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万見
- EMDB-23336: Phage Qbeta virion -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23336
タイトルPhage Qbeta virion
マップデータQbeta Virion
試料
  • ウイルス: Escherichia virus Qbeta (ウイルス)
    • RNA: Genomic RNA
    • タンパク質・ペプチド: Maturation protein A2
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
機能・相同性
機能・相同性情報


suppression by virus of host cell wall biogenesis / suppression by virus of host peptidoglycan biosynthetic process / viral release via suppression of host peptidoglycan biosynthetic process / virion attachment to host cell pilus / T=3 icosahedral viral capsid / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / translation repressor activity / viral release from host cell by cytolysis / virion component / structural molecule activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Assembly protein / Phage maturation protein / Levivirus coat protein / Levivirus coat protein / Bacteriophage RNA-type, capsid
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein / Maturation protein A2
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia virus Qbeta (ウイルス) / Bacteriophage Q-beta (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Chang JY / Zhang J
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
Welch FoundationA-1863 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1902392 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21AI137696 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01AI095208 米国
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2022
タイトル: Structural Assembly of Qβ Virion and Its Diverse Forms of Virus-like Particles.
著者: Jeng-Yih Chang / Karl V Gorzelnik / Jirapat Thongchol / Junjie Zhang /
要旨: The coat proteins (CPs) of single-stranded RNA bacteriophages (ssRNA phages) directly assemble around the genomic RNA (gRNA) to form a near-icosahedral capsid with a single maturation protein (Mat) ...The coat proteins (CPs) of single-stranded RNA bacteriophages (ssRNA phages) directly assemble around the genomic RNA (gRNA) to form a near-icosahedral capsid with a single maturation protein (Mat) that binds the gRNA and interacts with the retractile pilus during infection of the host. Understanding the assembly of ssRNA phages is essential for their use in biotechnology, such as RNA protection and delivery. Here, we present the complete gRNA model of the ssRNA phage Qβ, revealing that the 3' untranslated region binds to the Mat and the 4127 nucleotides fold domain-by-domain, and is connected through long-range RNA-RNA interactions, such as kissing loops. Thirty-three operator-like RNA stem-loops are located and primarily interact with the asymmetric A/B CP-dimers, suggesting a pathway for the assembly of the virions. Additionally, we have discovered various forms of the virus-like particles (VLPs), including the canonical = 3 icosahedral, larger = 4 icosahedral, prolate, oblate forms, and a small prolate form elongated along the 3-fold axis. These particles are all produced during a normal infection, as well as when overexpressing the CPs. When overexpressing the shorter RNA fragments encoding only the CPs, we observed an increased percentage of the smaller VLPs, which may be sufficient to encapsidate a shorter RNA.
履歴
登録2021年1月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年1月26日-
マップ公開2022年1月26日-
更新2022年3月9日-
現状2022年3月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7lhd
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23336.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23336.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Qbeta Virion
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.25 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.018 / ムービー #1: 0.018
最小 - 最大-0.04093264 - 0.07908933
平均 (標準偏差)0.0013869614 (±0.0056403447)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 400.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.251.251.25
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z400.000400.000400.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0410.0790.001

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened Map

ファイルemd_23336_additional_1.map
注釈Unsharpened Map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Escherichia virus Qbeta

全体名称: Escherichia virus Qbeta (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Escherichia virus Qbeta (ウイルス)
    • RNA: Genomic RNA
    • タンパク質・ペプチド: Maturation protein A2
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein

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超分子 #1: Escherichia virus Qbeta

超分子名称: Escherichia virus Qbeta / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 39803 / 生物種: Escherichia virus Qbeta / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Genomic RNA

分子名称: Genomic RNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia virus Qbeta (ウイルス)
分子量理論値: 1.3520166249999999 MDa
配列文字列: GGGGACCCCC UUUAGGGGGU CACCUCACAC AGCAGUACUU CACUGAGUAU AAGAGGACAU AUGCCUAAAU UACCGCGUGG UCUGCGUUU CGGAGCCGAU AAUGAAAUUC UUAAUGAUUU UCAGGAGCUC UGGUUUCCAG ACCUCUUUAU CGAAUCUUCC G ACACGCAU ...文字列:
GGGGACCCCC UUUAGGGGGU CACCUCACAC AGCAGUACUU CACUGAGUAU AAGAGGACAU AUGCCUAAAU UACCGCGUGG UCUGCGUUU CGGAGCCGAU AAUGAAAUUC UUAAUGAUUU UCAGGAGCUC UGGUUUCCAG ACCUCUUUAU CGAAUCUUCC G ACACGCAU CCGUGGUACA CACUGAAGGG UCGUGUGUUG AACGCCCACC UUGAUGAUCG UCUACCUAAU GUAGGCGGUC GC CAGGUAA GGCGCACUCC ACAUCGCGUC ACCGUUCCGA UUGCCUCUUC AGGCCUUCGU CCGGUAACAA CCGUUCAGUA UGA UCCCGC AGCACUAUCG UUCUUAUUGA ACGCUCGUGU UGACUGGGAU UUCGGUAAUG GCGAUAGUGC GAACCUUGUC AUUA AUGAC UUUCUGUUUC GCACCUUUGC ACCUAAGGAG UUUGAUUUUU CGAACUCCUU AGUUCCUCGU UAUACUCAGG CCUUC UCCG CGUUUAAUGC CAAGUAUGGC ACUAUGAUCG GCGAAGGGCU CGAGACUAUA AAAUAUCUCG GGCUUUUACU GCGCAG ACU GCGUGAGGGU UACCGCGCUG UUAAGCGUGG CGAUUUACGU GCUCUUCGUA GGGUUAUCCA GUCCUACCAU AAUGGUA AG UGGAAACCGG CUACUGCUGG UAAUCUCUGG CUUGAAUUUC GUUAUGGCCU UAUGCCUCUC UUUUAUGACA UCAGAGAU G UCAUGUUAGA CUGGCAGAAC CGUCAUGAUA AGAUUCAACG CCUCCUUCGG UUUUCUGUUG GUCACGGCGA GGAUUACGU UGUCGAAUUC GACAAUCUGU ACCCUGCCGU UGCUUACUUU AAACUGAAAG GGGAGAUUAC ACUCGAACGC CGUCAUCGUC AUGGCAUAU CUUACGCUAA CCGCGAAGGA UAUGCUGUUU UCGACAACGG UUCCCUUCGG CCUGUGUCCG AUUGGAAGGA G CUUGCCAC UGCAUUCAUC AAUCCGCAUG AAGUUGCUUG GGAGUUAACU CCCUACAGCU UCGUUGUUGA UUGGUUCUUG AA UGUUGGU GACAUACUUG CUCAACAAGG UCAGCUAUAU CAUAAUAUCG AUAUUGUAGA CGGCUUUGAC AGACGUGACA UCC GGCUCA AAUCUUUCAC CAUAAAAGGU GAACGAAAUG GGCGGCCUGU UAACGUUUCU GCUAGCCUGU CUGCUGUCGA UUUA UUUUA CAGCCGACUC CAUACGAGCA AUCUUCCGUU CGCUACACUA GAUCUUGAUA CCACCUUUAG UUCGUUUAAA CACGU UCUU GAUAGUAUCU UUUUAUUAAC CCAACGCGUA AAGCGUUGAA ACUUUGGGUC AAUUUGAUCA UGGCAAAAUU AGAGAC UGU UACUUUAGGU AACAUCGGGA AAGAUGGAAA ACAAACUCUG GUCCUCAAUC CGCGUGGGGU AAAUCCCACU AACGGCG UU GCCUCGCUUU CACAAGCGGG UGCAGUUCCU GCGCUGGAGA AGCGUGUUAC CGUUUCGGUA UCUCAGCCUU CUCGCAAU C GUAAGAACUA CAAGGUCCAG GUUAAGAUCC AGAACCCGAC CGCUUGCACU GCAAACGGUU CUUGUGACCC AUCCGUUAC UCGCCAGGCA UAUGCUGACG UGACCUUUUC GUUCACGCAG UAUAGUACCG AUGAGGAACG AGCUUUUGUU CGUACAGAGC UUGCUGCUC UGCUCGCUAG UCCUCUGCUG AUCGAUGCUA UUGAUCAGCU GAACCCAGCG UAUUGAACAC UGCUCAUUGC C GGUGGUGG CUCAGGGUCA AAACCCGAUC CGGUUAUUCC GGAUCCACCG AUUGAUCCGC CGCCAGGGAC AGGUAAGUAU AC CUGUCCC UUCGCAAUUU GGUCCCUAGA GGAGGUUUAC GAGCCUCCUA CUAAGAACCG ACCGUGGCCU AUCUAUAAUG CUG UUGAAC UCCAGCCUCG CGAAUUUGAU GUUGCCCUCA AAGAUCUUUU GGGCAAUACA AAGUGGCGUG AUUGGGAUUC UCGG CUUAG UUAUACCACG UUCCGCGGUU GCCGUGGCAA UGGUUAUAUU GACCUUGAUG CGACUUAUCU UGCUACUGAU CAGGC UAUG CGUGAUCAGA AGUAUGAUAU UCGCGAGGGC AAGAAACCUG GUGCUUUCGG UAACAUUGAG CGAUUCAUUU AUCUUA AGU CGAUAAAUGC UUAUUGCUCU CUUAGCGAUA UUGCGGCCUA UCACGCCGAU GGCGUGAUAG UUGGCUUUUG GCGCGAU CC AUCCAGCGGU GGUGCCAUAC CGUUUGACUU CACUAAGUUU GAUAAGACUA AAUGUCCUAU UCAAGCCGUG AUAGUCGU U CCUCGUGCUU AGUAACUAAG GAUGAAAUGC AUGUCUAAGA CAGCAUCUUC GCGUAACUCU CUCAGCGCAC AAUUGCGCC GAGCCGCGAA CACAAGAAUU GAGGUUGAAG GUAACCUCGC ACUUUCCAUU GCCAACGAUU UACUGUUGGC CUAUGGUCAG UCGCCAUUU AACUCUGAGG CUGAGUGUAU UUCAUUCAGC CCGAGAUUCG ACGGGACCCC GGAUGACUUU AGGAUAAAUU A UCUUAAAG CCGAGAUCAU GUCGAAGUAU GACGACUUCA GCCUAGGUAU UGAUACCGAA GCUGUUGCCU GGGAGAAGUU CC UGGCAGC AGAGGCUGAA UGUGCUUUAA CGAACGCUCG UCUCUAUAGG CCUGACUACA GUGAGGAUUU CAAUUUCUCA CUG GGCGAG UCAUGUAUAC ACAUGGCUCG UAGAAAAAUA GCCAAGCUAA UAGGAGAUGU UCCGUCCGUU GAGGGUAUGU UGCG UCACU GCCGAUUUUC UGGCGGUGCU ACAACAACGA AUAACCGUUC GUACGGUCAU CCGUCCUUCA AGUUUGCGCU UCCGC AAGC GUGUACGCCU CGGGCUUUGA AGUAUGUUUU AGCUCUCAGA GCUUCUACAC AUUUCGAUAU CAGAAUUUCU GAUAUU AGC CCUUUUAAUA AAGCAGUUAC UGUACCUAAG AACAGUAAGA CAGAUCGUUG UAUUGCUAUC GAACCUGGUU GGAAUAU GU UUUUCCAACU GGGUAUCGGU GGCAUUCUAC GCGAUCGGUU GCGUUGCUGG GGUAUCGAUC UGAAUGAUCA GACGAUAA A UCAGCGCCGC GCUCACGAAG GCUCCGUUAC UAAUAACUUA GCAACGGUUG AUCUCUCAGC GGCAAGCGAU UCUAUAUCU CUUGCCCUCU GUGAGCUCUU AUUGCCCCCA GGCUGGUUUG AGGUUCUUAU GGACCUCAGA UCACCUAAGG GGCGAUUGCC UGACGGUAG UGUUGUUACC UACGAGAAGA UUUCUUCUAU GGGUAACGGU UACACAUUCG AGCUCGAGUC GCUUAUUUUU G CUUCUCUC GCUCGUUCCG UUUGUGAGAU ACUGGACUUA GACUCGUCUG AGGUCACUGU UUACGGAGAC GAUAUUAUUU UA CCGUCCU GUGCAGUCCC UGCCCUCCGG GAAGUUUUUA AGUAUGUUGG UUUUACGACC AAUACUAAAA AGACUUUUUC CGA GGGGCC GUUCAGAGAG UCGUGCGGCA AGCACUACUA UUCUGGCGUA GAUGUUACUC CCUUUUACAU ACGUCACCGU AUAG UGAGU CCUGCCGAUU UAAUACUGGU UUUGAAUAAC CUAUAUCGGU GGGCCACAAU UGACGGCGUA UGGGAUCCUA GGGCC CAUU CUGUGUACCU CAAGUAUCGU AAGUUGCUGC CUAAACAGCU GCAACGUAAU ACUAUACCUG AUGGUUACGG UGAUGG UGC CCUCGUCGGA UCGGUCCUAA UCAAUCCUUU CGCGAAAAAC CGCGGGUGGA UCCGGUACGU ACCGGUGAUU ACGGACC AU ACAAGGGACC GAGAGCGCGC UGAGUUGGGG UCGUAUCUCU ACGACCUCUU CUCGCGUUGU CUCUCGGAAA GUAACGAU G GGUUGCCUCU UAGGGGUCCA UCGGGUUGCG AUUCUGCGGA UCUAUUUGCC AUCGAUCAGC UUAUCUGUAG GAGUAAUCC UACGAAGAUA AGCAGGUCUA CCGGCAAAUU CGAUAUACAG UAUAUCGCGU GCAGUAGCCG UGUUCUGGCA CCCUACGGGG UCUUCCAGG GCACGAAGGU UGCGUCUCUA CACGAGGCGU AACCUGGGAG GGCGCCAAUA UGGCGCCUAA UUGUGAAUAA A UUAUCACA AUUACUCUUA CGAGUGAGAG GGGGAUCUGC UUUGCCCUCU CUCCUCCCA

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分子 #2: Maturation protein A2

分子名称: Maturation protein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacteriophage Q-beta (ファージ)
分子量理論値: 48.613078 KDa
配列文字列: MPKLPRGLRF GADNEILNDF QELWFPDLFI ESSDTHPWYT LKGRVLNAHL DDRLPNVGGR QVRRTPHRVT VPIASSGLRP VTTVQYDPA ALSFLLNARV DWDFGNGDSA NLVINDFLFR TFAPKEFDFS NSLVPRYTQA FSAFNAKYGT MIGEGLETIK Y LGLLLRRL ...文字列:
MPKLPRGLRF GADNEILNDF QELWFPDLFI ESSDTHPWYT LKGRVLNAHL DDRLPNVGGR QVRRTPHRVT VPIASSGLRP VTTVQYDPA ALSFLLNARV DWDFGNGDSA NLVINDFLFR TFAPKEFDFS NSLVPRYTQA FSAFNAKYGT MIGEGLETIK Y LGLLLRRL REGYRAVKRG DLRALRRVIQ SYHNGKWKPA TAGNLWLEFR YGLMPLFYDI RDVMLDWQNR HDKIQRLLRF SV GHGEDYV VEFDNLYPAV AYFKLKGEIT LERRHRHGIS YANREGYAVF DNGSLRPVSD WKELATAFIN PHEVAWELTP YSF VVDWFL NVGDILAQQG QLYHNIDIVD GFDRRDIRLK SFTIKGERNG RPVNVSASLS AVDLFYSRLH TSNLPFATLD LDTT FSSFK HVLDSIFLLT QRVKR

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分子 #3: Capsid protein

分子名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 180 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacteriophage Q-beta (ファージ)
分子量理論値: 14.268071 KDa
配列文字列:
MAKLETVTLG NIGKDGKQTL VLNPRGVNPT NGVASLSQAG AVPALEKRVT VSVSQPSRNR KNYKVQVKIQ NPTACTANGS CDPSVTRQA YADVTFSFTQ YSTDEERAFV RTELAALLAS PLLIDAIDQL NPAY

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法 #1

Microscopy ID1
顕微鏡JEOL 3200FSC
撮影Image recording ID: 1
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

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電子顕微鏡法 #1~

Microscopy ID1
顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影Image recording ID: 2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

Image recording ID1
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

8709

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 86081
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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