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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2287
タイトルHuman TFIID binds to core promoter DNA in a reorganized structural state
マップデータ3D reconstruction of canonical conformation of human TFIID at 35A
試料
  • 試料: holo-TFIID (canonical)
  • タンパク質・ペプチド: Transcription factor II-D
キーワードTFIID / transcription / cryo-electron microscopy / TFIIA / core promoter / RNA polymerase II
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 35.0 Å
データ登録者Cianfrocco MA / Kassavetis GA / Grob P / Fang J / Juven-Gershon T / Kadonaga JT / Nogales E
引用ジャーナル: Cell / 年: 2013
タイトル: Human TFIID binds to core promoter DNA in a reorganized structural state.
著者: Michael A Cianfrocco / George A Kassavetis / Patricia Grob / Jie Fang / Tamar Juven-Gershon / James T Kadonaga / Eva Nogales /
要旨: A mechanistic description of metazoan transcription is essential for understanding the molecular processes that govern cellular decisions. To provide structural insights into the DNA recognition step ...A mechanistic description of metazoan transcription is essential for understanding the molecular processes that govern cellular decisions. To provide structural insights into the DNA recognition step of transcription initiation, we used single-particle electron microscopy (EM) to visualize human TFIID with promoter DNA. This analysis revealed that TFIID coexists in two predominant and distinct structural states that differ by a 100 Å translocation of TFIID's lobe A. The transition between these structural states is modulated by TFIIA, as the presence of TFIIA and promoter DNA facilitates the formation of a rearranged state of TFIID that enables promoter recognition and binding. DNA labeling and footprinting, together with cryo-EM studies, were used to map the locations of TATA, Initiator (Inr), motif ten element (MTE), and downstream core promoter element (DPE) promoter motifs within the TFIID-TFIIA-DNA structure. The existence of two structurally and functionally distinct forms of TFIID suggests that the different conformers may serve as specific targets for the action of regulatory factors.
履歴
登録2013年1月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年2月27日-
マップ公開2013年3月13日-
更新2013年3月13日-
現状2013年3月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.128
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.128
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2287.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2287.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D reconstruction of canonical conformation of human TFIID at 35A
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.48 Å/pix.
x 100 pix.
= 548. Å		5.48 Å/pix.
x 100 pix.
= 548. Å		5.48 Å/pix.
x 100 pix.
= 548. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.48 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.128 / ムービー #1: 0.128
最小 - 最大-0.11331073 - 0.71249753
平均 (標準偏差)-0.00527385 (±0.03242635)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 548.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.485.485.48
M x/y/z100100100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z548.000548.000548.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-36-30-80
NX/NY/NZ7361161
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS100100100
D min/max/mean-0.1130.712-0.005

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : holo-TFIID (canonical)

全体名称: holo-TFIID (canonical)
要素
  • 試料: holo-TFIID (canonical)
  • タンパク質・ペプチド: Transcription factor II-D

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超分子 #1000: holo-TFIID (canonical)

超分子名称: holo-TFIID (canonical) / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量実験値: 1.3 MDa / 理論値: 1.3 MDa

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分子 #1: Transcription factor II-D

分子名称: Transcription factor II-D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: TFIID / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HeLa / 別称: Human / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: Nucleus
分子量実験値: 1.3 MDa / 理論値: 1.3 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.8
詳細: 20 mM HEPES pH 7.8, 0.2 mM EDTA, 4 mM MgCl2, ~1% glycerol, 1 mM DTT, 3% trehalose, 50 mM KCl, 0.05% NP-40,
グリッド詳細: 400 mesh copper grid on C-flat support carbon with a thin carbon support over 4 um holes space 2 um apart.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK II
手法: Sample was incubated on grid for 30 seconds before blotting 6.5s at -1 offset. The grid was washed in 4 ul buffer to blot again for 6.5 s at -1 offset prior to plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective and condenser lens astigmatism was corrected at 80,000 times magnification
日付2012年1月31日
撮影カテゴリ: FILM
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - スキャナー: OTHER / 実像数: 494 / 平均電子線量: 25 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 10500 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 倍率（公称値）: 80000
試料ステージ試料ホルダー: Gatan 626 liquid nitrogen cooled / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particles were prepared within the APPION processing environment. The particles were automatically selected using Signature and extracted from phase flipped micrographs using values calculated by CTFFIND3. After projection matching within EMAN2/Sparx, the final map was further refined in FREALIGN
CTF補正詳細: Per micrograph for phase flipping, per particles for refinement in FREALIGN
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 35.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Sparx, EMAN2, FREALIGN / 使用した粒子像数: 11898

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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