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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23485 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM of the KFE8 thinner nanotube (class 1, C2) | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM of KFE8 thinner nanotube (class 1, C2) | |||||||||
試料 |
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キーワード | filament / self-assembly peptide filament / Cryo-EM / peptide fibril / nanotube / PROTEIN FIBRIL | |||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang F / Gnewou OM | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Matter / 年: 2021 タイトル: Deterministic chaos in the self-assembly of β sheet nanotubes from an amphipathic oligopeptide. 著者: Fengbin Wang / Ordy Gnewou / Shengyuan Wang / Tomasz Osinski / Xiaobing Zuo / Edward H Egelman / Vincent P Conticello / 要旨: The self-assembly of designed peptides into filaments and other higher-order structures has been the focus of intense interest because of the potential for creating new biomaterials and biomedical ...The self-assembly of designed peptides into filaments and other higher-order structures has been the focus of intense interest because of the potential for creating new biomaterials and biomedical devices. These peptide assemblies have also been used as models for understanding biological processes, such as the pathological formation of amyloid. We investigate the assembly of an octapeptide sequence, Ac-FKFEFKFE-NH, motivated by prior studies that demonstrated that this amphipathic β strand peptide self-assembled into fibrils and biocompatible hydrogels. Using high-resolution cryoelectron microscopy (cryo-EM), we are able to determine the atomic structure for two different coexisting forms of the fibrils, containing four and five β sandwich protofilaments, respectively. Surprisingly, the inner walls in both forms are parallel β sheets, while the outer walls are antiparallel β sheets. Our results demonstrate the chaotic nature of peptide self-assembly and illustrate the importance of cryo-EM structural analysis to understand the complex phase behavior of these materials at near-atomic resolution. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_23485.map.gz | 8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-23485-v30.xml emd-23485.xml | 9.4 KB 9.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_23485.png | 115.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-23485.cif.gz | 4.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23485 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23485 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_23485_validation.pdf.gz | 401.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_23485_full_validation.pdf.gz | 401 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_23485_validation.xml.gz | 6.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_23485_validation.cif.gz | 7.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23485 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23485 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_23485.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM of KFE8 thinner nanotube (class 1, C2) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : self-assembly KFE8 nanotubes
全体 | 名称: self-assembly KFE8 nanotubes |
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要素 |
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-超分子 #1: self-assembly KFE8 nanotubes
超分子 | 名称: self-assembly KFE8 nanotubes / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
-分子 #1: KFE8 peptide
分子 | 名称: KFE8 peptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 144 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 1.16435 KDa |
配列 | 文字列: (5CR)KFEFKF(GMA) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 7.93 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -15.8 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C2 (2回回転対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: OTHER / 詳細: Model:Map FSC 0.38 cut off / 使用した粒子像数: 15486 |
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初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |