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万見
- EMDB-20753: Structure of Rabies SAD-B19 L-P complex from cryo-EM -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20753
タイトルStructure of Rabies SAD-B19 L-P complex from cryo-EM
マップデータFinal B-factor sharpened, clipped, full EM map into which the structure was fit
試料
  • 複合体: Rabies lyssavirus strain SAD-B19 L-P complex
    • タンパク質・ペプチド: Large structural protein
    • タンパク質・ペプチド: Phosphoprotein,Phosphoprotein
  • リガンド: ZINC ION
キーワードPolymerase / Phosphoprotein / Complex / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host transcription / GDP polyribonucleotidyltransferase / virion component => GO:0044423 / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / negative stranded viral RNA replication / viral transcription / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの ...symbiont-mediated suppression of host transcription / GDP polyribonucleotidyltransferase / virion component => GO:0044423 / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / negative stranded viral RNA replication / viral transcription / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont entry into host cell / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / GTPase activity / host cell nucleus / ATP binding
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase, rhabdovirus / Phosphoprotein / Phosphoprotein, C-terminal / Phosphoprotein / RNA-directed RNA polymerase L methyltransferase domain, rhabdovirus / Virus-capping methyltransferase, MT domain / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / Mononegavirales mRNA-capping domain V / RNA-directed RNA polymerase L, C-terminal ...RNA-directed RNA polymerase, rhabdovirus / Phosphoprotein / Phosphoprotein, C-terminal / Phosphoprotein / RNA-directed RNA polymerase L methyltransferase domain, rhabdovirus / Virus-capping methyltransferase, MT domain / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / Mononegavirales mRNA-capping domain V / RNA-directed RNA polymerase L, C-terminal / Mononegavirales RNA dependent RNA polymerase / Mononegavirales mRNA-capping region V / RdRp of negative ssRNA viruses with non-segmented genomes catalytic domain profile. / Mononegavirus L protein 2'-O-ribose methyltransferase domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphoprotein / Large structural protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rabies virus (strain SAD B19) (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Horwitz JA / Harrison SC
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020
タイトル: Structure of a rabies virus polymerase complex from electron cryo-microscopy.
著者: Joshua A Horwitz / Simon Jenni / Stephen C Harrison / Sean P J Whelan /
要旨: Nonsegmented negative-stranded (NNS) RNA viruses, among them the virus that causes rabies (RABV), include many deadly human pathogens. The large polymerase (L) proteins of NNS RNA viruses carry all ...Nonsegmented negative-stranded (NNS) RNA viruses, among them the virus that causes rabies (RABV), include many deadly human pathogens. The large polymerase (L) proteins of NNS RNA viruses carry all of the enzymatic functions required for viral messenger RNA (mRNA) transcription and replication: RNA polymerization, mRNA capping, and cap methylation. We describe here a complete structure of RABV L bound with its phosphoprotein cofactor (P), determined by electron cryo-microscopy at 3.3 Å resolution. The complex closely resembles the vesicular stomatitis virus (VSV) L-P, the one other known full-length NNS-RNA L-protein structure, with key local differences (e.g., in L-P interactions). Like the VSV L-P structure, the RABV complex analyzed here represents a preinitiation conformation. Comparison with the likely elongation state, seen in two structures of pneumovirus L-P complexes, suggests differences between priming/initiation and elongation complexes. Analysis of internal cavities within RABV L suggests distinct template and product entry and exit pathways during transcription and replication.
履歴
登録2019年9月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年10月2日-
マップ公開2020年2月5日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6ueb
  • 表面レベル: 5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20753.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20753.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Final B-factor sharpened, clipped, full EM map into which the structure was fit
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.234 Å
密度
表面レベル登録者による: 7.0 / ムービー #1: 5
最小 - 最大-12.308636 - 23.361754999999999
平均 (標準偏差)0.014836848 (±1.8893837)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ116116116
Spacing116116116
セルA=B=C: 143.144 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.2341.2341.234
M x/y/z116116116
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z143.144143.144143.144
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS116116116
D min/max/mean-12.30923.3620.015

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添付データ

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追加マップ: Final unsharpened, unclipped EM map

ファイルemd_20753_additional.map
注釈Final unsharpened, unclipped EM map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map #1

ファイルemd_20753_half_map_1.map
注釈half map #1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map #2

ファイルemd_20753_half_map_2.map
注釈half map #2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Rabies lyssavirus strain SAD-B19 L-P complex

全体名称: Rabies lyssavirus strain SAD-B19 L-P complex
要素
  • 複合体: Rabies lyssavirus strain SAD-B19 L-P complex
    • タンパク質・ペプチド: Large structural protein
    • タンパク質・ペプチド: Phosphoprotein,Phosphoprotein
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Rabies lyssavirus strain SAD-B19 L-P complex

超分子名称: Rabies lyssavirus strain SAD-B19 L-P complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: Purified L-P(1-91) complexes from baculovirus co-expression in insect cells
由来(天然)生物種: Rabies virus (strain SAD B19) (ウイルス)

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分子 #1: Large structural protein

分子名称: Large structural protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Rabies virus (strain SAD B19) (ウイルス) / 株: SAD B19
分子量理論値: 243.274344 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MLDPGEVYDD PIDPIELEAE PRGTPIVPNI LRNSDYNLNS PLIEDPARLM LEWLKTGNRP YRMTLTDNCS RSFRVLKDYF KKVDLGSLK VGGMAAQSMI SLWLYGAHSE SNRSRRCITD LAHFYSKSSP IEKLLNLTLG NRGLRIPPEG VLSCLERVDY D NAFGRYLA ...文字列:
MLDPGEVYDD PIDPIELEAE PRGTPIVPNI LRNSDYNLNS PLIEDPARLM LEWLKTGNRP YRMTLTDNCS RSFRVLKDYF KKVDLGSLK VGGMAAQSMI SLWLYGAHSE SNRSRRCITD LAHFYSKSSP IEKLLNLTLG NRGLRIPPEG VLSCLERVDY D NAFGRYLA NTYSSYLFFH VITLYMNALD WDEEKTILAL WKDLTSVDIG KDLVKFKDQI WGLLIVTKDF VYSQSSNCLF DR NYTLMLK DLFLSRFNSL MVLLSPPEPR YSDDLISQLC QLYIAGDQVL SMCGNSGYEV IKILEPYVVN SLVQRAEKFR PLI HSLGDF PVFIKDKVSQ LEETFGPCAR RFFRALDQFD NIHDLVFVFG CYRHWGHPYI DYRKGLSKLY DQVHLKKMID KSYQ ECLAS DLARRILRWG FDKYSKWYLD SRFLARDHPL TPYIKTQTWP PKHIVDLVGD TWHKLPITQI FEIPESMDPS EILDD KSHS FTRTRLASWL SENRGGPVPS EKVIITALSK PPVNPREFLR SIDLGGLPDE DLIIGLKPKE RELKIEGRFF ALMSWN LRL YFVITEKLLA NYILPLFDAL TMTDNLNKVF KKLIDRVTGQ GLLDYSRVTY AFHLDYEKWN NHQRLESTED VFSVLDQ VF GLKRVFSRTH EFFQKAWIYY SDRSDLIGLR EDQIYCLDAS NGPTCWNGQD GGLEGLRQKG WSLVSLLMID RESQIRNT R TKILAQGDNQ VLCPTYMLSP GLSQEGLLYE LERISRNALS IYRAVEEGAS KLGLIIKKEE TMCSYDFLIY GKTPLFRGN ILVPESKRWA RVSCVSNDQI VNLANIMSTV STNALTVAQH SQSLIKPMRD FLLMSVQAVF HYLLFSPILK GRVYKILSAE GESFLLAMS RIIYLDPSLG GISGMSLGRF HIRQFSDPVS EGLSFWREIW LSSQESWIHA LCQEAGNPDL GERTLESFTR L LEDPTTLN IRGGASPTIL LKDAIRKALY DEVDKVENSE FREAILLSKT HRDNFILFLI SVEPLFPRFL SELFSSSFLG IP ESIIGLI QNSRTIRRQF RKSLSKTLEE SFYNSEIHGI SRMTQTPQRV GGVWPCSSER ADLLREISWG RKVVGTTVPH PSE MLGLLP KSSISCTCGA TGGGNPRVSV SVLPSFDQSF FSRGPLKGYL GSSTSMSTQL FHAWEKVTNV HVVKRALSLK ESIN WFITR DSNLAQALIR NIMSLTGPDF PLEEAPVFKR TGSALHRFKS ARYSEGGYSS VCPNLLSHIS VSTDTMSDLT QDGKN YDFM FQPLMLYAQT WTSELVQRDT RLRDSTFHWH LRCNRCVRPI DDVTLETSQI FEFPDVSKRI SRMVSGAVPH FQRLPD IRL RPGDFESLSG REKSHHIGSA QGLLYSILVA IHDSGYNDGT IFPVNIYGKV SPRDYLRGLA RGVLIGSSIC FLTRMTN IN INRPLELVSG VISYILLRLD NHPSLYIMLR EPSLRGEIFS IPQKIPAAYP TTMKEGNRSI LCYLQHVLRY EREIITAS P ENDWLWIFSD FRSAKMTYLS LITYQSHLLL QRVERNLSKS MRDNLRQLSS LMRQVLGGHG EDTLESDDNI QRLLKDSLR RTRWVDQEVR HAARTMTGDY SPNKKVSRKV GCSEWVCSAQ QVAVSTSANP APVSELDIRA LSKRFQNPLI SGLRVVQWAT GAHYKLKPI LDDLNVFPSL CLVVGDGSGG ISRAVLNMFP DAKLVFNSLL EVNDLMASGT HPLPPSAIMR GGNDIVSRVI D LDSIWEKP SDLRNLATWK YFQSVQKQVN MSYDLIICDA EVTDIASINR ITLLMSDFAL SIDGPLYLVF KTYGTMLVNP NY KAIQHLS RAFPSVTGFI TQVTSSFSSE LYLRFSKRGK FFRDAEYLTS STLREMSLVL FNCSSPKSEM QRARSLNYQD LVR GFPEEI ISNPYNEMII TLIDSDVESF LVHKMVDDLE LQRGTLSKVA IIIAIMIVFS NRVFNVSKPL TDPSFYPPSD PKIL RHFNI CCSTMMYLST ALGDVPSFAR LHDLYNRPIT YYFRKQVIRG NVYLSWSWSN DTSVFKRVAC NSSLSLSSHW IRLIY KIVK TTRLVGSIKD LSREVERHLH RYNRWITLED IRSRSSLLDY SCL

UniProtKB: Large structural protein

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分子 #2: Phosphoprotein,Phosphoprotein

分子名称: Phosphoprotein,Phosphoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rabies virus (strain SAD B19) (ウイルス) / 株: SAD B19
分子量理論値: 4.623038 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)EDMGR LHLDDGKSPN HGEIAKVGEG KYREDFQMDE GE

UniProtKB: Phosphoprotein

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分子 #3: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 8.5
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE
詳細This sample was monodisperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 72.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
詳細: cisTEM was used for the final reconstruction and FSC curve/resolution analysis.
使用した粒子像数: 44500
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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