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万見
- EMDB-22890: Plasmodium falciparum RhopH complex in soluble form -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22890
タイトルPlasmodium falciparum RhopH complex in soluble form
マップデータUnsharpened map
試料
  • 複合体: RhopH complex
    • タンパク質・ペプチド: Cytoadherence linked asexual protein 3
    • タンパク質・ペプチド: High molecular weight rhoptry protein-2
    • タンパク質・ペプチド: High molecular weight rhoptry protein 3
機能・相同性Uncharacterized protein / High molecular weight rhoptry protein-2
機能・相同性情報
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.92 Å
データ登録者Schureck MA / Darling JE / Merk A / Subramaniam S / Desai SA
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: Malaria parasites use a soluble RhopH complex for erythrocyte invasion and an integral form for nutrient uptake.
著者: Marc A Schureck / Joseph E Darling / Alan Merk / Jinfeng Shao / Geervani Daggupati / Prakash Srinivasan / Paul Dominic B Olinares / Michael P Rout / Brian T Chait / Kurt Wollenberg / Sriram ...著者: Marc A Schureck / Joseph E Darling / Alan Merk / Jinfeng Shao / Geervani Daggupati / Prakash Srinivasan / Paul Dominic B Olinares / Michael P Rout / Brian T Chait / Kurt Wollenberg / Sriram Subramaniam / Sanjay A Desai /
要旨: Malaria parasites use the RhopH complex for erythrocyte invasion and channel-mediated nutrient uptake. As the member proteins are unique to Plasmodium spp., how they interact and traffic through ...Malaria parasites use the RhopH complex for erythrocyte invasion and channel-mediated nutrient uptake. As the member proteins are unique to Plasmodium spp., how they interact and traffic through subcellular sites to serve these essential functions is unknown. We show that RhopH is synthesized as a soluble complex of CLAG3, RhopH2, and RhopH3 with 1:1:1 stoichiometry. After transfer to a new host cell, the complex crosses a vacuolar membrane surrounding the intracellular parasite and becomes integral to the erythrocyte membrane through a PTEX translocon-dependent process. We present a 2.9 Å single-particle cryo-electron microscopy structure of the trafficking complex, revealing that CLAG3 interacts with the other subunits over large surface areas. This soluble complex is tightly assembled with extensive disulfide bonding and predicted transmembrane helices shielded. We propose a large protein complex stabilized for trafficking but poised for host membrane insertion through large-scale rearrangements, paralleling smaller two-state pore-forming proteins in other organisms.
履歴
登録2020年10月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年1月13日-
マップ公開2021年1月13日-
更新2021年1月13日-
現状2021年1月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7kiy
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22890.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22890.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Unsharpened map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.84 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.01 / ムービー #1: 0.01
最小 - 最大-0.021953728 - 0.05335533
平均 (標準偏差)2.2393298e-05 (±0.001385021)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 336.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.840.840.84
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z336.000336.000336.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ300300300
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.0220.0530.000

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添付データ

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追加マップ: Sharpened map

ファイルemd_22890_additional_1.map
注釈Sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Locally sharpened map

ファイルemd_22890_additional_2.map
注釈Locally sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_22890_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_22890_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RhopH complex

全体名称: RhopH complex
要素
  • 複合体: RhopH complex
    • タンパク質・ペプチド: Cytoadherence linked asexual protein 3
    • タンパク質・ペプチド: High molecular weight rhoptry protein-2
    • タンパク質・ペプチド: High molecular weight rhoptry protein 3

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超分子 #1: RhopH complex

超分子名称: RhopH complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
分子量実験値: 434 KDa

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分子 #1: Cytoadherence linked asexual protein 3

