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万見
- EMDB-22474: Interphotoreceptor retinoid-binding protein (IRBP) in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22474
タイトルInterphotoreceptor retinoid-binding protein (IRBP) in complex with a monoclonal antibody (F3F5 mAb5)
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex between interphotoreceptor retinoid-binding protein and a monoclonal antibody
    • 複合体: monoclonal antibody F3F5 mAb5
      • タンパク質・ペプチド: mAb5 Fab light chain
      • タンパク質・ペプチド: mAb5 Fab heavy chain
    • 複合体: Interphotoreceptor retinoid-binding protein (IRBP)
      • タンパク質・ペプチド: Retinol-binding protein 3
      • タンパク質・ペプチド: Retinol-binding protein 3
      • タンパク質・ペプチド: Retinol-binding protein 3
      • タンパク質・ペプチド: Retinol-binding protein 3
機能・相同性
機能・相同性情報


cone matrix sheath / The retinoid cycle in cones (daylight vision) / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / all-trans-retinol binding / oleic acid binding / retinal binding / retinol binding / serine-type peptidase activity / タンパク質分解 / extracellular region
類似検索 - 分子機能
N-terminal domain of Peptidase_S41 in eukaryotic IRBP / tail specific protease / Tail specific protease / Peptidase family S41 / ClpP/crotonase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Retinol-binding protein 3 / Retinol-binding protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Bos taurus (ウシ) / Bovine (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.4 Å
データ登録者Sears AE / Albiez S / Gulati S / Wang B / Kiser P / Kovacik L / Engel A / Stahlberg H / Palczewski K
資金援助 米国, スイス, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)R24EY024864 米国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)T32 GM002750 米国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)R24EY027283 米国
Swiss National Science FoundationNCCR TransCure スイス
引用ジャーナル: FASEB J / 年: 2020
タイトル: Single particle cryo-EM of the complex between interphotoreceptor retinoid-binding protein and a monoclonal antibody.
著者: Avery E Sears / Stefan Albiez / Sahil Gulati / Benlian Wang / Philip Kiser / Lubomir Kovacik / Andreas Engel / Henning Stahlberg / Krzysztof Palczewski /
要旨: Interphotoreceptor retinoid-binding protein (IRBP) is a highly expressed protein secreted by rod and cone photoreceptors that has major roles in photoreceptor homeostasis as well as retinoid and ...Interphotoreceptor retinoid-binding protein (IRBP) is a highly expressed protein secreted by rod and cone photoreceptors that has major roles in photoreceptor homeostasis as well as retinoid and polyunsaturated fatty acid transport between the neural retina and retinal pigment epithelium. Despite two crystal structures reported on fragments of IRBP and decades of research, the overall structure of IRBP and function within the visual cycle remain unsolved. Here, we studied the structure of native bovine IRBP in complex with a monoclonal antibody (mAb5) by cryo-electron microscopy, revealing the tertiary and quaternary structure at sufficient resolution to clearly identify the complex components. Complementary mass spectrometry experiments revealed the structure and locations of N-linked carbohydrate post-translational modifications. This work provides insight into the structure of IRBP, displaying an elongated, flexible three-dimensional architecture not seen among other retinoid-binding proteins. This work is the first step in elucidation of the function of this enigmatic protein.
履歴
登録2020年8月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年10月7日-
マップ公開2020年10月7日-
更新2020年12月16日-
現状2020年12月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.73
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.73
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7jti
  • 表面レベル: 0.73
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22474.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22474.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.662 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.73 / ムービー #1: 0.73
最小 - 最大-1.1136531 - 4.32778
平均 (標準偏差)0.0038234561 (±0.060296994)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 398.87997 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.6621.6621.662
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z398.880398.880398.880
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ510510510
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-1.1144.3280.004

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_22474_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex between interphotoreceptor retinoid-binding protein and a...

全体名称: Complex between interphotoreceptor retinoid-binding protein and a monoclonal antibody
要素
  • 複合体: Complex between interphotoreceptor retinoid-binding protein and a monoclonal antibody
    • 複合体: monoclonal antibody F3F5 mAb5
      • タンパク質・ペプチド: mAb5 Fab light chain
      • タンパク質・ペプチド: mAb5 Fab heavy chain
    • 複合体: Interphotoreceptor retinoid-binding protein (IRBP)
      • タンパク質・ペプチド: Retinol-binding protein 3
      • タンパク質・ペプチド: Retinol-binding protein 3
      • タンパク質・ペプチド: Retinol-binding protein 3
      • タンパク質・ペプチド: Retinol-binding protein 3

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超分子 #1: Complex between interphotoreceptor retinoid-binding protein and a...

超分子名称: Complex between interphotoreceptor retinoid-binding protein and a monoclonal antibody
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量実験値: 193 KDa

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超分子 #2: monoclonal antibody F3F5 mAb5

超分子名称: monoclonal antibody F3F5 mAb5 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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超分子 #3: Interphotoreceptor retinoid-binding protein (IRBP)

超分子名称: Interphotoreceptor retinoid-binding protein (IRBP) / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#6
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

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分子 #1: mAb5 Fab light chain

分子名称: mAb5 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 22.596021 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: QAVVTQESAL TTSPGETVTL TCRSSTGAVT TSNYANWVQE KPDHLFTGLI GGTNNRAPGV PARFSGSLIG DKAALTITGA QTEDEAIYF CALWYSNHWV FGGGTKLTVL GQPKSSPSVT LFPPSSEELE TNKATLVCTI TDFYPGVVTV DWKVDGTPVT Q GMETTQPS ...文字列:
QAVVTQESAL TTSPGETVTL TCRSSTGAVT TSNYANWVQE KPDHLFTGLI GGTNNRAPGV PARFSGSLIG DKAALTITGA QTEDEAIYF CALWYSNHWV FGGGTKLTVL GQPKSSPSVT LFPPSSEELE TNKATLVCTI TDFYPGVVTV DWKVDGTPVT Q GMETTQPS KQSNNKYMAS SYLTLTARAW ERHSSYSCQV THEGHTVEKS LS

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分子 #2: mAb5 Fab heavy chain

分子名称: mAb5 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.777783 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: QVQLKESGPG LVAPSQSLSI TCTVSGFLLI SNGVHWVRQP PGKGLEWLGV IWAGGNTNYN SALMSRVSIS KDNSKSQVFL KMKSLQTDD TAMYYCARDF YDYDVFYYAM DYWGQGTSVT VSSAKTTPPS VYPLAPGSAA QTNSMVTLGC LVKGYFPEPV T VTWNSGSL ...文字列:
QVQLKESGPG LVAPSQSLSI TCTVSGFLLI SNGVHWVRQP PGKGLEWLGV IWAGGNTNYN SALMSRVSIS KDNSKSQVFL KMKSLQTDD TAMYYCARDF YDYDVFYYAM DYWGQGTSVT VSSAKTTPPS VYPLAPGSAA QTNSMVTLGC LVKGYFPEPV T VTWNSGSL SSGVHTFPAV LQSDLYTLSS SVTVPSSTWP SETVTCNVAH PASSTKVDKK IVP

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分子 #3: Retinol-binding protein 3

分子名称: Retinol-binding protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bovine (ウシ) / 器官: eye / 組織: retina
分子量理論値: 33.267301 KDa
配列文字列: VIQRLQEALR EYYTLVDRVP ALLSHLAAMD LSSVVSEDDL VTKLNAGLQA VSEDPRLQVQ VVRPKEASSG PEEEAEEPPE AVPEVPEDE AVRRALVDSV FQVSVLPGNV GYLRFDSFAD ASVLEVLGPY ILHQVWEPLQ DTEHLIMDLR QNPGGPSSAV P LLLSYFQS ...文字列:
VIQRLQEALR EYYTLVDRVP ALLSHLAAMD LSSVVSEDDL VTKLNAGLQA VSEDPRLQVQ VVRPKEASSG PEEEAEEPPE AVPEVPEDE AVRRALVDSV FQVSVLPGNV GYLRFDSFAD ASVLEVLGPY ILHQVWEPLQ DTEHLIMDLR QNPGGPSSAV P LLLSYFQS PDASPVRLFS TYDRRTNITR EHFSQTELLG RPYGTQRGVY LLTSHRTATA AEELAFLMQS LGWATLVGEI TA GSLLHTH TVSLLETPEG GLALTVPVLT FIDNHGECWL GGGVVPDAIV LAEEALDRAQ EVLEFH

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分子 #4: Retinol-binding protein 3

分子名称: Retinol-binding protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bovine (ウシ)
分子量理論値: 33.386637 KDa
配列文字列: FSPTLIADMA KIFMDNYCSP EKLTGMEEAI DAASSNTEIL SISDPTMLAN VLTDGVKKTI SDSRVKVTYE PDLILAAPPA MPDIPLEHL AAMIKGTVKV EILEGNIGYL KIQHIIGEEM AQKVGPLLLE YIWDKILPTS AMILDFRSTV TGELSGIPYI V SYFTDPEP ...文字列:
FSPTLIADMA KIFMDNYCSP EKLTGMEEAI DAASSNTEIL SISDPTMLAN VLTDGVKKTI SDSRVKVTYE PDLILAAPPA MPDIPLEHL AAMIKGTVKV EILEGNIGYL KIQHIIGEEM AQKVGPLLLE YIWDKILPTS AMILDFRSTV TGELSGIPYI V SYFTDPEP LIHIDSVYDR TADLTIELWS MPTLLGKRYG TSKPLIILTS KDTLGIAEDV AYCLKNLKRA TIVGENTAGG TV KMSKMKV GDTDFYVTVP VAKSINPITG KSWEINGVAP DVDVAAEDAL DAAIAIIKLR AEIPALAQAA AT

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分子 #5: Retinol-binding protein 3

分子名称: Retinol-binding protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bovine (ウシ)
分子量理論値: 32.399768 KDa
配列文字列: SLGELVEGTG RLLEAHYARP EVVGQMGALL RAKLAQGAYR TAVDLESLAS QLTADLQEMS GDHRLLVFHS PGEMVAEEAP PPPPVVPSP EELSYLIEAL FKTEVLPGQL GYLRFDAMAE LETVKAVGPQ LVQLVWQKLV DTAALVVDLR YNPGSYSTAV P LLCSYFFE ...文字列:
SLGELVEGTG RLLEAHYARP EVVGQMGALL RAKLAQGAYR TAVDLESLAS QLTADLQEMS GDHRLLVFHS PGEMVAEEAP PPPPVVPSP EELSYLIEAL FKTEVLPGQL GYLRFDAMAE LETVKAVGPQ LVQLVWQKLV DTAALVVDLR YNPGSYSTAV P LLCSYFFE AEPRRHLYSV FDRATSRVTE VWTLPHVTGQ RYGSHKDLYV LVSHTSGSAA EAFAHTMQDL QRATIIGEPT AG GALSVGI YQVGSSALYA SMPTQMAMSA STGEAWDLAG VEPDITVPMS VALSTARDIV TLR

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分子 #6: Retinol-binding protein 3

分子名称: Retinol-binding protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bovine (ウシ)
分子量理論値: 32.192508 KDa
配列文字列: PTVLQTAGKL VADNYASPEL GVKMAAELSG LQSRYARVTS EAALAELLQA DLQVLSGDPH LKTAHIPEDA KDRIPGIVPM QIPSPEVFE DLIKFSFHTN VLEGNVGYLR FDMFGDCELL TQVSELLVEH VWKKIVHTDA LIVDMRFNIG GPTSSISALC S YFFDEGPP ...文字列:
PTVLQTAGKL VADNYASPEL GVKMAAELSG LQSRYARVTS EAALAELLQA DLQVLSGDPH LKTAHIPEDA KDRIPGIVPM QIPSPEVFE DLIKFSFHTN VLEGNVGYLR FDMFGDCELL TQVSELLVEH VWKKIVHTDA LIVDMRFNIG GPTSSISALC S YFFDEGPP ILLDKIYNRP NNSVSELWTL SQLEGERYGS KKSMVILTST LTAGAAEEFT YIMKRLGRAL VIGEVTSGGC QP PQTYHVD DTDLYLTIPT ARSVGAADGS SWEGVGVVPD VAVPAEAALT RAQEMLQHT

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
50.0 mMHEPES
300.0 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム
0.01 %DDM
1.0 mMSTT
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 1.12 nm
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot for 3 seconds before plunging..
詳細The sample had minor aggregation but was overall monodisperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 60000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 910 MULTI-SPECIMEN SINGLE TILT CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 1000 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 1000 pixel / 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 2649 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 80.0 e/Å2
詳細: Images were collected in movie mode at 35 frames per second.
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 281804
詳細: Ab initio, cisTEM processing using low-pass filtered reconstruction
CTF補正ソフトウェア - 名称: cisTEM
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア: (名称: PHENIX, UCSF Chimera) / 使用した粒子像数: 17900
詳細The selected images were low-pass filtered and normalized.
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1j7x


Chain - Chain ID: A
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 156 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-7jti:
Interphotoreceptor retinoid-binding protein (IRBP) in complex with a monoclonal antibody (F3F5 mAb5)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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