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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22596 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Focused cryo-EM map of rabbit RyR1 central and transmembrane domains in the presence of Mg2+ and AMP-PCP in nanodisc | |||||||||||||||||||||
マップデータ | Masked full map | |||||||||||||||||||||
試料 |
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生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / rabbit (ウサギ) | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Nayak AR / Samso M | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 6件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Molecular Mechanism of Inhibition of RyR1 by Magnesium 著者: Nayak AR / Will AH / Hartmann PC / Lobo JJ / Rangubpit W / Sompornpisut P / Samso M | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22596.map.gz | 9.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22596-v30.xml emd-22596.xml | 25.1 KB 25.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_22596_fsc.xml | 12.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_22596.png | 166.8 KB | ||
マスクデータ | emd_22596_msk_1.map | 166.4 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_22596_additional_1.map.gz emd_22596_additional_2.map.gz emd_22596_half_map_1.map.gz emd_22596_half_map_2.map.gz | 127.3 MB 127.2 MB 8.3 MB 8.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22596 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22596 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22596_validation.pdf.gz | 430.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22596_full_validation.pdf.gz | 430.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22596_validation.xml.gz | 20 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_22596_validation.cif.gz | 26 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22596 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22596 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22596.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Masked full map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.36 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_22596_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unfiltered and unmasked half map1 up to Nyquist frequency
ファイル | emd_22596_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unfiltered and unmasked half map1 up to Nyquist frequency | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unfiltered and unmasked half map2 up to Nyquist frequency
ファイル | emd_22596_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Unfiltered and unmasked half map2 up to Nyquist frequency | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Masked half map1
ファイル | emd_22596_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Masked half map1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Masked half map2
ファイル | emd_22596_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Masked half map2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Rabbit RyR1 with Mg2+ and AMP-PCP
全体 | 名称: Rabbit RyR1 with Mg2+ and AMP-PCP |
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要素 |
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-超分子 #1: Rabbit RyR1 with Mg2+ and AMP-PCP
超分子 | 名称: Rabbit RyR1 with Mg2+ and AMP-PCP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Purified RyR1 was reconstituted with membrane scaffold protein, MSP1E3D1, and POPC. |
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由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 株: New Zealand White / 器官: Skeletal Muscle / Organelle: Sarcoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Sarcoplasmic Reticulum membrane |
分子量 | 実験値: 2.26 MDa |
-分子 #1: RyR1
分子 | 名称: RyR1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: Rabbit RyR1 corresponding to amino acid sequence 3668-5037 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: rabbit (ウサギ) / 株: New Zealand White / 器官: skeletal muscle |
配列 | 文字列: SFEDRMIDDL SKAGEQEEEE EEVEEKKPDP LHQLVLHFSR TALTEKSKLD EDYLYMAYAD IMAKSCHLEE GGENEEVEV SFEEKEMEKQ RLLYQQSRLH TRGAAEMVLQ MISACKGETG AMVSSTLKLG ISILNGGNAE V QQKMLDYL KDKKEVGFFQ SIQALMQTCS ...文字列: SFEDRMIDDL SKAGEQEEEE EEVEEKKPDP LHQLVLHFSR TALTEKSKLD EDYLYMAYAD IMAKSCHLEE GGENEEVEV SFEEKEMEKQ RLLYQQSRLH TRGAAEMVLQ MISACKGETG AMVSSTLKLG ISILNGGNAE V QQKMLDYL KDKKEVGFFQ SIQALMQTCS VLDLNAFERQ NKAEGLGMVN EDGTVINRQN GEKVMADDEF TQ DLFRFLQ LLCEGHNNDF QNYLRTQTGN TTTINIIICT VDYLLRLQES ISDFYWYYSG KDVIEEQGKR NFS KAMSVA KQVFNSLTEY IQGPCTGNQQ SLAHSRLWDA VVGFLHVFAH MMMKLAQDSS QIELLKELLD LQKD MVVML LSLLEGNVVN GMIARQMVDM LVESSSNVEM ILKFFDMFLK LKDIVGSEAF QDYVTDPRGL ISKKD FQKA MDSQKQFTGP EIQFLLSCSE ADENEMINFE EFANRFQEPA RDIGFNVAVL LTNLSEHV P HDPRLRNFLE LAESILEYFR PYLGRAEIMG ASRRIERIYF EISETNRAQW EMPQVKESKR QFIFDVVNE GGEAEKMELF VSFCEDTIFE MQIAAQISEF WGELEVQRVK FLNYLSRNFY TLRFLALFLA FAINFILLF YKVSDSPPAN MVYYFLEEST GYMEPALWCL SLLHTLVAFL CIIGYNCLKV PLVIFKREKE LARKLEFDGL YITEQPGDD DVKGQWDRLV LNTPSFPSNY WDKFVKRKVL DKHGDIFGRE RIAELLGMDL ASLEITAHNE R KPDPPPGL LTWLMSIDVK YQIWKFGVIF TDNSFLYLGW YMVMSLLGHY NNFFFAAHLL DIAMGVKTLR TI LSSVTHN GKQLVMTVGL LAVVVYLYTV VAFNFFRKFY NKSEDEDEPD MKCDDMMTCY LFHMYVGVRA GGG IGDEIE DPAGDEYELY RVVFDITFFF FVIVILLAII QGLIIDAFGE LRDQQEQVKE DMETKCFICG IGSD YFDTT PHGFETHTLE EHNLANYMFF LMYLINKDET EHTGQESYVW KMYQERCWDF FPAGDCFRKQ YEDQL S |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4.2 mg/mL | |||||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat-2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR | |||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: Sample was blotted for 1 second on both sides with Whatman hardened ashless filter paper with blot force 2.. | |||||||||||||||||||||
詳細 | Purified RyR1 was reconstituted with membrane scaffold protein, MSP1E3D1, and POPC in 1:2:50 molar ratio. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 3371 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |