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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22680 | |||||||||
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タイトル | Structure of T7 DNA ejectosome periplasmic tunnel | |||||||||
![]() | Post-process map from Relion-3.0 | |||||||||
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![]() | T7 / ejectosome / ejection protein / genome-delivery / podoviridae / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() symbiont genome ejection through host cell envelope / host cell periplasmic space / : / symbiont entry into host cell via disruption of host cell wall peptidoglycan / lytic transglycosylase activity / symbiont genome ejection through host cell envelope, short tail mechanism / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / peptidoglycan metabolic process / symbiont entry into host / virion component ...symbiont genome ejection through host cell envelope / host cell periplasmic space / : / symbiont entry into host cell via disruption of host cell wall peptidoglycan / lytic transglycosylase activity / symbiont genome ejection through host cell envelope, short tail mechanism / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / peptidoglycan metabolic process / symbiont entry into host / virion component / killing of cells of another organism / hydrolase activity / defense response to bacterium / host cell plasma membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
![]() | Swanson N / Cingolani G | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of the periplasmic tunnel of T7 DNA-ejectosome at 2.7 Å resolution. 著者: Nicholas A Swanson / Ravi K Lokareddy / Fenglin Li / Chun-Feng David Hou / Sebastian Leptihn / Mikhail Pavlenok / Michael Niederweis / Ruth A Pumroy / Vera Y Moiseenkova-Bell / Gino Cingolani / ![]() ![]() 要旨: Hershey and Chase used bacteriophage T2 genome delivery inside Escherichia coli to demonstrate that DNA, not protein, is the genetic material. Seventy years later, our understanding of viral genome ...Hershey and Chase used bacteriophage T2 genome delivery inside Escherichia coli to demonstrate that DNA, not protein, is the genetic material. Seventy years later, our understanding of viral genome delivery in prokaryotes remains limited, especially for short-tailed phages of the Podoviridae family. These viruses expel mysterious ejection proteins found inside the capsid to form a DNA-ejectosome for genome delivery into bacteria. Here, we reconstitute the phage T7 DNA-ejectosome components gp14, gp15, and gp16 and solve the periplasmic tunnel structure at 2.7 Å resolution. We find that gp14 forms an outer membrane pore, gp15 assembles into a 210 Å hexameric DNA tube spanning the host periplasm, and gp16 extends into the host cytoplasm forming a ∼4,200 residue hub. Gp16 promotes gp15 oligomerization, coordinating peptidoglycan hydrolysis, DNA binding, and lipid insertion. The reconstituted gp15:gp16 complex lacks channel-forming activity, suggesting that the pore for DNA passage forms only transiently during genome ejection. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 156.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 18 KB 18 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 124 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 7.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Post-process map from Relion-3.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Multisubunit T7 DNA ejectosome periplasmic tunnel with 6x copies ...
全体 | 名称: Multisubunit T7 DNA ejectosome periplasmic tunnel with 6x copies of Gp15 and 6x copies of Gp16 |
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要素 |
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-超分子 #1: Multisubunit T7 DNA ejectosome periplasmic tunnel with 6x copies ...
超分子 | 名称: Multisubunit T7 DNA ejectosome periplasmic tunnel with 6x copies of Gp15 and 6x copies of Gp16 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 590 KDa |
-分子 #1: Internal virion protein gp15
分子 | 名称: Internal virion protein gp15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 84.454008 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSKIESALQA AQPGLSRLRG GAGGMGYRAA TTQAEQPRSS LLDTIGRFAK AGADMYTAKE QRARDLADER SNEIIRKLTP EQRREALNN GTLLYQDDPY AMEALRVKTG RNAAYLVDDD VMQKIKEGVF RTREEMEEYR HSRLQEGAKV YAEQFGIDPE D VDYQRGFN ...文字列: MSKIESALQA AQPGLSRLRG GAGGMGYRAA TTQAEQPRSS LLDTIGRFAK AGADMYTAKE QRARDLADER SNEIIRKLTP EQRREALNN GTLLYQDDPY AMEALRVKTG RNAAYLVDDD VMQKIKEGVF RTREEMEEYR HSRLQEGAKV YAEQFGIDPE D VDYQRGFN GDITERNISL YGAHDNFLSQ QAQKGAIMNS RVELNGVLQD PDMLRRPDSA DFFEKYIDNG LVTGAIPSDA QA TQLISQA FSDASSRAGG ADFLMRVGDK KVTLNGATTT YRELIGEEQW NALMVTAQRS QFETDAKLNE QYRLKINSAL NQE DPRTAW EMLQGIKAEL DKVQPDEQMT PQREWLISAQ EQVQNQMNAW TKAQAKALDD SMKSMNKLDV IDKQFQKRIN GEWV STDFK DMPVNENTGE FKHSDMVNYA NKKLAEIDSM DIPDGAKDAM KLKYLQADSK DGAFRTAIGT MVTDAGQEWS AAVIN GKLP ERTPAMDALR RIRNADPQLI AALYPDQAEL FLTMDMMDKQ GIDPQVILDA DRLTVKRSKE QRFEDDKAFE SALNAS KAP EIARMPASLR ESARKIYDSV KYRSGNESMA MEQMTKFLKE STYTFTGDDV DGDTVGVIPK NMMQVNSDPK SWEQGRD IL EEARKGIIAS NPWITNKQLT MYSQGDSIYL MDTTGQVRVR YDKELLSKVW SENQKKLEEK AREKALADVN KRAPIVAA T KAREAAAKRV REKRKQTPKF IYGRKE UniProtKB: Internal virion protein gp15 |
-分子 #2: Peptidoglycan transglycosylase gp16
分子 | 名称: Peptidoglycan transglycosylase gp16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO EC番号: 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 144.028219 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MDKYDKNVPS DYDGLFQKAA DANGVSYDLL RKVAWTESRF VPTAKSKTGP LGMMQFTKAT AKALGLRVTD GPDDDRLNPE LAINAAAKQ LAGLVGKFDG DELKAALAYN QGEGRLGNPQ LEAYSKGDFA SISEEGRNYM RNLLDVAKSP MAGQLETFGG I TPKGKGIP ...文字列: MDKYDKNVPS DYDGLFQKAA DANGVSYDLL RKVAWTESRF VPTAKSKTGP LGMMQFTKAT AKALGLRVTD GPDDDRLNPE LAINAAAKQ LAGLVGKFDG DELKAALAYN QGEGRLGNPQ LEAYSKGDFA SISEEGRNYM RNLLDVAKSP MAGQLETFGG I TPKGKGIP AEVGLAGIGH KQKVTQELPE STSFDVKGIE QEATAKPFAK DFWETHGETL DEYNSRSTFF GFKNAAEAEL SN SVAGMAF RAGRLDNGFD VFKDTITPTR WNSHIWTPEE LEKIRTEVKN PAYINVVTGG SPENLDDLIK LANENFENDS RAA EAGLGA KLSAGIIGAG VDPLSYVPMV GVTGKGFKLI NKALVVGAES AALNVASEGL RTSVAGGDAD YAGAALGGFV FGAG MSAIS DAVAAGLKRS KPEAEFDNEF IGPMMRLEAR ETARNANSAD LSRMNTENMK FEGEHNGVPY EDLPTERGAV VLHDG SVLS ASNPINPKTL KEFSEVDPEK AARGIKLAGF TEIGLKTLGS DDADIRRVAI DLVRSPTGMQ SGASGKFGAT ASDIHE RLH GTDQRTYNDL YKAMSDAMKD PEFSTGGAKM SREETRYTIY RRAALAIERP ELQKALTPSE RIVMDIIKRH FDTKREL ME NPAIFGNTKA VSIFPESRHK GTYVPHVYDR HAKALMIQRY GAEGLQEGIA RSWMNSYVSR PEVKARVDEM LKELHGVK E VTPEMVEKYA MDKAYGISHS DQFTNSSIIE ENIEGLVGIE NNSFLEARNL FDSDLSITMP DGQQFSVNDL RDFDMFRIM PAYDRRVNGD IAIMGSTGKT TKELKDEILA LKAKAEGDGK KTGEVHALMD TVKILTGRAR RNQDTVWETS LRAINDLGFF AKNAYMGAQ NITEIAGMIV TGNVRALGHG IPILRDTLYK SKPVSAKELK ELHASLFGKE VDQLIRPKRA DIVQRLREAT D TGPAVANI VGTLKYSTQE LAARSPWTKL LNGTTNYLLD AARQGMLGDV ISATLTGKTT RWEKEGFLRG ASVTPEQMAG IK SLIKEHM VRGEDGKFTV KDKQAFSMDP RAMDLWRLAD KVADEAMLRP HKVSLQDSHA FGALGKMVMQ FKSFTIKSLN SKF LRTFYD GYKNNRAIDA ALSIITSMGL AGGFYAMAAH VKAYALPKEK RKEYLERALD PTMIAHAALS RSSQLGAPLA MVDL VGGVL GFESSKMARS TILPKDTVKE RDPNKPYTSR EVMGAMGSNL LEQMPSAGFV ANVGATLMNA AGVVNSPNKA TEQDF MTGL MNSTKELVPN DPLTQQLVLK IYEANGVNLR ERRK UniProtKB: Peptidoglycan transglycosylase gp16 |
-分子 #3: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 219 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 2.2 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8.5 構成要素:
詳細: Solutions were made fresh and filtered. | ||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 120 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.03 kPa | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 6 seconds before plunging. | ||||||||||||
詳細 | This sample was monodisperse, but high concentration. Some preferred orientation. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8601 / 平均露光時間: 3.4 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 45.1 / 当てはまり具合の基準: 0.92 |
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得られたモデル | ![]() PDB-7k5c: |