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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21222 | |||||||||
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タイトル | CryoEM map of Hrd1-Usa1/Der1/Hrd3 of the flipped topology | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | retro-translocation / ERAD / protein degradation / ubiquitination / PROTEIN TRANSPORT | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Hrd1p ubiquitin ligase ERAD-M complex / detection of unfolded protein / luminal surveillance complex / Hrd1p ubiquitin ligase complex / ubiquitin-dependent glycoprotein ERAD pathway / misfolded protein transport / Hrd1p ubiquitin ligase ERAD-L complex / fungal-type cell wall organization / negative regulation of protein autoubiquitination / misfolded protein binding ...Hrd1p ubiquitin ligase ERAD-M complex / detection of unfolded protein / luminal surveillance complex / Hrd1p ubiquitin ligase complex / ubiquitin-dependent glycoprotein ERAD pathway / misfolded protein transport / Hrd1p ubiquitin ligase ERAD-L complex / fungal-type cell wall organization / negative regulation of protein autoubiquitination / misfolded protein binding / positive regulation of protein autoubiquitination / retrograde protein transport, ER to cytosol / ubiquitin-specific protease binding / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / protein autoubiquitination / protein K48-linked ubiquitination / ERAD pathway / endoplasmic reticulum unfolded protein response / RING-type E3 ubiquitin transferase / mRNA splicing, via spliceosome / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / molecular adaptor activity / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / identical protein binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Wu X / Rapoport TA | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2020 タイトル: Structural basis of ER-associated protein degradation mediated by the Hrd1 ubiquitin ligase complex. 著者: Xudong Wu / Marc Siggel / Sergey Ovchinnikov / Wei Mi / Vladimir Svetlov / Evgeny Nudler / Maofu Liao / Gerhard Hummer / Tom A Rapoport / 要旨: Misfolded luminal endoplasmic reticulum (ER) proteins undergo ER-associated degradation (ERAD-L): They are retrotranslocated into the cytosol, polyubiquitinated, and degraded by the proteasome. ERAD- ...Misfolded luminal endoplasmic reticulum (ER) proteins undergo ER-associated degradation (ERAD-L): They are retrotranslocated into the cytosol, polyubiquitinated, and degraded by the proteasome. ERAD-L is mediated by the Hrd1 complex (composed of Hrd1, Hrd3, Der1, Usa1, and Yos9), but the mechanism of retrotranslocation remains mysterious. Here, we report a structure of the active Hrd1 complex, as determined by cryo-electron microscopy analysis of two subcomplexes. Hrd3 and Yos9 jointly create a luminal binding site that recognizes glycosylated substrates. Hrd1 and the rhomboid-like Der1 protein form two "half-channels" with cytosolic and luminal cavities, respectively, and lateral gates facing one another in a thinned membrane region. These structures, along with crosslinking and molecular dynamics simulation results, suggest how a polypeptide loop of an ERAD-L substrate moves through the ER membrane. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21222.map.gz | 14.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21222-v30.xml emd-21222.xml | 15.6 KB 15.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_21222.png | 102.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-21222.cif.gz | 6.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21222 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21222 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_21222_validation.pdf.gz | 544.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_21222_full_validation.pdf.gz | 543.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_21222_validation.xml.gz | 5.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_21222_validation.cif.gz | 5.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21222 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21222 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21222.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : complex of Hrd1-Usa1/Der1/Hrd3 of the flipped topology
全体 | 名称: complex of Hrd1-Usa1/Der1/Hrd3 of the flipped topology |
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要素 |
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-超分子 #1: complex of Hrd1-Usa1/Der1/Hrd3 of the flipped topology
超分子 | 名称: complex of Hrd1-Usa1/Der1/Hrd3 of the flipped topology タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-分子 #1: U1 SNP1-associating protein 1
分子 | 名称: U1 SNP1-associating protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 39.944301 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
配列 | 文字列: VRAADNTSSA NDNNTVENDE SAWNRRVVRP LRNSFPLLLV LIRTFYLIGY NSLVPFFIIL EFGSFLPWKY IILLSLLFIF RTVWNTQEV WNLWRDYLHL NEIDEVKFSQ IKEFINSNSL TLNFYKKCKD TQSAIDLLMI PNLHEQRLSV YSKYDIEYDT N TPDVGQLN ...文字列: VRAADNTSSA NDNNTVENDE SAWNRRVVRP LRNSFPLLLV LIRTFYLIGY NSLVPFFIIL EFGSFLPWKY IILLSLLFIF RTVWNTQEV WNLWRDYLHL NEIDEVKFSQ IKEFINSNSL TLNFYKKCKD TQSAIDLLMI PNLHEQRLSV YSKYDIEYDT N TPDVGQLN LLFIKVLSGE IPKDALDELF KEFFELYETT RNMNTLYPQD SLNELLLMIW KESQKKDINT LPKYRRWFQT LC SQIAEHN VLDVVLRYII PDPVNDRVIT AVIKNFVLFW VTLLPYVKEK LDDIVAQRAR DREQPAPSAQ QQENEDEALI IPD EEEPTA TGAQPHLYIP DED UniProtKB: U1 SNP1-associating protein 1 |
-分子 #2: Degradation in the endoplasmic reticulum protein 1
分子 | 名称: Degradation in the endoplasmic reticulum protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 24.411715 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
配列 | 文字列: MDAVILNLLG DIPLVTRLWT IGCLVLSGLT SLRIVDPGKV VYSYDLVFKK GQYGRLLYSI FDYGAFNWIS MINIFVSANH LSTLENSFN LRRKFCWIIF LLLVILVKMT SIEQPAASLG VLLHENLVYY ELKKNGNQMN VRFFGAIDVS PSIFPIYMNA V MYFVYKRS ...文字列: MDAVILNLLG DIPLVTRLWT IGCLVLSGLT SLRIVDPGKV VYSYDLVFKK GQYGRLLYSI FDYGAFNWIS MINIFVSANH LSTLENSFN LRRKFCWIIF LLLVILVKMT SIEQPAASLG VLLHENLVYY ELKKNGNQMN VRFFGAIDVS PSIFPIYMNA V MYFVYKRS WLEIAMNFMP GHVIYYMDDI IGKIYGIDLC KSPYDWFRNT ETP UniProtKB: Degradation in the endoplasmic reticulum protein 1 |
-分子 #3: ERAD-associated E3 ubiquitin-protein ligase component HRD3
分子 | 名称: ERAD-associated E3 ubiquitin-protein ligase component HRD3 タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 88.239102 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
配列 | 文字列: MITLLLYLCV ICNAIVLIRA DSIADPWPEA RHLLNTIAKS RDPMKEAAME PNADEFVGFY VPMDYSPRNE EKNYQSIWQN EITDSQRHI YELLVQSSEQ FNNSEATYTL SQIHLWSQYN FPHNMTLAHK YLEKFNDLTH FTNHSAIFDL AVMYATGGCA S GNDQTVIP ...文字列: MITLLLYLCV ICNAIVLIRA DSIADPWPEA RHLLNTIAKS RDPMKEAAME PNADEFVGFY VPMDYSPRNE EKNYQSIWQN EITDSQRHI YELLVQSSEQ FNNSEATYTL SQIHLWSQYN FPHNMTLAHK YLEKFNDLTH FTNHSAIFDL AVMYATGGCA S GNDQTVIP QDSAKALLYY QRAAQLGNLK AKQVLAYKYY SGFNVPRNFH KSLVLYRDIA EQLRKSYSRD EWDIVFPYWE SY NVRISDF ESGLLGKGLN SVPSSTVRKR TTRPDIGSPF IAQVNGVQMT LQIEPMGRFA FNGNDGNING DEDDEDASER RII RIYYAA LNDYKGTYSQ SRNCERAKNL LELTYKEFQP HVDNLDPLQV FYYVRCLQLL GHMYFTGEGS SKPNIHMAEE ILTT SLEIS RRAQGPIGRA CIDLGLINQY ITNNISQAIS YYMKAMKTQA NNGIVEFQLS KLATSFPEEK IGDPFNLMET AYLNG FIPA IYEFAVMIES GMNSKSSVEN TAYLFKTFVD KNEAIMAPKL RTAFAALIND RSEVALWAYS QLAEQGYETA QVSAAY LMY QLPYEFEDPP RTTDQRKTLA ISYYTRAFKQ GNIDAGVVAG DIYFQMQNYS KAMALYQGAA LKYSIQAIWN LGYMHEH GL GVNRDFHLAK RYYDQVSEHD HRFYLASKLS VLKLHLKSWL TWITREKVNY WKPSSPLNPN EDTQHSKTSW YKQLTKIL Q RMRHKEDSDK AAEDSHKHRT VVQNGANHRG DDQEEASEIL GFQMED UniProtKB: ERAD-associated E3 ubiquitin-protein ligase component HRD3 |
-分子 #4: ERAD-associated E3 ubiquitin-protein ligase HRD1
分子 | 名称: ERAD-associated E3 ubiquitin-protein ligase HRD1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RING-type E3 ubiquitin transferase |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 55.638773 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
配列 | 文字列: MVPENRRKQL AIFVVVTYLL TFYCVYSATK TSVSFLQVTL KLNEGFNLMV LSIFILLNST LLWQLLTKLL FGELRLIEHE HIFERLPFT IINTLFMSSL FHERYFFTVA FFGLLLLYLK VFHWILKDRL EALLQSINDS TTMKTLIFSR FSFNLVLLAV V DYQIITRC ...文字列: MVPENRRKQL AIFVVVTYLL TFYCVYSATK TSVSFLQVTL KLNEGFNLMV LSIFILLNST LLWQLLTKLL FGELRLIEHE HIFERLPFT IINTLFMSSL FHERYFFTVA FFGLLLLYLK VFHWILKDRL EALLQSINDS TTMKTLIFSR FSFNLVLLAV V DYQIITRC ISSIYTNQKS DIESTSLYLI QVMEFTMLLI DLLNLFLQTC LNFWEFYRSQ QSLSNENNHI VHGDPTDENT VE SDQSQPV LNDDDDDDDD DRQFTGLEGK FMYEKAIDVF TRFLKTALHL SMLIPFRMPM MLLKDVVWDI LALYQSGTSL WKI WRNNKQ LDDTLVTVTV EQLQNSANDD NICIICMDEL IHSPNQQTWK NKNKKPKRLP CGHILHLSCL KNWMERSQTC PICR LPVFD EKGNVVQTTF TSNSDITTQT TVTDSTGIAT DQQGFANEVD LLPTRTTSPD IRIVPTQNID TLAMRTRSTS TPSPT UniProtKB: ERAD-associated E3 ubiquitin-protein ligase HRD1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 5 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 54.8 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: RANDOM CONICAL TILT |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 252744 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) |