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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21657 | |||||||||
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タイトル | BatAAV-10HB - empty particles | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Icosahedral Capsid / AAV / Gene Therapy / non-primate / Bat / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity / VP1 capsid 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Bat adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス) / Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.03 Å | |||||||||
データ登録者 | Mietzsch M / Agbandje-McKenna M | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2020 タイトル: Structural characterization of a bat Adeno-associated virus capsid. 著者: Mario Mietzsch / Ya Li / Justin Kurian / James Kennon Smith / Paul Chipman / Robert McKenna / Lin Yang / Mavis Agbandje-McKenna / 要旨: Adeno-associated viruses (AAVs) are widespread among vertebrates. AAVs isolated from bats display low capsid protein sequence identities (<60%) to AAV2, AAV5, and other primate AAVs. Here we report the first capsid structure of a non-primate AAV which was isolated from bats. The capsid structure of BtAAV-10HB (10HB) was determined by cryo-electron microscopy and three-dimensional image reconstruction to 3.03 Å resolution. Comparison of empty and genome-containing capsids showed that the capsid structures are almost identical except for an ordered nucleotide in a previously described nucleotide-binding pocket, the density in the 5-fold channel, and several amino acids with altered side chain conformations. Compared to other dependoparvoviruses, for example AAV2 and AAV5, 10HB displays unique structural features including insertions and deletions in capsid surface loops. Overall, the 10HB capsid structure superposes with an RMSD of 1.7 Å and 1.8 Å to AAV2 and AAV5, respectively. Currently all approved AAV human gene therapy biologics and vectors in clinical trials are based on primate isolates. However, pre-existing neutralizing antibodies in the human population represents a hurdle to their use. 10HB capsids are capable of packaging AAV2 vector genomes and thus have potential as gene delivery vectors. Significantly, a screen with human sera showed lack of recognition by the 10HB capsid. Thus, the different capsid surface of 10HB vectors likely renders it "invisible" to potential pre-existing neutralizing human anti-AAV antibodies especially because this virus or similar variants do not exist in primate populations. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21657.map.gz | 226.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21657-v30.xml emd-21657.xml | 9.5 KB 9.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_21657.png | 297.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-21657.cif.gz | 5.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21657 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21657 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_21657_validation.pdf.gz | 809.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_21657_full_validation.pdf.gz | 809.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_21657_validation.xml.gz | 7.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_21657_validation.cif.gz | 8.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21657 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21657 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21657.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.063 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Adeno-associated virus
全体 | 名称: Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Adeno-associated virus
超分子 | 名称: Adeno-associated virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 272636 / 生物種: Adeno-associated virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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-分子 #1: VP1 capsid
分子 | 名称: VP1 capsid / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bat adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス) |
分子量 | 理論値: 57.741039 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DGVGQSSGNW HCDSVWMGDR VLTKSTRTWS LPTYNNHLYK QINGSGTGDA VYFGYSTPWG YFDFNRFHCH FSPRDWQRLV NNHWGIRPR RLNFKLFNIQ VKEVTTTDGT KTIANNLTST VQVFADTEHQ LPYILGSAHE GCMPPFPADV FMLPQYGYLT L NGPGSNNN ...文字列: DGVGQSSGNW HCDSVWMGDR VLTKSTRTWS LPTYNNHLYK QINGSGTGDA VYFGYSTPWG YFDFNRFHCH FSPRDWQRLV NNHWGIRPR RLNFKLFNIQ VKEVTTTDGT KTIANNLTST VQVFADTEHQ LPYILGSAHE GCMPPFPADV FMLPQYGYLT L NGPGSNNN NLSTPSSAFY CLEYFPSQML RTGNNFVFTY EFEKVPFHSM FMHNQALDRL MNPLVDQYLW YLDATSGNNL TF RKAGAKN FPEYFRNWIP GPGCRNQQWN KVGTKNNPQT GTWASANKWR LQGRLNKYAP GQPNAPAEGF LTNAGDLAFA NAK ATGATT AAGTVPADIL LTSESETTTT NMMSNNGWGA IASNNQNASV APTVQYEDSA HVLPGMVWQD RDIYLQGPIW AKIP ETDGH FHPSPLMGGF GLKNPPPQIL IKNTPVPADP PTQFSSQKIN SFITQYSTGQ MTVEIEWELR KENSKRWNPE IQYTA NFNN SANAQFSVNN NGLYIEDRTI GTRYLTHTL UniProtKB: VP1 capsid |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 75.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM / 使用した粒子像数: 4088 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |