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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22590 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM map of the stacked nonameric EscV cytosolic domain from the type III secretion system | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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生物種 | Escherichia coli O127:H6 str. E2348/69 (大腸菌) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Majewski DD / Lyons BJE / Atkinson CE / Strynadka NCJ | ||||||||||||
資金援助 | カナダ, 3件
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引用 | ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2020 タイトル: Cryo-EM analysis of the SctV cytosolic domain from the enteropathogenic E. coli T3SS injectisome. 著者: Dorothy D Majewski / Bronwyn J E Lyons / Claire E Atkinson / Natalie C J Strynadka / 要旨: The bacterial injectisome and flagella both rely on type III secretion systems for their assembly. The syringe-like injectisome creates a continuous channel between the bacterium and the host cell, ...The bacterial injectisome and flagella both rely on type III secretion systems for their assembly. The syringe-like injectisome creates a continuous channel between the bacterium and the host cell, through which signal-modulating effector proteins are secreted. The inner membrane pore protein SctV controls the hierarchy of substrate selection and may also be involved in energizing secretion. We present the 4.7 Å cryo-EM structure of the SctV cytosolic domain (SctV) from the enteropathogenic Escherichia coli injectisome. SctV forms a nonameric ring with primarily electrostatic interactions between its subunits. Molecular dynamics simulations show that monomeric SctV maintains a closed conformation, in contrast with previous studies on flagellar homologue FlhA. Comparison with substrate-bound homologues suggest that a conformational change would be required to accommodate binding partners. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22590.map.gz | 15.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22590-v30.xml emd-22590.xml | 10.4 KB 10.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_22590_fsc.xml | 11.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_22590.png | 86.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22590 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22590 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22590_validation.pdf.gz | 78.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22590_full_validation.pdf.gz | 77.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22590_validation.xml.gz | 493 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22590 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22590 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22590.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.852 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : EscV Cytosolic Nonamer Ring
全体 | 名称: EscV Cytosolic Nonamer Ring |
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要素 |
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-超分子 #1: EscV Cytosolic Nonamer Ring
超分子 | 名称: EscV Cytosolic Nonamer Ring / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli O127:H6 str. E2348/69 (大腸菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 350 KDa |
-分子 #1: EscV
分子 | 名称: EscV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli O127:H6 str. E2348/69 (大腸菌) |
配列 | 文字列: GSHMADLSNS QNISPGAEPL ILNLSSNIYS SDITQQIEVM RWNFFEESGI PLPKIIVNPV KNNDSAIEFL LYQESIYKDT LIDDTVYFEA GHAEISFEFV QEKLSTNSIV YKTNKTNQQL AHLTGMDVYA TTNDKITFLL KKLVLSNAKE FIGVQETRYL MDIMERKYNE ...文字列: GSHMADLSNS QNISPGAEPL ILNLSSNIYS SDITQQIEVM RWNFFEESGI PLPKIIVNPV KNNDSAIEFL LYQESIYKDT LIDDTVYFEA GHAEISFEFV QEKLSTNSIV YKTNKTNQQL AHLTGMDVYA TTNDKITFLL KKLVLSNAKE FIGVQETRYL MDIMERKYNE LVKELQRQLG LSKIVDILQR LVEENVSIRD LRTIFETLIF WSTKEKDVVI LCEYVRIALR RHILGRYSVS GTLLNVWLIG SDIENELRES IRQTSSGSYL NISPERTEQI IGFLKNIMNP TGNGVILTAL DIRRYVKKMI EGSFPSVPVL SFQEVGNNIE LKVLGTVNDF RA |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |