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- EMDB-22473: Cryo-EM structure of unliganded octameric prenyltransferase domai... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22473
タイトルCryo-EM structure of unliganded octameric prenyltransferase domain of Phomopsis amygdali fusicoccadiene synthase
マップデータSharpened map of PaFS C-terminal prenyltransferase octamer with C2 symmetry
試料
  • 複合体: Unliganded Phomopsis amygdali fusicoccadiene synthase octamer
    • タンパク質・ペプチド: Fusicoccadiene synthase
キーワードGGPP Synthase / Prenyltransferase / TRANSFERASE / LYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


fusicocca-2,10(14)-diene synthase / alcohol biosynthetic process / mycotoxin biosynthetic process / geranylgeranyl diphosphate synthase / ketone biosynthetic process / farnesyltranstransferase activity / isoprenoid biosynthetic process / lyase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Terpene synthase family 2, C-terminal metal binding / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Isoprenoid synthase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Fusicoccadiene synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Phomopsis amygdali (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Faylo JL / van Eeuwen T
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM56838 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural insight on assembly-line catalysis in terpene biosynthesis.
著者: Jacque L Faylo / Trevor van Eeuwen / Hee Jong Kim / Jose J Gorbea Colón / Benjamin A Garcia / Kenji Murakami / David W Christianson /
要旨: Fusicoccadiene synthase from Phomopsis amygdali (PaFS) is a unique bifunctional terpenoid synthase that catalyzes the first two steps in the biosynthesis of the diterpene glycoside Fusicoccin A, a ...Fusicoccadiene synthase from Phomopsis amygdali (PaFS) is a unique bifunctional terpenoid synthase that catalyzes the first two steps in the biosynthesis of the diterpene glycoside Fusicoccin A, a mediator of 14-3-3 protein interactions. The prenyltransferase domain of PaFS generates geranylgeranyl diphosphate, which the cyclase domain then utilizes to generate fusicoccadiene, the tricyclic hydrocarbon skeleton of Fusicoccin A. Here, we use cryo-electron microscopy to show that the structure of full-length PaFS consists of a central octameric core of prenyltransferase domains, with the eight cyclase domains radiating outward via flexible linker segments in variable splayed-out positions. Cryo-electron microscopy and chemical crosslinking experiments additionally show that compact conformations can be achieved in which cyclase domains are more closely associated with the prenyltransferase core. This structural analysis provides a framework for understanding substrate channeling, since most of the geranylgeranyl diphosphate generated by the prenyltransferase domains remains on the enzyme for cyclization to form fusicoccadiene.
履歴
登録2020年8月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年4月28日-
マップ公開2021年4月28日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.141
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.141
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7jth
  • 表面レベル: 0.141
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22473.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22473.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map of PaFS C-terminal prenyltransferase octamer with C2 symmetry
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.14 Å/pix.
x 384 pix.
= 438.528 Å		1.14 Å/pix.
x 384 pix.
= 438.528 Å		1.14 Å/pix.
x 384 pix.
= 438.528 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.142 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.141 / ムービー #1: 0.141
最小 - 最大-0.0017603644 - 1.8553731
平均 (標準偏差)0.00060603966 (±0.019564489)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 438.52798 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.1421.1421.142
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z438.528438.528438.528
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ1331310
NX/NY/NZ223226424
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.0021.8550.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_22473_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened, unfiltered reconstruction of PaFS C-terminal prenyltransferase octamer...

ファイルemd_22473_additional_1.map
注釈Unsharpened, unfiltered reconstruction of PaFS C-terminal prenyltransferase octamer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Unsharpened, unfiltered half-map of PaFS C-terminal prenyltransferase octamer...

ファイルemd_22473_half_map_1.map
注釈Unsharpened, unfiltered half-map of PaFS C-terminal prenyltransferase octamer with C2 symmetry
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Unsharpened, unfiltered half-map of PaFS C-terminal prenyltransferase octamer...

ファイルemd_22473_half_map_2.map
注釈Unsharpened, unfiltered half-map of PaFS C-terminal prenyltransferase octamer with C2 symmetry
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Unliganded Phomopsis amygdali fusicoccadiene synthase octamer

全体名称: Unliganded Phomopsis amygdali fusicoccadiene synthase octamer
要素
  • 複合体: Unliganded Phomopsis amygdali fusicoccadiene synthase octamer
    • タンパク質・ペプチド: Fusicoccadiene synthase

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超分子 #1: Unliganded Phomopsis amygdali fusicoccadiene synthase octamer

超分子名称: Unliganded Phomopsis amygdali fusicoccadiene synthase octamer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Octamer of C-terminal prenyltransferase domain
由来(天然)生物種: Phomopsis amygdali (菌類)
分子量理論値: 392 KDa

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分子 #1: Fusicoccadiene synthase

分子名称: Fusicoccadiene synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO / EC番号: fusicocca-2,10(14)-diene synthase
由来(天然)生物種: Phomopsis amygdali (菌類)
分子量理論値: 83.881891 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MEFKYSEVVE PSTYYTEGLC EGIDVRKSKF TTLEDRGAIR AHEDWNKHIG PCGEYRGTLG PRFSFISVA VPECIPERLE VISYANEFAF LHDDVTDHVG HDTGEVENDE MMTVFLEAAH TGAIDTSNKV DIRRAGKKRI Q SQLFLEML ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MEFKYSEVVE PSTYYTEGLC EGIDVRKSKF TTLEDRGAIR AHEDWNKHIG PCGEYRGTLG PRFSFISVA VPECIPERLE VISYANEFAF LHDDVTDHVG HDTGEVENDE MMTVFLEAAH TGAIDTSNKV DIRRAGKKRI Q SQLFLEML AIDPECAKTT MKSWARFVEV GSSRQHETRF VELAKYIPYR IMDVGEMFWF GLVTFGLGLH IPDHELELCR EL MANAWIA VGLQNDIWSW PKERDAATLH GKDHVVNAIW VLMQEHQTDV DGAMQICRKL IVEYVAKYLE VIEATKNDES ISL DLRKYL DAMLYSISGN VVWSLECPRY NPDVSFNKTQ LEWMRQGLPS LESCPVLARS PEIDSDESAV SPTADESDST EDSL GSGSR QDSSLSTGLS LSPVHSNEGK DLQRVDTDHI FFEKAVLEAP YDYIASMPSK GVRDQFIDAL NDWLRVPDVK VGKIK DAVR VLHNSSLLLD DFQDNSPLRR GKPSTHNIFG SAQTVNTATY SIIKAIGQIM EFSAGESVQE VMNSIMILFQ GQAMDL FWT YNGHVPSEEE YYRMIDQKTG QLFSIATSLL LNAADNEIPR TKIQSCLHRL TRLLGRCFQI RDDYQNLVSA DYTKQKG FC EDLDEGKWSL ALIHMIHKQR SHMALLNVLS TGRKHGGMTL EQKQFVLDII EEEKSLDYTR SVMMDLHVQL RAEIGRIE I LLDSPNPAMR LLLELLRV

UniProtKB: Fusicoccadiene synthase

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
50.0 mM4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
150.0 mMSodium chlorideNaCl
1.5 mMtris(2-carboxyethyl)phosphine
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 30.0 kPa / 詳細: 25 mA current was applied to grid.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot for 4.5 seconds before plunging..
詳細This sample was monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1500 / 平均電子線量: 43.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 362627
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio model generated in cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.5.1)
詳細: Following final reconstruction, sharpening was applied using DeepEMhancer. Reconstruction before sharpening is supplied as an additional map.
使用した粒子像数: 94974
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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