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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21015 | |||||||||
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タイトル | Two-pore channel 3 | |||||||||
マップデータ | Unsharpened map from non-uniform refinement in cryoSPARC v2. | |||||||||
試料 |
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キーワード | Voltag-gated ion channel / two-pore channel / TPC3 / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sodium ion transmembrane transporter activity / voltage-gated sodium channel activity / action potential / sodium ion transmembrane transport / protein homodimerization activity / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.11 Å | |||||||||
データ登録者 | Dickinson MS / Stroud RM | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020 タイトル: Resting state structure of the hyperdepolarization activated two-pore channel 3. 著者: Miles Sasha Dickinson / Alexander Myasnikov / Jacob Eriksen / Nicole Poweleit / Robert M Stroud / 要旨: Voltage-gated ion channels endow membranes with excitability and the means to propagate action potentials that form the basis of all neuronal signaling. We determined the structure of a voltage-gated ...Voltage-gated ion channels endow membranes with excitability and the means to propagate action potentials that form the basis of all neuronal signaling. We determined the structure of a voltage-gated sodium channel, two-pore channel 3 (TPC3), which generates ultralong action potentials. TPC3 is distinguished by activation only at extreme membrane depolarization (V ∼ +75 mV), in contrast to other TPCs and Na channels that activate between -20 and 0 mV. We present electrophysiological evidence that TPC3 voltage activation depends only on voltage sensing domain 2 (VSD2) and that each of the three gating arginines in VSD2 reduces the activation threshold. The structure presents a chemical basis for sodium selectivity, and a constricted gate suggests a closed pore consistent with extreme voltage dependence. The structure, confirmed by our electrophysiology, illustrates the configuration of a bona fide resting state voltage sensor, observed without the need for any inhibitory ligand, and independent of any chemical or mutagenic alteration. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21015.map.gz | 41.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21015-v30.xml emd-21015.xml | 14.2 KB 14.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_21015.png | 200.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-21015.cif.gz | 5.8 KB | ||
その他 | emd_21015_additional.map.gz | 79 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21015 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21015 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_21015_validation.pdf.gz | 451.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_21015_full_validation.pdf.gz | 451.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_21015_validation.xml.gz | 6.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_21015_validation.cif.gz | 7.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21015 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21015 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21015.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map from non-uniform refinement in cryoSPARC v2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.256 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Locally sharpened map from non-uniform refinement in cryoSPARC...
ファイル | emd_21015_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Locally sharpened map from non-uniform refinement in cryoSPARC v2, used for atomic modeling. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Dimer of two-pore channel 3 subunits
全体 | 名称: Dimer of two-pore channel 3 subunits |
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要素 |
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-超分子 #1: Dimer of two-pore channel 3 subunits
超分子 | 名称: Dimer of two-pore channel 3 subunits / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) |
-分子 #1: Two pore channel 3
分子 | 名称: Two pore channel 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) |
分子量 | 理論値: 88.774164 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MSEGKTEKTS HTLTKDEGFT NGGNHVPSNV TDQMTEKFDL ATVYVSDAKY NRNIFFDTSP QAVKLYLLYN HWFMQTLVYV FIIINLALA LFEDPAVVPL PIWATSTIET ICLSAFTVRI IHYAKVIPKD KFWKDPKNIC IIIIVTLSFI DMVIYGALKA T GHYGIRWS ...文字列: MSEGKTEKTS HTLTKDEGFT NGGNHVPSNV TDQMTEKFDL ATVYVSDAKY NRNIFFDTSP QAVKLYLLYN HWFMQTLVYV FIIINLALA LFEDPAVVPL PIWATSTIET ICLSAFTVRI IHYAKVIPKD KFWKDPKNIC IIIIVTLSFI DMVIYGALKA T GHYGIRWS RVLRPLLLVN VTEGRQLRRA FRSIRNALPQ ISYVFFLFMF SVLVFSLMAL KLFGKRGLLT INGSPYFTDY MD IVFDLYV LVTTANSPDV MMPAYNSSVY FTIFFILYIV INTYTFMSFF LAVVYNNYKK YLKEEVRQLV KAKRIKMCRA FSL LQENRG EGGEPVVTQA NWNHLVKLVK PKISTAHREL LWSVLDDQNK GHIGKFAFVQ LADLLSIQVI TVKSQAHPIQ ICFP SLYNS LPSRFIRQMV HHRVFVYAYD LIILVNAVFI GLDEENPVVS NAEWGFLALY MLEILLKLYA TEPRAFFARH QFWNW FDTI IVVSALFGTI INSALKHSGG YTSRQVLDIV FILRVLRLIR VVDSIKRFRA IINTLIKIGP TILTFGQLIL VVYYIF AMV GMELFKGKIQ FFEPNSTSPD REYCGNPLLK STSFAKLNYC KNNFNDVISS FILLLELTVV NQWHVLTSGF TAVTHVS AR LFFVIFHIVV VIIIINIFVA FILEAFLVEY TVDKSELQTS LEKKIEELEL NVQQDGVDTG LVDAMETNDS DLGSSEDG K RKPSLMFKIA SRRSRTVDGL LQRMFETDLR PEDFNEEELD NTNFSNPVFD SV UniProtKB: Two pore channel 3 |
-分子 #2: SODIUM ION
分子 | 名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 |
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分子量 | 理論値: 22.99 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3 mg/mL | ||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 / 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 92.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 使用した粒子像数: 213328 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |