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万見
- EMDB-22370: Cryo-EM structure of MDA5-dsRNA filament in complex with TRIM65 P... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22370
タイトルCryo-EM structure of MDA5-dsRNA filament in complex with TRIM65 PSpry domain (Trimer)
マップデータ
試料
  • 複合体: Ternary complex of MDA5-dsRNA-TRIM65
    • RNA: RNA (44-MER)
    • RNA: RNA (44-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Interferon-induced helicase C domain-containing protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Tripartite motif-containing protein 65
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: TETRAFLUOROALUMINATE ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードRNA helicase (ヘリカーゼ) / Ubiquitin E3 ligase / innate immunity (自然免疫系) / dsRNA (リボ核酸) / TRIM family / ATPase (ATPアーゼ) / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of protein oligomerization / MDA-5 signaling pathway / regulation of type III interferon production / detection of virus / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / positive regulation of response to cytokine stimulus / pattern recognition receptor activity / TRAF6 mediated IRF7 activation / negative regulation of viral genome replication / type I interferon-mediated signaling pathway ...positive regulation of protein oligomerization / MDA-5 signaling pathway / regulation of type III interferon production / detection of virus / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / positive regulation of response to cytokine stimulus / pattern recognition receptor activity / TRAF6 mediated IRF7 activation / negative regulation of viral genome replication / type I interferon-mediated signaling pathway / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / protein K63-linked ubiquitination / antiviral innate immune response / TRAF6 mediated NF-kB activation / protein sumoylation / positive regulation of interferon-alpha production / protein K48-linked ubiquitination / positive regulation of autophagy / ribonucleoprotein complex binding / positive regulation of interferon-beta production / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / response to virus / RING-type E3 ubiquitin transferase / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / cellular response to virus / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of interleukin-6 production / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / positive regulation of tumor necrosis factor production / ubiquitin protein ligase activity / double-stranded RNA binding / Ovarian tumor domain proteases / protein complex oligomerization / TRAF3-dependent IRF activation pathway / defense response to virus / RNA helicase activity / single-stranded RNA binding / Ub-specific processing proteases / ヘリカーゼ / positive regulation of protein phosphorylation / 自然免疫系 / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / ミトコンドリア / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 核質 / ATP binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / RIG-I-like receptor, C-terminal / RIG-I receptor C-terminal domain / RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / RIG-I-like receptor, C-terminal domain superfamily / C-terminal domain of RIG-I / RIG-I-like receptor (RLR) C-terminal regulatory (CTR) domain profile. / Butyrophylin-like, SPRY domain / Caspase recruitment domain / Caspase recruitment domain ...: / RIG-I-like receptor, C-terminal / RIG-I receptor C-terminal domain / RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / RIG-I-like receptor, C-terminal domain superfamily / C-terminal domain of RIG-I / RIG-I-like receptor (RLR) C-terminal regulatory (CTR) domain profile. / Butyrophylin-like, SPRY domain / Caspase recruitment domain / Caspase recruitment domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / SPRY domain / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Death-like domain superfamily / 薬指 / Helicase conserved C-terminal domain / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase TRIM65 / Interferon-induced helicase C domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Kato K / Ahmad S
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021
タイトル: Structural analysis of RIG-I-like receptors reveals ancient rules of engagement between diverse RNA helicases and TRIM ubiquitin ligases.
著者: Kazuki Kato / Sadeem Ahmad / Zixiang Zhu / Janet M Young / Xin Mu / Sehoon Park / Harmit S Malik / Sun Hur /
要旨: RNA helicases and E3 ubiquitin ligases mediate many critical functions in cells, but their actions have largely been studied in distinct biological contexts. Here, we uncover evolutionarily conserved ...RNA helicases and E3 ubiquitin ligases mediate many critical functions in cells, but their actions have largely been studied in distinct biological contexts. Here, we uncover evolutionarily conserved rules of engagement between RNA helicases and tripartite motif (TRIM) E3 ligases that lead to their functional coordination in vertebrate innate immunity. Using cryoelectron microscopy and biochemistry, we show that RIG-I-like receptors (RLRs), viral RNA receptors with helicase domains, interact with their cognate TRIM/TRIM-like E3 ligases through similar epitopes in the helicase domains. Their interactions are avidity driven, restricting the actions of TRIM/TRIM-like proteins and consequent immune activation to RLR multimers. Mass spectrometry and phylogeny-guided biochemical analyses further reveal that similar rules of engagement may apply to diverse RNA helicases and TRIM/TRIM-like proteins. Our analyses suggest not only conserved substrates for TRIM proteins but also, unexpectedly, deep evolutionary connections between TRIM proteins and RNA helicases, linking ubiquitin and RNA biology throughout animal evolution.
履歴
登録2020年7月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月9日-
マップ公開2020年12月9日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7jl2
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7jl2
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22370.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22370.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.03594 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.027949652 - 0.06748037
平均 (標準偏差)0.0005470359 (±0.0031245982)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 265.20065 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.035941406251.035941406251.03594140625
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z265.201265.201265.201
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ937643
NX/NY/NZ114126230
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0280.0670.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of MDA5-dsRNA-TRIM65

全体名称: Ternary complex of MDA5-dsRNA-TRIM65
要素
  • 複合体: Ternary complex of MDA5-dsRNA-TRIM65
    • RNA: RNA (44-MER)
    • RNA: RNA (44-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Interferon-induced helicase C domain-containing protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Tripartite motif-containing protein 65
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: TETRAFLUOROALUMINATE ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Ternary complex of MDA5-dsRNA-TRIM65

超分子名称: Ternary complex of MDA5-dsRNA-TRIM65 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: RNA (44-MER)

分子名称: RNA (44-MER) / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.208519 KDa
配列文字列:
GACUGACUGA CUGAAGACUG ACUGACUGAA GACUGACUGA CUGA

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分子 #2: RNA (44-MER)

分子名称: RNA (44-MER) / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.973247 KDa
配列文字列:
UCAGUCAGUC AGUCUUCAGU CAGUCAGUCU UCAGUCAGUC AGUC

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分子 #3: Interferon-induced helicase C domain-containing protein 1

分子名称: Interferon-induced helicase C domain-containing protein 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 84.901695 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSDSDEENV AARASPEPEL QLRPYQMEVA QPALEGKNII ICLPTGSGKT RVAVYIAKDH LDKKKKASEP GKVIVLVNKV LLVEQLFRK EFQPFLKKWY RVIGLSGDTQ LKISFPEVVK SCDIIISTAQ ILENSLLNLE NGEDAGVQLS DFSLIIIDEC H HTNKEAVY ...文字列:
MGSDSDEENV AARASPEPEL QLRPYQMEVA QPALEGKNII ICLPTGSGKT RVAVYIAKDH LDKKKKASEP GKVIVLVNKV LLVEQLFRK EFQPFLKKWY RVIGLSGDTQ LKISFPEVVK SCDIIISTAQ ILENSLLNLE NGEDAGVQLS DFSLIIIDEC H HTNKEAVY NNIMRHYLMQ KLKNNRLKKE NKPVIPLPQI LGLTASPGVG GATKQAKAEE HILKLCANLD AFTIKTVKEN LD QLKNQIQ EPCKKFAIAD ATREDPFKEK LLEIMTRIQT YCQMSPMSDF GTQPYEQWAI QMEKKAAKEG NRKERVCAEH LRK YNEALQ INDTIRMIDA YTHLETFYNE EKDKKFAVIE DDSDEGGDDE YCDGDEDEDD LKKPLKLDET DRFLMTLFFE NNKM LKRLA ENPEYENEKL TKLRNTIMEQ YTRTEESARG IIFTKTRQSA YALSQWITEN EKFAEVGVKA HHLIGAGHSS EFKPM TQNE QKEVISKFRT GKINLLIATT VAEEGLDIKE CNIVIRYGLV TNEIAMVQAR GRARADESTY VLVAHSGSGV IERETV NDF REKMMYKAIH CVQNMKPEEY AHKILELQMQ SIMEKKMKTK RNIAKHYKNN PSLITFLCKN CSVLACSGED IHVIEKM HH VNMTPEFKEL YIVREKKTLQ KKCADYQING EIICKCGQAW GTMMVHKGLD LPCLKIRNFV VVFKNNSTKK QYKKWVEL P ITFPNLDYSE CCLFSDED

UniProtKB: Interferon-induced helicase C domain-containing protein 1

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分子 #4: Tripartite motif-containing protein 65

分子名称: Tripartite motif-containing protein 65 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 21.643365 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: LAPVPSTVCP LRRKLWQNYR NLTFDPVSAN RHFYLSRQDQ QVKHLRQSRG PGGPGSFELW QVQCAQSFQA GHHYWEVRAS DHSVTLGVS YPQLPRSRLG PHTDNIGRGP SSWGLCVQED SLQAWHNGEA QRLPGVSGRL LGMDLDLASG CLTFYSLEPQ T QPLYTFHA ...文字列:
LAPVPSTVCP LRRKLWQNYR NLTFDPVSAN RHFYLSRQDQ QVKHLRQSRG PGGPGSFELW QVQCAQSFQA GHHYWEVRAS DHSVTLGVS YPQLPRSRLG PHTDNIGRGP SSWGLCVQED SLQAWHNGEA QRLPGVSGRL LGMDLDLASG CLTFYSLEPQ T QPLYTFHA LFNQPLTPVF WLLEGRTLTL CHQ

UniProtKB: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM65

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分子 #5: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 3 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #6: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

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分子 #7: TETRAFLUOROALUMINATE ION

分子名称: TETRAFLUOROALUMINATE ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 3 / 式: ALF
分子量理論値: 102.975 Da
Chemical component information

ChemComp-ALF:
TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト

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分子 #8: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 3 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 72.8 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Featureless cylinder
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 46.8426 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 86.9406 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 15306

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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