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万見
- EMDB-20858: The inner junction complex of Chlamydomonas reinhardtii doublet m... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20858
タイトルThe inner junction complex of Chlamydomonas reinhardtii doublet microtubule
マップデータ16-nm repeating unit of Chlamydomonas inner junction
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Inner junction complex of the cilia
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar associated protein
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha
    • タンパク質・ペプチド: FAP276
    • タンパク質・ペプチド: Protein Flattop homolog
    • タンパク質・ペプチド: Cilia- and flagella-associated protein 20
    • タンパク質・ペプチド: PACRG
    • タンパク質・ペプチド: FAP52
機能・相同性
機能・相同性情報


axonemal central pair / axonemal doublet microtubule / positive regulation of cilium-dependent cell motility / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / establishment of protein localization to organelle / axoneme assembly / axonemal microtubule / cilium organization / motile cilium / microtubule associated complex ...axonemal central pair / axonemal doublet microtubule / positive regulation of cilium-dependent cell motility / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / establishment of protein localization to organelle / axoneme assembly / axonemal microtubule / cilium organization / motile cilium / microtubule associated complex / cilium assembly / Hsp70 protein binding / acrosomal vesicle / ciliary basal body / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Hsp90 protein binding / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / mitotic cell cycle / microtubule / vesicle / hydrolase activity / calmodulin binding / neuron projection / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein Flattop / Enkurin domain / Calmodulin-binding / Enkurin domain profile. / CFA20 domain / Cilia- and flagella-associated protein 20/CFAP20DC / CFA20 domain / Parkin co-regulated protein / Parkin co-regulated protein / Alpha tubulin ...Protein Flattop / Enkurin domain / Calmodulin-binding / Enkurin domain profile. / CFA20 domain / Cilia- and flagella-associated protein 20/CFAP20DC / CFA20 domain / Parkin co-regulated protein / Parkin co-regulated protein / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Armadillo-type fold / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cilia- and flagella-associated protein 52 / Flagellar associated protein / Cilia- and flagella-associated protein 20 / Protein Flattop homolog / Uncharacterized protein / Parkin-co-regulated gene product / Tubulin beta-1/beta-2 chain / Tubulin alpha-1 chain
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Khalifa AAZ / Ichikawa M / Bui KH
資金援助 カナダ, 3件
OrganizationGrant number国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2016-04954 カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2018-04813 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-156354 カナダ
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: The inner junction complex of the cilia is an interaction hub that involves tubulin post-translational modifications.
著者: Ahmad Abdelzaher Zaki Khalifa / Muneyoshi Ichikawa / Daniel Dai / Shintaroh Kubo / Corbin Steven Black / Katya Peri / Thomas S McAlear / Simon Veyron / Shun Kai Yang / Javier Vargas / Susanne ...著者: Ahmad Abdelzaher Zaki Khalifa / Muneyoshi Ichikawa / Daniel Dai / Shintaroh Kubo / Corbin Steven Black / Katya Peri / Thomas S McAlear / Simon Veyron / Shun Kai Yang / Javier Vargas / Susanne Bechstedt / Jean-François Trempe / Khanh Huy Bui /
要旨: Microtubules are cytoskeletal structures involved in stability, transport and organization in the cell. The building blocks, the α- and β-tubulin heterodimers, form protofilaments that associate ...Microtubules are cytoskeletal structures involved in stability, transport and organization in the cell. The building blocks, the α- and β-tubulin heterodimers, form protofilaments that associate laterally into the hollow microtubule. Microtubule also exists as highly stable doublet microtubules in the cilia where stability is needed for ciliary beating and function. The doublet microtubule maintains its stability through interactions at its inner and outer junctions where its A- and B-tubules meet. Here, using cryo-electron microscopy, bioinformatics and mass spectrometry of the doublets of and , we identified two new inner junction proteins, FAP276 and FAP106, and an inner junction-associated protein, FAP126, thus presenting the complete answer to the inner junction identity and localization. Our structural study of the doublets shows that the inner junction serves as an interaction hub that involves tubulin post-translational modifications. These interactions contribute to the stability of the doublet and hence, normal ciliary motility.
履歴
登録2019年10月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年2月5日-
マップ公開2020年2月5日-
更新2020年2月5日-
現状2020年2月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6ve7
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6ve7
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20858.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20858.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 108.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈16-nm repeating unit of Chlamydomonas inner junction
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.875 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.078223065 - 0.18503688
平均 (標準偏差)0.0024938365 (±0.020992871)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin21935299
サイズ234450271
Spacing271234450
セルA: 237.125 Å / B: 204.75 Å / C: 393.75 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8750.8750.875
M x/y/z271234450
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z237.125204.750393.750
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ29921935
NX/NY/NZ271234450
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS35219299
NC/NR/NS450234271
D min/max/mean-0.0780.1850.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Inner junction complex of the cilia

全体名称: Inner junction complex of the cilia
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Inner junction complex of the cilia
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar associated protein
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha
    • タンパク質・ペプチド: FAP276
    • タンパク質・ペプチド: Protein Flattop homolog
    • タンパク質・ペプチド: Cilia- and flagella-associated protein 20
    • タンパク質・ペプチド: PACRG
    • タンパク質・ペプチド: FAP52

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超分子 #1: Inner junction complex of the cilia

超分子名称: Inner junction complex of the cilia / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: CC124 / Organelle: cilia
分子量実験値: 1 MDa

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分子 #1: Tubulin beta

分子名称: Tubulin beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 49.665809 KDa
配列文字列: MREIVHIQGG QCGNQIGAKF WEVVSDEHGI DPTGTYHGDS DLQLERINVY FNEATGGRYV PRAILMDLEP GTMDSVRSGP YGQIFRPDN FVFGQTGAGN NWAKGHYTEG AELIDSVLDV VRKEAESCDC LQGFQVCHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRMMLTFS ...文字列:
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分子 #2: Flagellar associated protein

分子名称: Flagellar associated protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 27.019803 KDa
配列文字列: MQEESVYALI PQPQEVPQRP AMHTSKFGGK THPAQFDFGQ NKVQPHATMG RPDGANGPAF LHAHEKEPKL PSPGPPSNPK QKIRPPVPA KEEKPTMGLT SNKNFITANA VDVILAKPGK VPQPEFQWTQ KPDYGKVPMY LKRNKDRVAK EKEHFTQYLR M REAPEANA ...文字列:
MQEESVYALI PQPQEVPQRP AMHTSKFGGK THPAQFDFGQ NKVQPHATMG RPDGANGPAF LHAHEKEPKL PSPGPPSNPK QKIRPPVPA KEEKPTMGLT SNKNFITANA VDVILAKPGK VPQPEFQWTQ KPDYGKVPMY LKRNKDRVAK EKEHFTQYLR M REAPEANA HVSQLSPEDR QQLVRHLKAK WGSVNTAYQG LSLSVDSAVK KGRKEAMERE LAEIERDIRT LERGEVVLVV DD

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分子 #3: Tubulin alpha

分子名称: Tubulin alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 20 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 49.638008 KDa
配列文字列: MREVISIHIG QAGIQVGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDAFN TFFSETGAGK HVPRCIFLDL EPTVVDEVRT GTYRQLFHP EQLISGKEDA ANNFARGHYT IGKEIVDLAL DRIRKLADNC TGLQGFLVFN AVGGGTGSGL GSLLLERLSV D YGKKSKLG ...文字列:
MREVISIHIG QAGIQVGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDAFN TFFSETGAGK HVPRCIFLDL EPTVVDEVRT GTYRQLFHP EQLISGKEDA ANNFARGHYT IGKEIVDLAL DRIRKLADNC TGLQGFLVFN AVGGGTGSGL GSLLLERLSV D YGKKSKLG FTVYPSPQVS TAVVEPYNSV LSTHSLLEHT DVAVMLDNEA IYDICRRSLD IERPTYTNLN RLIAQVISSL TA SLRFDGA LNVDITEFQT NLVPYPRIHF MLSSYAPIIS AEKAYHEQLS VAEITNAAFE PASMMVKCDP RHGKYMACCL MYR GDVVPK DVNASVATIK TKRTIQFVDW CPTGFKCGIN YQPPTVVPGG DLAKVQRAVC MISNSTAIGE IFSRLDHKFD LMYA KRAFV HWYVGEGMEE GEFSEAREDL AALEKDFEEV GAESAEGAGE GEGEEY

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分子 #4: FAP276

分子名称: FAP276 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 10.073385 KDa
配列文字列:
MDLKQQVKNY TMTIRNTRPP TMIKEQDKSE FSHFRALQVL ANGDEVPYEA TLRNVIHDGA RQPKLPPRQT QKHPGYIRNE SGGFFTS

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分子 #5: Protein Flattop homolog

分子名称: Protein Flattop homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 15.435397 KDa
配列文字列:
MSRSYPGEQV EHAFNSKRLK NWEVPAVDKS QAISTSTGTR FGTLQPRSGR TQFIVDDNGH LKSGVPKLEK SAFNFTQTTP VFMDSAPRW PKENPTWPKN MKATMGYKGI QSNYLPTNTV TLKAVEVPGT TERNFNFM

