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万見
- EMDB-21035: Structure of NPC1-like intracellular cholesterol transporter 1 (N... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21035
タイトルStructure of NPC1-like intracellular cholesterol transporter 1 (NPC1L1)
マップデータStructure of full-length NPC1L1
試料
  • 細胞器官・細胞要素: NPC1-like intracellular cholesterol transporter 1 (NPC1L1)
    • タンパク質・ペプチド: NPC1-like intracellular cholesterol transporter 1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CHOLESTEROL
機能・相同性
機能・相同性情報


Intestinal lipid absorption / cellular response to sterol depletion / vitamin E binding / vitamin E metabolic process / sterol transport / sterol binding / vitamin transport / cholesterol import / intestinal cholesterol absorption / lipid transporter activity ...Intestinal lipid absorption / cellular response to sterol depletion / vitamin E binding / vitamin E metabolic process / sterol transport / sterol binding / vitamin transport / cholesterol import / intestinal cholesterol absorption / lipid transporter activity / lipoprotein metabolic process / myosin V binding / cholesterol transport / response to muscle activity / heterocyclic compound binding / cholesterol binding / cholesterol biosynthetic process / cholesterol homeostasis / brush border membrane / small GTPase binding / response to xenobiotic stimulus / apical plasma membrane / protein homodimerization activity / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
NPC1-like / Niemann-Pick C1, N-terminal / Niemann-Pick C1 N terminus / Sterol-sensing domain of SREBP cleavage-activation / Protein patched/dispatched / Patched family / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain
類似検索 - ドメイン・相同性
NPC1-like intracellular cholesterol transporter 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Huang CS / Yu X / Min X / Wang Z
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structures of NPC1L1 reveal mechanisms of cholesterol transport and ezetimibe inhibition.
著者: Ching-Shin Huang / Xinchao Yu / Preston Fordstrom / Kaylee Choi / Ben C Chung / Soung-Hun Roh / Wah Chiu / Mingyue Zhou / Xiaoshan Min / Zhulun Wang /
要旨: The intestinal absorption of cholesterol is mediated by a multipass membrane protein, Niemann-Pick C1-Like 1 (NPC1L1), the molecular target of a cholesterol lowering therapy ezetimibe. While ...The intestinal absorption of cholesterol is mediated by a multipass membrane protein, Niemann-Pick C1-Like 1 (NPC1L1), the molecular target of a cholesterol lowering therapy ezetimibe. While ezetimibe gained Food and Drug Administration approval in 2002, its mechanism of action has remained unclear. Here, we present two cryo-electron microscopy structures of NPC1L1, one in its apo form and the other complexed with ezetimibe. The apo form represents an open state in which the N-terminal domain (NTD) interacts loosely with the rest of NPC1L1, leaving the NTD central cavity accessible for cholesterol loading. The ezetimibe-bound form signifies a closed state in which the NTD rotates ~60°, creating a continuous tunnel enabling cholesterol movement into the plasma membrane. Ezetimibe blocks cholesterol transport by occluding the tunnel instead of competing with cholesterol binding. These findings provide insight into the molecular mechanisms of NPC1L1-mediated cholesterol transport and ezetimibe inhibition, paving the way for more effective therapeutic development.
履歴
登録2019年11月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年1月29日-
マップ公開2020年7月1日-
更新2020年7月29日-
現状2020年7月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.011
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.011
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6v3f
  • 表面レベル: 0.011
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21035.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21035.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of full-length NPC1L1
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.862 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.011 / ムービー #1: 0.011
最小 - 最大-0.03853866 - 0.074918784
平均 (標準偏差)0.00008924439 (±0.002086216)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 275.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8620.8620.862
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z275.840275.840275.840
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0390.0750.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : NPC1-like intracellular cholesterol transporter 1 (NPC1L1)

全体名称: NPC1-like intracellular cholesterol transporter 1 (NPC1L1)
要素
  • 細胞器官・細胞要素: NPC1-like intracellular cholesterol transporter 1 (NPC1L1)
    • タンパク質・ペプチド: NPC1-like intracellular cholesterol transporter 1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CHOLESTEROL

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超分子 #1: NPC1-like intracellular cholesterol transporter 1 (NPC1L1)

超分子名称: NPC1-like intracellular cholesterol transporter 1 (NPC1L1)
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: NPC1-like intracellular cholesterol transporter 1

分子名称: NPC1-like intracellular cholesterol transporter 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 147.640188 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ELYTPKHEAG VCTFYEECGK NPELSGGLTS LSNVSCLSNT PARHVTGEHL ALLQRICPRL YNGPNTTFAC CSTKQLLSLE SSMSITKAL LTRCPACSDN FVSLHCHNTC SPDQSLFINV TRVVERGAGE PPAVVAYEAF YQRSFAEKAY ESCSQVRIPA A ASLAVGSM ...文字列:
ELYTPKHEAG VCTFYEECGK NPELSGGLTS LSNVSCLSNT PARHVTGEHL ALLQRICPRL YNGPNTTFAC CSTKQLLSLE SSMSITKAL LTRCPACSDN FVSLHCHNTC SPDQSLFINV TRVVERGAGE PPAVVAYEAF YQRSFAEKAY ESCSQVRIPA A ASLAVGSM CGVYGSALCN AQRWLNFQGD TGNGLAPLDI TFHLLEPGQA LPDGIQPLNG KIAPCNESQG DDSAVCSCQD CA ASCPVIP PPEALRPSFY MGRMPGWLAL IIIFTAVFVL LSAVLVRLRV VSNRNKNKAE GPQEAPKLPH KHKLSPHTIL GRF FQNWGT RVASWPLTVL ALSFIVVIAL AAGLTFIELT TDPVELWSAP KSQARKEKSF HDEHFGPFFR TNQIFVTARN RSSY KYDSL LLGSKNFSGI LSLDFLLELL ELQERLRHLQ VWSPEAERNI SLQDICYAPL NPYNTSLSDC CVNSLLQYFQ NNRTL LMLT ANQTLNGQTS LVDWKDHFLY CANAPLTFKD GTSLALSCMA DYGAPVFPFL AVGGYQGTDY SEAEALIITF SLNNYP ADD PRMAQAKLWE EAFLKEMESF QRNTSDKFQV AFSAERSLED EINRTTIQDL PVFAVSYIIV FLYISLALGS YSRCSRV AV ESKATLGLGG VIVVLGAVLA AMGFYSYLGV PSSLVIIQVV PFLVLAVGAD NIFIFVLEYQ RLPRMPGEQR EAHIGRTL G SVAPSMLLCS LSEAICFFLG ALTPMPAVRT FALTSGLAII LDFLLQMTAF VALLSLDSKR QEASRPDVLC CFSTRKLPP PKEKEGLLLR FFRKIYAPFL LHRFIRPVVM LLFLTLFGAN LYLMCNINVG LDQELALPKD SYLIDYFLFL NRYLEVGPPV YFVTTSGFN FSSEAGMNAT CSSAGCKSFS LTQKIQYASE FPDQSYVAIA ASSWVDDFID WLTPSSSCCR LYIRGPHKDE F CPSTDTSF NCLKNCMNRT LGPVRPTAEQ FHKYLPWFLN DPPNIRCPKG GLAAYRTSVN LSSDGQVIAS QFMAYHKPLR NS QDFTEAL RASRLLAANI TADLRKVPGT DPNFEVFPYT ISNVFYQQYL TVLPEGIFTL ALCFVPTFVV CYLLLGLDMC SGI LNLLSI IMILVDTIGL MAVWGISYNA VSLINLVTAV GMSVEFVSHI TRSFAVSTKP TRLERAKDAT VFMGSAVFAG VAMT NFPGI LILGFAQAQL IQIFFFRLNL LITLLGLLHG LVFLPVVLSY LGPDVNQALV QEEKLASEAA VAPEPSCPQY PSPAD ADAN VNYGFAPELA HGANAARSSL PKSDQKFENL YFQGDYKDDD DKHHHHHHHH HH

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 10 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #4: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 46.76 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 使用した粒子像数: 144908
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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