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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20755 | ||||||||||||
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タイトル | Apo SAM-IV Riboswitch | ||||||||||||
マップデータ | Apo SAM-IV riboswitch | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | SAM-IV riboswitch / Cryo-EM / Small RNA / RNA | ||||||||||||
生物種 | Helicobacter pylori (ピロリ菌) / Mycobacterium sp. MCS (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Zhang K / Li S | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Cryo-EM structure of a 40 kDa SAM-IV riboswitch RNA at 3.7 Å resolution. 著者: Kaiming Zhang / Shanshan Li / Kalli Kappel / Grigore Pintilie / Zhaoming Su / Tung-Chung Mou / Michael F Schmid / Rhiju Das / Wah Chiu / 要旨: Specimens below 50 kDa have generally been considered too small to be analyzed by single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM). The high flexibility of pure RNAs makes it difficult to obtain ...Specimens below 50 kDa have generally been considered too small to be analyzed by single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM). The high flexibility of pure RNAs makes it difficult to obtain high-resolution structures by cryo-EM. In bacteria, riboswitches regulate sulfur metabolism through binding to the S-adenosylmethionine (SAM) ligand and offer compelling targets for new antibiotics. SAM-I, SAM-I/IV, and SAM-IV are the three most commonly found SAM riboswitches, but the structure of SAM-IV is still unknown. Here, we report the structures of apo and SAM-bound SAM-IV riboswitches (119-nt, ~40 kDa) to 3.7 Å and 4.1 Å resolution, respectively, using cryo-EM. The structures illustrate homologies in the ligand-binding core but distinct peripheral tertiary contacts in SAM-IV compared to SAM-I and SAM-I/IV. Our results demonstrate the feasibility of resolving small RNAs with enough detail to enable detection of their ligand-binding pockets and suggest that cryo-EM could play a role in structure-assisted drug design for RNA. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20755.map.gz | 16.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-20755-v30.xml emd-20755.xml | 13.5 KB 13.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_20755.png | 96.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-20755.cif.gz | 4.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20755 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20755 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_20755_validation.pdf.gz | 471.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_20755_full_validation.pdf.gz | 471.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_20755_validation.xml.gz | 5.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_20755_validation.cif.gz | 6.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20755 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20755 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20755.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 18.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Apo SAM-IV riboswitch | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Apo SAM-IV Riboswitch
全体 | 名称: Apo SAM-IV Riboswitch |
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要素 |
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-超分子 #1: Apo SAM-IV Riboswitch
超分子 | 名称: Apo SAM-IV Riboswitch / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 60190 |
分子量 | 理論値: 40 KDa |
-超分子 #2: Apo SAM-IV riboswitch
超分子 | 名称: Apo SAM-IV riboswitch / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 60190 |
-分子 #1: RNA (119-MER)
分子 | 名称: RNA (119-MER) / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium sp. MCS (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 38.522906 KDa |
配列 | 文字列: GGUCAUGAGU GCCAGCGUCA AGCCCCGGCU UGCUGGCCGG CAACCCUCCA ACCGCGGUGG GGUGCCCCGG GUGAUGACCA GGUUGAGUA GCCGUGACGG CUACGCGGCA AGCGCGGGUC GENBANK: GENBANK: CP000384.1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.2 |
グリッド | モデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | Apo SAM-IV riboswitch |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-30 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 7200 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 7.6 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: BACKBONE TRACE |
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得られたモデル | PDB-6ues: |