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- EMDB-22581: Cryo-EM structure of the BRCA1-UbcH5c/BARD1 E3-E2 module bound to... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22581
タイトルCryo-EM structure of the BRCA1-UbcH5c/BARD1 E3-E2 module bound to a nucleosome
マップデータBRCA1-UbcH5c/BARD1 E3-E2 module bound to the nucleosome core particle
試料
  • 複合体: BRCA1-UbcH5c/BARD1 E3-E2 module bound to nucleosome core particle
    • 複合体: BRCA1-UbcH5c/BARD1 E3-E2 module
      • タンパク質・ペプチド: BRCA1,Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3
      • タンパク質・ペプチド: BRCA1-associated RING domain protein 1
    • 複合体: Nucleosome core particle
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 2-A
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-K
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3.2
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
      • DNA: Widom 601 153-bp
      • DNA: Widom 601 153-bp
  • リガンド: ZINC ION
キーワードComplex / Ubiquitin / Nucleosome / RING / ligase / LIGASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mRNA 3'-end processing / Defective DNA double strand break response due to BRCA1 loss of function / Defective DNA double strand break response due to BARD1 loss of function / BRCA1-BARD1 complex / BRCA1-C complex / BRCA1-B complex / BRCA1-A complex / random inactivation of X chromosome / negative regulation of centriole replication / sex-chromosome dosage compensation ...negative regulation of mRNA 3'-end processing / Defective DNA double strand break response due to BRCA1 loss of function / Defective DNA double strand break response due to BARD1 loss of function / BRCA1-BARD1 complex / BRCA1-C complex / BRCA1-B complex / BRCA1-A complex / random inactivation of X chromosome / negative regulation of centriole replication / sex-chromosome dosage compensation / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / gamma-tubulin ring complex / nuclear ubiquitin ligase complex / DNA strand resection involved in replication fork processing / chordate embryonic development / cellular response to indole-3-methanol / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / homologous recombination / lateral element / tissue homeostasis / Signaling by BMP / protein K6-linked ubiquitination / regulation of DNA damage checkpoint / regulation of phosphorylation / protein K11-linked ubiquitination / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / XY body / mitotic G2/M transition checkpoint / negative regulation of protein export from nucleus / postreplication repair / DNA repair complex / RNA polymerase binding / centrosome cycle / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / intracellular non-membrane-bounded organelle / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / DNA-binding transcription activator activity / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / response to ionizing radiation / Transcriptional Regulation by E2F6 / protein monoubiquitination / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / ubiquitin conjugating enzyme activity / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / negative regulation of cell cycle / negative regulation of BMP signaling pathway / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / negative regulation of megakaryocyte differentiation / localization / protein localization to CENP-A containing chromatin / protein autoubiquitination / protein K48-linked ubiquitination / Chromatin modifying enzymes / regulation of DNA repair / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / heterochromatin organization / Packaging Of Telomere Ends / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / ubiquitin ligase complex / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / nucleosomal DNA binding / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Inhibition of DNA recombination at telomere / Meiotic synapsis / positive regulation of DNA repair / telomere organization / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / tubulin binding / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / SUMOylation of chromatin organization proteins / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HCMV Late Events / PRC2 methylates histones and DNA / innate immune response in mucosa / male germ cell nucleus / Defective pyroptosis / chromosome segregation / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling
類似検索 - 分子機能
BARD1, Zinc finger, RING-type / zf-RING of BARD1-type protein / Breast cancer type 1 susceptibility protein (BRCA1) / BRCA1, serine-rich domain / BRCA1-associated / Serine-rich domain associated with BRCT / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. ...BARD1, Zinc finger, RING-type / zf-RING of BARD1-type protein / Breast cancer type 1 susceptibility protein (BRCA1) / BRCA1, serine-rich domain / BRCA1-associated / Serine-rich domain associated with BRCT / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / breast cancer carboxy-terminal domain / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Ring finger / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Ankyrin repeats (3 copies) / Histone H3 signature 1. / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Truncated breast and ovarian cancer susceptibility protein 1 / Histone H2B type 1-K / Breast cancer type 1 susceptibility protein / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3 / Histone H4 / Histone H2A type 2-A / Histone H3.2 / BRCA1-associated RING domain protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Witus SR / Burrell AL / Hansen JM / Farrell DP / Dimaio F / Kollman JM / Klevit RE
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM088055 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2021
タイトル: BRCA1/BARD1 site-specific ubiquitylation of nucleosomal H2A is directed by BARD1.
著者: Samuel R Witus / Anika L Burrell / Daniel P Farrell / Jianming Kang / Meiling Wang / Jesse M Hansen / Alex Pravat / Lisa M Tuttle / Mikaela D Stewart / Peter S Brzovic / Champak Chatterjee / ...著者: Samuel R Witus / Anika L Burrell / Daniel P Farrell / Jianming Kang / Meiling Wang / Jesse M Hansen / Alex Pravat / Lisa M Tuttle / Mikaela D Stewart / Peter S Brzovic / Champak Chatterjee / Weixing Zhao / Frank DiMaio / Justin M Kollman / Rachel E Klevit /
要旨: Mutations in the E3 ubiquitin ligase RING domains of BRCA1/BARD1 predispose carriers to breast and ovarian cancers. We present the structure of the BRCA1/BARD1 RING heterodimer with the E2 enzyme ...Mutations in the E3 ubiquitin ligase RING domains of BRCA1/BARD1 predispose carriers to breast and ovarian cancers. We present the structure of the BRCA1/BARD1 RING heterodimer with the E2 enzyme UbcH5c bound to its cellular target, the nucleosome, along with biochemical data that explain how the complex selectively ubiquitylates lysines 125, 127 and 129 in the flexible C-terminal tail of H2A in a fully human system. The structure reveals that a novel BARD1-histone interface couples to a repositioning of UbcH5c compared to the structurally similar PRC1 E3 ligase Ring1b/Bmi1 that ubiquitylates H2A Lys119 in nucleosomes. This interface is sensitive to both H3 Lys79 methylation status and mutations found in individuals with cancer. Furthermore, NMR reveals an unexpected mode of E3-mediated substrate regulation through modulation of dynamics in the C-terminal tail of H2A. Our findings provide insight into how E3 ligases preferentially target nearby lysine residues in nucleosomes by a steric occlusion and distancing mechanism.
履歴
登録2020年9月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年2月17日-
マップ公開2021年2月17日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7jzv
  • 表面レベル: 0.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22581.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22581.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈BRCA1-UbcH5c/BARD1 E3-E2 module bound to the nucleosome core particle
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.7 / ムービー #1: 0.8
最小 - 最大-11.7770815 - 14.925698000000001
平均 (標準偏差)-0.000000000000861 (±0.341186)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 268.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.051.051.05
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z268.800268.800268.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ256256256
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-11.77714.926-0.000

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_22581_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_22581_half_map_1.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_22581_half_map_2.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

+
全体 : BRCA1-UbcH5c/BARD1 E3-E2 module bound to nucleosome core particle

全体名称: BRCA1-UbcH5c/BARD1 E3-E2 module bound to nucleosome core particle
要素
  • 複合体: BRCA1-UbcH5c/BARD1 E3-E2 module bound to nucleosome core particle
    • 複合体: BRCA1-UbcH5c/BARD1 E3-E2 module
      • タンパク質・ペプチド: BRCA1,Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3
      • タンパク質・ペプチド: BRCA1-associated RING domain protein 1
    • 複合体: Nucleosome core particle
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 2-A
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-K
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3.2
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
      • DNA: Widom 601 153-bp
      • DNA: Widom 601 153-bp
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: BRCA1-UbcH5c/BARD1 E3-E2 module bound to nucleosome core particle

超分子名称: BRCA1-UbcH5c/BARD1 E3-E2 module bound to nucleosome core particle
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 200 KDa

+
超分子 #2: BRCA1-UbcH5c/BARD1 E3-E2 module

超分子名称: BRCA1-UbcH5c/BARD1 E3-E2 module / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: Nucleosome core particle

超分子名称: Nucleosome core particle / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#8
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: BRCA1,Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3

