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万見
- EMDB-22505: V1/V3 and base directed response of rabbit #1 week 22 polyclonal ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22505
タイトルV1/V3 and base directed response of rabbit #1 week 22 polyclonal fragment antigen binding in complex with 1PGE-THIVC SOSIP
マップデータfinal map
試料
  • 複合体: V1/V3 and base directed response of rabbit #1 week 22 polyclonal fragment antigen binding in complex with 1PGE-THIVC SOSIP
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 29.0 Å
データ登録者Sewell LM / Ozorowski G / Ward AB
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1084519 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1196345/INV-008813 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1115782 米国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-002916 米国
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2021
タイトル: Elicitation of potent serum neutralizing antibody responses in rabbits by immunization with an HIV-1 clade C trimeric Env derived from an Indian elite neutralizer.
著者: Rajesh Kumar / Suprit Deshpande / Leigh M Sewall / Gabriel Ozorowski / Christopher A Cottrell / Wen-Hsin Lee / Lauren G Holden / Sara T Richey / Antra Singh Chandrawacar / Kanika Dhiman / ...著者: Rajesh Kumar / Suprit Deshpande / Leigh M Sewall / Gabriel Ozorowski / Christopher A Cottrell / Wen-Hsin Lee / Lauren G Holden / Sara T Richey / Antra Singh Chandrawacar / Kanika Dhiman / Ashish / Vivek Kumar / Shubbir Ahmed / Nitin Hingankar / Naresh Kumar / Kailapuri G Murugavel / Aylur K Srikrishnan / Devin Sok / Andrew B Ward / Jayanta Bhattacharya /
要旨: Evaluating the structure-function relationship of viral envelope (Env) evolution and the development of broadly cross-neutralizing antibodies (bnAbs) in natural infection can inform rational ...Evaluating the structure-function relationship of viral envelope (Env) evolution and the development of broadly cross-neutralizing antibodies (bnAbs) in natural infection can inform rational immunogen design. In the present study, we examined the magnitude and specificity of autologous neutralizing antibodies induced in rabbits by a novel HIV-1 clade C Env protein (1PGE-THIVC) vis-à-vis those developed in an elite neutralizer from whom the env sequence was obtained that was used to prepare the soluble Env protein. The novel 1PGE-THIVC Env trimer displayed a native like pre-fusion closed conformation in solution as determined by small angle X-ray scattering (SAXS) and negative stain electron microscopy (EM). This closed spike conformation of 1PGE-THIVC Env trimers was correlated with weak or undetectable binding of non-neutralizing monoclonal antibodies (mAbs) compared to neutralizing mAbs. Furthermore, 1PGE-THIVC SOSIP induced potent neutralizing antibodies in rabbits to autologous virus variants. The autologous neutralizing antibody specificity induced in rabbits by 1PGE-THIVC was mapped to the C3/V4 region (T362/P401) of viral Env. This observation agreed with electron microscopy polyclonal epitope mapping (EMPEM) of the Env trimer complexed with IgG Fab prepared from the immunized rabbit sera. Our study demonstrated neutralization of sequence matched and unmatched autologous viruses by serum antibodies induced in rabbits by 1PGE-THIVC and also highlighted a comparable specificity for the 1PGE-THIVC SOSIP trimer with that seen with polyclonal antibodies elicited in the elite neutralizer by negative-stain electron microscopy polyclonal epitope (ns-EMPEM) mapping.
履歴
登録2020年8月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月31日-
マップ公開2021年3月31日-
更新2021年10月13日-
現状2021年10月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22505.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22505.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈final map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.98 Å/pix.
x 192 pix.
= 380.16 Å		1.98 Å/pix.
x 192 pix.
= 380.16 Å		1.98 Å/pix.
x 192 pix.
= 380.16 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.98 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.025 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.03775218 - 0.08935008
平均 (標準偏差)0.00040100928 (±0.004696179)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 380.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.981.981.98
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z380.160380.160380.160
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-0.0380.0890.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : V1/V3 and base directed response of rabbit #1 week 22 polyclonal ...

全体名称: V1/V3 and base directed response of rabbit #1 week 22 polyclonal fragment antigen binding in complex with 1PGE-THIVC SOSIP
要素
  • 複合体: V1/V3 and base directed response of rabbit #1 week 22 polyclonal fragment antigen binding in complex with 1PGE-THIVC SOSIP

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超分子 #1: V1/V3 and base directed response of rabbit #1 week 22 polyclonal ...

超分子名称: V1/V3 and base directed response of rabbit #1 week 22 polyclonal fragment antigen binding in complex with 1PGE-THIVC SOSIP
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: IgG was purified from rabbit serum and digested into Fab using papain. Polyclonal fab was incubated with 1PGE-THIVC SOSIP trimers.
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.03 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称式
50.0 mMTris
150.0 mMSodium chlorideNaCl
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl formate / 詳細: 2% UF, stained once for 30-60 s prior to blotting
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: PARLODION / 支持フィルム - #0 - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #1 - トポロジー: CONTINUOUS

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS TALOS F200C
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 73000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4zmj

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 29.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 1579
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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