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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22284 | |||||||||
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タイトル | Head-Middle module of Mediator | |||||||||
マップデータ | Head-Middle module of Mediator | |||||||||
試料 |
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キーワード | Transcription | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 core mediator complex / mediator complex / transcription coregulator activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Chaetomium thermophilum (菌類) / Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang HQ / Chen DC | |||||||||
引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021 タイトル: Mediator structure and conformation change. 著者: Heqiao Zhang / Dong-Hua Chen / Rayees U H Mattoo / David A Bushnell / Yannan Wang / Chao Yuan / Lin Wang / Chunnian Wang / Ralph E Davis / Yan Nie / Roger D Kornberg / 要旨: Mediator is a universal adaptor for transcription control. It serves as an interface between gene-specific activator or repressor proteins and the general RNA polymerase II (pol II) transcription ...Mediator is a universal adaptor for transcription control. It serves as an interface between gene-specific activator or repressor proteins and the general RNA polymerase II (pol II) transcription machinery. Previous structural studies revealed a relatively small part of Mediator and none of the gene activator-binding regions. We have determined the cryo-EM structure of the Mediator at near-atomic resolution. The structure reveals almost all amino acid residues in ordered regions, including the major targets of activator proteins, the Tail module, and the Med1 subunit of the Middle module. Comparison of Mediator structures with and without pol II reveals conformational changes that propagate across the entire Mediator, from Head to Tail, coupling activator- and pol II-interacting regions. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22284.map.gz | 398.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22284-v30.xml emd-22284.xml | 31.1 KB 31.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_22284_fsc.xml | 6.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_22284.png | 126.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-22284.cif.gz | 8.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22284 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22284 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22284_validation.pdf.gz | 559.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22284_full_validation.pdf.gz | 559.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22284_validation.xml.gz | 11 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_22284_validation.cif.gz | 13.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22284 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22284 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22284.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Head-Middle module of Mediator | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.096 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Head-Middle module of Mediator
+超分子 #1: Head-Middle module of Mediator
+分子 #1: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 21
+分子 #2: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 4
+分子 #3: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6
+分子 #4: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 7
+分子 #5: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 9
+分子 #6: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 14
+分子 #7: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17
+分子 #8: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 31
+分子 #9: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8
+分子 #10: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11
+分子 #11: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18
+分子 #12: Med22
+分子 #13: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
+分子 #14: Unknown peptide
+分子 #15: HEAT
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |