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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22911 | |||||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 Spike bound to Nb11 in open conformation | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.74 Å | |||||||||
データ登録者 | Schoof MS / Faust BF / Saunders RA / Sangwan S / Rezelj V / Hoppe N / Boone M / Billesboelle CB / Puchades C / Azumaya CM ...Schoof MS / Faust BF / Saunders RA / Sangwan S / Rezelj V / Hoppe N / Boone M / Billesboelle CB / Puchades C / Azumaya CM / Kratochvil HT / Zimanyi M / Desphande I / Liang J / Dickinson S / Nguyen HC / Chio CM / Merz GE / Thompson MC / Diwanji D / Schaefer K / Anand AA / Dobzinski N / Zha BS / Simoneau CR / Leon K / White KM / Chio US / Gupta M / Jin M / Li F / Liu Y / Zhang K / Bulkley D / Sun M / Smith AM / Rizo AN / Moss F / Brilot AF / Pourmal S / Trenker R / Pospiech T / Gupta S / Barsi-Rhyne B / Belyy V / Barile-Hill AW / Nock S / Krogan NJ / Ralston CY / Swaney DL / Garcia-Sastre A / Ott M / Vignuzzi M / Walter P / Manglik A / QCRG Structural Biology Consortium | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2020 タイトル: An ultrapotent synthetic nanobody neutralizes SARS-CoV-2 by stabilizing inactive Spike. 著者: Michael Schoof / Bryan Faust / Reuben A Saunders / Smriti Sangwan / Veronica Rezelj / Nick Hoppe / Morgane Boone / Christian B Billesbølle / Cristina Puchades / Caleigh M Azumaya / Huong T ...著者: Michael Schoof / Bryan Faust / Reuben A Saunders / Smriti Sangwan / Veronica Rezelj / Nick Hoppe / Morgane Boone / Christian B Billesbølle / Cristina Puchades / Caleigh M Azumaya / Huong T Kratochvil / Marcell Zimanyi / Ishan Deshpande / Jiahao Liang / Sasha Dickinson / Henry C Nguyen / Cynthia M Chio / Gregory E Merz / Michael C Thompson / Devan Diwanji / Kaitlin Schaefer / Aditya A Anand / Niv Dobzinski / Beth Shoshana Zha / Camille R Simoneau / Kristoffer Leon / Kris M White / Un Seng Chio / Meghna Gupta / Mingliang Jin / Fei Li / Yanxin Liu / Kaihua Zhang / David Bulkley / Ming Sun / Amber M Smith / Alexandrea N Rizo / Frank Moss / Axel F Brilot / Sergei Pourmal / Raphael Trenker / Thomas Pospiech / Sayan Gupta / Benjamin Barsi-Rhyne / Vladislav Belyy / Andrew W Barile-Hill / Silke Nock / Yuwei Liu / Nevan J Krogan / Corie Y Ralston / Danielle L Swaney / Adolfo García-Sastre / Melanie Ott / Marco Vignuzzi / / Peter Walter / Aashish Manglik / 要旨: The severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) virus enters host cells via an interaction between its Spike protein and the host cell receptor angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2). ...The severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) virus enters host cells via an interaction between its Spike protein and the host cell receptor angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2). By screening a yeast surface-displayed library of synthetic nanobody sequences, we developed nanobodies that disrupt the interaction between Spike and ACE2. Cryo-electron microscopy (cryo-EM) revealed that one nanobody, Nb6, binds Spike in a fully inactive conformation with its receptor binding domains locked into their inaccessible down state, incapable of binding ACE2. Affinity maturation and structure-guided design of multivalency yielded a trivalent nanobody, mNb6-tri, with femtomolar affinity for Spike and picomolar neutralization of SARS-CoV-2 infection. mNb6-tri retains function after aerosolization, lyophilization, and heat treatment, which enables aerosol-mediated delivery of this potent neutralizer directly to the airway epithelia. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22911.map.gz | 479.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22911-v30.xml emd-22911.xml | 16.8 KB 16.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_22911.png | 81.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22911 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22911 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22911_validation.pdf.gz | 377.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22911_full_validation.pdf.gz | 376.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22911_validation.xml.gz | 7.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22911 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22911 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22911.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.834 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Complex of Spike S2P glycoprotein with synthetic nanobody Nb11
全体 | 名称: Complex of Spike S2P glycoprotein with synthetic nanobody Nb11 |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of Spike S2P glycoprotein with synthetic nanobody Nb11
超分子 | 名称: Complex of Spike S2P glycoprotein with synthetic nanobody Nb11 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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-超分子 #2: Spike S2P glycoprotein
超分子 | 名称: Spike S2P glycoprotein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 組換細胞: ExpiCHO |
-超分子 #3: synthetic nanobody Nb11
超分子 | 名称: synthetic nanobody Nb11 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 4103 / 平均電子線量: 66.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |