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- EMDB-20934: SWI/SNF nucleosome complex with ADP-BeFx -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20934
タイトルSWI/SNF nucleosome complex with ADP-BeFx
マップデータSWI/SNF nucleosome complex assembled in the presence of ADP-BeFx
試料
  • 複合体: SWI/SNF nucleosome complex with ADP-BeFx
    • タンパク質・ペプチド: x 15種
    • DNA: x 2種
  • リガンド: x 5種
キーワードSWI/SNF / chromatin remodeler / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / positive regulation of cell adhesion involved in single-species biofilm formation / positive regulation of mating type switching / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / aggrephagy / Platelet degranulation / rDNA binding ...carbon catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / positive regulation of cell adhesion involved in single-species biofilm formation / positive regulation of mating type switching / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / aggrephagy / Platelet degranulation / rDNA binding / HDACs deacetylate histones / nucleosome disassembly / DNA strand invasion / RSC-type complex / ATP-dependent chromatin remodeler activity / SWI/SNF complex / nuclear chromosome / NuA4 histone acetyltransferase complex / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / anatomical structure morphogenesis / ATP-dependent activity, acting on DNA / nucleosomal DNA binding / cellular response to amino acid starvation / helicase activity / maturation of LSU-rRNA / chromosome segregation / transcription elongation by RNA polymerase II / nucleotide-excision repair / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / double-strand break repair via homologous recombination / lysine-acetylated histone binding / DNA-templated DNA replication / structural constituent of chromatin / nucleosome / double-strand break repair / nucleosome assembly / chromatin organization / histone binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription cis-regulatory region binding / hydrolase activity / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / chromatin binding / chromatin / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / structural molecule activity / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator protein Rtt102 / Rtt102p-like transcription regulator protein / SMARCC, C-terminal / SWIRM-associated region 1 / SNF5/SMARCB1/INI1 / SNF5 / SMARCB1 / INI1 / Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ / QLQ / QLQ domain profile. / QLQ ...Transcription regulator protein Rtt102 / Rtt102p-like transcription regulator protein / SMARCC, C-terminal / SWIRM-associated region 1 / SNF5/SMARCB1/INI1 / SNF5 / SMARCB1 / INI1 / Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ / QLQ / QLQ domain profile. / QLQ / Snf2, ATP coupling domain / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / DNA binding domain with preference for A/T rich regions / AT hook, DNA-binding motif / Helicase/SANT-associated domain / HSA domain profile. / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID DNA-binding domain / ARID DNA-binding domain superfamily / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID domain profile. / BRIGHT, ARID (A/T-rich interaction domain) domain / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / SANT domain profile. / SANT domain / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Actin / Actin family / Actin / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Helicase conserved C-terminal domain / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Homeobox-like domain superfamily / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / ATPase, nucleotide binding domain / Histone-fold / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H2B 1.1 / Histone H2A type 1 / SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SWI1 / SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SNF5 / Transcription regulatory protein SNF6 / Transcription regulatory protein SNF2 / SWI/SNF complex subunit SWI3 / Regulator of Ty1 transposition protein 102 / Transcription regulatory protein SNF12 / Histone H4 ...Histone H2B 1.1 / Histone H2A type 1 / SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SWI1 / SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SNF5 / Transcription regulatory protein SNF6 / Transcription regulatory protein SNF2 / SWI/SNF complex subunit SWI3 / Regulator of Ty1 transposition protein 102 / Transcription regulatory protein SNF12 / Histone H4 / Histone H3.2 / Actin-like protein ARP9 / Actin-related protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.96 Å
データ登録者He Y / Han Y
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
American Cancer SocietyIRG-15-173-21 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P01 CA092584 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)U54CA193419 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structure of SWI/SNF complex bound to a nucleosome.
著者: Yan Han / Alexis A Reyes / Sara Malik / Yuan He /
要旨: The chromatin-remodelling complex SWI/SNF is highly conserved and has critical roles in various cellular processes, including transcription and DNA-damage repair. It hydrolyses ATP to remodel ...The chromatin-remodelling complex SWI/SNF is highly conserved and has critical roles in various cellular processes, including transcription and DNA-damage repair. It hydrolyses ATP to remodel chromatin structure by sliding and evicting histone octamers, creating DNA regions that become accessible to other essential factors. However, our mechanistic understanding of the remodelling activity is hindered by the lack of a high-resolution structure of complexes from this family. Here we report the cryo-electron microscopy structure of Saccharomyces cerevisiae SWI/SNF bound to a nucleosome, at near-atomic resolution. In the structure, the actin-related protein (Arp) module is sandwiched between the ATPase and the rest of the complex, with the Snf2 helicase-SANT associated (HSA) domain connecting all modules. The body contains an assembly scaffold composed of conserved subunits Snf12 (also known as SMARCD or BAF60), Snf5 (also known as SMARCB1, BAF47 or INI1) and an asymmetric dimer of Swi3 (also known as SMARCC, BAF155 or BAF170). Another conserved subunit, Swi1 (also known as ARID1 or BAF250), resides in the core of SWI/SNF, acting as a molecular hub. We also observed interactions between Snf5 and the histones at the acidic patch, which could serve as an anchor during active DNA translocation. Our structure enables us to map and rationalize a subset of cancer-related mutations in the human SWI/SNF complex and to propose a model for how SWI/SNF recognizes and remodels the +1 nucleosome to generate nucleosome-depleted regions during gene activation.
履歴
登録2019年11月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年1月8日-
マップ公開2020年3月18日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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  • 表面レベル: 0.06
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20934.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20934.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈SWI/SNF nucleosome complex assembled in the presence of ADP-BeFx
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.24 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.06 / ムービー #1: 0.06
最小 - 最大-0.045145918 - 0.17061016
平均 (標準偏差)0.0014350872 (±0.008585321)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 430.08002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.242.242.24
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z430.080430.080430.080
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-0.0450.1710.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : SWI/SNF nucleosome complex with ADP-BeFx

全体名称: SWI/SNF nucleosome complex with ADP-BeFx
要素
  • 複合体: SWI/SNF nucleosome complex with ADP-BeFx
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3.2
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B 1.1
    • DNA: 601 sequence bottom strand
    • DNA: 601 sequence top strand
    • タンパク質・ペプチド: Actin-related protein 7
    • タンパク質・ペプチド: Actin-like protein ARP9
    • タンパク質・ペプチド: Regulator of Ty1 transposition protein 102
    • タンパク質・ペプチド: Transcription regulatory protein SNF2
    • タンパク質・ペプチド: SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SWI1
    • タンパク質・ペプチド: SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SNF5
    • タンパク質・ペプチド: SWI/SNF complex subunit SWI3
    • タンパク質・ペプチド: Transcription regulatory protein SNF12
    • タンパク質・ペプチド: Transcription regulatory protein SNF6
    • タンパク質・ペプチド: Unknown protein
    • タンパク質・ペプチド: SWI/SNF global transcription activator complex subunit SWP82
  • リガンド: PHOSPHATE ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: SWI/SNF nucleosome complex with ADP-BeFx

超分子名称: SWI/SNF nucleosome complex with ADP-BeFx / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#17
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
分子 #1: Histone H3.2

分子名称: Histone H3.2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 15.30393 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
ARTKQTARKS TGGKAPRKQL ATKAARKSAP ATGGVKKPHR YRPGTVALRE IRRYQKSTEL LIRKLPFQRL VREIAQDFKT DLRFQSSAV MALQEASEAY LVALFEDTNL CAIHAKRVTI MPKDIQLARR IRGERA

UniProtKB: Histone H3.2

+
分子 #2: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 11.263231 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SGRGKGGKGL GKGGAKRHRK VLRDNIQGIT KPAIRRLARR GGVKRISGLI YEETRGVLKV FLENVIRDAV TYTEHAKRKT VTAMDVVYA LKRQGRTLYG FGG

UniProtKB: Histone H4

+
分子 #3: Histone H2A type 1

分子名称: Histone H2A type 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 13.978241 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SGRGKQGGKT RAKAKTRSSR AGLQFPVGRV HRLLRKGNYA ERVGAGAPVY LAAVLEYLTA EILELAGNAA RDNKKTRIIP RHLQLAVRN DEELNKLLGR VTIAQGGVLP NIQSVLLPKK TESSKSAKSK

UniProtKB: Histone H2A type 1

+
分子 #4: Histone H2B 1.1

分子名称: Histone H2B 1.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4
詳細: RESIDUES 597-653 AND 765-780 OF CHAIN F, AND RESIDUES 609-655 AND 763-779 OF CHAIN G ARE NOT CONFIDENTLY ASSIGNED
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 13.524752 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
AKSAPAPKKG SKKAVTKTQK KDGKKRRKTR KESYAIYVYK VLKQVHPDTG ISSKAMSIMN SFVNDVFERI AGEASRLAHY NKRSTITSR EIQTAVRLLL PGELAKHAVS EGTKAVTKYT SAK

UniProtKB: Histone H2B 1.1

+
分子 #7: Actin-related protein 7

分子名称: Actin-related protein 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 53.863016 KDa
配列文字列: MTLNRKCVVI HNGSHRTVAG FSNVELPQCI IPSSYIKRTD EGGEAEFIFG TYNMIDAAAE KRNGDEVYTL VDSQGLPYNW DALEMQWRY LYDTQLKVSP EELPLVITMP ATNGKPDMAI LERYYELAFD KLNVPVFQIV IEPLAIALSM GKSSAFVIDI G ASGCNVTP ...文字列:
MTLNRKCVVI HNGSHRTVAG FSNVELPQCI IPSSYIKRTD EGGEAEFIFG TYNMIDAAAE KRNGDEVYTL VDSQGLPYNW DALEMQWRY LYDTQLKVSP EELPLVITMP ATNGKPDMAI LERYYELAFD KLNVPVFQIV IEPLAIALSM GKSSAFVIDI G ASGCNVTP IIDGIVVKNA VVRSKFGGDF LDFQVHERLA PLIKEENDME NMADEQKRST DVWYEASTWI QQFKSTMLQV SE KDLFELE RYYKEQADIY AKQQEQLKQM DQQLQYTALT GSPNNPLVQK KNFLFKPLNK TLTLDLKECY QFAEYLFKPQ LIS DKFSPE DGLGPLMAKS VKKAGASINS MKANTSTNPN GLGTSHINTN VGDNNSTASS SNISPEQVYS LLLTNVIITG STSL IEGME QRIIKELSIR FPQYKLTTFA NQVMMDRKIQ GWLGALTMAN LPSWSLGKWY SKEDYETLKR DRKQSQATNA TN

UniProtKB: Actin-related protein 7

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分子 #8: Actin-like protein ARP9

分子名称: Actin-like protein ARP9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 53.13193 KDa
配列文字列: MAPFRQDSIL IIYPRSQTTL VQFGLNEETF TVPELEIPTQ IYRTTRQDGS YTYHSTNKDN KAELIKPIQN GEIIDISAFT QFLRLIFVS ILSDRANKNQ DAFEAELSNI PLLLITHHSW SQSDLEIITQ YVFESLEINN LIQLPASLAA TYSMISLQNC C IIDVGTHH ...文字列:
MAPFRQDSIL IIYPRSQTTL VQFGLNEETF TVPELEIPTQ IYRTTRQDGS YTYHSTNKDN KAELIKPIQN GEIIDISAFT QFLRLIFVS ILSDRANKNQ DAFEAELSNI PLLLITHHSW SQSDLEIITQ YVFESLEINN LIQLPASLAA TYSMISLQNC C IIDVGTHH TDIIPIVDYA QLDHLVSSIP MGGQSINDSL KKLLPQWDDD QIESLKKSPI FEVLSDDAKK LSSFDFGNEN ED EDEGTLN VAEIITSGRD TREVLEERER GQKVKNVKNS DLEFNTFWDE KGNEIKVGKQ RFQGCNNLIK NISNRVGLTL DNI DDINKA KAVWENIIIV GGTTSISGFK EALLGQLLKD HLIIEPEEEK SKREEEAKSV LPAATKKKSK FMTNSTAFVP TIEY VQCPT VIKLAKYPDY FPEWKKSGYS EIIFLGAQIV SKQIFTHPKD TFYITREKYN MKGPAALWDV QF

UniProtKB: Actin-like protein ARP9

+
分子 #9: Regulator of Ty1 transposition protein 102

分子名称: Regulator of Ty1 transposition protein 102 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 17.817615 KDa
配列文字列:
MDPQTLITKA NKVSYYGNPT SKESWRYDWY QPSKVSSNVQ QPQQQLGDME NNLEKYPFRY KTWLRNQEDE KNLQRESCED ILDLKEFDR RILKKSLMTS HTKGDTSKAT GAPSANQGDE ALSVDDIRGA VGNSEAIPGL SAGVNNDNTK ESKDVKMN

UniProtKB: Regulator of Ty1 transposition protein 102

+
分子 #10: Transcription regulatory protein SNF2

分子名称: Transcription regulatory protein SNF2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 194.315094 KDa
配列文字列: MNIPQRQFSN EEVNRCYLRW QHLRNEHGMN APSVPEFIYL TKVLQFAAKQ RQELQMQRQQ QGISGSQQNI VPNSSDQAEL PNNASSHIS ASASPHLAPN MQLNGNETFS TSAHQSPIMQ TQMPLNSNGG NNMLPQRQSS VGSLNATNFS PTPANNGENA A EKPDNSNH ...文字列:
MNIPQRQFSN EEVNRCYLRW QHLRNEHGMN APSVPEFIYL TKVLQFAAKQ RQELQMQRQQ QGISGSQQNI VPNSSDQAEL PNNASSHIS ASASPHLAPN MQLNGNETFS TSAHQSPIMQ TQMPLNSNGG NNMLPQRQSS VGSLNATNFS PTPANNGENA A EKPDNSNH NNLNLNNSEL QPQNRSLQEH NIQDSNVMPG SQINSPMPQQ AQMQQAQFQA QQAQQAQQAQ QAQQAQARLQ QG RRLPMTM FTAEQSELLK AQITSLKCLV NRKPIPFEFQ AVIQKSINHP PDFKRMLLSL SEFARRRQPT DQNNQSNLNG GNN TQQPGT NSHYNNTNTD NVSGLTRNAP LDSKDENFAS VSPAGPSSVH NAKNGTLDKN SQTVSGTPIT QTESKKEENE TISN VAKTA PNSNKTHTEQ NNPPKPQKPV PLNVLQDQYK EGIKVVDIDD PDMMVDSFTM PNISHSNIDY QTLLANSDHA KFTIE PGVL PVGIDTHTAT DIYQTLIALN LDTTVNDCLD KLLNDECTES TRENALYDYY ALQLLPLQKA VRGHVLQFEW HQNSLL TNT HPNFLSKIRN INVQDALLTN QLYKNHELLK LERKKTEAVA RLKSMNKSAI NQYNRRQDKK NKRLKFGHRL IATHTNL ER DEQKRAEKKA KERLQALKAN DEEAYIKLLD QTKDTRITHL LRQTNAFLDS LTRAVKDQQK YTKEMIDSHI KEASEEVD D LSMVPKMKDE EYDDDDDNSN VDYYNVAHRI KEDIKKQPSI LVGGTLKDYQ IKGLQWMVSL FNNHLNGILA DEMGLGKTI QTISLLTYLY EMKNIRGPYL VIVPLSTLSN WSSEFAKWAP TLRTISFKGS PNERKAKQAK IRAGEFDVVL TTFEYIIKER ALLSKVKWV HMIIDEGHRM KNAQSKLSLT LNTHYHADYR LILTGTPLQN NLPELWALLN FVLPKIFNSV KSFDEWFNTP F ANTGGQDK IELSEEETLL VIRRLHKVLR PFLLRRLKKD VEKELPDKVE KVVKCKMSAL QQIMYQQMLK YRRLFIGDQN NK KMVGLRG FNNQIMQLKK ICNHPFVFEE VEDQINPTRE TNDDIWRVAG KFELLDRILP KLKATGHRVL IFFQMTQIMD IME DFLRYI NIKYLRLDGH TKSDERSELL RLFNAPDSEY LCFILSTRAG GLGLNLQTAD TVIIFDTDWN PHQDLQAQDR AHRI GQKNE VRILRLITTN SVEEVILERA YKKLDIDGKV IQAGKFDNKS TSEEQEALLR SLLDAEEERR KKRESGVEEE EELKD SEIN EILARNDEEM AVLTRMDEDR SKKEEELGVK SRLLEKSELP DIYSRDIGAE LKREESESAA VYNGRGARER KTATYN DNM SEEQWLRQFE VSDDEKNDKQ ARKQRTKKED KSEAIDGNGE IKGENIDADN DGPRINNISA EDRADTDLAM NDDDFLS KK RKAGRPRGRP KKVKLEGSEN SEPPALESSP VTGDNSPSED FMDIPKPRTA GKTSVKSART STRGRGRGRG RGRGRGRG R GRPPKARNGL DYVRTPAAAT SPIDIREKVA KQALDLYHFA LNYENEAGRK LSDIFLSKPS KALYPDYYMI IKYPVAFDN INTHIETLAY NSLKETLQDF HLIFSNARIY NTEGSVVYED SLELEKVVTK KYCEIMGDNS QLDFTEFDEQ YGTRPLVLPP VVTSSVAES FTDEADSSMT EASV

UniProtKB: Transcription regulatory protein SNF2

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分子 #11: SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SWI1

分子名称: SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SWI1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 148.065188 KDa
配列文字列: MDFFNLNNNN NNNNTTTTTT TTNNNNTNNN NTNNNNNPAN NTNNNNSTGH SSNTNNNTNN NNTNTGASGV DDFQNFFDPK PFDQNLDSN NNNSNSNNND NNNSNTVASS TNFTSPTAVV NNAAPANVTG GKAANFIQNQ SPQFNSPYDS NNSNTNLNSL S PQAILAKN ...文字列:
MDFFNLNNNN NNNNTTTTTT TTNNNNTNNN NTNNNNNPAN NTNNNNSTGH SSNTNNNTNN NNTNTGASGV DDFQNFFDPK PFDQNLDSN NNNSNSNNND NNNSNTVASS TNFTSPTAVV NNAAPANVTG GKAANFIQNQ SPQFNSPYDS NNSNTNLNSL S PQAILAKN SIIDSSNLPL QAQQQLYGGN NNNNSTGIAN DNVITPHFIT NVQSISQNSS SSTPNTNSNS TPNANQQFLP FN NSASNNG NLTSNQLISN YAASNSMDRS SSASNEFVPN TSDNNNNSNN HNMRNNSNNK TSNNNNVTAV PAATPANTNN STS NANTVF SERAAMFAAL QQKQQQRFQA LQQQQQQQQN QQQQNQQPQQ QQQQQQNPKF LQSQRQQQQR SILQSLNPAL QEKI STELN NKQYELFMKS LIENCKKRNM PLQSIPEIGN RKINLFYLYM LVQKFGGADQ VTRTQQWSMV AQRLQISDYQ QLESI YFRI LLPYERHMIS QEGIKETQAK RIFLQQFLQE LLKKVQQQQQ AAALANANNN INSASSAPTP AAPGASVPAT AAPGTE AGI VPVSANTPKS LNSNININVN NNNIGQQQVK KPRKQRVKKK TKKELELERK EREDFQKRQQ KLLEDQQRQQ KLLLETK LR QQYEIELKKL PKVYKRSIVR NYKPLINRLK HYNGYDINYI SKIGEKIDSN KPIFLFAPEL GAINLHALSM SLQSKNLG E INTALNTLLV TSADSNLKIS LVKYPELLDS LAILGMNLLS NLSQNVVPYH RNTSDYYYED AGSNQYYVTQ HDKMVDKIF EKVNNNATLT PNDSNDEKVT ILVDSLTGNQ LPTPTPTEME PDLDTECFIS MQSTSPAVKQ WDLLPEPIRF LPNQFPLKIH RTPYLTSLK KIKDEIDDPF TKINTRGAED PKVLINDQLS TISMILRNIS FSDNNSRIMS RNFYLKRFIS DLLWLVLIHP E NFTCNRKI LNFKKDLVIV LSNISHLLEI ASSIDCLLIL ILVISFGQPK LNPMASSSSF GSESLTFNEF QLQWGKYQTF GV DILAKLF SLEKPNLNYF KSILLNKNTG NNLYDRNSNN NHKDKKLLRR LLNLYNDNNK NNNNRHNLLN DVVSFLFSAI PLQ QVLSQS ADPSLLIDQF SPVISQSLTS ILVIVQKILP LSNEVFEISE NNSDSNSNNN GNKDSSFNFN KNLPFVWLSS EENI GSGLL KLSEIILNIN NSTSKNTLLQ QQNYSKVLLP SINISCVQLI KCLVEKSICF ENCLNNDPEI LKKIASIPNL FPTDL EIFQ LFTNPSVDIQ IINQYQLLYN LKNDILTNLE

UniProtKB: SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SWI1

+
分子 #12: SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SNF5

分子名称: SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SNF5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 102.642172 KDa
配列文字列: MNNQPQGTNS VPNSIGNIFS NIGTPSFNMA QIPQQLYQSL TPQQLQMIQQ RHQQLLRSRL QQQQQQQQQT SPPPQTHQSP PPPPQQSQP IANQSATSTP PPPPAPHNLH PQIGQVPLAP APINLPPQIA QLPLATQQQV LNKLRQQAIA KNNPQVVNAI T VAQQQVQR ...文字列:
MNNQPQGTNS VPNSIGNIFS NIGTPSFNMA QIPQQLYQSL TPQQLQMIQQ RHQQLLRSRL QQQQQQQQQT SPPPQTHQSP PPPPQQSQP IANQSATSTP PPPPAPHNLH PQIGQVPLAP APINLPPQIA QLPLATQQQV LNKLRQQAIA KNNPQVVNAI T VAQQQVQR QIEQQKGQQT AQTQLEQQRQ LLVQQQQQQQ LRNQIQRQQQ QQFRHHVQIQ QQQQKQQQQQ QQHQQQQQQQ QQ QQQQQQQ QQQQQQQQQQ QQQQQQQQQQ QGQIPQSQQV PQVRSMSGQP PTNVQPTIGQ LPQLPKLNLP KYQTIQYDPP ETK LPYPTY WSDKKADTDT LLYEQIIQRD KINKYSLIRE TNGYDPFSIY GFSNKEYISR LWHTLKYYQD LKNTRMKSIT STSQ KIPSA SIWGNGYSGY GNGITNTTTR VIPQVEVGNR KHYLEDKLKV YKQAMNETSE QLVPIRLEFD QDRDRFFLRD TLLWN KNDK LIKIEDFVDD MLRDYRFEDA TREQHIDTIC QSIQEQIQEF QGNPYIELNQ DRLGGDDLRI RIKLDIVVGQ NQLIDQ FEW DISNSDNCPE EFAESMCQEL ELPGEFVTAI AHSIREQVHM YHKSLALLGY NFDGSAIEDD DIRSRMLPTI TLDDVYR PA AESKIFTPNL LQISAAELER LDKDKDRDTR RKRRQGRSNR RGMLALSGTS ASNTSMNGVH NTVAAGNASS LPPGEILL P DIADIPRTFR TPVPSTLMPG GVDVGPSVES YELRNTTTYK SRPDRPKPVS PPCYIIDHIP GHSLLLSIKL PGKVNTKEE FAAAPNDTSS GTNAMLPSPE SLKTKLNSNI RAGVTIPSIP NPIANHTVTN SPNPTLQPVI PGGAASKSVP TPSLPIAPPV APHDSEATL LTNSNNGSSN NNTQNT

UniProtKB: SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SNF5

+
分子 #13: SWI/SNF complex subunit SWI3

分子名称: SWI/SNF complex subunit SWI3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 93.034164 KDa
配列文字列: MENTLGEGST VNASVDVDQH GNDNNSDSNA NAAVAGVANT DTAGEESQQQ DESLKDEATV PNTRDAESEA ITVTAKQQPT MQANKLDSQ ETPSTEESRA QNVFGQDNED SDNLFGETES SVSNNEANTP SIPTNPVDNE NNKPAIKEDS TIQDSNGDVK N MEDVKIQK ...文字列:
MENTLGEGST VNASVDVDQH GNDNNSDSNA NAAVAGVANT DTAGEESQQQ DESLKDEATV PNTRDAESEA ITVTAKQQPT MQANKLDSQ ETPSTEESRA QNVFGQDNED SDNLFGETES SVSNNEANTP SIPTNPVDNE NNKPAIKEDS TIQDSNGDVK N MEDVKIQK EEEPENNTVI EGVKEESQPD ENTKEMDEVE EDDEDDDQPM ISPDNSIFGD TKSESKQLGN TSSVANTPSE IP DAHKAEQ EDIIEKTESV DKKVDSGEER NEQEREIMND HSKSANPKKT TITRVEPETF EIPQAHEIVI PSYSKWFNLE KIH SIEVQS LPEFFTNRIP SKTPEVYMRY RNFMVNSYRL NPNEYFSVTT ARRNVSGDAA ALFRLHKFLT KWGLINYQVD SKLL PKNIE PPLTSQYSTR HDAPRGLFPF ESYKPSVQLP DMAKLKKMMN TSDSESTLYK YLKESKRKYD EITHPPSTTD DENGD KNDN GGKMNNEVST STSMTGDANL LEEGETSRPL KKVKILEQID ENWSKEDLQK LLKGIQEFGA DWYKVAKNVG NKSPEQ CIL RFLQLPIEDK FLYGDGNGKG DNDNGLGPLK YAPHLPFSKS ENPVLSTIAF LVGLVNPKTV QSMTQRAIQS AESIKSQ KE EISDQKPIEH IKEGSEIAIS SLGYRSHIFA TNEERQMNFL TNELIRLQME KLDAKLNHLK KLEKFMELER KTLERQQE N LLIQRLNFNQ NSSKIVNVLS KCLNLISDSN INNSSVAEKE EIRSQIDHFK SMLSKPETLS IGKNPFNKPN IETGENHNG QSISNENDVK PISIEAPQFY RYWSA

UniProtKB: SWI/SNF complex subunit SWI3

+
分子 #14: Transcription regulatory protein SNF12

分子名称: Transcription regulatory protein SNF12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 63.947633 KDa
配列文字列: MSKVMKPSNG KGSRKSSKAA TPDTKNFFHA KKKDPVNQDK ANNASQITPT VPHSHPSDMV IPDHLAELIP ELYSFQQLVD SEKRLDHFI HLRNLHMKRM VAQWERSKLS QEFLYPHLNF PNVKFLRIFI SNVSENQPWQ MDTNNEADLM ALENATWTMR I EGRLLDNV ...文字列:
MSKVMKPSNG KGSRKSSKAA TPDTKNFFHA KKKDPVNQDK ANNASQITPT VPHSHPSDMV IPDHLAELIP ELYSFQQLVD SEKRLDHFI HLRNLHMKRM VAQWERSKLS QEFLYPHLNF PNVKFLRIFI SNVSENQPWQ MDTNNEADLM ALENATWTMR I EGRLLDNV QANDPAREKF SSFIESIVVD FKNKENDNVP STKFNAAPEE NATEGPSDKK LNLNLPLQFS LPNGDNSTTT NT DQNNATM GEETAKKDMS STTPKLESVK WQYDPNNPVD FDGLDIKRVG SENVECTISI LRKSSPEEPF MSYSPQLTAI IGL KSGTSH DAIFSIYKYI HLNELLTNDE SAFENLMGNR NNHNSNTSTS KMLDAASSQV SIVKLDTQLI TLLPSSLKES SPDT MKLTD LLSLINSTHL LPLQPIEIDY TVRVDKASTY GELVLDIEVP DVNALKFNNT QRESQIGAAE LNENARELEQ IKPKI ALQD KEITSVLSNL HESNKRYRFF KKISEDPVKA LNECIASTSN ALKVLSGDEG YNEDMVRRAN FYKENEAMLR ENIEVI LSN GRM

UniProtKB: Transcription regulatory protein SNF12

+
分子 #15: Transcription regulatory protein SNF6

分子名称: Transcription regulatory protein SNF6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 19.565189 KDa
配列文字列: MGVIKKKRSH HGKASRQQYY SGVQVGGVGS MGAINNNIPS LTSFAEENNY QYGYSGSSAG MNGRSLTYAQ QQLNKQRQDF ERVRLRPEQ LSNIIHDESD TISFRSNLLK NFISSNDAFN MLSLTTVPCD RIEKSRLFSE KTIRYLMQKQ H(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) ...文字列:
MGVIKKKRSH HGKASRQQYY SGVQVGGVGS MGAINNNIPS LTSFAEENNY QYGYSGSSAG MNGRSLTYAQ QQLNKQRQDF ERVRLRPEQ LSNIIHDESD TISFRSNLLK NFISSNDAFN MLSLTTVPCD RIEKSRLFSE KTIRYLMQKQ H(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)

UniProtKB: Transcription regulatory protein SNF6

+
分子 #16: Unknown protein

分子名称: Unknown protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 5.720042 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
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+
分子 #17: SWI/SNF global transcription activator complex subunit SWP82

分子名称: SWI/SNF global transcription activator complex subunit SWP82
タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 7.08172 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
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+
分子 #5: 601 sequence bottom strand

分子名称: 601 sequence bottom strand / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 56.943293 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA) (DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA) (DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC) (DC)(DC)(DC) (DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT) (DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA) (DA)(DG)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DA) (DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC) (DT)(DC)(DC)(DA)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA) (DT)(DC)(DG) (DA)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DG)(DA)(DT)(DG) (DC)(DT)(DG)(DG)(DG)(DC)(DA) (DT)(DA) (DA)(DG)(DC)(DG)(DT)(DG)(DG)(DT)(DT)(DC) (DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG) (DC) (DG)(DC)(DA)(DT)

+
分子 #6: 601 sequence top strand

分子名称: 601 sequence top strand / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 61.785359 KDa
配列文字列: (DA)(DC)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DA)(DC)(DT) (DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DG)(DC)(DG) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DA)(DC)(DC)(DA)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT) (DA) (DT)(DG)(DC)(DC)(DC) ...文字列:
(DA)(DC)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DA)(DC)(DT) (DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DG)(DC)(DG) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DA)(DC)(DC)(DA)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT) (DA) (DT)(DG)(DC)(DC)(DC)(DA)(DG)(DC) (DA)(DT)(DC)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC) (DG)(DA) (DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG) (DT)(DG)(DC) (DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG) (DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT) (DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DC)(DT)(DT) (DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG) (DG)(DG)(DG)(DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG) (DT)(DT)(DT) (DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT) (DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG) (DT)(DC) (DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT) (DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC) (DC) (DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT)

+
分子 #18: PHOSPHATE ION

分子名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 12 / 式: PO4
分子量理論値: 94.971 Da
Chemical component information

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

+
分子 #19: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #20: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

分子名称: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 1 / 式: BEF
分子量理論値: 66.007 Da
Chemical component information

ChemComp-BEF:
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

+
分子 #21: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #22: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 86 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.9
詳細: 10 mM HEPES, pH 7.9, 10 mM MgCl2, 50 mM KCl, 1 mM DTT, 5% glycerol, 0.05% NP-40
グリッド支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 76.5 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio from Cryosparc
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 35214
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

4i6m

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5z3v

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
得られたモデル

PDB-6uxw:
SWI/SNF nucleosome complex with ADP-BeFx

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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