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万見
- EMDB-21921: Cryo-EM structure of Bacillus subtilis RNA Polymerase in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21921
タイトルCryo-EM structure of Bacillus subtilis RNA Polymerase in complex with HelD
マップデータRNA Polymerase in complex with HelD
試料
  • 複合体: DNA-directed RNA polymerase complex with helD
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: UPF0356 protein YkzG
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • タンパク質・ペプチド: DNA helicase IV
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードRNA POLYMERASE / TRANSFERASE-HELD COMPLEX / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA helicase complex / nucleoid / recombinational repair / 3'-5' DNA helicase activity / DNA-directed RNA polymerase complex / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / DNA helicase / protein dimerization activity ...DNA helicase complex / nucleoid / recombinational repair / 3'-5' DNA helicase activity / DNA-directed RNA polymerase complex / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / DNA helicase / protein dimerization activity / response to antibiotic / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / RNA polymerase epsilon subunit / RNA polymerase epsilon subunit / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD/REP helicase N-terminal domain / UvrD-like helicase, ATP-binding domain / UvrD-like DNA helicase ATP-binding domain profile. / DNA helicase, UvrD/REP type / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit ...: / RNA polymerase epsilon subunit / RNA polymerase epsilon subunit / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD/REP helicase N-terminal domain / UvrD-like helicase, ATP-binding domain / UvrD-like DNA helicase ATP-binding domain profile. / DNA helicase, UvrD/REP type / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit epsilon / DNA helicase IV / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌) / Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.36 Å
データ登録者Newing T / Tolun G
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Molecular basis for RNA polymerase-dependent transcription complex recycling by the helicase-like motor protein HelD.
著者: Timothy P Newing / Aaron J Oakley / Michael Miller / Catherine J Dawson / Simon H J Brown / James C Bouwer / Gökhan Tolun / Peter J Lewis /
要旨: In bacteria, transcription complexes stalled on DNA represent a major source of roadblocks for the DNA replication machinery that must be removed in order to prevent damaging collisions. Gram- ...In bacteria, transcription complexes stalled on DNA represent a major source of roadblocks for the DNA replication machinery that must be removed in order to prevent damaging collisions. Gram-positive bacteria contain a transcription factor HelD that is able to remove and recycle stalled complexes, but it was not known how it performed this function. Here, using single particle cryo-electron microscopy, we have determined the structures of Bacillus subtilis RNA polymerase (RNAP) elongation and HelD complexes, enabling analysis of the conformational changes that occur in RNAP driven by HelD interaction. HelD has a 2-armed structure which penetrates deep into the primary and secondary channels of RNA polymerase. One arm removes nucleic acids from the active site, and the other induces a large conformational change in the primary channel leading to removal and recycling of the stalled polymerase, representing a novel mechanism for recycling transcription complexes in bacteria.
履歴
登録2020年5月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年11月18日-
マップ公開2020年11月18日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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  • 原子モデル: PDB-6wvk
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21921.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21921.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 20.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈RNA Polymerase in complex with HelD
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.84 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.535 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-6.2898326 - 11.466825
平均 (標準偏差)0.031941988 (±0.7351843)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin476371
サイズ194164169
Spacing169194164
セルA: 141.95999 Å / B: 162.95999 Å / C: 137.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.840.840.84
M x/y/z169194164
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z141.960162.960137.760
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ714763
NX/NY/NZ169194164
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS634771
NC/NR/NS164194169
D min/max/mean-6.29011.4670.032

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : DNA-directed RNA polymerase complex with helD

全体名称: DNA-directed RNA polymerase complex with helD
要素
  • 複合体: DNA-directed RNA polymerase complex with helD
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: UPF0356 protein YkzG
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • タンパク質・ペプチド: DNA helicase IV
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: DNA-directed RNA polymerase complex with helD

超分子名称: DNA-directed RNA polymerase complex with helD / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: LK637
分子量理論値: 442.06 KDa

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分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 34.842387 KDa
配列文字列: MIEIEKPKIE TVEISDDAKF GKFVVEPLER GYGTTLGNSL RRILLSSLPG AAVTSIQIDG VLHEFSTIEG VVEDVTTIIL HIKKLALKI YSDEEKTLEI DVQGEGTVTA ADITHDSDVE ILNPDLHIAT LGENASFRVR LTAQRGRGYT PADANKRDDQ P IGVIPIDS ...文字列:
MIEIEKPKIE TVEISDDAKF GKFVVEPLER GYGTTLGNSL RRILLSSLPG AAVTSIQIDG VLHEFSTIEG VVEDVTTIIL HIKKLALKI YSDEEKTLEI DVQGEGTVTA ADITHDSDVE ILNPDLHIAT LGENASFRVR LTAQRGRGYT PADANKRDDQ P IGVIPIDS IYTPVSRVSY QVENTRVGQV ANYDKLTLDV WTDGSTGPKE AIALGSKILT EHLNIFVGLT DEAQHAEIMV EK EEDQKEK VLEMTIEELD LSVRSYNCLK RAGINTVQEL ANKTEEDMMK VRNLGRKSLE EVKAKLEELG LGLRKDD

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

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分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 133.847938 KDa
配列文字列: MTGQLVQYGR HRQRRSYARI SEVLELPNLI EIQTSSYQWF LDEGLREMFQ DISPIEDFTG NLSLEFIDYS LGEPKYPVEE SKERDVTYS APLRVKVRLI NKETGEVKDQ DVFMGDFPIM TDTGTFIING AERVIVSQLV RSPSVYFSGK VDKNGKKGFT A TVIPNRGA ...文字列:
MTGQLVQYGR HRQRRSYARI SEVLELPNLI EIQTSSYQWF LDEGLREMFQ DISPIEDFTG NLSLEFIDYS LGEPKYPVEE SKERDVTYS APLRVKVRLI NKETGEVKDQ DVFMGDFPIM TDTGTFIING AERVIVSQLV RSPSVYFSGK VDKNGKKGFT A TVIPNRGA WLEYETDAKD VVYVRIDRTR KLPVTVLLRA LGFGSDQEIL DLIGENEYLR NTLDKDNTEN SDKALLEIYE RL RPGEPPT VENAKSLLDS RFFDPKRYDL ANVGRYKINK KLHIKNRLFN QRLAETLVDP ETGEILAEKG QILDRRTLDK VLP YLENGI GFRKLYPNGG VVEDEVTLQS IKIFAPTDQE GEQVINVIGN AYIEEEIKNI TPADIISSIS YFFNLLHGVG DTDD IDHLG NRRLRSVGEL LQNQFRIGLS RMERVVRERM SIQDTNTITP QQLINIRPVI ASIKEFFGSS QLSQFMDQTN PLAEL THKR RLSALGPGGL TRERAGMEVR DVHYSHYGRM CPIETPEGPN IGLINSLSSY AKVNRFGFIE TPYRRVDPET GKVTGR IDY LTADEEDNYV VAQANARLDD EGAFIDDSIV ARFRGENTVV SRNRVDYMDV SPKQVVSAAT ACIPFLENDD SNRALMG AN MQRQAVPLMQ PEAPFVGTGM EYVSGKDSGA AVICKHPGIV ERVEAKNVWV RRYEEVDGQK VKGNLDKYSL LKFVRSNQ G TCYNQRPIVS VGDEVVKGEI LADGPSMELG ELALGRNVMV GFMTWDGYNY EDAIIMSERL VKDDVYTSIH IEEYESEAR DTKLGPEEIT RDIPNVGEDA LRNLDDRGII RIGAEVKDGD LLVGKVTPKG VTELTAEERL LHAIFGEKAR EVRDTSLRVP HGGGGIIHD VKVFNREDGD ELPPGVNQLV RVYIVQKRKI SEGDKMAGRH GNKGVISKIL PEEDMPYLPD GTPIDIMLNP L GVPSRMNI GQVLELHMGM AARYLGIHIA SPVFDGAREE DVWETLEEAG MSRDAKTVLY DGRTGEPFDN RVSVGIMYMI KL AHMVDDK LHARSTGPYS LVTQQPLGGK AQFGGQRFGE MEVWALEAYG AAYTLQEILT VKSDDVVGRV KTYEAIVKGD NVP EPGVPE SFKVLIKELQ SLGMDVKILS GDEEEIEMRD LEDEEDAKQA DGLALSGDEE PEETASADVE RDVVTKE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

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分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 134.444953 KDa
配列文字列: MLDVNNFEYM NIGLASPDKI RSWSFGEVKK PETINYRTLK PEKDGLFCER IFGPTKDWEC HCGKYKRVRY KGVVCDRCGV EVTRAKVRR ERMGHIELAA PVSHIWYFKG IPSRMGLVLD MSPRALEEVI YFASYVVTDP ANTPLEKKQL LSEKEYRAYL D KYGNKFQA ...文字列:
MLDVNNFEYM NIGLASPDKI RSWSFGEVKK PETINYRTLK PEKDGLFCER IFGPTKDWEC HCGKYKRVRY KGVVCDRCGV EVTRAKVRR ERMGHIELAA PVSHIWYFKG IPSRMGLVLD MSPRALEEVI YFASYVVTDP ANTPLEKKQL LSEKEYRAYL D KYGNKFQA SMGAEAIHKL LQDIDLVKEV DMLKEELKTS QGQRRTRAIK RLEVLEAFRN SGNKPSWMIL DVLPVIPPEL RP MVQLDGG RFATSDLNDL YRRVINRNNR LKRLLDLGAP SIIVQNEKRM LQEAVDALID NGRRGRPVTG PGNRPLKSLS HML KGKQGR FRQNLLGKRV DYSGRSVIVV GPHLKMYQCG LPKEMALELF KPFVMKELVE KGLAHNIKSA KRKIERVQPE VWDV LESVI KEHPVLLNRA PTLHRLGIQA FEPTLVEGRA IRLHPLVCTA YNADFDGDQM AVHVPLSAEA QAEARILMLA AQNIL NPKD GKPVVTPSQD MVLGNYYLTL ERAGAVGEGM VFKNTDEALL AYQNGYVHLH TRVAVAANSL KNVTFTEEQR SKLLIT TVG KLVFNEILPE SFPYMNEPTK SNIEEKTPDR FFLEKGADVK AVIAQQPINA PFKKGILGKI IAEIFKRFHI TETSKML DR MKNLGFKYST KAGITVGVSD IVVLDDKQEI LEEAQSKVDN VMKQFRRGLI TEEERYERVI SIWSAAKDVI QGKLMKSL D ELNPIYMMSD SGARGNASNF TQLAGMRGLM ANPAGRIIEL PIKSSFREGL TVLEYFISTH GARKGLADTA LKTADSGYL TRRLVDVAQD VIIRETDCGT DRGILAKPLK EGTETIERLE ERLIGRFARK QVKHPETGEV LVNENELIDE DKALEIVEAG IEEVWIRSA FTCNTPHGVC KRCYGRNLAT GSDVEVGEAV GIIAAQSIGE PGTQLTMRTF HTGGVAGDDI TQGLPRIQEL F EARNPKGQ ATITEIDGTV VEINEVRDKQ QEIVVQGAVE TRSYTAPYNS RLKVAEGDKI TRGQVLTEGS IDPKELLKVT DL TTVQEYL LHEVQKVYRM QGVEIGDKHV EVMVRQMLRK VRVIDAGDTD VLPGTLLDIH QFTEANKKVL LEGNRPATGR PVL LGITKA SLETDSFLSA ASFQETTRVL TDAAIKGKRD ELLGLKENVI IGKLVPAGTG MMKYRKVKPV SNVQPTDDMV PVE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

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分子 #4: UPF0356 protein YkzG

分子名称: UPF0356 protein YkzG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 8.263358 KDa
配列文字列:
MIYKVFYQEK ADEVPVREKT DSLYIEGVSE RDVRTKLKEK KFNIEFITPV DGAFLEYEQQ SENFKVLEL

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit epsilon

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分子 #5: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit omega / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 7.766921 KDa
配列文字列:
MLDPSIDSLM NKLDSKYTLV TVSARRAREM QIKKDQMIEH TISHKYVGKA LEEIDAGLLS FEKEDRE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

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分子 #6: DNA helicase IV

分子名称: DNA helicase IV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 90.052516 KDa
配列文字列: MNQQDKEWKE EQSRIDEVLK ELEKKERFLE TSAGGLKHDI IGLRKSFWED VKVNFDDAHE AIETMASIKQ QAELLSDREH NHRRMDQQL KRIHQLKKSP YFGRIDFIEN GEEQAERIYI GLASCLDEKE EHFLIYDWRA PISSLYYNYS PGKAEYEVPG E TIEGEMVL ...文字列:
MNQQDKEWKE EQSRIDEVLK ELEKKERFLE TSAGGLKHDI IGLRKSFWED VKVNFDDAHE AIETMASIKQ QAELLSDREH NHRRMDQQL KRIHQLKKSP YFGRIDFIEN GEEQAERIYI GLASCLDEKE EHFLIYDWRA PISSLYYNYS PGKAEYEVPG E TIEGEMVL KRQFMIKNGT LKAMFNTDMT IGDEMLQEVL SHHSDTQMKN IVSTIQKEQN QIIRNEKSKI LIVQGAAGSG KT SAALQRV AYLLYRHRGV IDAGQIVLFS PNFLFNSYVS SVLPELGEEN MEQATFQEYI EHRLGRKFKC ESPFDQLEYC LTE TKGGDF PTRLAGITWK AGLSFQQFIN EYVTRLSSEG MIFKNIIFRG QKLITKEQIQ SYFYSLDQNH SIPNRMEQTA KWLL SELNK LEKKERRKDW VVHEAELLDK EDYLDVYKKL QERKRFSEST FNDYQREQQL LAAIIVKKAF KPLKQAVRLL AFLDV TQLY LQLFSGWGGK FQHEKMDAIG ELTRSAFTDN KLLYEDAAPF LYMQDLIEGR KKNTKIKHLF IDEAQDYSPF QMAYMR SIF PAASMTVLGD INQSIYAHTI NGDQRMDACF EDEPAEYVRL KRTYRSTRQI VEFTKAMLQD GADIEPFNRS GEMPLVV KT EGHESLCQKL AQEIGRLKKK GHETIAVICK TAHQCIQAHA HMSEYTDVRL IHKENQPFQK GVCVIPVYLA KGIEFDAV L VYDASEEHYH TEHDRRLLYT ACTRAMHMLA VFYTGEASPF VTAVPPHLYQ IAE

UniProtKB: DNA helicase IV

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分子 #7: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #8: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.57 mg/mL
緩衝液pH: 7.8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMNH2C(CH2OH)3Tris
150.0 mMNaClSodium Chloride
10.0 mMMgCl2Magnesium Chloride
1.0 mM(HO2CCH2)2NCH2CH2N(CH2CO2H)2EDTA
5.0 mMHSCH2CH(OH)CH(OH)CH2SHDTT
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 50 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 32 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.02 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Sample loading volume ranged between 2 and 3 microlitres. Samples were blotted for 5 seconds prior to vitrification..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-60 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4331 / 平均露光時間: 9.0 sec. / 平均電子線量: 63.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 59500 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 580468
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: The initial model was generated using the "3D initial model" algorithm in RELION 3.1
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 65356
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-6wvk:
Cryo-EM structure of Bacillus subtilis RNA Polymerase in complex with HelD

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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