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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23166 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein bound to Fab 2-15 | |||||||||
マップデータ | Sharpened concensus map | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.87 Å | |||||||||
データ登録者 | Rapp M / Shapiro L | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021 タイトル: Modular basis for potent SARS-CoV-2 neutralization by a prevalent VH1-2-derived antibody class. 著者: Micah Rapp / Yicheng Guo / Eswar R Reddem / Jian Yu / Lihong Liu / Pengfei Wang / Gabriele Cerutti / Phinikoula Katsamba / Jude S Bimela / Fabiana A Bahna / Seetha M Mannepalli / Baoshan ...著者: Micah Rapp / Yicheng Guo / Eswar R Reddem / Jian Yu / Lihong Liu / Pengfei Wang / Gabriele Cerutti / Phinikoula Katsamba / Jude S Bimela / Fabiana A Bahna / Seetha M Mannepalli / Baoshan Zhang / Peter D Kwong / Yaoxing Huang / David D Ho / Lawrence Shapiro / Zizhang Sheng / 要旨: Antibodies with heavy chains that derive from the VH1-2 gene constitute some of the most potent severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)-neutralizing antibodies yet identified. To ...Antibodies with heavy chains that derive from the VH1-2 gene constitute some of the most potent severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)-neutralizing antibodies yet identified. To provide insight into whether these genetic similarities inform common modes of recognition, we determine the structures of the SARS-CoV-2 spike in complex with three VH1-2-derived antibodies: 2-15, 2-43, and H4. All three use VH1-2-encoded motifs to recognize the receptor-binding domain (RBD), with heavy-chain N53I-enhancing binding and light-chain tyrosines recognizing F486. Despite these similarities, class members bind both RBD-up and -down conformations of the spike, with a subset of antibodies using elongated CDRH3s to recognize glycan N343 on a neighboring RBD-a quaternary interaction accommodated by an increase in RBD separation of up to 12 Å. The VH1-2 antibody class, thus, uses modular recognition encoded by modular genetic elements to effect potent neutralization, with the VH-gene component specifying recognition of RBD and the CDRH3 component specifying quaternary interactions. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_23166.map.gz | 204.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-23166-v30.xml emd-23166.xml | 21.3 KB 21.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_23166.png | 45.9 KB | ||
その他 | emd_23166_additional_1.map.gz emd_23166_additional_2.map.gz emd_23166_half_map_1.map.gz emd_23166_half_map_2.map.gz | 104.2 MB 106.8 MB 202 MB 202 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23166 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23166 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_23166_validation.pdf.gz | 446.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_23166_full_validation.pdf.gz | 446 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_23166_validation.xml.gz | 15.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_23166_validation.cif.gz | 18.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23166 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23166 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_23166.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened concensus map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Unsharpened local refinement of Fab & RBD
ファイル | emd_23166_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened local refinement of Fab & RBD | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Global refinement
ファイル | emd_23166_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Global refinement | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Concensus half map A for FSC calculation
ファイル | emd_23166_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Concensus half map A for FSC calculation | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Concensus half map B for FSC calculation
ファイル | emd_23166_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Concensus half map B for FSC calculation | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein bound to F...
全体 | 名称: Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein bound to Fab 2-15 |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein bound to F...
超分子 | 名称: Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein bound to Fab 2-15 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 142.399375 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF ...文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF EYVSQPFLMD LEGKQGNFKN LREFVFKNID GYFKIYSKHT PINLVRDLPQ GFSALEPLVD LPIGINITRF QT LLALHRS YLTPGDSSSG WTAGAAAYYV GYLQPRTFLL KYNENGTITD AVDCALDPLS ETKCTLKSFT VEKGIYQTSN FRV QPTESI VRFPNITNLC PFGEVFNATR FASVYAWNRK RISNCVADYS VLYNSASFST FKCYGVSPTK LNDLCFTNVY ADSF VIRGD EVRQIAPGQT GKIADYNYKL PDDFTGCVIA WNSNNLDSKV GGNYNYLYRL FRKSNLKPFE RDISTEIYQA GSTPC NGVE GFNCYFPLQS YGFQPTNGVG YQPYRVVVLS FELLHAPATV CGPKKSTNLV KNKCVNFNFN GLTGTGVLTE SNKKFL PFQ QFGRDIADTT DAVRDPQTLE ILDITPCSFG GVSVITPGTN TSNQVAVLYQ DVNCTEVPVA IHADQLTPTW RVYSTGS NV FQTRAGCLIG AEHVNNSYEC DIPIGAGICA SYQTQTNSPG SASSVASQSI IAYTMSLGAE NSVAYSNNSI AIPTNFTI S VTTEILPVSM TKTSVDCTMY ICGDSTECSN LLLQYGSFCT QLNRALTGIA VEQDKNTQEV FAQVKQIYKT PPIKDFGGF NFSQILPDPS KPSKRSFIED LLFNKVTLAD AGFIKQYGDC LGDIAARDLI CAQKFNGLTV LPPLLTDEMI AQYTSALLAG TITSGWTFG AGAALQIPFA MQMAYRFNGI GVTQNVLYEN QKLIANQFNS AIGKIQDSLS STASALGKLQ DVVNQNAQAL N TLVKQLSS NFGAISSVLN DILSRLDPPE AEVQIDRLIT GRLQSLQTYV TQQLIRAAEI RASANLAATK MSECVLGQSK RV DFCGKGY HLMSFPQSAP HGVVFLHVTY VPAQEKNFTT APAICHDGKA HFPREGVFVS NGTHWFVTQR NFYEPQIITT DNT FVSGNC DVVIGIVNNT VYDPLQPELD SFKEELDKYF KNHTSPDVDL GDISGINASV VNIQKEIDRL NEVAKNLNES LIDL QELGK YEQGSGYIPE APRDGQAYVR KDGEWVLLST FLGRSLEVLF QGPGHHHHHH HHSAWSHPQF EKGGGSGGGG SGGSA WSHP QFEK |
-分子 #2: Fab 2-15 variable domain heavy chain
分子 | 名称: Fab 2-15 variable domain heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 14.008706 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: VQLVQSGAEV KKPGASVRVS CKASGYTFTG YYMHWVRQAP GQGLEWMGWI NPISDGTNYA QKFQGWVTMT RDTSISTVYM ELSRLRSDD TAVYYCARGG SRCSGGNCYG WAYDAFDIWG QGTMITV |
-分子 #3: Fab 2-15 variable domain light chain
分子 | 名称: Fab 2-15 variable domain light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 11.342411 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: SALTQPASVS GSPGQSITIS CTGTSSDVGG YNFVSWYQQH PGKAPKLMIY DVSKRPSGVS NRFSGSKSGN TASLTISGLQ AEDEADCYC SSYTSSSTFV FGTGTKVTVL G |
-分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 31 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 5.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 52.4 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 16590 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |