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万見
- EMDB-22302: Cryo-EM Structure of Vaccine-Elicited Rhesus Antibody 789-203-3C1... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22302
タイトルCryo-EM Structure of Vaccine-Elicited Rhesus Antibody 789-203-3C12 in Complex with Stabilized SI06 (A/Solomon Islands/3/06) Influenza Hemagglutinin Trimer
マップデータCryo-EM structure of vaccine-elicited Rhesus VH6-1 antibody 789-203-3C12
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Influenza Hemagglutinin SI06 Trimer in complex with 789-203-3C12 Fab
    • 細胞器官・細胞要素: 789-203-3C12 Fab Heavy and Light Chains
      • タンパク質・ペプチド: 789-203-3C12 Fab Light Chain
      • タンパク質・ペプチド: 789-203-3C12 Fab Heavy Chain
    • 細胞器官・細胞要素: Influenza HemagglutininHemagglutinin (influenza)
      • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA1 chain
      • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA2 chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / ヘマグルチニン / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
ヘマグルチニン
類似検索 - 構成要素
生物種Macaca mulatta (アカゲザル) / Influenza A virus (A/Solomon Islands/3/2006(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.85 Å
データ登録者Cerutti G / Gorman J / Kwong PD / Shapiro L
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Bill & Melinda Gates Foundation 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2022
タイトル: Co-immunization with hemagglutinin stem immunogens elicits cross-group neutralizing antibodies and broad protection against influenza A viruses.
著者: Syed M Moin / Jeffrey C Boyington / Seyhan Boyoglu-Barnum / Rebecca A Gillespie / Gabriele Cerutti / Crystal Sao-Fong Cheung / Alberto Cagigi / John R Gallagher / Joshua Brand / Madhu ...著者: Syed M Moin / Jeffrey C Boyington / Seyhan Boyoglu-Barnum / Rebecca A Gillespie / Gabriele Cerutti / Crystal Sao-Fong Cheung / Alberto Cagigi / John R Gallagher / Joshua Brand / Madhu Prabhakaran / Yaroslav Tsybovsky / Tyler Stephens / Brian E Fisher / Adrian Creanga / Sila Ataca / Reda Rawi / Kizzmekia S Corbett / Michelle C Crank / Gunilla B Karlsson Hedestam / Jason Gorman / Adrian B McDermott / Audray K Harris / Tongqing Zhou / Peter D Kwong / Lawrence Shapiro / John R Mascola / Barney S Graham / Masaru Kanekiyo /
要旨: Current influenza vaccines predominantly induce immunity to the hypervariable hemagglutinin (HA) head, requiring frequent vaccine reformulation. Conversely, the immunosubdominant yet conserved HA ...Current influenza vaccines predominantly induce immunity to the hypervariable hemagglutinin (HA) head, requiring frequent vaccine reformulation. Conversely, the immunosubdominant yet conserved HA stem harbors a supersite that is targeted by broadly neutralizing antibodies (bnAbs), representing a prime target for universal vaccines. Here, we showed that the co-immunization of two HA stem immunogens derived from group 1 and 2 influenza A viruses elicits cross-group protective immunity and neutralizing antibody responses in mice, ferrets, and nonhuman primates (NHPs). Immunized mice were protected from multiple group 1 and 2 viruses, and all animal models showed broad serum-neutralizing activity. A bnAb isolated from an immunized NHP broadly neutralized and protected against diverse viruses, including H5N1 and H7N9. Genetic and structural analyses revealed strong homology between macaque and human bnAbs, illustrating common biophysical constraints for acquiring cross-group specificity. Vaccine elicitation of stem-directed cross-group-protective immunity represents a step toward the development of broadly protective influenza vaccines.
履歴
登録2020年7月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年7月21日-
マップ公開2021年7月21日-
更新2023年2月1日-
現状2023年2月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.18
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.18
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6xsk
  • 表面レベル: 0.18
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6xsk
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22302.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22302.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of vaccine-elicited Rhesus VH6-1 antibody 789-203-3C12
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.18 / ムービー #1: 0.18
最小 - 最大-0.41797325 - 0.9147035
平均 (標準偏差)0.0003822083 (±0.020683471)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 385.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z385.200385.200385.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ256256256
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-0.4180.9150.000

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_22302_additional_1.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-volume 1

ファイルemd_22302_half_map_1.map
注釈half-volume 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-volume 2

ファイルemd_22302_half_map_2.map
注釈half-volume 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Influenza Hemagglutinin SI06 Trimer in complex with 789-203-3C12 Fab

全体名称: Influenza Hemagglutinin SI06 Trimer in complex with 789-203-3C12 Fab
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Influenza Hemagglutinin SI06 Trimer in complex with 789-203-3C12 Fab
    • 細胞器官・細胞要素: 789-203-3C12 Fab Heavy and Light Chains
      • タンパク質・ペプチド: 789-203-3C12 Fab Light Chain
      • タンパク質・ペプチド: 789-203-3C12 Fab Heavy Chain
    • 細胞器官・細胞要素: Influenza HemagglutininHemagglutinin (influenza)
      • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA1 chain
      • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA2 chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Influenza Hemagglutinin SI06 Trimer in complex with 789-203-3C12 Fab

超分子名称: Influenza Hemagglutinin SI06 Trimer in complex with 789-203-3C12 Fab
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4

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超分子 #2: 789-203-3C12 Fab Heavy and Light Chains

超分子名称: 789-203-3C12 Fab Heavy and Light Chains / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)

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超分子 #3: Influenza Hemagglutinin

超分子名称: Influenza Hemagglutinin / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Solomon Islands/3/2006(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)

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分子 #1: 789-203-3C12 Fab Light Chain

分子名称: 789-203-3C12 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 23.209664 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDTVT ITCRASQSIS SWLAWYQQKP GKAPNLLIYR ASTLQSGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQS EDFATYFCQ QSTSSPFTFG PGTKLDIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DIQMTQSPSS LSASVGDTVT ITCRASQSIS SWLAWYQQKP GKAPNLLIYR ASTLQSGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQS EDFATYFCQ QSTSSPFTFG PGTKLDIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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分子 #2: 789-203-3C12 Fab Heavy Chain

分子名称: 789-203-3C12 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 49.298629 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLQESGPG LVKPSEILSL TCAVSGGSFS SYCWGWIRQP PGKGLEWIGS ICGSGGSNYL NPSLKSRVTL SVDTSKNQFS LILNSVTAA DTAVYYCARE GITIFGVVIP RVLDSWGQGA VVTVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA LGCLVKDYFP E PVTVSWNS ...文字列:
QVQLQESGPG LVKPSEILSL TCAVSGGSFS SYCWGWIRQP PGKGLEWIGS ICGSGGSNYL NPSLKSRVTL SVDTSKNQFS LILNSVTAA DTAVYYCARE GITIFGVVIP RVLDSWGQGA VVTVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA LGCLVKDYFP E PVTVSWNS GALTSGVHTF PAVLQSSGLY SLSSVVTVPS SSLGTQTYIC NVNHKPSNTK VDKKVEPKSC DKTHTCPPCP AP ELLGGPS VFLFPPKPKD TLMISRTPEV TCVVVDVSHE DPEVKFNWYV DGVEVHNAKT KPREEQYNST YRVVSVLTVL HQD WLNGKE YKCKVSNKAL PAPIEKTISK AKGQPREPQV YTLPPSRDEL TKNQVSLTCL VKGFYPSDIA VEWESNGQPE NNYK TTPPV LDSDGSFFLY SKLTVDKSRW QQGNVFSCSV MHEALHNHYT QKSLSLSPGK

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分子 #3: Hemagglutinin HA1 chain

分子名称: Hemagglutinin HA1 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Solomon Islands/3/2006(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Solomon Islands/3/2006(H1N1)
分子量理論値: 38.269184 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKVKLLVLLC TFTATYADTI CIGYHANNST DTVDTVCEKN VTVTHSVNLL EDSHNGKLCL LKGIAPLQLG NCSVAGWILG NPECELLIS RESWSYIVEK PNPENGTCYP GHFADYEELR EQLSSVSSFE RFEIFPKESS WPNHTTTGVS ASCSHNGESS F YKNLLWLT ...文字列:
MKVKLLVLLC TFTATYADTI CIGYHANNST DTVDTVCEKN VTVTHSVNLL EDSHNGKLCL LKGIAPLQLG NCSVAGWILG NPECELLIS RESWSYIVEK PNPENGTCYP GHFADYEELR EQLSSVSSFE RFEIFPKESS WPNHTTTGVS ASCSHNGESS F YKNLLWLT GKNGLYPNLS KSYANNKEKE VLVLWGVHHP PNIGDQRALY HKENAYVSVV SSHYSRKFTP EIAKRPKVRD QE GRINYYW TLLEPGDTII FEANGNLIAP RYAFALSRGF GSGIINSNAP MDECDAKCQT PQGAINSSLP FQNVHPVTIG ECP KYVRSA KLRMVTGLRN IPSIQSR

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分子 #4: Hemagglutinin HA2 chain

分子名称: Hemagglutinin HA2 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Solomon Islands/3/2006(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Solomon Islands/3/2006(H1N1)
分子量理論値: 25.26409 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GLFGAIAGFI EGGWTGMVDG WYGYHHQNEQ GSGYAADQKS TQNAINCITN KVNSVIEKMN TQFTAVGKEF NKLERRMENL NKKVDDGFI DIWTYNAELL VLLENERTLD FHDSNVKNLY EKVKSQLKNN AKEIGNGCFE FYHKCNDECM ESVKNGTYDY P KYSEESKL ...文字列:
GLFGAIAGFI EGGWTGMVDG WYGYHHQNEQ GSGYAADQKS TQNAINCITN KVNSVIEKMN TQFTAVGKEF NKLERRMENL NKKVDDGFI DIWTYNAELL VLLENERTLD FHDSNVKNLY EKVKSQLKNN AKEIGNGCFE FYHKCNDECM ESVKNGTYDY P KYSEESKL NREKIDGVSG RLVPRGSPGS GYIPEAPRDG QAYVRKDGEW VLLSTFLGHH HHHH

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 15 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 42.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 116041

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6fyt

精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6xsk:
Cryo-EM Structure of Vaccine-Elicited Rhesus Antibody 789-203-3C12 in Complex with Stabilized SI06 (A/Solomon Islands/3/06) Influenza Hemagglutinin Trimer

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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