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万見
- EMDB-22208: CryoET averages of NEC forming hexameric lattices in the presence... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22208
タイトルCryoET averages of NEC forming hexameric lattices in the presence of membranes (vesicle bilayer)
マップデータCryoET averages of NEC forming hexameric lattices in the presence of vesicle bilayer.
試料
  • 複合体: viral nuclear egress complex (NEC)
生物種E. coli (大腸菌)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 29.0 Å
データ登録者Zhang JJ / Draganova EB
資金援助 米国, 7件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32GM126760 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01AI147625 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM111795 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM116792 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)S10OD018111 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1548924 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI-1338135 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Structural basis for capsid recruitment and coat formation during HSV-1 nuclear egress.
著者: Elizabeth B Draganova / Jiayan Zhang / Z Hong Zhou / Ekaterina E Heldwein /
要旨: During herpesvirus infection, egress of nascent viral capsids from the nucleus is mediated by the viral nuclear egress complex (NEC). NEC deforms the inner nuclear membrane (INM) around the capsid by ...During herpesvirus infection, egress of nascent viral capsids from the nucleus is mediated by the viral nuclear egress complex (NEC). NEC deforms the inner nuclear membrane (INM) around the capsid by forming a hexagonal array. However, how the NEC coat interacts with the capsid and how curved coats are generated to enable budding is yet unclear. Here, by structure-guided truncations, confocal microscopy, and cryoelectron tomography, we show that binding of the capsid protein UL25 promotes the formation of NEC pentagons rather than hexagons. We hypothesize that during nuclear budding, binding of UL25 situated at the pentagonal capsid vertices to the NEC at the INM promotes formation of NEC pentagons that would anchor the NEC coat to the capsid. Incorporation of NEC pentagons at the points of contact with the vertices would also promote assembly of the curved hexagonal NEC coat around the capsid, leading to productive egress of UL25-decorated capsids.
履歴
登録2020年6月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年7月8日-
マップ公開2020年7月8日-
更新2020年7月8日-
現状2020年7月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 1.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22208.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22208.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 729.5 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoET averages of NEC forming hexameric lattices in the presence of vesicle bilayer.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.1 Å/pix.
x 72 pix.
= 367.2 Å		5.1 Å/pix.
x 36 pix.
= 183.6 Å		5.1 Å/pix.
x 72 pix.
= 367.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.05 / ムービー #1: 1.05
最小 - 最大-3.8465462 - 3.7077012
平均 (標準偏差)0.705088400 (±1)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-18-36-36
サイズ367272
Spacing723672
セルA: 367.19998 Å / B: 183.59999 Å / C: 367.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.15.15.1
M x/y/z723672
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z367.200183.600367.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ777686
NX/NY/NZ10710993
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-36-18-36
NC/NR/NS723672
D min/max/mean-3.8473.7080.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : viral nuclear egress complex (NEC)

全体名称: viral nuclear egress complex (NEC)
要素
  • 複合体: viral nuclear egress complex (NEC)

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超分子 #1: viral nuclear egress complex (NEC)

超分子名称: viral nuclear egress complex (NEC) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: E. coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量実験値: 580 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 4 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-16 (4k x 4k)
平均電子線量: 1.64 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: DIFFRACTION
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 29.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 1500
抽出トモグラム数: 1 / 使用した粒子像数: 3078
詳細: The authors' group has resolved the structure and published the result, this experiment serves as a control. Therefore, only one of the ten tomograms was selected randomly to do the ...詳細: The authors' group has resolved the structure and published the result, this experiment serves as a control. Therefore, only one of the ten tomograms was selected randomly to do the subtomograms extraction and the subsequent sub-tomographic averaging.
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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