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- EMDB-22329: Structure of Drosophila ORC bound to DNA (84 bp) and Cdc6 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22329
タイトルStructure of Drosophila ORC bound to DNA (84 bp) and Cdc6
マップデータunsharpened cryo-EM map
試料
  • 複合体: Drosophila ORC bound to AT-rich DNA (84 bp) and Cdc6
    • タンパク質・ペプチド: x 7種
    • DNA: x 2種
  • リガンド: x 2種
キーワードorigin recognition complex / DNA replication initiation / DNA binding / REPLICATION
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-heterochromatin / larval feeding behavior / CDC6 association with the ORC:origin complex / septin cytoskeleton / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / septin cytoskeleton organization / Activation of ATR in response to replication stress / Activation of the pre-replicative complex / eggshell chorion gene amplification / Orc1 removal from chromatin ...alpha-heterochromatin / larval feeding behavior / CDC6 association with the ORC:origin complex / septin cytoskeleton / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / septin cytoskeleton organization / Activation of ATR in response to replication stress / Activation of the pre-replicative complex / eggshell chorion gene amplification / Orc1 removal from chromatin / origin recognition complex / DNA amplification / positive regulation of border follicle cell migration / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / nuclear origin of replication recognition complex / olfactory learning / nuclear pre-replicative complex / DNA replication preinitiation complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling / mitotic chromosome condensation / chromosome condensation / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / heterochromatin / ribonucleoprotein complex binding / nuclear pore / GTPase activator activity / mitotic spindle organization / learning / DNA-templated DNA replication / mitotic cell cycle / DNA replication / learning or memory / cell division / chromatin binding / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Origin recognition complex, subunit 6, metazoa/plant / Cell division protein Cdc6/18 / Origin recognition complex subunit 3, insertion domain / Origin recognition complex subunit 3, N-terminal / Origin recognition complex (ORC) subunit 3 N-terminus / Origin recognition complex subunit 3 insertion domain / Origin recognition complex, subunit 6 / Origin recognition complex subunit 6 (ORC6) / Cdc6, C-terminal / CDC6, C terminal ...Origin recognition complex, subunit 6, metazoa/plant / Cell division protein Cdc6/18 / Origin recognition complex subunit 3, insertion domain / Origin recognition complex subunit 3, N-terminal / Origin recognition complex (ORC) subunit 3 N-terminus / Origin recognition complex subunit 3 insertion domain / Origin recognition complex, subunit 6 / Origin recognition complex subunit 6 (ORC6) / Cdc6, C-terminal / CDC6, C terminal / CDC6, C terminal winged helix domain / AAA domain / Origin recognition complex subunit 4 / Origin recognition complex, subunit 3 / Origin recognition complex, subunit 5 / Origin recognition complex subunit 4, C-terminal / Origin recognition complex subunit 3, winged helix C-terminal / : / : / Origin recognition complex (ORC) subunit 4 C-terminus / Origin recognition complex (ORC) subunit 5 C-terminus / Origin recognition complex winged helix C-terminal / ORC5, lid domain / Orc1-like, AAA ATPase domain / AAA ATPase domain / Origin recognition complex subunit 2 / Origin recognition complex, subunit 2 / AAA lid domain / AAA lid domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / Bromo adjacent homology domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / BAH domain / BAH domain profile. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Origin recognition complex subunit 1 / Origin recognition complex subunit 2 / Origin recognition complex subunit 5 / Origin recognition complex subunit 3 / Cell division control protein / Origin recognition complex subunit 4 / Origin recognition complex subunit 6
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Schmidt JM / Bleichert F
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)ERC-STG-757909 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural mechanism for replication origin binding and remodeling by a metazoan origin recognition complex and its co-loader Cdc6.
著者: Jan Marten Schmidt / Franziska Bleichert /
要旨: Eukaryotic DNA replication initiation relies on the origin recognition complex (ORC), a DNA-binding ATPase that loads the Mcm2-7 replicative helicase onto replication origins. Here, we report cryo- ...Eukaryotic DNA replication initiation relies on the origin recognition complex (ORC), a DNA-binding ATPase that loads the Mcm2-7 replicative helicase onto replication origins. Here, we report cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of DNA-bound Drosophila ORC with and without the co-loader Cdc6. These structures reveal that Orc1 and Orc4 constitute the primary DNA binding site in the ORC ring and cooperate with the winged-helix domains to stabilize DNA bending. A loop region near the catalytic Walker B motif of Orc1 directly contacts DNA, allosterically coupling DNA binding to ORC's ATPase site. Correlating structural and biochemical data show that DNA sequence modulates DNA binding and remodeling by ORC, and that DNA bending promotes Mcm2-7 loading in vitro. Together, these findings explain the distinct DNA sequence-dependencies of metazoan and S. cerevisiae initiators in origin recognition and support a model in which DNA geometry and bendability contribute to Mcm2-7 loading site selection in metazoans.
履歴
登録2020年7月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年9月9日-
マップ公開2020年9月9日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0055
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  • 表面レベル: 0.0055
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  • 原子モデル: PDB-7jgr
  • 表面レベル: 0.0055
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22329.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22329.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈unsharpened cryo-EM map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0055 / ムービー #1: 0.0055
最小 - 最大-0.007289032 - 0.022539213
平均 (標準偏差)0.0000137456955 (±0.0010496711)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 258.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.860.860.86
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z258.000258.000258.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ480480480
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.0070.0230.000

