAGWLHLQP R YRPNLGWF KNSEARLNHH LAGLFGVSSL AWAGHLVHVA IPESRGQHVG WDNFLSTPPH PAGLWAFFTG NWGAYAQNPD TA EHVFSTS QGAGTAILTF LGGFHPQTQS LWLTDMAHHH LAIAVVLIIA GHMYRTNWRI GHSIKEMMDS KTFFGRKVEG PFN LPHQGL YETVNNSLHF QLSLALACLG VASSLTAQHM YSMPPYAFIA KDFTTMAALY THHQYIAGFL MVGAFSHAAI FWIK DYDPE QNKGNVLERV LKHKEAIIAH LSWVSLFLGF HTLGLYVHND VEVAFGAADK QILIEPVFAQ FIQSANGKIL YGFHT LLSN PDSIAFTAWP NHANVWLPGW LDAINNGTNS LFLTIGPGDF YVHHAIALGL HVTTLILVKG ALDARGSKLM PDKKDF GYA FPCDGPGRGG TCDISAWDAS YLAVFWMLNT LGWVTFYWHW KHLSIWQGNV AQFNESSTYL MGWFRDYLWA NSAQLIN GY NPYGTNNLAV WAWMFLFGHL AWAVSFMFLI TWRGYWQELI ETLAWAHEQT PLSFGYWRDK PVALSIVQAR LVGLTHFT V GYIATYGAFL IASTASKFGQ

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

+
分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
分子量理論値: 8.853221 KDa
配列文字列:
MSHTVKIYDT CIGCTQCVRA CPTDVLEMVP WDGCRAGQIA SSPRTEDCVG CKRCETACPT DFLSIRVYLG AETTRSMGLA Y

UniProtKB: Photosystem I iron-sulfur center

+
分子 #4: Photosystem I protein PsaD

分子名称: Photosystem I protein PsaD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
分子量理論値: 17.776348 KDa
配列文字列:
MSPSAVLGCR KNVERRFMAE TLSGQTPIFG GSTGGLLKKA EVEEKYAITW TSPKEQVFEM PTGGAAIMRQ GQNLLYLARK EQCIALGGQ LRKFKITDYK IYRIYPNGET VYIHPADGVF PEKVNQGREK VRYNDRRIGQ NPSPSKVKFS GIATYDAPNS

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit II

+
分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IV

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
分子量理論値: 8.070138 KDa
配列文字列:
MVQRGSKVRI LRPESYWFQD VGTVASIEQG GTSRYPVIVR FDKVNYAGVN TNNFAQDELV EVEAPKAKAK KA

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IV

+
分子 #6: Photosystem I reaction center protein PsaF subunit III

分子名称: Photosystem I reaction center protein PsaF subunit III
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
分子量理論値: 17.788021 KDa
配列文字列:
MKRIFALILA IFIWFSAVST ALAENTTLVP CYKSPAFVER MKNAPDSYYT TKPLKAYSQL LCGEDGLPRI ALDRLSLAVD VAIPIAIFL YTAGFIGWSG RSYLQAIKKQ DKAEEKEVFI DVPLFISCMV MALFWPMAVI KELLAGELVA KDEEIPISVR

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit III

+
分子 #7: photosystem I subunit VIII

分子名称: photosystem I subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
分子量理論値: 7.735956 KDa
配列文字列:
MMVDMTQLTG DYAASWLPWI MIPLVFYILP FPVFAILFLW IQKEASEEIK ETDNNLAEIG ELEVPNS

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #8: Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ

分子名称: Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
分子量理論値: 5.435492 KDa
配列文字列:
MEARYLFRYL SSAPVVATLA LIIISVILIV LNYLFPGLQY GTFFHSLP

UniProtKB: Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ

+
分子 #9: Photosystem I reaction center subunit PsaK

分子名称: Photosystem I reaction center subunit PsaK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
分子量理論値: 4.494526 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)VAAM AFGHVIGVAI VLGLTNIGKI

+
分子 #10: PSI subunit V

分子名称: PSI subunit V / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
分子量理論値: 18.543229 KDa
配列文字列:
MSNTVDTVDN DIIKPFKGDP CLGNLSTPIN DSPLAKAFIN NLPAYRKGLT PFMRGLEIGM AHGYFLVGPE VVIGPLRESA HGANLSGLI TAIYIAVSAC LGISIFAITT FQGNPKGSYS SYSKDSLRPL RTREEWSQLN GGIFLGAMGG AIFAYLLLEN F DALDAILR GAVNAS

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit XI

+
分子 #11: Photosystem I reaction center subunit XII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
分子量理論値: 3.471115 KDa
配列文字列:
MSISDTQVYI ALVVALVPGF LAWRLATELY K

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit XII

+
分子 #12: Photosystem one PsaX

分子名称: Photosystem one PsaX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
分子量理論値: 11.132814 KDa
配列文字列:
MPGKESTALP RLHTLPTSLP LATQNHENIF NESGELGHLF GISEEVLKLG VHFMAKADTT ADLPVAKSTT AKPPYTFRTA WALLLLAIN FIVAAYYFHI IE

UniProtKB: Photosystem one PsaX

+
分子 #13: CHLOROPHYLL A ISOMER

分子名称: CHLOROPHYLL A ISOMER / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 3 / 式: CL0
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CL0:
CHLOROPHYLL A ISOMER

+
分子 #14: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 252 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #15: Chlorophyll F

分子名称: Chlorophyll F / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 15 / 式: F6C
分子量理論値: 905.457 Da
Chemical component information


化合物 画像なし

ChemComp-F6C:
Chlorophyll F

+
分子 #16: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 6 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン

+
分子 #17: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 9 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #18: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 60 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン

+
分子 #19: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 6 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #20: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 12 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #21: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 6 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #22: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 3 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 57.328 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 201104
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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