+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21517 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of anti-CRISPR AcrIF9 and dsDNA, bound to the type I-F crRNA-guided CRISPR surveillance complex | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
| ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / Proteus penneri (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Hirschi M / Santiago-Frangos A / Wilkinson R / Golden SM / Wiedenheft B / Lander GC | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: AcrIF9 tethers non-sequence specific dsDNA to the CRISPR RNA-guided surveillance complex. 著者: Marscha Hirschi / Wang-Ting Lu / Andrew Santiago-Frangos / Royce Wilkinson / Sarah M Golden / Alan R Davidson / Gabriel C Lander / Blake Wiedenheft / 要旨: Bacteria have evolved sophisticated adaptive immune systems, called CRISPR-Cas, that provide sequence-specific protection against phage infection. In turn, phages have evolved a broad spectrum of ...Bacteria have evolved sophisticated adaptive immune systems, called CRISPR-Cas, that provide sequence-specific protection against phage infection. In turn, phages have evolved a broad spectrum of anti-CRISPRs that suppress these immune systems. Here we report structures of anti-CRISPR protein IF9 (AcrIF9) in complex with the type I-F CRISPR RNA-guided surveillance complex (Csy). In addition to sterically blocking the hybridization of complementary dsDNA to the CRISPR RNA, our results show that AcrIF9 binding also promotes non-sequence-specific engagement with dsDNA, potentially sequestering the complex from target DNA. These findings highlight the versatility of anti-CRISPR mechanisms utilized by phages to suppress CRISPR-mediated immune systems. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21517.map.gz | 25.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-21517-v30.xml emd-21517.xml | 19 KB 19 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_21517.png | 72.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21517 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21517 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_21517_validation.pdf.gz | 377.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_21517_full_validation.pdf.gz | 376.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_21517_validation.xml.gz | 5.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21517 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21517 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21517.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.15 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Anti-CRISPR AcrIF9 bound to the type I-F crRNA-guided CRISPR surv...
+超分子 #1: Anti-CRISPR AcrIF9 bound to the type I-F crRNA-guided CRISPR surv...
+超分子 #2: type I-F crRNA-guided CRISPR surveillance complex
+超分子 #3: Anti-CRISPR AcrIF9
+分子 #1: CRISPR-associated protein Csy1
+分子 #2: Type I-F CRISPR-associated protein Csy2
+分子 #3: CRISPR-associated protein Csy3
+分子 #4: RNA (60-MER)
+分子 #5: CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4
+分子 #6: anti-CRISPR AcrIF9
+分子 #7: non-target dsDNA
+分子 #8: non-target dsDNA
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
---|---|
グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 実像数: 6472 / 平均露光時間: 11.5 sec. / 平均電子線量: 66.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 36000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 1049173 |
---|---|
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 152066 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |