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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22073 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of piggyBac transposase synaptic complex with hairpin DNA (SNHP) | |||||||||
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![]() | piggyBac / synaptic complex / hairpin DNA / transposase / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | PiggyBac transposable element-derived protein / Transposase IS4 / Transposase![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.66 Å | |||||||||
![]() | Chen Q / Hickman AB | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of seamless excision and specific targeting by piggyBac transposase. 著者: Qiujia Chen / Wentian Luo / Ruth Ann Veach / Alison B Hickman / Matthew H Wilson / Fred Dyda / ![]() 要旨: The piggyBac DNA transposon is used widely in genome engineering applications. Unlike other transposons, its excision site can be precisely repaired without leaving footprints and it integrates ...The piggyBac DNA transposon is used widely in genome engineering applications. Unlike other transposons, its excision site can be precisely repaired without leaving footprints and it integrates specifically at TTAA tetranucleotides. We present cryo-EM structures of piggyBac transpososomes: a synaptic complex with hairpin DNA intermediates and a strand transfer complex capturing the integration step. The results show that the excised TTAA hairpin intermediate and the TTAA target adopt essentially identical conformations, providing a mechanistic link connecting the two unique properties of piggyBac. The transposase forms an asymmetric dimer in which the two central domains synapse the ends while two C-terminal domains form a separate dimer that contacts only one transposon end. In the strand transfer structure, target DNA is severely bent and the TTAA target is unpaired. In-cell data suggest that asymmetry promotes synaptic complex formation, and modifying ends with additional transposase binding sites stimulates activity. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 20.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.7 KB 14.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 44 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 516.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 516.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : piggyBac transposase complex with hairpin DNA
全体 | 名称: piggyBac transposase complex with hairpin DNA |
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要素 |
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-超分子 #1: piggyBac transposase complex with hairpin DNA
超分子 | 名称: piggyBac transposase complex with hairpin DNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Transposase
分子 | 名称: Transposase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 68.012969 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MGSSLDDEHI LSALLQSDDE LVGEDSDSEI SDHVSEDDVQ SDTEEAFIDE VHEVQPTSSG SEILDEQNVI EQPGSSLASN KILTLPQRT IRGKNKHCWS TSKSTRRSRV SALNIVRSQR GPTRMCRNIY DPLLCFKLFF TDEIISEIVK WTNAEISLKR R ESMTGATF ...文字列: MGSSLDDEHI LSALLQSDDE LVGEDSDSEI SDHVSEDDVQ SDTEEAFIDE VHEVQPTSSG SEILDEQNVI EQPGSSLASN KILTLPQRT IRGKNKHCWS TSKSTRRSRV SALNIVRSQR GPTRMCRNIY DPLLCFKLFF TDEIISEIVK WTNAEISLKR R ESMTGATF RDTNEDEIYA FFGILVMTAV RKDNHMSTDD LFDRSLSMVY VSVMSRDRFD FLIRCLRMDD KSIRPTLREN DV FTPVRKI WDLFIHQCIQ NYTPGAHLTI DEQLLGFRGR CPFRMYIPNK PSKYGIKILM MCDSGTKYMI NGMPYLGRGT QTN GVPLGE YYVKELSKPV RGSCRNITCD NWFTSIPLAK NLLQEPYKLT IVGTVRSNKR EIPEVLKNSR SRPVGTSMFC FDGP LTLVS YKPKPAKMVY LLSSCDEDAS INESTGKPQM VMYYNQTKGG VDTLDQMCSV MTCSRKTNRW PMALLYGMIN IACIN SFII YSHNVSSKGE KVQSRKKFMR NLYMSLTSSF MRKRLEAPTL KRYLRDNISN ILPNEVPGTS DDSTEEPVTK KRTYCT YCP SKIRRKANAS CKKCKKVICR EHNIDMCQSC F UniProtKB: Transposase |
-分子 #2: hairpin DNA
分子 | 名称: hairpin DNA / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 2 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 22.813643 KDa |
配列 | 文字列: (DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DG) (DA)(DC)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DT)(DT) (DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA) (DC) (DC)(DC)(DT)(DA)(DG) ...文字列: (DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DG) (DA)(DC)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DT)(DT) (DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA) (DC) (DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DA)(DA) (DG)(DA)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC) (DG)(DT) (DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DT)(DG) |
-分子 #3: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-分子 #4: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.8 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: METHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 73.7 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 109 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient |
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得られたモデル | ![]() PDB-6x68: |