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万見
- EMDB-21149: Cryo-EM structure of IRP2-FBXL5-SKP1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21149
タイトルCryo-EM structure of IRP2-FBXL5-SKP1 complex
マップデータIRP2-FBXL5-SKP1 complex
試料
  • 複合体: IRP2-FBLX5-SKP1 complex
    • タンパク質・ペプチド: Iron-responsive element binding protein 2, isoform CRA_a
    • タンパク質・ペプチド: F-box/LRR-repeat protein 5
    • タンパク質・ペプチド: S-phase kinase-associated protein 1
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
キーワードE3 ligase / [2Fe-2S] cluster / Iron metabolism / LIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


aconitate hydratase activity / iron-responsive element binding / : / F-box domain binding / citrate metabolic process / PcG protein complex / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling ...aconitate hydratase activity / iron-responsive element binding / : / F-box domain binding / citrate metabolic process / PcG protein complex / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / maintenance of protein location in nucleus / intestinal absorption / erythrocyte homeostasis / SCF ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Prolactin receptor signaling / protein monoubiquitination / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / cullin family protein binding / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / protein K48-linked ubiquitination / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / ubiquitin ligase complex / translation repressor activity / tricarboxylic acid cycle / Regulation of BACH1 activity / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / osteoclast differentiation / post-embryonic development / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / molecular function activator activity / Vpu mediated degradation of CD4 / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Degradation of GLI1 by the proteasome / Activation of NF-kappaB in B cells / Negative regulation of NOTCH4 signaling / Iron uptake and transport / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / CLEC7A (Dectin-1) signaling / beta-catenin binding / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / FCERI mediated NF-kB activation / Interleukin-1 signaling / Orc1 removal from chromatin / protein polyubiquitination / positive regulation of protein catabolic process / ubiquitin-protein transferase activity / Regulation of RUNX2 expression and activity / Cyclin D associated events in G1 / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Circadian Clock / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Downstream TCR signaling / Neddylation / mitotic cell cycle / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / iron ion transport / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / intracellular iron ion homeostasis / protein ubiquitination / chromatin remodeling / iron ion binding / protein domain specific binding / centrosome / perinuclear region of cytoplasm / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Iron regulatory protein 2 / Aconitase/Iron-responsive element-binding protein 2 / Aconitase A, swivel domain / FBXL5-like, hemerythrin-like domain / Aconitase/3-isopropylmalate dehydratase large subunit, alpha/beta/alpha domain / Aconitase/3-isopropylmalate dehydratase large subunit, alpha/beta/alpha, subdomain 1/3 / Aconitase family, 4Fe-4S cluster binding site / Aconitase, iron-sulfur domain / Aconitase family (aconitate hydratase) / Aconitase family signature 1. ...Iron regulatory protein 2 / Aconitase/Iron-responsive element-binding protein 2 / Aconitase A, swivel domain / FBXL5-like, hemerythrin-like domain / Aconitase/3-isopropylmalate dehydratase large subunit, alpha/beta/alpha domain / Aconitase/3-isopropylmalate dehydratase large subunit, alpha/beta/alpha, subdomain 1/3 / Aconitase family, 4Fe-4S cluster binding site / Aconitase, iron-sulfur domain / Aconitase family (aconitate hydratase) / Aconitase family signature 1. / Aconitase family signature 2. / Aconitase A/isopropylmalate dehydratase small subunit, swivel domain / Aconitase C-terminal domain / Aconitase/3-isopropylmalate dehydratase, swivel / Hemerythrin-like / Hemerythrin HHE cation binding domain / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / A Receptor for Ubiquitination Targets / F-box domain profile. / F-box-like domain superfamily / F-box-like / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / F-box domain / Leucine Rich repeat / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Iron-responsive element-binding protein 2 / Iron-responsive element-binding protein 2 / S-phase kinase-associated protein 1 / F-box/LRR-repeat protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Wang H / Shi H
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020
タイトル: FBXL5 Regulates IRP2 Stability in Iron Homeostasis via an Oxygen-Responsive [2Fe2S] Cluster.
著者: Hui Wang / Hui Shi / Malini Rajan / Elizabeth R Canarie / Seoyeon Hong / Daniele Simoneschi / Michele Pagano / Matthew F Bush / Stefan Stoll / Elizabeth A Leibold / Ning Zheng /
要旨: Cellular iron homeostasis is dominated by FBXL5-mediated degradation of iron regulatory protein 2 (IRP2), which is dependent on both iron and oxygen. However, how the physical interaction between ...Cellular iron homeostasis is dominated by FBXL5-mediated degradation of iron regulatory protein 2 (IRP2), which is dependent on both iron and oxygen. However, how the physical interaction between FBXL5 and IRP2 is regulated remains elusive. Here, we show that the C-terminal substrate-binding domain of FBXL5 harbors a [2Fe2S] cluster in the oxidized state. A cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of the IRP2-FBXL5-SKP1 complex reveals that the cluster organizes the FBXL5 C-terminal loop responsible for recruiting IRP2. Interestingly, IRP2 binding to FBXL5 hinges on the oxidized state of the [2Fe2S] cluster maintained by ambient oxygen, which could explain hypoxia-induced IRP2 stabilization. Steric incompatibility also allows FBXL5 to physically dislodge IRP2 from iron-responsive element RNA to facilitate its turnover. Taken together, our studies have identified an iron-sulfur cluster within FBXL5, which promotes IRP2 polyubiquitination and degradation in response to both iron and oxygen concentrations.
履歴
登録2019年12月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年1月29日-
マップ公開2020年8月5日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6vcd
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21149.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21149.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 129.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈IRP2-FBXL5-SKP1 complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.056 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.16048244 - 0.27316839
平均 (標準偏差)0.00006698928 (±0.0030271355)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ324324324
Spacing324324324
セルA=B=C: 342.144 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0561.0561.056
M x/y/z324324324
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z342.144342.144342.144
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS324324324
D min/max/mean-0.1600.2730.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : IRP2-FBLX5-SKP1 complex

全体名称: IRP2-FBLX5-SKP1 complex
要素
  • 複合体: IRP2-FBLX5-SKP1 complex
    • タンパク質・ペプチド: Iron-responsive element binding protein 2, isoform CRA_a
    • タンパク質・ペプチド: F-box/LRR-repeat protein 5
    • タンパク質・ペプチド: S-phase kinase-associated protein 1
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

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超分子 #1: IRP2-FBLX5-SKP1 complex

超分子名称: IRP2-FBLX5-SKP1 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Iron-responsive element binding protein 2, isoform CRA_a

分子名称: Iron-responsive element binding protein 2, isoform CRA_a
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 105.165328 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDAPKAGYAF EYLIETLNDS SHKKFFDVSK LGTKYDVLPY SIRVLLEAAV RNCDGFLMKK EDVMNILDWK TKQSNVEVPF FPARVLLQD FTGIPAMVDF AAMREAVKTL GGDPEKVHPA CPTDLTVDHS LQIDFSKCAI QNAPNPGGGD LQKAGKLSPL K VQPKKLPC ...文字列:
MDAPKAGYAF EYLIETLNDS SHKKFFDVSK LGTKYDVLPY SIRVLLEAAV RNCDGFLMKK EDVMNILDWK TKQSNVEVPF FPARVLLQD FTGIPAMVDF AAMREAVKTL GGDPEKVHPA CPTDLTVDHS LQIDFSKCAI QNAPNPGGGD LQKAGKLSPL K VQPKKLPC RGQTTCRGSC DSGELGRNSG TFSSQIENTP ILCPFHLQPV PEPETVLKNQ EVEFGRNRER LQFFKWSSRV FK NVAVIPP GTGMAHQINL EYLSRVVFEE KDLLFPDSVV GTDSHITMVN GLGILGWGVG GIETEAVMLG LPVSLTLPEV VGC ELTGSS NPFVTSIDVV LGITKHLRQV GVAGKFVEFF GSGVSQLSIV DRTTIANMCP EYGAILSFFP VDNVTLKHLE HTGF SKAKL ESMETYLKAV KLFRNDQNSS GEPEYSQVIQ INLNSIVPSV SGPKRPQDRV AVTDMKSDFQ ACLNEKVGFK GFQIA AEKQ KDIVSIHYEG SEYKLSHGSV VIAAVISCTN NCNPSVMLAA GLLAKKAVEA GLRVKPYIRT SLSPGSGMVT HYLSSS GVL PYLSKLGFEI VGYGCSTCVG NTAPLSDAVL NAVKQGDLVT CGILSGNKNF EGRLCDCVRA NYLASPPLVV AYAIAGT VN IDFQTEPLGT DPTGKNIYLH DIWPSREEVH RVEEEHVILS MFKALKDKIE MGNKRWNSLE APDSVLFPWD LKSTYIRC P SFFDKLTKEP IALQAIENAH VLLYLGDSVT TDHISPAGSI ARNSAAAKYL TNRGLTPREF NSYGARRGND AVMTRGTFA NIKLFNKFIG KPAPKTIHFP SGQTLDVFEA AELYQKEGIP LIILAGKKYG SGNSRDWAAK GPYLLGVKAV LAESYEKIHK DHLIGIGIA PLQFLPGENA DSLGLSGRET FSLTFPEELS PGITLNIQTS TGKVFSVIAS FEDDVEITLY KHGGLLNFVA R KFS

UniProtKB: Iron-responsive element-binding protein 2

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分子 #2: F-box/LRR-repeat protein 5

分子名称: F-box/LRR-repeat protein 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 54.832441 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: EHSTGITHLP PEVMLSIFSY LNPQELCRCS QVSMKWSQLT KTGSLWKHLY PVHWARGDWY SGPATELDTE PDDEWVKNRK DESRAFHEW DEDADIDESE ESAEESIAIS IAQMEKRLLH GLIHNVLPYV GTSVKTLVLA YSSAVSSKMV RQILELCPNL E HLDLTQTD ...文字列:
EHSTGITHLP PEVMLSIFSY LNPQELCRCS QVSMKWSQLT KTGSLWKHLY PVHWARGDWY SGPATELDTE PDDEWVKNRK DESRAFHEW DEDADIDESE ESAEESIAIS IAQMEKRLLH GLIHNVLPYV GTSVKTLVLA YSSAVSSKMV RQILELCPNL E HLDLTQTD ISDSAFDSWS WLGCCQSLRH LDLSGCEKIT DVALEKISRA LGILTSHQSG FLKTSTSKIT STAWKNKDIT MQ STKQYAC LHDLTNKGIG EEIDNEHPWT KPVSSENFTS PYVWMLDAED LADIEDTVEW RHRNVESLCV METASNFSCS TSG CFSKDI VGLRTSVCWQ QHCASPAFAY CGHSFCCTGT ALRTMSSLPE SSAMCRKAAR TRLPRGKDLI YFGSEKSDQE TGRV LLFLS LSGCYQITDH GLRVLTLGGG LPYLEHLNLS GCLTITGAGL QDLVSACPSL NDEYFYYCDN INGPHADTAS GCQNL QCGF RACCRSGE

UniProtKB: F-box/LRR-repeat protein 5

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分子 #3: S-phase kinase-associated protein 1

分子名称: S-phase kinase-associated protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 18.679965 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MPSIKLQSSD GEIFEVDVEI AKQSVTIKTM LEDLGMDDEG DDDPVPLPNV NAAILKKVIQ WCTHHKDDPP PPEDDENKEK RTDDIPVWD QEFLKVDQGT LFELILAANY LDIKGLLDVT CKTVANMIKG KTPEEIRKTF NIKNDFTEEE EAQVRKENQW C EEK

UniProtKB: S-phase kinase-associated protein 1

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分子 #4: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 73.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: generated by relion
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 955060
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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