分子名称: BRCA1,Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: E2 ubiquitin-conjugating enzyme
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.974465 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GPDLSALRVE EVQNVINAMQ KILECPICLE LIKEPVSTKC DHIFCKFCML KLLNQKKGPS QCPLCKNDIT KRSLQESTRF SQLVEELLK IICAFQLDTG LEYANSGSGS GSGALKRINK ELSDLARDPP AQCSAGPVGD DMFHWQATIM GPNDSPYQGG V FFLTIHFP ...文字列:
GPDLSALRVE EVQNVINAMQ KILECPICLE LIKEPVSTKC DHIFCKFCML KLLNQKKGPS QCPLCKNDIT KRSLQESTRF SQLVEELLK IICAFQLDTG LEYANSGSGS GSGALKRINK ELSDLARDPP AQCSAGPVGD DMFHWQATIM GPNDSPYQGG V FFLTIHFP TDYPFKPPKV AFTTRIYHPN INSNGSIKLD ILRSQWSPAL TISKVLLSIC SLLCDPNPDD PLVPEIARIY KT DRDKYNR ISREWTQKYA M

UniProtKB: Truncated breast and ovarian cancer susceptibility protein 1, Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3

+
分子 #2: BRCA1-associated RING domain protein 1

分子名称: BRCA1-associated RING domain protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RING-type E3 ubiquitin transferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.983018 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MEPDGRGAWA HSRAALDRLE KLLRCSRCTN ILREPVCLGG CEHIFCSNCV SDCIGTGCPV CYTPAWIQDL KINRQLDSMI QLCSKLRNL LHDNELSDLK EDKPRKSLFN DAGNKK

UniProtKB: BRCA1-associated RING domain protein 1

+
分子 #3: Histone H2A type 2-A

分子名称: Histone H2A type 2-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.310728 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
GAMGSGRGKQ GGKARAKAKS RSSRAGLQFP VGRVHRLLRK GNYAERVGAG APVYMAAVLE YLTAEILELA GNAARDNKKT RIIPRHLQL AIRNDEELNK LLGKVTIAQG GVLPNIQAVL LPKKTESHHK AKGK

UniProtKB: Histone H2A type 2-A

+
分子 #4: Histone H2B type 1-K

分子名称: Histone H2B type 1-K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.790018 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
PEPAKSAPAP KKGSKKAVTK AQKKDGKKRK RSRKESYSVY VYKVLKQVHP DTGISSKAMG IMNSFVNDIF ERIAGEASRL AHYNKRSTI TSREIQTAVR LLLPGELAKH AVSEGTKAVT KYTSAK

UniProtKB: Histone H2B type 1-K

+
分子 #5: Histone H3.2

分子名称: Histone H3.2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.257838 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
ARTKQTARKS TGGKAPRKQL ATKAARKSAP ATGGVKKPHR YRPGTVALRE IRRYQKSTEL LIRKLPFQRL VREIAQDFKT DLRFQSSAV MALQEASEAY LVGLFEDTNL AAIHAKRVTI MPKDIQLARR IRGERA

UniProtKB: Histone H3.2

+
分子 #6: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.263231 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
SGRGKGGKGL GKGGAKRHRK VLRDNIQGIT KPAIRRLARR GGVKRISGLI YEETRGVLKV FLENVIRDAV TYTEHAKRKT VTAMDVVYA LKRQGRTLYG FGG

UniProtKB: Histone H4

+
分子 #7: Widom 601 153-bp

分子名称: Widom 601 153-bp / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 47.457234 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT) (DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT) (DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC) (DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA) (DG) (DG)(DG)(DA)(DG)(DT) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT) (DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT) (DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC) (DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA) (DG) (DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT) (DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG) (DG)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG) (DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG) (DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT) (DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC) (DG)(DG)(DT)(DG) (DC)(DT)(DA)(DG)(DA) (DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG) (DA)(DC)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DA) (DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG) (DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)

+
分子 #8: Widom 601 153-bp

分子名称: Widom 601 153-bp / タイプ: dna / ID: 8 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 46.998945 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA) (DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC) (DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC) (DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC) (DG) (DT)(DA)(DG)(DA)(DC) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA) (DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC) (DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC) (DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC) (DG) (DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC) (DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG) (DC)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC) (DT)(DG)(DT) (DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG) (DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC) (DG)(DC)(DC)(DA) (DA)(DG)(DG)(DG)(DG) (DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT) (DA)(DG)(DT)(DC)(DT) (DC)(DC)(DA)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA) (DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT)

+
分子 #9: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.6 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称
25.0 mMHEPES-NaOH
35.0 mMNaCl
1.0 mMDTT
グリッドモデル: C-flat / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-50 / 撮影したグリッド数: 2 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 90.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: CryoSparc ab initio 3D reconstruction
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 21479
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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