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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22020 | |||||||||
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タイトル | hEAAT3-Asymmetric-1o2i | |||||||||
マップデータ | Asymmetric, Outward-facing bound, Inward-facing open | |||||||||
試料 |
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キーワード | Asymmetric / Outward-facing bound / Inward-facing open / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 D-aspartate transmembrane transport / regulation of protein targeting to membrane / D-aspartate transmembrane transporter activity / Defective SLC1A1 is implicated in schizophrenia 18 (SCZD18) and dicarboxylic aminoaciduria (DCBXA) / response to decreased oxygen levels / distal dendrite / response to anesthetic / cysteine transmembrane transporter activity / cysteine transport / neurotransmitter receptor transport to plasma membrane ...D-aspartate transmembrane transport / regulation of protein targeting to membrane / D-aspartate transmembrane transporter activity / Defective SLC1A1 is implicated in schizophrenia 18 (SCZD18) and dicarboxylic aminoaciduria (DCBXA) / response to decreased oxygen levels / distal dendrite / response to anesthetic / cysteine transmembrane transporter activity / cysteine transport / neurotransmitter receptor transport to plasma membrane / high-affinity L-glutamate transmembrane transporter activity / glutamate:sodium symporter activity / L-glutamate import / cellular response to mercury ion / Transport of inorganic cations/anions and amino acids/oligopeptides / zinc ion transmembrane transport / retina layer formation / L-glutamate transmembrane transport / L-glutamate transmembrane transporter activity / cellular response to bisphenol A / L-aspartate transmembrane transport / D-aspartate import across plasma membrane / cellular response to ammonium ion / glutathione biosynthetic process / righting reflex / monoatomic anion channel activity / L-aspartate transmembrane transporter activity / intracellular glutamate homeostasis / L-aspartate import across plasma membrane / grooming behavior / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / proximal dendrite / L-glutamate import across plasma membrane / transepithelial transport / apical dendrite / conditioned place preference / intracellular zinc ion homeostasis / glutamate receptor signaling pathway / cellular response to cocaine / blood vessel morphogenesis / neurotransmitter transport / motor behavior / motor neuron apoptotic process / chloride transmembrane transporter activity / response to morphine / glutamate binding / positive regulation of heart rate / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / adult behavior / maintenance of blood-brain barrier / heart contraction / superoxide metabolic process / dopamine metabolic process / perisynaptic space / transport across blood-brain barrier / glial cell projection / cellular response to organic cyclic compound / asymmetric synapse / response to axon injury / behavioral fear response / synaptic cleft / monoatomic ion transport / axon terminus / chloride transmembrane transport / response to amphetamine / neurogenesis / dendritic shaft / cell periphery / locomotory behavior / long-term synaptic potentiation / regulation of protein phosphorylation / synapse organization / Schaffer collateral - CA1 synapse / brain development / cytokine-mediated signaling pathway / memory / recycling endosome membrane / late endosome membrane / presynapse / cellular response to oxidative stress / gene expression / early endosome membrane / chemical synaptic transmission / perikaryon / negative regulation of neuron apoptotic process / dendritic spine / response to xenobiotic stimulus / apical plasma membrane / membrane raft / axon / neuronal cell body / dendrite / cell surface / endoplasmic reticulum / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.42 Å | |||||||||
データ登録者 | Qiu B / Matthies D | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM structures of excitatory amino acid transporter 3 visualize coupled substrate, sodium, and proton binding and transport. 著者: Biao Qiu / Doreen Matthies / Eva Fortea / Zhiheng Yu / Olga Boudker / 要旨: Human excitatory amino acid transporter 3 (hEAAT3) mediates glutamate uptake in neurons, intestine, and kidney. Here, we report cryo-EM structures of hEAAT3 in several functional states where the ...Human excitatory amino acid transporter 3 (hEAAT3) mediates glutamate uptake in neurons, intestine, and kidney. Here, we report cryo-EM structures of hEAAT3 in several functional states where the transporter is empty, bound to coupled sodium ions only, or fully loaded with three sodium ions, a proton, and the substrate aspartate. The structures suggest that hEAAT3 operates by an elevator mechanism involving three functionally independent subunits. When the substrate-binding site is near the cytoplasm, it has a remarkably low affinity for the substrate, perhaps facilitating its release and allowing the rapid transport turnover. The mechanism of the coupled uptake of the sodium ions and the substrate is conserved across evolutionarily distant families and is augmented by coupling to protons in EAATs. The structures further suggest a mechanism by which a conserved glutamate residue mediates proton symport. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22020.map.gz | 85.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22020-v30.xml emd-22020.xml | 13.6 KB 13.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_22020_fsc.xml | 10.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_22020.png | 36.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-22020.cif.gz | 5.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22020 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22020 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22020_validation.pdf.gz | 582 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22020_full_validation.pdf.gz | 581.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22020_validation.xml.gz | 11.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_22020_validation.cif.gz | 15.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22020 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22020 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22020.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Asymmetric, Outward-facing bound, Inward-facing open | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.832 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Asymmetric hEAAT3 trimer
全体 | 名称: Asymmetric hEAAT3 trimer |
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要素 |
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-超分子 #1: Asymmetric hEAAT3 trimer
超分子 | 名称: Asymmetric hEAAT3 trimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Excitatory amino acid transporter 3
分子 | 名称: Excitatory amino acid transporter 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: The Glycine and Proline at the N terminal are the residues left after PreScission Protease treatment コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 57.301168 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: GPMGKPARKG CEWKRFLKNN WVLLSTVAAV VLGITTGVLV REHSNLSTLE KFYFAFPGEI LMRMLKLIIL PLIISSMITG VAALDSNVS GKIGLRAVVY YFCTTLIAVI LGIVLVVSIK PGVTQKVGEI ARTGSTPEVS TVDAMLDLIR NMFPENLVQA C FQQYKTKR ...文字列: GPMGKPARKG CEWKRFLKNN WVLLSTVAAV VLGITTGVLV REHSNLSTLE KFYFAFPGEI LMRMLKLIIL PLIISSMITG VAALDSNVS GKIGLRAVVY YFCTTLIAVI LGIVLVVSIK PGVTQKVGEI ARTGSTPEVS TVDAMLDLIR NMFPENLVQA C FQQYKTKR EEVKPPSDPE MNMTEESFTA VMTTAISKNK TKEYKIVGMY SDGINVLGLI VFCLVFGLVI GKMGEKGQIL VD FFNALSD ATMKIVQIIM CYMPLGILFL IAGKIIEVED WEIFRKLGLY MATVLTGLAI HSIVILPLIY FIVVRKNPFR FAM GMAQAL LTALMISSSS ATLPVTFRCA EENNQVDKRI TRFVLPVGAT INMDGTALYE AVAAVFIAQL NDLDLGIGQI ITIS ITATS ASIGAAGVPQ AGLVTMVIVL SAVGLPAEDV TLIIAVDWLL DRFRTMVNVL GDAFGTGIVE KLSKKELEQM DVSSE VNIV NPFALESTIL DNEDSDTKKS YVNGGFAVDK SDTISFTQTS QF UniProtKB: Excitatory amino acid transporter 3 |
-分子 #2: ASPARTIC ACID
分子 | 名称: ASPARTIC ACID / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: ASP |
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分子量 | 理論値: 133.103 Da |
Chemical component information | ChemComp-ASP: |
-分子 #3: SODIUM ION
分子 | 名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 |
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分子量 | 理論値: 22.99 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 6 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot 3s. | ||||||||||||||||||
詳細 | This sample was mono disperse |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |