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- EMDB-20710: AAV8 Baculovirus-Sf9 produced, empty capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20710
タイトルAAV8 Baculovirus-Sf9 produced, empty capsid
マップデータAAV8 Baculovirus-Sf9 produced, empty capsid
試料
  • ウイルス: Adeno-associated virus - 8 (アデノ随伴ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
キーワードAdeno-associated virus / AAV / gene therapy vector / post translational modification / capsid / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


T=1 icosahedral viral capsid / nucleotide binding / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Adeno-associated virus - 8 (アデノ随伴ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Paulk NK / Poweleit N
資金援助 米国, 8件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)K01-DK107607 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)U01-HL145795 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)P01-HL51670 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)P30-DK54759 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30-CA086862 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)U01-CA207702 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32-GM126663 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)T32-AI060537 米国
引用ジャーナル: Mol Ther Methods Clin Dev / 年: 2020
タイトル: Methods Matter: Standard Production Platforms for Recombinant AAV Produce Chemically and Functionally Distinct Vectors.
著者: Neil G Rumachik / Stacy A Malaker / Nicole Poweleit / Lucy H Maynard / Christopher M Adams / Ryan D Leib / Giana Cirolia / Dennis Thomas / Susan Stamnes / Kathleen Holt / Patrick Sinn / ...著者: Neil G Rumachik / Stacy A Malaker / Nicole Poweleit / Lucy H Maynard / Christopher M Adams / Ryan D Leib / Giana Cirolia / Dennis Thomas / Susan Stamnes / Kathleen Holt / Patrick Sinn / Andrew P May / Nicole K Paulk /
要旨: Different approaches are used in the production of recombinant adeno-associated virus (rAAV). The two leading approaches are transiently transfected human HEK293 cells and live baculovirus infection ...Different approaches are used in the production of recombinant adeno-associated virus (rAAV). The two leading approaches are transiently transfected human HEK293 cells and live baculovirus infection of () insect cells. Unexplained differences in vector performance have been seen clinically and preclinically. Thus, we performed a controlled comparative production analysis varying only the host cell species but maintaining all other parameters. We characterized differences with multiple analytical approaches: proteomic profiling by mass spectrometry, isoelectric focusing, cryo-EM (transmission electron cryomicroscopy), denaturation assays, genomic and epigenomic sequencing of packaged genomes, human cytokine profiling, and functional transduction assessments and , including in humanized liver mice. Using these approaches, we have made two major discoveries: (1) rAAV capsids have post-translational modifications (PTMs), including glycosylation, acetylation, phosphorylation, and methylation, and these differ between platforms; and (2) rAAV genomes are methylated during production, and these are also differentially deposited between platforms. Our data show that host cell protein impurities differ between platforms and can have their own PTMs, including potentially immunogenic N-linked glycans. Human-produced rAAVs are more potent than baculovirus- vectors in various cell types (p < 0.05-0.0001), in various mouse tissues (p < 0.03-0.0001), and in human liver (p < 0.005). These differences may have clinical implications for rAAV receptor binding, trafficking, expression kinetics, expression durability, vector immunogenicity, as well as cost considerations.
履歴
登録2019年9月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年10月9日-
マップ公開2020年6月3日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.68
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.68
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6ubm
  • 表面レベル: 3.68
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6ubm
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20710.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈AAV8 Baculovirus-Sf9 produced, empty capsid
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度
表面レベル登録者による: 3.68 / ムービー #1: 3.68
最小 - 最大-9.865307 - 16.465319999999998
平均 (標準偏差)0.0003553197 (±0.87983674)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 547.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z547.840547.840547.840
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-9.86516.4650.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Adeno-associated virus - 8

全体名称: Adeno-associated virus - 8 (アデノ随伴ウイルス)
要素
  • ウイルス: Adeno-associated virus - 8 (アデノ随伴ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein

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超分子 #1: Adeno-associated virus - 8

超分子名称: Adeno-associated virus - 8 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Recombinant AAV8 vector, produced in suspension Spodoptera frugiperda (Sf9) cells infected with live baculovirus expressing AAV components.
NCBI-ID: 202813 / 生物種: Adeno-associated virus - 8 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes

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分子 #1: Capsid protein

分子名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Adeno-associated virus - 8 (アデノ随伴ウイルス)
分子量理論値: 58.528367 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DGVGSSSGNW HCDSTWLGDR VITTSTRTWA LPTYNNHLYK QISNGTSGGA TNDNTYFGYS TPWGYFDFNR FHCHFSPRDW QRLINNNWG FRPKRLSFKL FNIQVKEVTQ NEGTKTIANN LTSTIQVFTD SEYQLPYVLG SAHQGCLPPF PADVFMIPQY G YLTLNNGS ...文字列:
DGVGSSSGNW HCDSTWLGDR VITTSTRTWA LPTYNNHLYK QISNGTSGGA TNDNTYFGYS TPWGYFDFNR FHCHFSPRDW QRLINNNWG FRPKRLSFKL FNIQVKEVTQ NEGTKTIANN LTSTIQVFTD SEYQLPYVLG SAHQGCLPPF PADVFMIPQY G YLTLNNGS QAVGRSSFYC LEYFPSQMLR TGNNFQFTYT FEDVPFHSSY AHSQSLDRLM NPLIDQYLYY LSRTQTTGGT AN TQTLGFS QGGPNTMANQ AKNWLPGPCY RQQRVSTTTG QNNNSNFAWT AGTKYHLNGR NSLANPGIAM ATHKDDEERF FPS NGILIF GKQNAARDNA DYSDVMLTSE EEIKTTNPVA TEEYGIVADN LQQQNTAPQI GTVNSQGALP GMVWQNRDVY LQGP IWAKI PHTDGNFHPS PLMGGFGLKH PPPQILIKNT PVPADPPTTF NQSKLNSFIT QYSTGQVSVE IEWELQKENS KRWNP EIQY TSNYYKSTSV DFAVNTEGVY SEPRPIGTRY LTRNL

UniProtKB: Capsid protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
317.0 mMNaClsodium chloride
0.001 %Lutrol
2.67 mMKClPotassium Chloride
1.5 mMKH2PO4Potassium Phosphate Monobasic
8.1 mMNa2HPO4Sodium Phosphate Dibasic
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 395 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 66.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM / 使用した粒子像数: 2395
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cisTEM
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cisTEM
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cisTEM

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6ubm:
AAV8 Baculovirus-Sf9 produced, empty capsid

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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