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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2338 | |||||||||
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タイトル | The baseplate of mycobacteriophage Araucaria | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of the Araucaria baseplate | |||||||||
試料 |
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キーワード | mycobacteriophage / Araucaria / single-particle / Mycobacterium abscessus subsp. bolletii / Siphoviridae / electron microscopy / mycobacteria. | |||||||||
生物種 | Mycobacteriophage Araucaria | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 26.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Sassi M / Bebeacua C / Drancourt M / Cambillau C | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2013 タイトル: The first structure of a mycobacteriophage, the Mycobacterium abscessus subsp. bolletii phage Araucaria. 著者: Mohamed Sassi / Cecilia Bebeacua / Michel Drancourt / Christian Cambillau / 要旨: The unique characteristics of the waxy mycobacterial cell wall raise questions about specific structural features of their bacteriophages. No structure of any mycobacteriophage is available, although ...The unique characteristics of the waxy mycobacterial cell wall raise questions about specific structural features of their bacteriophages. No structure of any mycobacteriophage is available, although ∼3,500 have been described to date. To fill this gap, we embarked in a genomic and structural study of a bacteriophage from Mycobacterium abscessus subsp. bolletii, a member of the Mycobacterium abscessus group. This opportunistic pathogen is responsible for respiratory tract infections in patients with lung disorders, particularly cystic fibrosis. M. abscessus subsp. bolletii was isolated from respiratory tract specimens, and bacteriophages were observed in the cultures. We report here the genome annotation and characterization of the M. abscessus subsp. bolletii prophage Araucaria, as well as the first single-particle electron microscopy reconstruction of the whole virion. Araucaria belongs to Siphoviridae and possesses a 64-kb genome containing 89 open reading frames (ORFs), among which 27 could be annotated with certainty. Although its capsid and connector share close similarity with those of several phages from Gram-negative (Gram(-)) or Gram(+) bacteria, its most distinctive characteristic is the helical tail decorated by radial spikes, possibly host adhesion devices, according to which the phage name was chosen. Its host adsorption device, at the tail tip, assembles features observed in phages binding to protein receptors, such as phage SPP1. All together, these results suggest that Araucaria may infect its mycobacterial host using a mechanism involving adhesion to cell wall saccharides and protein, a feature that remains to be further explored. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2338.map.gz | 2.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2338-v30.xml emd-2338.xml | 9.3 KB 9.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-2338.tif | 43.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2338 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2338 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_2338_validation.pdf.gz | 192.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_2338_full_validation.pdf.gz | 192.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_2338_validation.xml.gz | 5.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2338 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2338 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2338.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of the Araucaria baseplate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.95 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Mycobacteriophage Araucaria Baseplate
全体 | 名称: Mycobacteriophage Araucaria Baseplate |
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要素 |
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-超分子 #1000: Mycobacteriophage Araucaria Baseplate
超分子 | 名称: Mycobacteriophage Araucaria Baseplate / タイプ: sample / ID: 1000 詳細: Baseplate particles were selected from a sample containing whole phages. 集合状態: C6 / Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: Mycobacteriophage Araucaria
超分子 | 名称: Mycobacteriophage Araucaria / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Araucaria / 生物種: Mycobacteriophage Araucaria / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Araucaria |
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宿主 | 生物種: Mycobacterium abscessus subsp. bolletii (バクテリア) 株: CIP108541T / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: Capsid T7 / 直径: 600 Å / T番号(三角分割数): 7 |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 / 詳細: PBS Buffer |
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染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: Grids with adsorbed viral particles were stained with 2% uranyl acetate for 20 seconds. |
グリッド | 詳細: 300 copper mesh grids with a film of colodion and carbon |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 12 |
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アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 150,000 times magnification |
日付 | 2012年7月1日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD (2k x 2k) / 実像数: 1500 / 平均電子線量: 10 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 倍率(補正後): 48500 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 48500 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Room temperature holder / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
-画像解析
詳細 | Particles were processed using a Maximum Likelihood approach. |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 26.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2, Spider, Xmipp / 使用した粒子像数: 6460 |
最終 角度割当 | 詳細: C6 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: Chimera |
詳細 | Atomic coordinates were manually fitted and automatically refined. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |