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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23298 | |||||||||
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タイトル | Trimeric human Arginase 1 in complex with mAb4 | |||||||||
マップデータ | Full map for the complex 2x3hARG:3Mab4, | |||||||||
試料 |
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キーワード | Arginase / Metalloenzyme / IMMUNE SYSTEM / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / Urea cycle / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / arginase / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / urea cycle / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / defense response to protozoan / negative regulation of activated T cell proliferation ...positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / Urea cycle / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / arginase / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / urea cycle / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / defense response to protozoan / negative regulation of activated T cell proliferation / arginine catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / specific granule lumen / azurophil granule lumen / manganese ion binding / adaptive immune response / innate immune response / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular region / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.72 Å | |||||||||
データ登録者 | Gomez-Llorente Y / Scapin G | |||||||||
引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM structures of inhibitory antibodies complexed with arginase 1 provide insight into mechanism of action. 著者: Rachel L Palte / Veronica Juan / Yacob Gomez-Llorente / Marc Andre Bailly / Kalyan Chakravarthy / Xun Chen / Daniel Cipriano / Ghassan N Fayad / Laurence Fayadat-Dilman / Symon Gathiaka / ...著者: Rachel L Palte / Veronica Juan / Yacob Gomez-Llorente / Marc Andre Bailly / Kalyan Chakravarthy / Xun Chen / Daniel Cipriano / Ghassan N Fayad / Laurence Fayadat-Dilman / Symon Gathiaka / Heiko Greb / Brian Hall / Mas Handa / Mark Hsieh / Esther Kofman / Heping Lin / J Richard Miller / Nhung Nguyen / Jennifer O'Neil / Hussam Shaheen / Eric Sterner / Corey Strickland / Angie Sun / Shane Taremi / Giovanna Scapin / 要旨: Human Arginase 1 (hArg1) is a metalloenzyme that catalyzes the hydrolysis of L-arginine to L-ornithine and urea, and modulates T-cell-mediated immune response. Arginase-targeted therapies have been ...Human Arginase 1 (hArg1) is a metalloenzyme that catalyzes the hydrolysis of L-arginine to L-ornithine and urea, and modulates T-cell-mediated immune response. Arginase-targeted therapies have been pursued across several disease areas including immunology, oncology, nervous system dysfunction, and cardiovascular dysfunction and diseases. Currently, all published hArg1 inhibitors are small molecules usually less than 350 Da in size. Here we report the cryo-electron microscopy structures of potent and inhibitory anti-hArg antibodies bound to hArg1 which form distinct macromolecular complexes that are greater than 650 kDa. With local resolutions of 3.5 Å or better we unambiguously mapped epitopes and paratopes for all five antibodies and determined that the antibodies act through orthosteric and allosteric mechanisms. These hArg1:antibody complexes present an alternative mechanism to inhibit hArg1 activity and highlight the ability to utilize antibodies as probes in the discovery and development of peptide and small molecule inhibitors for enzymes in general. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_23298.map.gz | 118 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-23298-v30.xml emd-23298.xml | 23.3 KB 23.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_23298_fsc.xml | 14.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_23298.png | 48.3 KB | ||
マスクデータ | emd_23298_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-23298.cif.gz | 6.7 KB | ||
その他 | emd_23298_additional_1.map.gz emd_23298_half_map_1.map.gz emd_23298_half_map_2.map.gz | 117.9 MB 115.8 MB 115.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23298 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23298 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_23298_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_23298_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_23298_validation.xml.gz | 18.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_23298_validation.cif.gz | 23.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23298 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23298 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_23298.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Full map for the complex 2x3hARG:3Mab4, | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_23298_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Map focused on one of the hARG trimer:Mab halves to gain resolution.
ファイル | emd_23298_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Map focused on one of the hARG trimer:Mab halves to gain resolution. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map B.
ファイル | emd_23298_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map B. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map A.
ファイル | emd_23298_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map A. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Trimeric human arginase in complex with mAb4
全体 | 名称: Trimeric human arginase in complex with mAb4 |
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要素 |
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-超分子 #1: Trimeric human arginase in complex with mAb4
超分子 | 名称: Trimeric human arginase in complex with mAb4 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 詳細: 2 trimers of human arginase bound to the Fab regions of 3 mAb4 molecules. |
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分子量 | 理論値: 427 KDa |
-超分子 #2: Trimeric human arginase
超分子 | 名称: Trimeric human arginase / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: Monoclonal antibody mAb4
超分子 | 名称: Monoclonal antibody mAb4 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Arginase-1
分子 | 名称: Arginase-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: arginase |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 34.779879 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSAKSRTIGI IGAPFSKGQP RGGVEEGPTV LRKAGLLEKL KEQECDVKDY GDLPFADIPN DSPFQIVKNP RSVGKASEQL AGKVAEVKK NGRISLVLGG DHSLAIGSIS GHARVHPDLG VIWVDAHTDI NTPLTTTSGN LHGQPVSFLL KELKGKIPDV P GFSWVTPC ...文字列: MSAKSRTIGI IGAPFSKGQP RGGVEEGPTV LRKAGLLEKL KEQECDVKDY GDLPFADIPN DSPFQIVKNP RSVGKASEQL AGKVAEVKK NGRISLVLGG DHSLAIGSIS GHARVHPDLG VIWVDAHTDI NTPLTTTSGN LHGQPVSFLL KELKGKIPDV P GFSWVTPC ISAKDIVYIG LRDVDPGEHY ILKTLGIKYF SMTEVDRLGI GKVMEETLSY LLGRKKRPIH LSFDVDGLDP SF TPATGTP VVGGLTYREG LYITEEIYKT GLLSGLDIME VNPSLGKTPE EVTRTVNTAV AITLACFGLA REGNHKPIDY LNP PK UniProtKB: Arginase-1 |
-分子 #2: mAb4 monoclonal antibody heavy chain
分子 | 名称: mAb4 monoclonal antibody heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 48.877801 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: EVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFT DYYMNWVRQA PGQGLEWIGV ISPYNGGTTY NQKFKGKATL TVDKSTSTAY MELSSLRSE DTAVYYCVYD LYYFDYWGQG TLVTVSSAST KGPSVFPLAP CSRSTSESTA ALGCLVKDYF PEPVTVSWNS G ALTSGVHT ...文字列: EVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFT DYYMNWVRQA PGQGLEWIGV ISPYNGGTTY NQKFKGKATL TVDKSTSTAY MELSSLRSE DTAVYYCVYD LYYFDYWGQG TLVTVSSAST KGPSVFPLAP CSRSTSESTA ALGCLVKDYF PEPVTVSWNS G ALTSGVHT FPAVLQSSGL YSLSSVVTVP SSSLGTKTYT CNVDHKPSNT KVDKRVESKY GPPCPPCPAP EFLGGPSVFL FP PKPKDTL MISRTPEVTC VVVDVSQEDP EVQFNWYVDG VEVHNAKTKP REEQFNSTYR VVSVLTVLHQ DWLNGKEYKC KVS NKGLPS SIEKTISKAK GQPREPQVYT LPPSQEEMTK NQVSLTCLVK GFYPSDIAVE WESNGQPENN YKTTPPVLDS DGSF FLYSR LTVDKSRWQE GNVFSCSVMH EALHNHYTQK SLSLSLGK |
-分子 #3: mAb4 monoclonal antibody light chain
分子 | 名称: mAb4 monoclonal antibody light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.471062 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: EIVLTQSPAT LSLSPGERAT LSCRASQRIS NDLHWYQQKP GQAPRLLIKY ASQSISGIPS RFSGSGSGTD FTLTISSLEP EDFAVYYCQ QSNSWPRTFG GGTKLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列: EIVLTQSPAT LSLSPGERAT LSCRASQRIS NDLHWYQQKP GQAPRLLIKY ASQSISGIPS RFSGSGSGTD FTLTISSLEP EDFAVYYCQ QSNSWPRTFG GGTKLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC |
-分子 #4: MANGANESE (II) ION
分子 | 名称: MANGANESE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 12 / 式: MN |
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分子量 | 理論値: 54.938 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 30 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1197 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 44.3 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-7lf2: |