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添付データ

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追加マップ: sharpened, masked cryo-EM map, filtered to local resolution

ファイルemd_22329_additional.map
注釈sharpened, masked cryo-EM map, filtered to local resolution
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half-map

ファイルemd_22329_half_map_1.map
注釈half-map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half-map

ファイルemd_22329_half_map_2.map
注釈half-map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Drosophila ORC bound to AT-rich DNA (84 bp) and Cdc6

全体名称: Drosophila ORC bound to AT-rich DNA (84 bp) and Cdc6
要素
  • 複合体: Drosophila ORC bound to AT-rich DNA (84 bp) and Cdc6
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: AT22044p1
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Cell division control protein
    • DNA: DNA (34-MER)
    • DNA: DNA (34-MER)
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION

+
超分子 #1: Drosophila ORC bound to AT-rich DNA (84 bp) and Cdc6

超分子名称: Drosophila ORC bound to AT-rich DNA (84 bp) and Cdc6
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

+
分子 #1: Origin recognition complex subunit 2

分子名称: Origin recognition complex subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 69.086445 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSASNKGGYK TPRKENLMSI ENLTNSEEES EDLNTAMVGN AVESQPKVTS RRSTRRPSPT KKYQAYQKES NGKGQEERIV VNYVEMSDE RSSDAEDQEE EESIEESENA ARPAAKDLHL IQSEYNVAGT SMFGFNTPKK RDAMALAALN ATPCTPKTPK T PRLGVKTP ...文字列:
MSASNKGGYK TPRKENLMSI ENLTNSEEES EDLNTAMVGN AVESQPKVTS RRSTRRPSPT KKYQAYQKES NGKGQEERIV VNYVEMSDE RSSDAEDQEE EESIEESENA ARPAAKDLHL IQSEYNVAGT SMFGFNTPKK RDAMALAALN ATPCTPKTPK T PRLGVKTP DTKRKKSMDQ PKTPAHVRTR VKKQIAKIVA DSDEDFSGDE SDFRPSDEES SSSSSSSDAG NSSDNDAADD EP KTPSRAR RAIVVPVLPK TPSAARLRQS ARAKKSNEFV PESDGYFHSH ASSKILTSDH TLDRLKNPRL AADRVFSLLS EIK TSAEHE GSINAIMEEY RSYFPKWMCI LNEGFNILLY GLGSKHQLLQ SFHREVLHKQ TVLVVNGFFP SLTIKDMLDS ITSD ILDAG ISPANPHEAV DMIEEEFALI PETHLFLIVH NLDGAMLRNV KAQAILSRLA RIPNIHLLAS IDHINTPLLW DQGKL CSFN FSWWDCTTML PYTNETAFEN SLLVQNSGEL ALSSMRSVFS SLTTNSRGIY MLIVKYQLKN KGNATYQGMP FRDLYS SCR EAFLVSSDLA LRAQLTEFLD HKLVKSKRSV DGSEQLTIPI DGALLQQFLE EQEKK

UniProtKB: Origin recognition complex subunit 2

+
分子 #2: AT22044p1

分子名称: AT22044p1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 82.364523 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDPTISVSKG CFVYKNGATR AGKKAASKRK RPAAESSSLL GKEVVQQPFY EEYRKAWNQI NDHIADLQHR SYARTLEQLV DFVVGQAER DTPDEVLPTA ALLTGINQPD HLSQFTALTQ RLHAQRAAMV CVLQSRDCAT LKAAVETLVF GLVEDNAEVE Q MEDEDEDE ...文字列:
MDPTISVSKG CFVYKNGATR AGKKAASKRK RPAAESSSLL GKEVVQQPFY EEYRKAWNQI NDHIADLQHR SYARTLEQLV DFVVGQAER DTPDEVLPTA ALLTGINQPD HLSQFTALTQ RLHAQRAAMV CVLQSRDCAT LKAAVETLVF GLVEDNAEVE Q MEDEDEDE DGAERDRKRL RRSQCTMKQL KSWYTNNFDS EQKRRQLVVI LPDFECFNAS VLQDLILILS AHCGSLPFVL VL GVATAMT AVHGTLPYHV SSKIRLRVFQ TQAAPTGLNE VLDKVLLSPK YAFHLSGKTF KFLTHIFLYY DFSIHGFIQG FKY CLMEHF FGGNAFALCT DYSKALGRIK QLTHEDMETI RRLPSFRPYV EQINDCKRII AVLTDDDYLK KKLPQLLRDC LLHF LLFRC SLEFLTELVG DLPRCPLGKL RRELYVNCLN RAIISTPEYK ECLQMLSFLS KDEFVAKVNR ALERTEQFLV EEIAP LELG EACTAVLRPK LEAIRLAVDE VVKATMATIT TTSPNETRQA TDHLTPVASR QELKDQLLQR SKEDKMRHQL NTPTTQ FGR ALQKTLQLIE TQIVQDHLRA LQDAPPIHEL FVFSDIATVR RNIIGAPRAA LHTALNNPHF YMQCKCCELQ DQSLLVG TL PDLSVVYKLH LECGRMINLF DWLQAFRSVV SDSDHEEVAQ EQIDPQIQAR FTRAVAELQF LGYIKMSKRK TDHATRLT W

UniProtKB: Origin recognition complex subunit 3

+
分子 #3: Origin recognition complex subunit 4

分子名称: Origin recognition complex subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 52.277109 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: SNAMPEADRE LVSIRRFLKE RLQRDYTTLR GYAKERSNVR LLLQRTAEMG ESNSLLLLGP RGSGKTTLIN SVLADLLPNK SFGENTLIV HLDGNLHTDD RVALKSITVQ MQLENAADGK VFGSFAENLA FLLQCLKAGG KHSKSVIFIL EEFDLFCAHH N QTLLYNLF ...文字列:
SNAMPEADRE LVSIRRFLKE RLQRDYTTLR GYAKERSNVR LLLQRTAEMG ESNSLLLLGP RGSGKTTLIN SVLADLLPNK SFGENTLIV HLDGNLHTDD RVALKSITVQ MQLENAADGK VFGSFAENLA FLLQCLKAGG KHSKSVIFIL EEFDLFCAHH N QTLLYNLF DVSQSAQAPI CVLGVTCRLD VIELLEKRVK SRFSHRQVFL FPSLRRFEDY VDLCRDLLSL PTGNSLLLAA EK IYNLQNI QSGALYFSRN HFDPGEYGFS PRLRDAWNKQ ICKVLATQQA RSTLQALHDF DISEAYLKNF LFRLVAHLRP QSP HITAEK MAAVGSQFEG DDKIELLCGL SVLELCLIIA IKHHSQIYDR DSFNFEIIYA RFSKFAKVST TMQAVERSIV LKAF EHLRI AELIMPLTGG AGGGVGKVQK EFEMHKLALT YSQIHHCMQR YQALPTEVAQ WAQSSLI

UniProtKB: Origin recognition complex subunit 4

+
分子 #4: Origin recognition complex subunit 5

分子名称: Origin recognition complex subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 52.175066 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MEAICSSLEP LFPCREAAIE TLGELIGDSS ETYPSAIYLF GHSGTGKTAL TRAFLKECGK RQNVRTAHLN AIECYTTKIM LEILLDSLA PDQGDALKVD NMLDFVEQLR RQAATRVEDQ GFLIAVDNAE RLRDMDANVL PVLLRLQELT NLNLCVILLS Q LPFEKFYN ...文字列:
MEAICSSLEP LFPCREAAIE TLGELIGDSS ETYPSAIYLF GHSGTGKTAL TRAFLKECGK RQNVRTAHLN AIECYTTKIM LEILLDSLA PDQGDALKVD NMLDFVEQLR RQAATRVEDQ GFLIAVDNAE RLRDMDANVL PVLLRLQELT NLNLCVILLS Q LPFEKFYN KTGLSEIVCL HLAQYNKAET QRILGSDFQQ VRNQLLEQFA QDKKRLEICQ EAVTEDFYNN YLNLFLSVFY KA CRDVPEL QLTARKCLST YLEPVLDGTV DATDISRLWR HIAGPLRSAL TQIYMRIEKP AEEVEDFTAI EDQSVRKLAQ SLE LPYYAK FLLIAAFLAS HNAAKQDKRL FVKHHGKQRK RMQTVNARAK TTEKMSTTLG PKSFSIDRLL AIFYAILEEK VGLT CNLLS QISTLVHLNL LSFVSGEQNI MEGSARLQCT IGLEFVLQIG KVVGFNVRQY LCDFM

UniProtKB: Origin recognition complex subunit 5

+
分子 #5: Origin recognition complex subunit 6

分子名称: Origin recognition complex subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 29.284129 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MTTLIEQLIT KMGLREEPNV LEKTTELVRL LELRSTNVPL QINEYGKIVL CADLASCMIG IAFDKEQALK LSGLRKSQYL NNKRMFEKL LDLNKLASVN DICVQLGLNE VARKAEELMT LFKGVAATED MGTDTSHPQY ATMAVFQACR LLKKKVSKSK L MPFSNLRP ...文字列:
MTTLIEQLIT KMGLREEPNV LEKTTELVRL LELRSTNVPL QINEYGKIVL CADLASCMIG IAFDKEQALK LSGLRKSQYL NNKRMFEKL LDLNKLASVN DICVQLGLNE VARKAEELMT LFKGVAATED MGTDTSHPQY ATMAVFQACR LLKKKVSKSK L MPFSNLRP SQFQLLEQQW ERMIAKHHKE SKVPSSTDME GKLKENQNEN IKGHEAKKAH KPPPEDYEIW KARMLAKAQA KL KELEASQ SHMDSQLLEA

UniProtKB: Origin recognition complex subunit 6

+
分子 #6: Origin recognition complex subunit 1

分子名称: Origin recognition complex subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 54.485633 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: SNAPRRSIHL SNIVEQRVFE DDEIISTPKR GRSKKTVQDN DEDYSPKKSV QKTPTRTRRS STTTKTATTP SKGITTATAT PMTPSQKMK KIRAGELSPS MQQRTDLPAK DSSKSELQLA REQLHVSVVP KSLPCREREF ENIYAFLEGK IQDQCGGCMY V SGVPGTGK ...文字列:
SNAPRRSIHL SNIVEQRVFE DDEIISTPKR GRSKKTVQDN DEDYSPKKSV QKTPTRTRRS STTTKTATTP SKGITTATAT PMTPSQKMK KIRAGELSPS MQQRTDLPAK DSSKSELQLA REQLHVSVVP KSLPCREREF ENIYAFLEGK IQDQCGGCMY V SGVPGTGK TATVTGVIRT LQRMAKQNEL PAFEYLEING MRLTEPRQAY VQIYKQLTGK TVSWEQAHAL LEKRFTTPAP RR VTTVLLV DELDILCNRR QDVVYNLLDW PTKSAAKLVV VTIANTMDLP ERLLMGKVTS RLGLTRLTFQ PYSHKQLQEI VTA RLGGSE TFKGEAVQLV ARKVAAVSGD ARRALDICRR ATEIADTAAV KCVTMLHVQQ ALAEMIASAK VQAIRNCSRM EQIF LQAIA AEVTRTGVEE TTFMGVYQQV ETIAAFMGVT FPPPGRALRL CSKLGAERLI ISEHSRNDLF QKILLNVSAD DIHYA LRVE EMVN

