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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22363 | |||||||||
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タイトル | Structure of Drosophila ORC in the active conformation | |||||||||
マップデータ | unsharpened, unmasked cryo-EM map | |||||||||
試料 |
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キーワード | origin recognition complex / DNA replication initiation / REPLICATION | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 alpha-heterochromatin / larval feeding behavior / CDC6 association with the ORC:origin complex / septin cytoskeleton / septin cytoskeleton organization / Activation of ATR in response to replication stress / Activation of the pre-replicative complex / eggshell chorion gene amplification / Orc1 removal from chromatin / origin recognition complex ...alpha-heterochromatin / larval feeding behavior / CDC6 association with the ORC:origin complex / septin cytoskeleton / septin cytoskeleton organization / Activation of ATR in response to replication stress / Activation of the pre-replicative complex / eggshell chorion gene amplification / Orc1 removal from chromatin / origin recognition complex / DNA amplification / positive regulation of border follicle cell migration / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / nuclear origin of replication recognition complex / olfactory learning / nuclear pre-replicative complex / DNA replication preinitiation complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling / mitotic chromosome condensation / chromosome condensation / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / heterochromatin / ribonucleoprotein complex binding / nuclear pore / GTPase activator activity / mitotic spindle organization / learning / DNA-templated DNA replication / mitotic cell cycle / DNA replication / learning or memory / chromatin binding / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Schmidt JM / Bleichert F | |||||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Structural mechanism for replication origin binding and remodeling by a metazoan origin recognition complex and its co-loader Cdc6. 著者: Jan Marten Schmidt / Franziska Bleichert / 要旨: Eukaryotic DNA replication initiation relies on the origin recognition complex (ORC), a DNA-binding ATPase that loads the Mcm2-7 replicative helicase onto replication origins. Here, we report cryo- ...Eukaryotic DNA replication initiation relies on the origin recognition complex (ORC), a DNA-binding ATPase that loads the Mcm2-7 replicative helicase onto replication origins. Here, we report cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of DNA-bound Drosophila ORC with and without the co-loader Cdc6. These structures reveal that Orc1 and Orc4 constitute the primary DNA binding site in the ORC ring and cooperate with the winged-helix domains to stabilize DNA bending. A loop region near the catalytic Walker B motif of Orc1 directly contacts DNA, allosterically coupling DNA binding to ORC's ATPase site. Correlating structural and biochemical data show that DNA sequence modulates DNA binding and remodeling by ORC, and that DNA bending promotes Mcm2-7 loading in vitro. Together, these findings explain the distinct DNA sequence-dependencies of metazoan and S. cerevisiae initiators in origin recognition and support a model in which DNA geometry and bendability contribute to Mcm2-7 loading site selection in metazoans. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22363.map.gz | 80.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22363-v30.xml emd-22363.xml | 27.3 KB 27.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_22363_fsc.xml | 10.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_22363.png | 109.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-22363.cif.gz | 8 KB | ||