分子名称: Cytoadherence linked asexual protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
分子量理論値: 177.069516 KDa
配列文字列: MVSFFKTPII IFFFLLCLNE KVLCSINENE NLGENKNENA NVNTPENLNK LLNEYDNIEQ LKSMIGNDEL HKNLTILEKL ILESLEKDK LKYPLLKQGT EQLIDISKFN KKNITDADDE TYIIPTVQSS FHDIVKYEHL IKEQSIEIYN SDISDKIKKK I FIVRTLKT ...文字列:
MVSFFKTPII IFFFLLCLNE KVLCSINENE NLGENKNENA NVNTPENLNK LLNEYDNIEQ LKSMIGNDEL HKNLTILEKL ILESLEKDK LKYPLLKQGT EQLIDISKFN KKNITDADDE TYIIPTVQSS FHDIVKYEHL IKEQSIEIYN SDISDKIKKK I FIVRTLKT IKLMLIPLNS YKQNNDLKSA LEELNNVFTN KEAQKESSPI GDHGTFFRKL LTHVRTIKEN EDIENKGETL IL GDNKIDV MNSNDFFFTT NSNVKFMENL DDITNQYGLG LINHLGPHLI ALGHFTVLKL ALKNYKNYFE AKSIKFFSWQ KIL EFSMSD RFKVLDMMCD HESVYYSEKK RRKTYLKVDR SNTSMECNIL EYLLHYFNKY QLEIIKTTQD TDFDLHGMME HKYI KDYFF SFMCNDPKEC IIYHTNQFKK EANEENTFPE QEEPNRQISA FNLYLNYYYF MKRYSSYGVK KTLYVHLLNL TGLLN YDTR SYVTSLYLPG YYNAVEMSFT EEKEFSKLFE SLIQCIEKCH SDQARQISKD SNLLNDITKC DLCKGAFLYS NMKFDE VPS MLQKFYLYLT KGLKIQKVSS LIKTLDIYQD YSNFLSHDIN WYTFLFLFRL TSFKEISKKN VAEAMYLNIK DEDTFNK TI VTNYWYPSPI KKYYTLYVRK HIPNNLVDEL EKLMKSGTLE KMKKSLTFLV HVNSFLQLDF FHQLNEPPLG LPRSYPLS L VLEHKFKEWM DSSPAGFYFS NYQNPYVRKD LHDKVLSQKF EPPKMNQWNK VLKSLIECAY DMYFEQRHVK NLYKYHNIY NINNKLMLMR DSIDLYKTHF DDVLFFADIF NMRKYMTATP VYKKVKDRVY HTLHSITGNS VNFYKYGIIY GFKVNKEILK EVVDELYSI YNFNTDIFTD TSFLQTVYLL FRRIEETYRT QRRDDKISVN NVFFMNVANN YSKLNKEERE IEIHNSMASR Y YAKTMFAA FQMLFSTMLS NNVDNLDKAY GLSENIQVAT STSAFLTFAY VYNGSIMDSV TNSLLPPYAK KPITQLKYGK TF VFSNYFM LASKMYDMLN YKNLSLLCEY QAVASANFYS AKKVGQFIGR KFLPITTYFL VMRISWTHAF TTGQHLIAAF DPL NTNTSP KPNGGSGIYK SPESFFFTHA LAAEASKYLF FYFFTNLYLD AYKSFPGGFG PAIKEQTQHV QEQTYERKPS VHSF NRNFF MELANGFMYA FCFFAISQMY AYFENINFYI TSNFRFLDRY YGVFNKYFIN YARIKLKEIT SDLLIKYERE AYLSM KKYG YLGEVIAARL SPKDKIMNYV HETNDDVMSN LRRYDMENAF KNKMSTYVDD FAFFDDCGKN EQFLNERCDY CPVIEE VEE TELFTTTGDK NTNKTTEIKK QTSTYIDTEK MNEADSADSD DEKDSDTPDN ELMIARFHGA GHHHHHHHHH HDYKDDD DK GLVPRGSAAA AYPYDVPDYA SAWSHPQFEK GGGSGGGSGG SAWSHPQFEK GPDRKAAVSH WQQ

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分子 #2: High molecular weight rhoptry protein-2

分子名称: High molecular weight rhoptry protein-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
分子量理論値: 162.877406 KDa
配列文字列: MIKVTIFLLL SIFSFNLYGL ELNEKVSIKY GAEQGVGSAD SNTKLCSDIL KYLYMDEYLS EGDKATFEKK CHNVIGNIRN TFSNKNTIK EGNEFLMSIL HMKSLYGNNN NNNAGSESDV TLKSLYLSLK GSQNTEGESE VPSDDEINKT IMNFVKFNKY L LDNSNDIK ...文字列:
MIKVTIFLLL SIFSFNLYGL ELNEKVSIKY GAEQGVGSAD SNTKLCSDIL KYLYMDEYLS EGDKATFEKK CHNVIGNIRN TFSNKNTIK EGNEFLMSIL HMKSLYGNNN NNNAGSESDV TLKSLYLSLK GSQNTEGESE VPSDDEINKT IMNFVKFNKY L LDNSNDIK KVHDFLVLTS QSNENLLPNK EKLFEQIVDQ IKYFDEYFFA SGGKIKVKKG YLKYNFLDIY KQPVCSAYLH LC SRYYESV SIYIRLKKVF NGIPAFLDKN CRKVKGEEFK KLMDMELKHN HIVERFDKYI ISDDLYYVNM KVFDLKNVDK IQV SKIDDI NNLNIYEHKE TMHLSAKNLS RYIDIKKELN DEKAYKQLMS AIRKYVTTLT KADSDITYFV KQLDDEEIER FLID LNFFL YNGFLRITED KHLINADDVS PSYINLYRSN NIVALYILKT QYEENKLSEY RAHKFYRRKR VSNITNDMIK KDFTQ TNAL TNLPNLDNKK TTEYYLKEYE NFVENFQPDL HDIMKLQLFF TMAFKDCNVN QNFTETSKKL WFDLLYAYDK FGWFYI HPN EVINSINKTD FVRHVLVSRN FLLKNNDQLT FLETQVAKIV EIINLSLEVD KSPDSLDFSI PMNFFNHKNG YHVMNDD KL KLLTSYEYID SIANNYFFLS EYKNDVFRTG NNFKLYFNLP NIYSLAYQLF NELAININVI TNVPLKKYLK YNASYAYF T LMNMIGKNHD IYSKGSRFVY ASYILGLVFF IESHIDIARL KPKDFFFMKQ SLPIIDHVYH KDLKTLKKNC TLLTDFMKI NKNSQNYSLT HTEEMIKILG LLTVTLWAKE GKKSVYYDDD VSLYRKLMVS CVFNGGETIQ EKLANNIEKS CDISQYGIKS KNLKDMIDI NLSIHKWNPA EIEKLAYSFV LSCKMQKLMY KPMNVEKLPL EDYYKLPLAP DMVKTYHCYK LGKQAAKLLE S IILKKKFV RFRVTDAIDV YDFFYIKKVL SSHIKKEYNE FLQDKRAFEK KELETILNNS PFSEEQTMKL INSYECHWFT SY ENFRILW MHASSNLGTG TYLKNFFSEL WQNIRFLFKS KLKIRDMEYF SGDISQMNLL DYYSPMVHSE SHCQEKMQVL FIT LRDSKE ENRSEIAQKV KSAYYQCKLD YYKNHHSDFI HRIHPNDFLN NKVYVLKQPY YLMSNVPLNN PKKVSRLFVT EGTL EYLLL DKINIPECFG PCTKLHFNKV VIKESKQRIY DMTINNALVP EIQPYNRRKY MTIYINEAYI KNIVSDALTS EEIKR HDIQ KGNIKICMGK STYLTEPILT EEHFNLTHKP VYDFSSVKHN LKVFHMKNEH LVSEDPNDDC FINYPLATIN LDISDP YKE ISEDLIKNLY ILKSS

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分子 #3: High molecular weight rhoptry protein 3

分子名称: High molecular weight rhoptry protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
分子量理論値: 104.981406 KDa
配列文字列: MRSKHLVTLF IITFLSFSTV KVWGKDVFAG FVTKKLKTLL DCNFALYYNF KGNGPDAGSF LDFVDEPEQF YWFVEHFLSV KFRVPKHLK DKNIHNFTPC LNRSWVSEFL KEYEEPFVNP VMKFLDKEQR LFFTYNFGDV EPQGKYTYFP VKEFHKYCIL P PLIKTNIK ...文字列:
MRSKHLVTLF IITFLSFSTV KVWGKDVFAG FVTKKLKTLL DCNFALYYNF KGNGPDAGSF LDFVDEPEQF YWFVEHFLSV KFRVPKHLK DKNIHNFTPC LNRSWVSEFL KEYEEPFVNP VMKFLDKEQR LFFTYNFGDV EPQGKYTYFP VKEFHKYCIL P PLIKTNIK DGESGEFLKY QLNKEEYKVF LSSVGSQMTA IKNLYSTVED EQRKQLLKVI IENESTNDIS VQCPTYNIKL HY TKECANS NNILKCIDEF LRKTCEKKTE SKHPSADLCE HLQFLFESLK NPYLDNFKKF MTNSDFTLIK PQSVWNVPIF DIY KPKNYL DSVQNLDTEC FKKLNSKNLI FLSFHDDIPN NPYYNVELQE IVKLSTYTYS IFDKLYNFFF VFKKSGAPIS PVSV KELSH NITDFSFKED NSEIQCQNVR KSLDLEVDVE TMKGIAAEKL CKIIEKFILT KDDASKPEKS DIHRGFRILC ILIST HVEA YNIVRQLLNM ESMISLTRYT SLYIHKFFKS VTLLKGNFLY KNNKAIRYSR ACSKASLHVP SVLYRRNIYI PETFLS LYL GLSNLVSSNP SSPFFEYAII EFLVTYYNKG SEKFVLYFIS IISVLYINEY YYEQLSCFYP KEFELIKSRM IHPNIVD RI LKGIDNLMKS TRYDKMRTMY LDFESSDIFS REKVFTALYN FDSFIKTNEQ LKKKNLEEIS EIPVQLETSN DGIGYRKQ D VLYETDKPQT MDEASYEETV DEDAHHVNEK QHSAHFLDAI AEKDILEEKT KDQDLEIELY KYMGPLKEQS KSTSAASTS DELAGSEGPS TESTSTGNQG EDKTTDNTYK EMEELEEAEG TSNLKKGLEF YKSSLKLDQL DKEKPKKKKS KRKKKRDSSS DRILLEESK TFTSENEL

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMTristris(hydroxymethyl)aminomethane
200.0 mMNaClsodium chloride
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293.15 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-58 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1310 / 平均露光時間: 0.4 sec. / 平均電子線量: 70.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細All cryo-EM image processing was performed in RELION 3.0.
粒子像選択選択した数: 311390
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Initial model generated using RELION.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.92 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 68216
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 97.81
得られたモデル

PDB-7kiy:
Plasmodium falciparum RhopH complex in soluble form

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る