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万見
- EMDB-21335: Nanodisc of full-length HIV-1 Envelope glycoprotein clone AMC011 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21335
タイトルNanodisc of full-length HIV-1 Envelope glycoprotein clone AMC011 in complex with one PGT151 Fab and three 10E8 Fabs
マップデータAMC011FL nanodisc in complex with PGT151 Fab and 10E8 Fab
試料
  • 複合体: Nanodisc of full-length HIV-1 Envelope glycoprotein clone AMC011 in complex with one PGT151 Fab and three 10E8 Fabs
    • 複合体: AMC011
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp120
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp41
    • 複合体: 10E8 Fab
      • タンパク質・ペプチド: Antibody 10E8 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Antibody 10E8 Fab light chain
    • 複合体: MPER peptide
      • タンパク質・ペプチド: MPER peptide
    • 複合体: PGT151 Fab
      • タンパク質・ペプチド: Antibody PGT151 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Antibody PGT151 Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: (2R)-3-(phosphonooxy)propane-1,2-diyl dihexanoate
機能・相同性
機能・相同性情報


virus-mediated perturbation of host defense response => GO:0019049 / : / Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / viral process / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 ...virus-mediated perturbation of host defense response => GO:0019049 / : / Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / viral process / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Env polyprotein / Envelope glycoprotein gp160 / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.0 Å
データ登録者Rantalainen K / Ward ABW
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1AI100663 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1115782 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1AI144462 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: HIV-1 Envelope and MPER Antibody Structures in Lipid Assemblies.
著者: Kimmo Rantalainen / Zachary T Berndsen / Aleksandar Antanasijevic / Torben Schiffner / Xi Zhang / Wen-Hsin Lee / Jonathan L Torres / Lei Zhang / Adriana Irimia / Jeffrey Copps / Kenneth H ...著者: Kimmo Rantalainen / Zachary T Berndsen / Aleksandar Antanasijevic / Torben Schiffner / Xi Zhang / Wen-Hsin Lee / Jonathan L Torres / Lei Zhang / Adriana Irimia / Jeffrey Copps / Kenneth H Zhou / Young D Kwon / William H Law / Chaim A Schramm / Raffaello Verardi / Shelly J Krebs / Peter D Kwong / Nicole A Doria-Rose / Ian A Wilson / Michael B Zwick / John R Yates / William R Schief / Andrew B Ward /
要旨: Structural and functional studies of HIV envelope glycoprotein (Env) as a transmembrane protein have long been complicated by challenges associated with inherent flexibility of the molecule and the ...Structural and functional studies of HIV envelope glycoprotein (Env) as a transmembrane protein have long been complicated by challenges associated with inherent flexibility of the molecule and the membrane-embedded hydrophobic regions. Here, we present approaches for incorporating full-length, wild-type HIV-1 Env, as well as C-terminally truncated and stabilized versions, into lipid assemblies, providing a modular platform for Env structural studies by single particle electron microscopy. We reconstitute a full-length Env clone into a nanodisc, complex it with a membrane-proximal external region (MPER) targeting antibody 10E8, and structurally define the full quaternary epitope of 10E8 consisting of lipid, MPER, and ectodomain contacts. By aligning this and other Env-MPER antibody complex reconstructions with the lipid bilayer, we observe evidence of Env tilting as part of the neutralization mechanism for MPER-targeting antibodies. We also adapt the platform toward vaccine design purposes by introducing stabilizing mutations that allow purification of unliganded Env with a peptidisc scaffold.
履歴
登録2020年2月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年3月4日-
マップ公開2020年4月22日-
更新2020年12月2日-
現状2020年12月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.269
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.269
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6vpx
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6vpx
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21335.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21335.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈AMC011FL nanodisc in complex with PGT151 Fab and 10E8 Fab
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.15 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.269 / ムービー #1: 0.269
最小 - 最大-1.3951252 - 2.1693735
平均 (標準偏差)0.010015027 (±0.06887877)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 368.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.151.151.15
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z368.000368.000368.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-1.3952.1690.010

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_21335_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: AMC011FL nanodisc in complex with PGT151 Fab and 10E8 Fab Half map 1

ファイルemd_21335_half_map_1.map
注釈AMC011FL nanodisc in complex with PGT151 Fab and 10E8 Fab Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: AMC011FL nanodisc in complex with PGT151 Fab and 10E8 Fab Half map 2

ファイルemd_21335_half_map_2.map
注釈AMC011FL nanodisc in complex with PGT151 Fab and 10E8 Fab Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Nanodisc of full-length HIV-1 Envelope glycoprotein clone AMC011 ...

全体名称: Nanodisc of full-length HIV-1 Envelope glycoprotein clone AMC011 in complex with one PGT151 Fab and three 10E8 Fabs
要素
  • 複合体: Nanodisc of full-length HIV-1 Envelope glycoprotein clone AMC011 in complex with one PGT151 Fab and three 10E8 Fabs
    • 複合体: AMC011
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp120
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp41
    • 複合体: 10E8 Fab
      • タンパク質・ペプチド: Antibody 10E8 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Antibody 10E8 Fab light chain
    • 複合体: MPER peptide
      • タンパク質・ペプチド: MPER peptide
    • 複合体: PGT151 Fab
      • タンパク質・ペプチド: Antibody PGT151 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Antibody PGT151 Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: (2R)-3-(phosphonooxy)propane-1,2-diyl dihexanoate

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超分子 #1: Nanodisc of full-length HIV-1 Envelope glycoprotein clone AMC011 ...

超分子名称: Nanodisc of full-length HIV-1 Envelope glycoprotein clone AMC011 in complex with one PGT151 Fab and three 10E8 Fabs
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7

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超分子 #2: AMC011

超分子名称: AMC011 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: 10E8 Fab

超分子名称: 10E8 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #4: MPER peptide

超分子名称: MPER peptide / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #5: PGT151 Fab

超分子名称: PGT151 Fab / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6-#7
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Envelope glycoprotein gp120

分子名称: Envelope glycoprotein gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 51.997066 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AEQLWVTVYY GVPVWKEATT TLFCASDARA YDTEVHNVWA THACVPTDPN PQEVVLENVT ENFNMWKNNM VEQMHEDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL NCTDLRNSSS GEKMEGGEIK NCSFNITTSM RDKVQKEYAL FYKLDVVPIK NDNTSYRLIS C NTSVITQA ...文字列:
AEQLWVTVYY GVPVWKEATT TLFCASDARA YDTEVHNVWA THACVPTDPN PQEVVLENVT ENFNMWKNNM VEQMHEDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL NCTDLRNSSS GEKMEGGEIK NCSFNITTSM RDKVQKEYAL FYKLDVVPIK NDNTSYRLIS C NTSVITQA CPKVSFEPIP IHYCAPAGFA ILKCNDKKFN GTGPCTNVST VQCTHGIRPV VSTQLLLNGS LAEEEVVIRS AN FTDNAKI IIVQLNKSVE INCTRPNNNT RKSIHIGPGR AFYTTGEIIG DIRQAHCNIS GTKWNDTLKQ IVVKLKEQFG NKT IVFNHS SGGDPEIVMH SFNCGGEFFY CNSTQLFNST WNDTEGSNNT KGNGTIVLPC RIKQIVNMWQ EVGKAMYAPP IKGQ IRCSS NITGLILIRD GGNNNESTEI FRPGGGDMRD NWRSELYKYK VVKIEPLGIA PTKAKRRVVQ

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分子 #2: Envelope glycoprotein gp41

分子名称: Envelope glycoprotein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 17.298646 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AVGIGAVFLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RLLLSGIVQQ QNNLLRAIEA QQHLLQLTVW GIKQLQARVL AVERYLKDQQ LLGIWGCSG KLICTTAVPW NTSWSNKSYN QIWNNMTWME WEREIDNYTS LIYTLIEDSQ NQQEKNEQEL LELD

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分子 #3: Antibody 10E8 Fab heavy chain

分子名称: Antibody 10E8 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.43309 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EVQLVESGGG LVKPGGSLRL SCSASGFDFD NAWMTWVRQP PGKGLEWVGR ITGPGEGWSV DYAAPVEGRF TISRLNSINF LYLEMNNLR MEDSGLYFCA RTGKYYDFWS GYPPGEEYFQ DWGRGTLVTV

+
分子 #4: Antibody 10E8 Fab light chain

分子名称: Antibody 10E8 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.585818 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
YELTQETGVS VALGRTVTIT CRGDSLRSHY ASWYQKKPGQ APILLFYGKN NRPSGVPDRF SGSASGNRAS LTISGAQAED DAEYYCSSR DKSGSRLSVF GGGTKLTVL

+
分子 #5: MPER peptide

分子名称: MPER peptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 2.147495 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
NWFDITNVLW WIKAVIQ

+
分子 #6: Antibody PGT151 Fab heavy chain

分子名称: Antibody PGT151 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.090016 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
VQLVESGGGV VQPGKSVRLS CVVSDFPFSK YPMYWVRQAP GKGLEWVAAI SGDAWHVVYS NSVQGRFLVS RDNVKNTLYL EMNSLKIED TAVYRCARMF QESGPPRLDR WSGRNYYYYS GMDVWGQGTT VTVSS

+
分子 #7: Antibody PGT151 Fab light chain

分子名称: Antibody PGT151 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.94036 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
IVMTQTPLSL SVTPGQPASI SCKSSESLRQ SNGKTSLYWY RQKPGQSPQL LVFEVSNRFS GVSDRFVGSG SGTDFTLRIS RVEAEDVGF YYCMQSKDFP LTFGGGTKVD

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分子 #17: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 43 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #18: (2R)-3-(phosphonooxy)propane-1,2-diyl dihexanoate

分子名称: (2R)-3-(phosphonooxy)propane-1,2-diyl dihexanoate / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 3 / 式: 44E
分子量理論値: 368.36 Da
Chemical component information

ChemComp-44E:
(2R)-3-(phosphonooxy)propane-1,2-diyl dihexanoate / 1,2-ジカプロイル-sn-ホスファチジン酸 / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.15 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッド支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Nanodisc of full-length HIV-1 Envelope glycoprotein clone AMC011 in complex with one PGT151 Fab and three 10E8 Fabs

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 2750 / 平均電子線量: 48.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 128594
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab-initio model generated with cryoSPARC2
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.8.0) / 使用した粒子像数: 40079
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル(PDB ID:

6olp

,

5t80

)
詳細Coordinates of the fitted models are not refined.
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6vpx:
Nanodisc of full-length HIV-1 Envelope glycoprotein clone AMC011 in complex with one PGT151 Fab and three 10E8 Fabs

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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