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万見
- PDB-6whi: Cryo-electron microscopy structure of the type I-F CRISPR RNA-gui... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6whi
タイトルCryo-electron microscopy structure of the type I-F CRISPR RNA-guided surveillance complex bound to the anti-CRISPR AcrIF9
要素
  • (CRISPR-associated protein ...) x 2
  • (non-target dsDNA) x 2
  • CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4
  • RNA (60-MER)
  • Type I-F CRISPR-associated protein Csy2
  • anti-CRISPR AcrIF9
キーワードIMMUNE SYSTEM/DNA/RNA / type I-F CRISPR RNA-guided surveillance complex / Csy complex / IMMUNE SYSTEM-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated protein Csy1 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy1) / CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4, subtype I-F/YPEST / CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4, subtype I-F/YPEST superfamily / CRISPR-associated protein (Cas_Csy4) / CRISPR-associated protein Csy2 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy2) / CRISPR-associated protein Csy3 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy3)
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy3 / Uncharacterized protein / SH3b domain-containing protein / CRISPR-associated protein Csy1 / CRISPR-associated protein Csy2 ...: / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy3 / Uncharacterized protein / SH3b domain-containing protein / CRISPR-associated protein Csy1 / CRISPR-associated protein Csy2 / CRISPR-associated protein Csy3 / CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
Proteus penneri (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Hirschi, M. / Santiago-Frangos, A. / Wilkinson, R. / Golden, S.M. / Wiedenheft, B. / Lander, G.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Office of the DirectorDP2EB020402 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM134867 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD021634 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: AcrIF9 tethers non-sequence specific dsDNA to the CRISPR RNA-guided surveillance complex.
著者: Marscha Hirschi / Wang-Ting Lu / Andrew Santiago-Frangos / Royce Wilkinson / Sarah M Golden / Alan R Davidson / Gabriel C Lander / Blake Wiedenheft /
要旨: Bacteria have evolved sophisticated adaptive immune systems, called CRISPR-Cas, that provide sequence-specific protection against phage infection. In turn, phages have evolved a broad spectrum of ...Bacteria have evolved sophisticated adaptive immune systems, called CRISPR-Cas, that provide sequence-specific protection against phage infection. In turn, phages have evolved a broad spectrum of anti-CRISPRs that suppress these immune systems. Here we report structures of anti-CRISPR protein IF9 (AcrIF9) in complex with the type I-F CRISPR RNA-guided surveillance complex (Csy). In addition to sterically blocking the hybridization of complementary dsDNA to the CRISPR RNA, our results show that AcrIF9 binding also promotes non-sequence-specific engagement with dsDNA, potentially sequestering the complex from target DNA. These findings highlight the versatility of anti-CRISPR mechanisms utilized by phages to suppress CRISPR-mediated immune systems.
履歴
登録2020年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21517
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated protein Csy1
B: Type I-F CRISPR-associated protein Csy2
C: CRISPR-associated protein Csy3
D: CRISPR-associated protein Csy3
E: CRISPR-associated protein Csy3
F: CRISPR-associated protein Csy3
G: CRISPR-associated protein Csy3
H: CRISPR-associated protein Csy3
M: RNA (60-MER)
L: CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4
I: anti-CRISPR AcrIF9
J: anti-CRISPR AcrIF9
N: non-target dsDNA
Q: non-target dsDNA
P: non-target dsDNA
O: non-target dsDNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)475,49916
ポリマ－475,49916
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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CRISPR-associated protein ... , 2種, 7分子 ACDEFGH

#1: タンパク質 CRISPR-associated protein Csy1 / Csy1 (Cas8f)


分子量: 49194.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: csy1, PA14_33330 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02ML9
#3: タンパク質
CRISPR-associated protein Csy3 / Csy3 (Cas7f)


分子量: 39778.594 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: EQH76_13805, FCG96_17770 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A444M080, UniProt: Q02MM1*PLUS

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タンパク質 , 3種, 4分子 BLIJ

#2: タンパク質 Type I-F CRISPR-associated protein Csy2 / Csy2 (Cas5f)


分子量: 36244.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: csy2, ALP65_00953, EQH76_13810, FCG96_17775, PACL_0128
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3G161, UniProt: Q02MM0*PLUS
#5: タンパク質 CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4 / Csy4 (Cas6f)


分子量: 21427.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: cas6f, csy4, PA14_33300 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q02MM2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#6: タンパク質 anti-CRISPR AcrIF9


分子量: 7863.849 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Proteus penneri (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C0AVY5

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RNA鎖 , 1種, 1分子 M

#4: RNA鎖 RNA (60-MER)


分子量: 19265.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 313291946

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DNA鎖 , 2種, 4分子 NQPO

#7: DNA鎖 non-target dsDNA


分子量: 23797.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
#8: DNA鎖 non-target dsDNA


分子量: 23687.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Ternary complex of the type I-F CRISPR RNA-guided surveillance complex with the anti-CRISPR AcrIF9 and non-specific double stranded DNACOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2type I-F crRNA-guided CRISPR surveillance complexCOMPLEX#1-#5, #7-#81RECOMBINANT
3Anti-CRISPR AcrIF9COMPLEX#61RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)287
23Proteus penneri (バクテリア)102862
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Escherichia coli (大腸菌)562
23Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 1.25 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 36000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 11.5 sec. / 電子線照射量: 66 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 6472
画像スキャン動画フレーム数/画像: 120

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解析

CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 1049173
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 152066 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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