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- EMDB-20816: Structure of M-6-P/IGFII Receptor and IGFII complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20816
タイトルStructure of M-6-P/IGFII Receptor and IGFII complex
マップデータ
試料
  • 複合体: IGFIIR and IGFII complex
    • 複合体: Cation-independent mannose-6-phosphate receptor
      • タンパク質・ペプチド: Cation-independent mannose-6-phosphate receptor
    • 複合体: Insulin-like growth factor II
      • タンパク質・ペプチド: Insulin-like growth factor II
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードM-6-P / IGFII / receptor / SUGAR BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


kringle domain binding / embryonic placenta morphogenesis / negative regulation of muscle cell differentiation / positive regulation of skeletal muscle tissue growth / insulin-like growth factor binding / Signaling by Type 1 Insulin-like Growth Factor 1 Receptor (IGF1R) / regulation of muscle cell differentiation / IRS-related events triggered by IGF1R / positive regulation of organ growth / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity ...kringle domain binding / embryonic placenta morphogenesis / negative regulation of muscle cell differentiation / positive regulation of skeletal muscle tissue growth / insulin-like growth factor binding / Signaling by Type 1 Insulin-like Growth Factor 1 Receptor (IGF1R) / regulation of muscle cell differentiation / IRS-related events triggered by IGF1R / positive regulation of organ growth / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / genomic imprinting / exocrine pancreas development / positive regulation of multicellular organism growth / positive regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / lysosomal transport / D-mannose binding / positive regulation of cell division / positive regulation of glycogen biosynthetic process / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / endocytic vesicle / embryonic placenta development / SHC-related events triggered by IGF1R / insulin-like growth factor receptor binding / striated muscle cell differentiation / positive regulation of mitotic nuclear division / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / platelet alpha granule lumen / animal organ morphogenesis / insulin receptor binding / protein serine/threonine kinase activator activity / growth factor activity / trans-Golgi network / phosphoprotein binding / hormone activity / integrin binding / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / glucose metabolic process / osteoblast differentiation / insulin receptor signaling pathway / late endosome / Platelet degranulation / signaling receptor activity / in utero embryonic development / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / endosome membrane / receptor ligand activity / Golgi membrane / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / cell surface / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / : / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Insulin-like growth factor II E-peptide, C-terminal / Insulin-like growth factor II / Insulin-like growth factor II E-peptide / Cation-independent mannose-6-phosphate receptor repeat / Cation-independent mannose-6-phosphate receptor repeat / Cation-independent mannose-6-phosphate receptor repeat / Insulin-like growth factor / Mannose-6-phosphate receptor binding domain superfamily / MRH domain / MRH domain profile. ...Insulin-like growth factor II E-peptide, C-terminal / Insulin-like growth factor II / Insulin-like growth factor II E-peptide / Cation-independent mannose-6-phosphate receptor repeat / Cation-independent mannose-6-phosphate receptor repeat / Cation-independent mannose-6-phosphate receptor repeat / Insulin-like growth factor / Mannose-6-phosphate receptor binding domain superfamily / MRH domain / MRH domain profile. / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like superfamily / Kringle-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Insulin-like growth factor 2 / Cation-independent mannose-6-phosphate receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.32 Å
データ登録者Wang R / Qi X
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: Marked structural rearrangement of mannose 6-phosphate/IGF2 receptor at different pH environments.
著者: Rong Wang / Xiaofeng Qi / Philip Schmiege / Elias Coutavas / Xiaochun Li /
要旨: Many cell surface receptors internalize their ligands and deliver them to endosomes, where the acidic pH causes the ligand to dissociate. The liberated receptor returns to the cell surface in a ...Many cell surface receptors internalize their ligands and deliver them to endosomes, where the acidic pH causes the ligand to dissociate. The liberated receptor returns to the cell surface in a process called receptor cycling. The structural basis for pH-dependent ligand dissociation is not well understood. In some receptors, the ligand binding domain is composed of multiple repeated sequences. The insulin-like growth factor 2 receptor (IGF2R) contains 15 β strand-rich repeat domains. The overall structure and the mechanism by which IGF2R binds IGF2 and releases it are unknown. We used cryo-EM to determine the structures of the IGF2R at pH 7.4 with IGF2 bound and at pH 4.5 in the ligand-dissociated state. The results reveal different arrangements of the receptor in different pH environments mediated by changes in the interactions between the repeated sequences. These results have implications for our understanding of ligand release from receptors in endocytic compartments.
履歴
登録2019年10月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年10月30日-
マップ公開2020年2月26日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.005
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.005
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6um2
  • 表面レベル: 0.005
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6um2
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20816.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20816.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 352 pix.
= 302.72 Å		0.86 Å/pix.
x 352 pix.
= 302.72 Å		0.86 Å/pix.
x 352 pix.
= 302.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.005 / ムービー #1: 0.005
最小 - 最大-0.036312383 - 0.059457347
平均 (標準偏差)0.00000037486967 (±0.0014637609)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ352352352
Spacing352352352
セルA=B=C: 302.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.860.860.86
M x/y/z352352352
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z302.720302.720302.720
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS352352352
D min/max/mean-0.0360.0590.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : IGFIIR and IGFII complex

全体名称: IGFIIR and IGFII complex
要素
  • 複合体: IGFIIR and IGFII complex
    • 複合体: Cation-independent mannose-6-phosphate receptor
      • タンパク質・ペプチド: Cation-independent mannose-6-phosphate receptor
    • 複合体: Insulin-like growth factor II
      • タンパク質・ペプチド: Insulin-like growth factor II
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: IGFIIR and IGFII complex

超分子名称: IGFIIR and IGFII complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2

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超分子 #2: Cation-independent mannose-6-phosphate receptor

超分子名称: Cation-independent mannose-6-phosphate receptor / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

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超分子 #3: Insulin-like growth factor II

超分子名称: Insulin-like growth factor II / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Cation-independent mannose-6-phosphate receptor

分子名称: Cation-independent mannose-6-phosphate receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 274.830125 KDa
配列文字列: MEAAAGRSSH LGPAPAGRPP RCPLLLQLQL LLLLLLLPPG WVPGAAGTQG AEFPELCSYT WEAVDTKNNM LYKINICGNM GVAQCGPSS AVCMHDLKTD SFHSVGDSLL KTASRSLLEF NTTVNCKQQN HKIQSSITFL CGKTLGTPEF VTATDCVHYF E WRTTAACK ...文字列:
MEAAAGRSSH LGPAPAGRPP RCPLLLQLQL LLLLLLLPPG WVPGAAGTQG AEFPELCSYT WEAVDTKNNM LYKINICGNM GVAQCGPSS AVCMHDLKTD SFHSVGDSLL KTASRSLLEF NTTVNCKQQN HKIQSSITFL CGKTLGTPEF VTATDCVHYF E WRTTAACK KNIFKANKEV PCYAFDRELK KHDLNPLIKT SGAYLVDDSD PDTSLFINVC RDIEVLRASS PQVRVCPTGA AA CLVRGDR AFDVGRPQEG LKLVSNDRLV LSYVKEGAGQ PDFCDGHSPA VTITFVCPSE RREGTIPKLT AKSNCRFEIE WVT EYACHR DYLESRSCSL SSAQHDVAVD LQPLSRVEAS DSLFYTSEAD EYTYYLSICG GSQAPICNKK DAAVCQVKKA DSTQ VKVAG RPQNLTLRYS DGDLTLIYFG GEECSSGFQR MSVINFECNQ TAGNNGRGAP VFTGEVDCTY FFTWDTKYAC VHEKE ALLC GVSDGKQRFD LSALARHSEL EQNWEAVDGS QREAEKKHFF INICHRVLQT GQARGCPEDA AVCAVDKNGS KNLGRF ISS PTREKGNIQL SYSDGDECGG GQKIITNITL MCKPGDLESA PVLTTSRADG CFYEFEWRTA AACVLSRTEG DNCTVFD SQ AGFSFDLTPL TKKDAYKVET DKYEFHINVC GPVSVGACPP DSGACQVSRS DRKSWNLGRS NAKLSYYDGM IQLTYRDG T PYNNEKRTPR ATLITFLCDR DAGVGFPEYQ EEDNSTYNFR WYTSYACPEE PLECIVTDPV TLDQYDLSRL AKSEGGPGG NWYSLDNGGA RSTWRKYYIN VCRPLNPVPG CDRYASACQM KYQGEQGSYS ETVSISNLGV AKTGPMVEDS GSLLLEYVNG SACTTSDQR RTTYTTRIHL VCSTGSLYTH PIFSLNWECV VSFLWNTAAA CPIRITTDID QVCSIKDPNS GYVFDLNPLN N SRGYVVLG IGKTFLFNVC GDMPACGTLD GKPASGCEAE VQMDDMKTLK PGRLVGLEKS LQLSTEGFIT LNYTGLPSHP NG RADAFII RFVCNDDVYP GTPKFLHQDI DSSLGIRDTF FEFETALACV PSPVDCQVTD PAGNEYDLSG LSKARKPWTA VDT FDEGKK RTFYLSVCTP LPYIPGCHGT AVGCCLVTED SKLNLGVVQI SPQVGANGSL SLVYVNGDKC KNQRFSTRIN LECA HTTGS PTFQLQNDCE YVFLWRTVEA CPVVRAEGDY CEVRDPRHGN LYNLIPLGLN DTVVRAGEYT YYFRVCGELT SGVCP TSDK SKVISSCQEK RGPQGFQKVA GLFNQKLTYE NGVLKMNYTG GDTCHKVYQR STTIFFYCDR STQAPVFLQE TSDCSY LFE WRTQYACPPY DLTECSFKNE AGETYDLSSL SRYSDNWEAV TGTGSTEHYL INVCKSLSPQ AGSDPCPPEA AVCLLGG PK PVNLGRVRDS PQWSQGLTLL KYVDGDLCPD QIRKKSTTIR FTCSESHVNS RPMFISAVED CEYTFSWPTA AACAVKSN V HDDCQVTNPA TGHLFDLSSL SGRAGFTAAY SEKGLVYLSV CGDNENCANG VGACFGQTRI SVGKASKRLT YVDQVLQLV YEGGSPCPSK TGLSYKSVIS FVCRPEVGPT NRPMLISLDK RTCTLFFSWH TPLACEQTTE CSVRNGSSLI DLSPLIHRTG GYEAYDESE DDGSDTSPDF YINICQPLNP MHGLACPAGT AVCKVPVDGP PIDIGRVAGP PILNPIANEV YLNFESSTPC L ADRHFNYT SLITFHCKRG VSMGTPKLLR TSVCDFVFEW ETPLVCPDEV KTDGCSLTDE QLYYSFNLSS LSKSTFKVTR GP HTYSVGV CTAAAGLDEG GCKDGAVCLL SGSKGASFGR LASMKLDYRH QDEAVILSYA NGDTCPPETE DGEPCVFPFV FNG KSYEEC VVESRARLWC ATTANYDRDH EWGFCKHSTS HRTSVIIFKC DEDADVGRPQ VFSEVRGCEV TFEWKTKVVC PPKK MECKF VQKHRTYDLR LLSSLTGSWS FVHNGASYYI NLCQKIYKGP QDCSERASVC KKSTSGEVQV LGLVHTQKLD VVDDR VIVT YSKGHYCGDN KTASAVIELT CAKTVGRPSF TRFDVDSCTY HFSWDSRAAC AVKPQEVQMV NGTITNPANG RSFSLG DIY FKRFSASGDV RTNGDRYIYE IQLSSITGSS SPACSGASIC QRKANDQHFS RKVGTSNQTR YYVQDGDLDV VFTSSSK CG KDKTKSVSST IFFHCDPLVK DGIPEFSHET ADCQYLFSWH TSAVCPLGAG FDEEIAGDDA QEHKGLSERS QAVGAVLS L LLVALTACLL TLLLYKKERR EMVMSRLTNC CRRSANVSYK YSKVNKEEEA DENETEWLME EIQPPAPRPG KEGQENGHV AAKSVRAADT LSALHGDEQD SEDEVLTLPE VKVRPPGRAP GAEGGPPLRP LPRKAPPPLR ADDRVGLVRG EPARRGRPRA AATPISTFH DDSDEDLLHV

UniProtKB: Cation-independent mannose-6-phosphate receptor

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分子 #2: Insulin-like growth factor II

分子名称: Insulin-like growth factor II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.615667 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列:
MAYRPSETLC GGELVDTLQF VCGDRGFYFS RPASRVSRRS RGIVEECCFR SCDLALLETY CATPAKSE

UniProtKB: Insulin-like growth factor 2

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 7 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 100.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.32 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 75821
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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