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分子 #6: Cilia- and flagella-associated protein 20

分子名称: Cilia- and flagella-associated protein 20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 22.193566 KDa
配列文字列: MFKNAFQSGF LSVLYSIGSK PLEIWDKQVS NGHIKRITDA DIQSSVLEIM GQNVSTTYIT CPADPNKTLG IKLPFLVLII KNLNKYFSF EVQVLDDKNV RRRFRASNYQ STTRVKPFIC TMPMRLDSGW NQIQFNLSDF TRRAYGTNYI ETLRVQVHAN C RIRRIYFS ...文字列:
MFKNAFQSGF LSVLYSIGSK PLEIWDKQVS NGHIKRITDA DIQSSVLEIM GQNVSTTYIT CPADPNKTLG IKLPFLVLII KNLNKYFSF EVQVLDDKNV RRRFRASNYQ STTRVKPFIC TMPMRLDSGW NQIQFNLSDF TRRAYGTNYI ETLRVQVHAN C RIRRIYFS DRLYSEEELP AEFKLFLPIQ KS

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分子 #7: PACRG

分子名称: PACRG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 34.215148 KDa
配列文字列: MNGDVAGSLF TSTYRNVKLA GKAPPAANLS GTGSCFDTTS LSPARAGAHK ALDVQKDELP VWSKSTLSYK YPAGRPNPTG FLKKGDGEM IKTKTGGFEE RKPSPPQAGA YKRRENPPNT AFRRFYERGD LPIAVDHRGS KNMIAWKVDI EKLDYHHYLP I FFDGIRET ...文字列:
MNGDVAGSLF TSTYRNVKLA GKAPPAANLS GTGSCFDTTS LSPARAGAHK ALDVQKDELP VWSKSTLSYK YPAGRPNPTG FLKKGDGEM IKTKTGGFEE RKPSPPQAGA YKRRENPPNT AFRRFYERGD LPIAVDHRGS KNMIAWKVDI EKLDYHHYLP I FFDGIRET QEPYRFLAVK GVEDMLRVGG SKILPVIPQL IIPIKTALNT RDHSVMCITL QLLQKLVLSA DLVGEALVPY YR QILPIFN LYKNKNKNLG DGIDYGQRNY DCLGELIADT LALFEQKGGD DAFINIKYMV PTYESSVNYA

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分子 #8: FAP52

分子名称: FAP52 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 68.546508 KDa
配列文字列: MAEPLVLNSV IGFGGAIENG LIAHPDGRTI IYPLGSTIVL RDRADPRSQE FLQGHSDKVS CLALSRSGRY LASGQITYMG FTADIIIWD LESKQLIHRM ALHKVKVQAL DFSCDERFLA SLGGQDDNAL VLWDVASGNA ICGSPCNTNF TNCVKFFNNS P DKLITAGN ...文字列:
MAEPLVLNSV IGFGGAIENG LIAHPDGRTI IYPLGSTIVL RDRADPRSQE FLQGHSDKVS CLALSRSGRY LASGQITYMG FTADIIIWD LESKQLIHRM ALHKVKVQAL DFSCDERFLA SLGGQDDNAL VLWDVASGNA ICGSPCNTNF TNCVKFFNNS P DKLITAGN FNMNVWTYDA GNNKLRPTDA TLGTLKRVFK SVVVDANDEY AYCGTTTGDV LQIALERVLF KNTGPAKGNV QM GVTATCE VPTGDILVGG GDGSLQVLRT VPEPSSTNPK LLRKMPALAG TKVEGAITSI ALADMNARGF TFFVGTAMCN IYK VTYEPA TSRLKEELVQ TAHNDKINGM AFPNEYSEVF ATCGTGFIRL WHLTTCRELL RIAVPNLECF CIAFTTDGSA ILSG WSDGK IRAFGPQSGK IIFTINDAHQ KAVTAIASTA DSSRILSGGE EGMVRVWRIG RTSQTLEASM KDHKGPVNCI RIKGS GDEC VSASSDGSCI LWDLHTFKRR TSLFANTFFK SVVYHPDESQ LVTAGTDRKV TYWDAYDGNA IRIIDGSDLD EVNALA VDR DGEALVSGGG DKLVKLWGYD EGHCYFVGVA HSGAITAVGV TPDKQRIVSV GTEGGIFIWD YQRPQTLADI

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度4 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッド支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-7 / 実像数: 9528 / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 270713
CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 270713
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: SPIDER (ver. 19.02)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類クラス数: 1 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-6ve7:
The inner junction complex of Chlamydomonas reinhardtii doublet microtubule

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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