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万見
- EMDB-22215: MCU holocomplex in High-calcium state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22215
タイトルMCU holocomplex in High-calcium state
マップデータMCU holocomplex in High-calcium state
試料
  • 複合体: MCU/EMRE/MICU1/MICU2 complex
    • タンパク質・ペプチド: Calcium uniporter protein, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Essential MCU regulator, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Calcium uptake protein 1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Calcium uptake protein 2, mitochondrial
キーワードion channel / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mitochondrial calcium ion concentration / regulation of cellular hyperosmotic salinity response / uniporter activity / Processing of SMDT1 / mitochondrial calcium ion transmembrane transport / uniplex complex / Mitochondrial calcium ion transport / calcium import into the mitochondrion / positive regulation of mitochondrial calcium ion concentration / mitochondrial calcium ion homeostasis ...negative regulation of mitochondrial calcium ion concentration / regulation of cellular hyperosmotic salinity response / uniporter activity / Processing of SMDT1 / mitochondrial calcium ion transmembrane transport / uniplex complex / Mitochondrial calcium ion transport / calcium import into the mitochondrion / positive regulation of mitochondrial calcium ion concentration / mitochondrial calcium ion homeostasis / calcium ion sensor activity / calcium ion import / positive regulation of neutrophil chemotaxis / positive regulation of mitochondrial fission / Mitochondrial protein degradation / calcium channel complex / mitochondrial membrane / calcium-mediated signaling / calcium channel activity / protein homooligomerization / positive regulation of insulin secretion / mitochondrial intermembrane space / defense response / protein complex oligomerization / glucose homeostasis / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / protein heterodimerization activity / calcium ion binding / mitochondrion / nucleoplasm / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Essential MCU regulator, mitochondrial / Putative mitochondrial precursor protein / Calcium uptake protein 1/2/3 / Calcium uniporter protein, C-terminal / MCU family / Mitochondrial calcium uniporter / EF hand / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site ...Essential MCU regulator, mitochondrial / Putative mitochondrial precursor protein / Calcium uptake protein 1/2/3 / Calcium uniporter protein, C-terminal / MCU family / Mitochondrial calcium uniporter / EF hand / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium uptake protein 2, mitochondrial / Calcium uniporter protein, mitochondrial / Calcium uptake protein 1, mitochondrial / Essential MCU regulator, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.17 Å
データ登録者Wang Y / Jiang Y
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Structural insights into the Ca-dependent gating of the human mitochondrial calcium uniporter.
著者: Yan Wang / Yan Han / Ji She / Nam X Nguyen / Vamsi K Mootha / Xiao-Chen Bai / Youxing Jiang /
要旨: Mitochondrial Ca uptake is mediated by an inner mitochondrial membrane protein called the mitochondrial calcium uniporter. In humans, the uniporter functions as a holocomplex consisting of MCU, EMRE, ...Mitochondrial Ca uptake is mediated by an inner mitochondrial membrane protein called the mitochondrial calcium uniporter. In humans, the uniporter functions as a holocomplex consisting of MCU, EMRE, MICU1 and MICU2, among which MCU and EMRE form a subcomplex and function as the conductive channel while MICU1 and MICU2 are EF-hand proteins that regulate the channel activity in a Ca-dependent manner. Here, we present the EM structures of the human mitochondrial calcium uniporter holocomplex (uniplex) in the presence and absence of Ca, revealing distinct Ca dependent assembly of the uniplex. Our structural observations suggest that Ca changes the dimerization interaction between MICU1 and MICU2, which in turn determines how the MICU1-MICU2 subcomplex interacts with the MCU-EMRE channel and, consequently, changes the distribution of the uniplex assemblies between the blocked and unblocked states.
履歴
登録2020年6月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年9月9日-
マップ公開2020年9月9日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.011
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.011
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6xjv
  • 表面レベル: 0.011
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22215.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22215.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈MCU holocomplex in High-calcium state
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.833 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.008 / ムービー #1: 0.011
最小 - 最大-0.014226361 - 0.036698014
平均 (標準偏差)0.0003148382 (±0.0019517264)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 299.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8330.8330.833
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z299.880299.880299.880
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ480480480
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-0.0140.0370.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : MCU/EMRE/MICU1/MICU2 complex

全体名称: MCU/EMRE/MICU1/MICU2 complex
要素
  • 複合体: MCU/EMRE/MICU1/MICU2 complex
    • タンパク質・ペプチド: Calcium uniporter protein, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Essential MCU regulator, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Calcium uptake protein 1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Calcium uptake protein 2, mitochondrial

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超分子 #1: MCU/EMRE/MICU1/MICU2 complex

超分子名称: MCU/EMRE/MICU1/MICU2 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: high calcium state
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 529 KDa

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分子 #1: Calcium uniporter protein, mitochondrial

分子名称: Calcium uniporter protein, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.920828 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAAAAGRSLL LLLSSRGGGG GGAGGCGALT AGCFPGLGVS RHRQQQHHRT VHQRIASWQN LGAVYCSTVV PSDDVTVVYQ NGLPVISVR LPSRRERCQF TLKPISDSVG VFLRQLQEED RGIDRVAIYS PDGVRVAAST GIDLLLLDDF KLVINDLTYH V RPPKRDLL ...文字列:
MAAAAGRSLL LLLSSRGGGG GGAGGCGALT AGCFPGLGVS RHRQQQHHRT VHQRIASWQN LGAVYCSTVV PSDDVTVVYQ NGLPVISVR LPSRRERCQF TLKPISDSVG VFLRQLQEED RGIDRVAIYS PDGVRVAAST GIDLLLLDDF KLVINDLTYH V RPPKRDLL SHENAATLND VKTLVQQLYT TLCIEQHQLN KERELIERLE DLKEQLAPLE KVRIEISRKA EKRTTLVLWG GL AYMATQF GILARLTWWE YSWDIMEPVT YFITYGSAMA MYAYFVMTRQ EYVYPEARDR QYLLFFHKGA KKSRFDLEKY NQL KDAIAQ AEMDLKRLRD PLQVHLPLRQ IGEKD

UniProtKB: Calcium uniporter protein, mitochondrial

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分子 #2: Essential MCU regulator, mitochondrial

分子名称: Essential MCU regulator, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.45414 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MASGAARWLV LAPVRSGALR SGPSLRKDGD VSAAWSGSGR SLVPSRSVIV TRSGAILPKP VKMSFGLLRV FSIVIPFLYV GTLISKNFA ALLEEHDIFV PEDDDDDD

UniProtKB: Essential MCU regulator, mitochondrial

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分子 #3: Calcium uptake protein 1, mitochondrial

分子名称: Calcium uptake protein 1, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 54.432258 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MFRLNSLSAL AELAVGSRWY HGGSQPIQIR RRLMMVAFLG ASAVTASTGL LWKRAHAESP PCVDNLKSDI GDKGKNKDEG DVCNHEKKT ADLAPHPEEK KKKRSGFRDR KVMEYENRIR AYSTPDKIFR YFATLKVISE PGEAEVFMTP EDFVRSITPN E KQPEHLGL ...文字列:
MFRLNSLSAL AELAVGSRWY HGGSQPIQIR RRLMMVAFLG ASAVTASTGL LWKRAHAESP PCVDNLKSDI GDKGKNKDEG DVCNHEKKT ADLAPHPEEK KKKRSGFRDR KVMEYENRIR AYSTPDKIFR YFATLKVISE PGEAEVFMTP EDFVRSITPN E KQPEHLGL DQYIIKRFDG KKISQEREKF ADEGSIFYTL GECGLISFSD YIFLTTVLST PQRNFEIAFK MFDLNGDGEV DM EEFEQVQ SIIRSQTSMG MRHRDRPTTG NTLKSGLCSA LTTYFFGADL KGKLTIKNFL EFQRKLQHDV LKLEFERHDP VDG RITERQ FGGMLLAYSG VQSKKLTAMQ RQLKKHFKEG KGLTFQEVEN FFTFLKNIND VDTALSFYHM AGASLDKVTM QQVA RTVAK VELSDHVCDV VFALFDCDGN GELSNKEFVS IMKQRLMRGL EKPKDMGFTR LMQAMWKCAQ ETAWDFALPK Q

UniProtKB: Calcium uptake protein 1, mitochondrial

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分子 #4: Calcium uptake protein 2, mitochondrial

分子名称: Calcium uptake protein 2, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 49.742141 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MAAAAGSCAR VAAWGGKLRR GLAVSRQAVR SPGPLAAAVA GAALAGAGAA WHHSRVSVAA RDGSFTVSAQ KNVEHGIIYI GKPSLRKQR FMQFSSLEHE GEYYMTPRDF LFSVMFEQME RKTSVKKLTK KDIEDTLSGI QTAGCGSTFF RDLGDKGLIS Y TEYLFLLT ...文字列:
MAAAAGSCAR VAAWGGKLRR GLAVSRQAVR SPGPLAAAVA GAALAGAGAA WHHSRVSVAA RDGSFTVSAQ KNVEHGIIYI GKPSLRKQR FMQFSSLEHE GEYYMTPRDF LFSVMFEQME RKTSVKKLTK KDIEDTLSGI QTAGCGSTFF RDLGDKGLIS Y TEYLFLLT ILTKPHSGFH VAFKMLDTDG NEMIEKREFF KLQKIISKQD DLMTVKTNET GYQEAIVKEP EINTTLQMRF FG KRGQRKL HYKEFRRFME NLQTEIQEME FLQFSKGLSF MRKEDFAEWL LFFTNTENKD IYWKNVREKL SAGESISLDE FKS FCHFTT HLEDFAIAMQ MFSLAHRPVR LAEFKRAVKV ATGQELSNNI LDTVFKIFDL DGDECLSHEE FLGVLKNRMH RGLW VPQHQ SIQEYWKCVK KESIKGVKEV WKQAGKGLF

UniProtKB: Calcium uptake protein 2, mitochondrial

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.3 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 4 seconds before plunging.
詳細This sample was reconstituted in Msp1 nanodiscs

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 30.9 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

0625

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 19924
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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