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万見
- EMDB-21668: Capsid structure of Penaeus monodon metallodensovirus following E... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21668
タイトルCapsid structure of Penaeus monodon metallodensovirus following EDTA treatment
マップデータCapsid structure of Penaeus monodon metallodensovirus, EDTA-treated
試料
  • ウイルス: Penaeus monodon metallodensovirus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein
キーワードparvovirus / densovirus / Penaeus monodon / crustacean / pathogen / Parvovirinae / metallodensovirus / shrimp / prawn / capsid / VIRUS LIKE PARTICLE
生物種Penaeus monodon metallodensovirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Penzes JJ / Pham HT
資金援助 カナダ, 米国, 5件
OrganizationGrant number国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)S10 OD018142-01 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)S10 RR025080-01 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM109524 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM082946 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020
タイトル: Molecular biology and structure of a novel penaeid shrimp densovirus elucidate convergent parvoviral host capsid evolution.
著者: Judit J Pénzes / Hanh T Pham / Paul Chipman / Nilakshee Bhattacharya / Robert McKenna / Mavis Agbandje-McKenna / Peter Tijssen /
要旨: The giant tiger prawn () is a decapod crustacean widely reared for human consumption. Currently, viruses of two distinct lineages of parvoviruses (PVs, family ; subfamily ) infect penaeid shrimp. ...The giant tiger prawn () is a decapod crustacean widely reared for human consumption. Currently, viruses of two distinct lineages of parvoviruses (PVs, family ; subfamily ) infect penaeid shrimp. Here, a PV was isolated and cloned from Vietnamese specimens, designated metallodensovirus (PmMDV). This is the first member of a third divergent lineage shown to infect penaeid decapods. PmMDV has a transcription strategy unique among invertebrate PVs, using extensive alternative splicing and incorporating transcription elements characteristic of vertebrate-infecting PVs. The PmMDV proteins have no significant sequence similarity with other PVs, except for an SF3 helicase domain in its nonstructural protein. Its capsid structure, determined by cryoelectron microscopy to 3-Å resolution, has a similar surface morphology to densovirus, despite the lack of significant capsid viral protein (VP) sequence similarity. Unlike other PVs, PmMDV folds its VP without incorporating a βA strand and displayed unique multimer interactions, including the incorporation of a Ca cation, attaching the N termini under the icosahedral fivefold symmetry axis, and forming a basket-like pentamer helix bundle. While the PmMDV VP sequence lacks a canonical phospholipase A2 domain, the structure of an EDTA-treated capsid, determined to 2.8-Å resolution, suggests an alternative membrane-penetrating cation-dependent mechanism in its N-terminal region. PmMDV is an observed example of convergent evolution among invertebrate PVs with respect to host-driven capsid structure and unique as a PV showing a cation-sensitive/dependent basket structure for an alternative endosomal egress.
履歴
登録2020年4月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年4月22日-
マップ公開2020年4月22日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2
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  • 原子モデル: PDB-6wh7
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6wh7
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21668.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21668.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 246 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Capsid structure of Penaeus monodon metallodensovirus, EDTA-treated
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.059 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.5 / ムービー #1: 2
最小 - 最大-13.196812 - 25.411819999999999
平均 (標準偏差)-0.000000000335478 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-200-200-200
サイズ401401401
Spacing401401401
セルA=B=C: 424.659 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0591.0591.059
M x/y/z401401401
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z424.659424.659424.659
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-200-200-200
NX/NY/NZ401401401
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS-200-200-200
NC/NR/NS401401401
D min/max/mean-13.19725.412-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Penaeus monodon metallodensovirus

全体名称: Penaeus monodon metallodensovirus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Penaeus monodon metallodensovirus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein

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超分子 #1: Penaeus monodon metallodensovirus

超分子名称: Penaeus monodon metallodensovirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2672571 / 生物種: Penaeus monodon metallodensovirus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Penaeus monodon (ウシエビ)
ウイルス殻Shell ID: 1 / T番号(三角分割数): 1

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分子 #1: Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein

分子名称: Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Penaeus monodon metallodensovirus (ウイルス)
分子量理論値: 41.130918 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSDEVSSSTD VVSRKRRRHD EGGKALEDIA VHGASEGDGS APGGSVWQTT DYIALSMVVY RTAIKLRNFV NIRGLTPTEM IVIPWNVMR FYCEYNTGTY GLSGNVHHKN YSMLLACKAH RPTKVGYTLS NLILTSDELV STGGTLGTTT TFNTSPYMIH S IDDQQCLS ...文字列:
MSDEVSSSTD VVSRKRRRHD EGGKALEDIA VHGASEGDGS APGGSVWQTT DYIALSMVVY RTAIKLRNFV NIRGLTPTEM IVIPWNVMR FYCEYNTGTY GLSGNVHHKN YSMLLACKAH RPTKVGYTLS NLILTSDELV STGGTLGTTT TFNTSPYMIH S IDDQQCLS KVYPKTDTVW PVSSMRELDY VASTVSGDNA IIPSTIFNKN RYWKQGDDAL HFSHDLDLGF WFGSDYGNAY VP QNNDSMN AVGTIPTSKH INVRGVNNRG MAGHYLSFPP IRTNDGQFKL NAQFTLETEI EFEFRLWEQG VQGINSVHTN LNP ANDSLW IQSYGSLVSI TESKINNIQF GPTCPRVDAR NKGGKMSMLF DHH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8.2
構成要素 - 名称: Universal buffer, supplemented with 100 mM EDTA
詳細: 20 mM HEPES, 20 mM MES, 20 mM sodium acetate, 0.15 M NaCl, 3.7 mM CaCl2, 100 mM EDTA
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio model prediction
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.78 Å / 解像度の算出法: FSC 3 SIGMA CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Auto3DEM (ver. 4.05.2) / 使用した粒子像数: 30977
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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