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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22873 | |||||||||
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タイトル | Baseplate Complex for Myoviridae Phage XM1 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Myoviridae / Phage / Baseplate complex / VIRUS | |||||||||
生物種 | Vibrio phage XM1 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang Z / Klose T | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021 タイトル: Structure of Vibrio phage XM1, a simple contractile DNA injection machine 著者: Wang Z / Fokine A / Guo X / Jiang W / Rossmann MG / Kuhn RJ / Luo ZH / Klose T | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22873.map.gz | 44 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22873-v30.xml emd-22873.xml | 16.8 KB 16.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_22873_fsc.xml | 18 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_22873.png | 128.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-22873.cif.gz | 6.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22873 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22873 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22873_validation.pdf.gz | 488.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22873_full_validation.pdf.gz | 488.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22873_validation.xml.gz | 16.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_22873_validation.cif.gz | 23 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22873 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22873 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22873.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.81 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Vibrio phage XM1
全体 | 名称: Vibrio phage XM1 (ファージ) |
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要素 |
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-超分子 #1: Vibrio phage XM1
超分子 | 名称: Vibrio phage XM1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2748688 / 生物種: Vibrio phage XM1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Vibrio rotiferianus (バクテリア) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: capsid / 直径: 640.0 Å / T番号(三角分割数): 7 |
-分子 #1: tail tube protein, gp7
分子 | 名称: tail tube protein, gp7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio phage XM1 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 15.665332 KDa |
配列 | 文字列: MSVIVYRNNQ STLTLNGYTF QHLYQGAALV LTPVNAKTAR TNSINGGVSI SGRVDGGVHT LAIMVQKHSP DDKFLNDAKN SQEPVVFDG SMKRAYTESG TLKKATTTLE TGSITTQPTK TDNNQDPDDS RTYVIEFRNS VETF |
-分子 #2: baseplate wedge protein, gp17
分子 | 名称: baseplate wedge protein, gp17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio phage XM1 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 27.419787 KDa |
配列 | 文字列: MSDFLNQYLL YLIKQYYEKP KANAEAQLLI STWETYADFI ANFGNNFDID NAEGEVLDLI GRILDLSRQV NDVIPASFFG FSENPLAKG FTSLENPLRV SAPFFKLTSK VYTDYQLTDT QYRKFLKVKA AKNICSPYLA SDEKISLQQV VFDAFDGRAY V VDGKDQTL ...文字列: MSDFLNQYLL YLIKQYYEKP KANAEAQLLI STWETYADFI ANFGNNFDID NAEGEVLDLI GRILDLSRQV NDVIPASFFG FSENPLAKG FTSLENPLRV SAPFFKLTSK VYTDYQLTDT QYRKFLKVKA AKNICSPYLA SDEKISLQQV VFDAFDGRAY V VDGKDQTL RLYVSPSIDD DELRLLINLD ILPRPITFRY IIYGNAEPGV TFGFSNNPGS KSFGSLNNPS RQENGGVFAR FY NG |
-分子 #3: baseplate organization protein, gp11
分子 | 名称: baseplate organization protein, gp11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio phage XM1 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 27.675613 KDa |
配列 | 文字列: MSLVNGMVES LNNTKSETEI GIGGYRLFAR VRETVNYRNI VPTDTLEDGS SSTDDIINEP ITVSIEGVVS NLFVEERQYP QLVSRDFSA VGEITALLPA KSQQQIQRIS QIDSQIRDAV LAAERAERLA GKPYEFFGNS GNSAKTEQEK FIDFMEALYF S RRPTEVSV ...文字列: MSLVNGMVES LNNTKSETEI GIGGYRLFAR VRETVNYRNI VPTDTLEDGS SSTDDIINEP ITVSIEGVVS NLFVEERQYP QLVSRDFSA VGEITALLPA KSQQQIQRIS QIDSQIRDAV LAAERAERLA GKPYEFFGNS GNSAKTEQEK FIDFMEALYF S RRPTEVSV NFRDYKNMAL VSFIPVRDNN TKDTRFTADF QQINYSTLVY TPVSSPSKSV SGKVSDASNK GGQNPESNET GE RSLLSSL VGG |
-分子 #4: baseplate stabilizing protein, gp12
分子 | 名称: baseplate stabilizing protein, gp12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio phage XM1 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 13.733485 KDa |
配列 | 文字列: MNLIENITSE YIQTHALEFS RGFAVLTLIY EQAVQMWKMN VVYTRAGDEE PQPPIYGVKL ALSTTHIKHR NWPFDFTVID TTNNGMDPY RADDFETGRC QLYFITPEEM IQVRGVDVQ |
-分子 #5: baseplate wedge protein, gp16
分子 | 名称: baseplate wedge protein, gp16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio phage XM1 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 44.082316 KDa |
配列 | 文字列: MSLTFNENGV QTNTFSELRA LLEAGYREIY GTDIVTDQES PDGQRINLET LLRFDIESAF SWLYSNLDPD LNTGDMQQII GKLSGLVLL PASRSQWDVT INMSRAKTLP AGYTITDENN QNWFLDSDVD VLIGDNEVTF LSSLWGSISG ISGSSFTQAT P EIGVVSIS ...文字列: MSLTFNENGV QTNTFSELRA LLEAGYREIY GTDIVTDQES PDGQRINLET LLRFDIESAF SWLYSNLDPD LNTGDMQQII GKLSGLVLL PASRSQWDVT INMSRAKTLP AGYTITDENN QNWFLDSDVD VLIGDNEVTF LSSLWGSISG ISGSSFTQAT P EIGVVSIS ASADAIQGRE EETPEQFRLR RQRSTENPAQ STIGSIYAKL AQINGVTDLQ VYDNSSDTPD QITGSSNPDI LN GSEPVTI GAHTMWVVIE GGSLDDIGEV VAKHRLGNTK GSVQVSYIDT LTKPNGDDFQ IVNLHNIDRP VLGDLYVRLT ATQ KVSGSP IDTDAIKNKL SLVDFEIGQY VDADALYQQS LITNSNYNVT DLEVSLNGID WTDGRVFSGY DGKLSISTSN VTIT TVPV |
-分子 #6: tail sheath protein, gp6
分子 | 名称: tail sheath protein, gp6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio phage XM1 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 53.006762 KDa |
配列 | 文字列: MASISEVIRV SLQQEGRAIA PDNMNAVGII TGNQGVLSTA DRYRIYRTAA AVASDFGASS QESAFANTFF DTTPNPISAG GVLVIGYWR SASETVAATS ATLVSEQTSE SVLIPLLNAI NDGSFTITVD GGTEQEVTAL DFTGVSELSE VATILNSAIT G ATVSEDNG ...文字列: MASISEVIRV SLQQEGRAIA PDNMNAVGII TGNQGVLSTA DRYRIYRTAA AVASDFGASS QESAFANTFF DTTPNPISAG GVLVIGYWR SASETVAATS ATLVSEQTSE SVLIPLLNAI NDGSFTITVD GGTEQEVTAL DFTGVSELSE VATILNSAIT G ATVSEDNG YFKVTSSTTG ATSLLSYLGV ATSGTDISAV LGMNSESGAV LTQGTDQVVL PAETKLEGIT AIKSEVNIKG AM FIDQILD ADIPGIASFA GANNMLVYEV FDTGYLSKNV SNPVWAVKLA GQSNFRCLLS KSGNRKFAAT YMARMHTVLF SGQ NTAITM QLKELSVTAE EYTDTEIANA KTVGLDLLTT IKNEQALLTS GANDFCDNVY NLEAFRDEIQ TNNYNLLKTT STKI PQTDP GMDTIEDDTE KTCEKYVRNG VFAPGTWTRS DFFGDRQQFV DAIAQKGYYV LIGDLADQTT AERQSRVSPV IQIAV KNAG AVHEEDIIIS VNL |
-分子 #7: tail sheath initiator protein, gp15
分子 | 名称: tail sheath initiator protein, gp15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio phage XM1 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 13.392063 KDa |
配列 | 文字列: MRVRTLDDNG DWTFGRGKAD YITSKKAIAQ TVSTRIKSWA NDNPLAMNAN IDWKDLLGRK GTEDTILREI ERVVVQTDGV IRVTELEVI KTEKRVQSIL LSYDTIYDDS ETLEINDL |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-16 (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 25.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-7kh1: |