その他 | emd_22363_additional.map.gz emd_22363_half_map_1.map.gz emd_22363_half_map_2.map.gz | 9.5 MB 81 MB 81 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22363 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22363 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22363_validation.pdf.gz | 1010 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22363_full_validation.pdf.gz | 1009.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22363_validation.xml.gz | 17.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_22363_validation.cif.gz | 23.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22363 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22363 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22363.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | unsharpened, unmasked cryo-EM map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: masked, sharpened cryo-EM map
ファイル | emd_22363_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | masked, sharpened cryo-EM map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: cryo-EM half map
ファイル | emd_22363_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | cryo-EM half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: cryo-EM half map
ファイル | emd_22363_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | cryo-EM half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Drosophila ORC (active state)
全体 | 名称: Drosophila ORC (active state) |
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要素 |
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-超分子 #1: Drosophila ORC (active state)
超分子 | 名称: Drosophila ORC (active state) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6 |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
-分子 #1: Origin recognition complex subunit 4
分子 | 名称: Origin recognition complex subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
分子量 | 理論値: 52.277109 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: SNAMPEADRE LVSIRRFLKE RLQRDYTTLR GYAKERSNVR LLLQRTAEMG ESNSLLLLGP RGSGKTTLIN SVLADLLPNK SFGENTLIV HLDGNLHTDD RVALKSITVQ MQLENAADGK VFGSFAENLA FLLQCLKAGG KHSKSVIFIL EEFDLFCAHH N QTLLYNLF ...文字列: SNAMPEADRE LVSIRRFLKE RLQRDYTTLR GYAKERSNVR LLLQRTAEMG ESNSLLLLGP RGSGKTTLIN SVLADLLPNK SFGENTLIV HLDGNLHTDD RVALKSITVQ MQLENAADGK VFGSFAENLA FLLQCLKAGG KHSKSVIFIL EEFDLFCAHH N QTLLYNLF DVSQSAQAPI CVLGVTCRLD VIELLEKRVK SRFSHRQVFL FPSLRRFEDY VDLCRDLLSL PTGNSLLLAA EK IYNLQNI QSGALYFSRN HFDPGEYGFS PRLRDAWNKQ ICKVLATQQA RSTLQALHDF DISEAYLKNF LFRLVAHLRP QSP HITAEK MAAVGSQFEG DDKIELLCGL SVLELCLIIA IKHHSQIYDR DSFNFEIIYA RFSKFAKVST TMQAVERSIV LKAF EHLRI AELIMPLTGG AGGGVGKVQK EFEMHKLALT YSQIHHCMQR YQALPTEVAQ WAQSSLI UniProtKB: Origin recognition complex subunit 4 |
-分子 #2: Origin recognition complex subunit 5
分子 | 名称: Origin recognition complex subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
分子量 | 理論値: 52.175066 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MEAICSSLEP LFPCREAAIE TLGELIGDSS ETYPSAIYLF GHSGTGKTAL TRAFLKECGK RQNVRTAHLN AIECYTTKIM LEILLDSLA PDQGDALKVD NMLDFVEQLR RQAATRVEDQ GFLIAVDNAE RLRDMDANVL PVLLRLQELT NLNLCVILLS Q LPFEKFYN ...文字列: MEAICSSLEP LFPCREAAIE TLGELIGDSS ETYPSAIYLF GHSGTGKTAL TRAFLKECGK RQNVRTAHLN AIECYTTKIM LEILLDSLA PDQGDALKVD NMLDFVEQLR RQAATRVEDQ GFLIAVDNAE RLRDMDANVL PVLLRLQELT NLNLCVILLS Q LPFEKFYN KTGLSEIVCL HLAQYNKAET QRILGSDFQQ VRNQLLEQFA QDKKRLEICQ EAVTEDFYNN YLNLFLSVFY KA CRDVPEL QLTARKCLST YLEPVLDGTV DATDISRLWR HIAGPLRSAL TQIYMRIEKP AEEVEDFTAI EDQSVRKLAQ SLE LPYYAK FLLIAAFLAS HNAAKQDKRL FVKHHGKQRK RMQTVNARAK TTEKMSTTLG PKSFSIDRLL AIFYAILEEK VGLT CNLLS QISTLVHLNL LSFVSGEQNI MEGSARLQCT IGLEFVLQIG KVVGFNVRQY LCDFM UniProtKB: Origin recognition complex subunit 5 |
-分子 #3: Origin recognition complex subunit 1
分子 | 名称: Origin recognition complex subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
分子量 | 理論値: 54.485633 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: SNAPRRSIHL SNIVEQRVFE DDEIISTPKR GRSKKTVQDN DEDYSPKKSV QKTPTRTRRS STTTKTATTP SKGITTATAT PMTPSQKMK KIRAGELSPS MQQRTDLPAK DSSKSELQLA REQLHVSVVP KSLPCREREF ENIYAFLEGK IQDQCGGCMY V SGVPGTGK ...文字列: SNAPRRSIHL SNIVEQRVFE DDEIISTPKR GRSKKTVQDN DEDYSPKKSV QKTPTRTRRS STTTKTATTP SKGITTATAT PMTPSQKMK KIRAGELSPS MQQRTDLPAK DSSKSELQLA REQLHVSVVP KSLPCREREF ENIYAFLEGK IQDQCGGCMY V SGVPGTGK TATVTGVIRT LQRMAKQNEL PAFEYLEING MRLTEPRQAY VQIYKQLTGK TVSWEQAHAL LEKRFTTPAP RR VTTVLLV DELDILCNRR QDVVYNLLDW PTKSAAKLVV VTIANTMDLP ERLLMGKVTS RLGLTRLTFQ PYSHKQLQEI VTA RLGGSE TFKGEAVQLV ARKVAAVSGD ARRALDICRR ATEIADTAAV KCVTMLHVQQ ALAEMIASAK VQAIRNCSRM EQIF LQAIA AEVTRTGVEE TTFMGVYQQV ETIAAFMGVT FPPPGRALRL CSKLGAERLI ISEHSRNDLF QKILLNVSAD DIHYA LRVE EMVN UniProtKB: Origin recognition complex subunit 1 |
-分子 #4: Origin recognition complex subunit 2
分子 | 名称: Origin recognition complex subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
分子量 | 理論値: 69.086445 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MSASNKGGYK TPRKENLMSI ENLTNSEEES EDLNTAMVGN AVESQPKVTS RRSTRRPSPT KKYQAYQKES NGKGQEERIV VNYVEMSDE RSSDAEDQEE EESIEESENA ARPAAKDLHL IQSEYNVAGT SMFGFNTPKK RDAMALAALN ATPCTPKTPK T PRLGVKTP ...文字列: MSASNKGGYK TPRKENLMSI ENLTNSEEES EDLNTAMVGN AVESQPKVTS RRSTRRPSPT KKYQAYQKES NGKGQEERIV VNYVEMSDE RSSDAEDQEE EESIEESENA ARPAAKDLHL IQSEYNVAGT SMFGFNTPKK RDAMALAALN ATPCTPKTPK T PRLGVKTP DTKRKKSMDQ PKTPAHVRTR VKKQIAKIVA DSDEDFSGDE SDFRPSDEES SSSSSSSDAG NSSDNDAADD EP KTPSRAR RAIVVPVLPK TPSAARLRQS ARAKKSNEFV PESDGYFHSH ASSKILTSDH TLDRLKNPRL AADRVFSLLS EIK TSAEHE GSINAIMEEY RSYFPKWMCI LNEGFNILLY GLGSKHQLLQ SFHREVLHKQ TVLVVNGFFP SLTIKDMLDS ITSD ILDAG ISPANPHEAV DMIEEEFALI PETHLFLIVH NLDGAMLRNV KAQAILSRLA RIPNIHLLAS IDHINTPLLW DQGKL CSFN FSWWDCTTML PYTNETAFEN SLLVQNSGEL ALSSMRSVFS SLTTNSRGIY MLIVKYQLKN KGNATYQGMP FRDLYS SCR EAFLVSSDLA LRAQLTEFLD HKLVKSKRSV DGSEQLTIPI DGALLQQFLE EQEKK UniProtKB: Origin recognition complex subunit 2 |
-分子 #5: Origin recognition complex subunit 3
分子 | 名称: Origin recognition complex subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
分子量 | 理論値: 82.364523 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MDPTISVSKG CFVYKNGATR AGKKAASKRK RPAAESSSLL GKEVVQQPFY EEYRKAWNQI NDHIADLQHR SYARTLEQLV DFVVGQAER DTPDEVLPTA ALLTGINQPD HLSQFTALTQ RLHAQRAAMV CVLQSRDCAT LKAAVETLVF GLVEDNAEVE Q MEDEDEDE ...文字列: MDPTISVSKG CFVYKNGATR AGKKAASKRK RPAAESSSLL GKEVVQQPFY EEYRKAWNQI NDHIADLQHR SYARTLEQLV DFVVGQAER DTPDEVLPTA ALLTGINQPD HLSQFTALTQ RLHAQRAAMV CVLQSRDCAT LKAAVETLVF GLVEDNAEVE Q MEDEDEDE DGAERDRKRL RRSQCTMKQL KSWYTNNFDS EQKRRQLVVI LPDFECFNAS VLQDLILILS AHCGSLPFVL VL GVATAMT AVHGTLPYHV SSKIRLRVFQ TQAAPTGLNE VLDKVLLSPK YAFHLSGKTF KFLTHIFLYY DFSIHGFIQG FKY CLMEHF FGGNAFALCT DYSKALGRIK QLTHEDMETI RRLPSFRPYV EQINDCKRII AVLTDDDYLK KKLPQLLRDC LLHF LLFRC SLEFLTELVG DLPRCPLGKL RRELYVNCLN RAIISTPEYK ECLQMLSFLS KDEFVAKVNR ALERTEQFLV EEIAP LELG EACTAVLRPK LEAIRLAVDE VVKATMATIT TTSPNETRQA TDHLTPVASR QELKDQLLQR SKEDKMRHQL NTPTTQ FGR ALQKTLQLIE TQIVQDHLRA LQDAPPIHEL FVFSDIATVR RNIIGAPRAA LHTALNNPHF YMQCKCCELQ DQSLLVG TL PDLSVVYKLH LECGRMINLF DWLQAFRSVV SDSDHEEVAQ EQIDPQIQAR FTRAVAELQF LGYIKMSKRK TDHATRLT W UniProtKB: Origin recognition complex subunit 3 |
-分子 #6: Origin recognition complex subunit 6
分子 | 名称: Origin recognition complex subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
分子量 | 理論値: 29.284129 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MTTLIEQLIT KMGLREEPNV LEKTTELVRL LELRSTNVPL QINEYGKIVL CADLASCMIG IAFDKEQALK LSGLRKSQYL NNKRMFEKL LDLNKLASVN DICVQLGLNE VARKAEELMT LFKGVAATED MGTDTSHPQY ATMAVFQACR LLKKKVSKSK L MPFSNLRP ...文字列: MTTLIEQLIT KMGLREEPNV LEKTTELVRL LELRSTNVPL QINEYGKIVL CADLASCMIG IAFDKEQALK LSGLRKSQYL NNKRMFEKL LDLNKLASVN DICVQLGLNE VARKAEELMT LFKGVAATED MGTDTSHPQY ATMAVFQACR LLKKKVSKSK L MPFSNLRP SQFQLLEQQW ERMIAKHHKE SKVPSSTDME GKLKENQNEN IKGHEAKKAH KPPPEDYEIW KARMLAKAQA KL KELEASQ SHMDSQLLEA UniProtKB: Origin recognition complex subunit 6 |
-分子 #7: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 3 / 式: ATP |
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分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ChemComp-ATP: |
-分子 #8: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 3 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 10 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||||||
詳細 | The complex used for grid preparation was reconstituted with DNA. This structure was obtained from a subset of particles not bound to DNA. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |