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- EMDB-22449: Plant mitochondrial supercomplex III2+IV from Vigna radiata -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22449
タイトルPlant mitochondrial supercomplex III2+IV from Vigna radiata
マップデータPlant mitochondrial supercomplex III2 IV from Vigna radiata.
試料
  • 複合体: Mitochondrial Respiratory Complex III2
機能・相同性
機能・相同性情報


respiratory chain complex IV / : / : / : / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / ATP synthesis coupled electron transport ...respiratory chain complex IV / : / : / : / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / ATP synthesis coupled electron transport / : / enzyme regulator activity / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / mitochondrial inner membrane / electron transfer activity / copper ion binding / heme binding / mitochondrion / proteolysis / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c oxidase subunit 5c / Protein of unknown function DUF1138 / Protein of unknown function (DUF1138) / Predicted cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome b-c1 complex subunit 8, plants / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / : / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily ...Cytochrome c oxidase subunit 5c / Protein of unknown function DUF1138 / Protein of unknown function (DUF1138) / Predicted cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome b-c1 complex subunit 8, plants / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / : / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit 2, C-terminal / Cytochrome oxidase c subunit VIb / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase, subunit Vb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding domain profile. / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / : / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Uncharacterized protein LOC106757297 / Complex III subunit 9 / Uncharacterized protein LOC106759053 / Probable mitochondrial-processing peptidase subunit beta, mitochondrial isoform X1 / Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase subunit 5b-2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome c oxidase subunit 6a, mitochondrial ...Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Uncharacterized protein LOC106757297 / Complex III subunit 9 / Uncharacterized protein LOC106759053 / Probable mitochondrial-processing peptidase subunit beta, mitochondrial isoform X1 / Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase subunit 5b-2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome c oxidase subunit 6a, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5C / Uncharacterized protein LOC106772338 / Mitochondrial-processing peptidase subunit alpha / Cytochrome b-c1 complex subunit 6 / Cytochrome c oxidase subunit 6b-1 / Cytochrome c1-2, heme protein, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Vigna radiata (リョクトウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Maldonado M / Letts JA
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: Atomic structures of respiratory complex III, complex IV, and supercomplex III-IV from vascular plants.
著者: Maria Maldonado / Fei Guo / James A Letts /
要旨: Mitochondrial complex III (CIII) and complex IV (CIV), which can associate into a higher-order supercomplex (SC III+IV), play key roles in respiration. However, structures of these plant complexes ...Mitochondrial complex III (CIII) and complex IV (CIV), which can associate into a higher-order supercomplex (SC III+IV), play key roles in respiration. However, structures of these plant complexes remain unknown. We present atomic models of CIII, CIV, and SC III+IV from determined by single-particle cryoEM. The structures reveal plant-specific differences in the MPP domain of CIII and define the subunit composition of CIV. Conformational heterogeneity analysis of CIII revealed long-range, coordinated movements across the complex, as well as the motion of CIII's iron-sulfur head domain. The CIV structure suggests that, in plants, proton translocation does not occur via the H channel. The supercomplex interface differs significantly from that in yeast and bacteria in its interacting subunits, angle of approach and limited interactions in the mitochondrial matrix. These structures challenge long-standing assumptions about the plant complexes and generate new mechanistic hypotheses.
履歴
登録2020年8月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年1月20日-
マップ公開2021年1月20日-
更新2021年2月3日-
現状2021年2月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22449.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22449.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Plant mitochondrial supercomplex III2 IV from Vigna radiata.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 426.598 Å		0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 426.598 Å		0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 426.598 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8332 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.4 / ムービー #1: 0.4
最小 - 最大-0.39135355 - 1.5675192
平均 (標準偏差)0.0055016847 (±0.05464203)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 426.5984 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.833199218750.833199218750.83319921875
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z426.598426.598426.598
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ300300300
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-0.3911.5680.006

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_22449_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Plant mitochondrial supercomplex III2 IV from Vigna radiata....

ファイルemd_22449_half_map_1.map
注釈Plant mitochondrial supercomplex III2 IV from Vigna radiata. Half map 1.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Plant mitochondrial supercomplex III2 IV from Vigna radiata....

ファイルemd_22449_half_map_2.map
注釈Plant mitochondrial supercomplex III2 IV from Vigna radiata. Half map 2.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mitochondrial Respiratory Complex III2

全体名称: Mitochondrial Respiratory Complex III2
要素
  • 複合体: Mitochondrial Respiratory Complex III2

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超分子 #1: Mitochondrial Respiratory Complex III2

超分子名称: Mitochondrial Respiratory Complex III2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#20
由来(天然)生物種: Vigna radiata (リョクトウ) / 組織: hypocotyl / Organelle: mitochondria
分子量理論値: 485 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度6 mg/mL
緩衝液pH: 7.8
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMHEPES
150.0 mMsodium chlorideNaCl
1.0 mMEDTA
0.2 %digitonin
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 288 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III
詳細This sample was monodisperse on size exclusion chromatography but was a mixture of different mitochondrial respiratory complexes

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9816 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 86.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.5 µm / 倍率（補正後）: 60010 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 150000000
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab initio model generation
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 28020
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 詳細: Stochastic gradient descent
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 詳細: Stochastic gradient descent
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル(PDB ID:

6q9e

,

6hu9

)
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 67 / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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