UniProtKB: Origin recognition complex subunit 1

+
分子 #7: Cell division control protein

分子名称: Cell division control protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 48.049465 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: SNANNLPSPS RNKYQNARRV LNSAETQNLP GRESQLQELR EFFSNHLESQ TSGSLYVSGQ PGTGKTACLS LLLRDPDFSK RLQRVYINC TSIASVGAVY KKLCTELQLK VSGRTERDHL EAIQRHLKTA KRMLLLVLDE IDQLCTSRQE VLYTIFEWPA L PGSRILLV ...文字列:
SNANNLPSPS RNKYQNARRV LNSAETQNLP GRESQLQELR EFFSNHLESQ TSGSLYVSGQ PGTGKTACLS LLLRDPDFSK RLQRVYINC TSIASVGAVY KKLCTELQLK VSGRTERDHL EAIQRHLKTA KRMLLLVLDE IDQLCTSRQE VLYTIFEWPA L PGSRILLV GIANSLDLTD RALMRLNARC ELKPRLMHFP PYSKQQIVEI FKSRLAEAEV LDVFPPVTLQ LLAAKVSAIS GD VRRALDI GRRVVEIAEQ QKRDGEKEFN MKALQLEGKD AVEAKEKQDT LKPVQVTQVA AVLNKVYGAS QNLEEDIEAS FPL QQKLML CTLVLMLRNE RNKDISMGRL HEVYRRVCAK RNILALDQAE FTGTVDLVET RGILRIMRKK EPRLHKVLLQ WDEE EVHAA LSDKQLIASI LSDTACLSK

UniProtKB: Cell division control protein

+
分子 #8: DNA (34-MER)

分子名称: DNA (34-MER) / タイプ: dna / ID: 8 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 25.820561 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DT)(DT)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT) (DC)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT) (DT)(DA)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DT)(DT) (DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DG)(DA) (DT) (DC)(DT)(DT)(DT)(DT) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DT)(DT)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT) (DC)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT) (DT)(DA)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DT)(DT) (DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DG)(DA) (DT) (DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DG) (DC)(DT)(DT)(DG)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC) (DA)(DA) (DA)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT) (DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DA)(DG)(DT) (DG)(DC)(DA) (DC)(DA)(DA)(DA)

+
分子 #9: DNA (34-MER)

分子名称: DNA (34-MER) / タイプ: dna / ID: 9 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 25.977766 KDa
配列文字列: (DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC)(DA)(DC)(DT) (DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG) (DC)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DA)(DA) (DA)(DA)(DG)(DC)(DA)(DA)(DG)(DC)(DA)(DT) (DA) (DA)(DA)(DA)(DG)(DA) ...文字列:
(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC)(DA)(DC)(DT) (DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG) (DC)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DA)(DA) (DA)(DA)(DG)(DC)(DA)(DA)(DG)(DC)(DA)(DT) (DA) (DA)(DA)(DA)(DG)(DA)(DT)(DC)(DT) (DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA) (DT)(DC) (DT)(DG)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA) (DT)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DG)(DA)(DT)(DG) (DT)(DA)(DA) (DA)(DG)(DA)(DT)

+
分子 #10: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 4 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #11: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 4 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.6
構成要素:
濃度名称
25.0 mMHEPES-KOH
250.0 mMpotassium acetate
10.0 mMmagnesium acetate
1.0 mMDTT
1.0 mMATP
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 10 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Recombinantly expressed and purified Drosophila ORC and Cdc6 were mixed with DNA and the DNA-bound ternary complex purified by size exclusion chromatography.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 44520
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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