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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2212 | |||||||||
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タイトル | Organization of the Influenza Virus Replication Machinery | |||||||||
マップデータ | Inlfuenza RNP polymerase-end | |||||||||
試料 |
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キーワード | Influenza / RNP / Polymerase | |||||||||
生物種 | Influenza A virus (A/Puerto Rico/8/1934(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Moeller A / Kirchdoerfer RN / Potter CS / Carragher B / Wilson IA | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2012 タイトル: Organization of the influenza virus replication machinery. 著者: Arne Moeller / Robert N Kirchdoerfer / Clinton S Potter / Bridget Carragher / Ian A Wilson / 要旨: Influenza virus ribonucleoprotein complexes (RNPs) are central to the viral life cycle and in adaptation to new host species. RNPs are composed of the viral genome, viral polymerase, and many copies ...Influenza virus ribonucleoprotein complexes (RNPs) are central to the viral life cycle and in adaptation to new host species. RNPs are composed of the viral genome, viral polymerase, and many copies of the viral nucleoprotein. In vitro cell expression of all RNP protein components with four of the eight influenza virus gene segments enabled structural determination of native influenza virus RNPs by means of cryogenic electron microscopy (cryo-EM). The cryo-EM structure reveals the architecture and organization of the native RNP, defining the attributes of its largely helical structure and how polymerase interacts with nucleoprotein and the viral genome. Observations of branched-RNP structures in negative-stain electron microscopy and their putative identification as replication intermediates suggest a mechanism for viral replication by a second polymerase on the RNP template. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2212.map.gz | 7.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2212-v30.xml emd-2212.xml | 7.9 KB 7.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_2212.tif | 249.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2212 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2212 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_2212_validation.pdf.gz | 208.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_2212_full_validation.pdf.gz | 207.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_2212_validation.xml.gz | 5.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2212 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2212 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2212.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Inlfuenza RNP polymerase-end | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.28 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : influenza virus ribonucleoprotein complex polymerase end
全体 | 名称: influenza virus ribonucleoprotein complex polymerase end |
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要素 |
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-超分子 #1000: influenza virus ribonucleoprotein complex polymerase end
超分子 | 名称: influenza virus ribonucleoprotein complex polymerase end タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 5 |
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-分子 #1: influenza virus ribonucleoprotein complex
分子 | 名称: influenza virus ribonucleoprotein complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Influenza RNP 詳細: Influenza polymerase capping the central RNP filament region 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A/Puerto Rico/8/1934(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / 装置: FEI VITROBOT MARK II |
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-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 20 |
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日付 | 2010年8月27日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD / 実像数: 3437 / 平均電子線量: 15 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: wholeimage |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF ソフトウェア - 名称: XMIPP, IMAGIC, SPIDER, APPION, CTFFIND3 使用した粒子像数: 8484 |