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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20695 | |||||||||
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タイトル | Structure of PdpA-VgrG Complex, Lidless | |||||||||
![]() | PdpA-VgrG Complex, Lidless | |||||||||
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![]() | T6SS Central Spike / Complex / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | Uncharacterized protein / PdpA![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.21 Å | |||||||||
![]() | Yang X / Clemens DL | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Atomic Structure of the Francisella T6SS Central Spike Reveals a Unique α-Helical Lid and a Putative Cargo. 著者: Xue Yang / Daniel L Clemens / Bai-Yu Lee / Yanxiang Cui / Z Hong Zhou / Marcus A Horwitz / ![]() ![]() 要旨: Francisella bacteria rely on a phylogenetically distinct type VI secretion system (T6SS) to escape host phagosomes and cause the fatal disease tularemia, but the structural and molecular mechanisms ...Francisella bacteria rely on a phylogenetically distinct type VI secretion system (T6SS) to escape host phagosomes and cause the fatal disease tularemia, but the structural and molecular mechanisms involved are unknown. Here we report the atomic structure of the Francisella T6SS central spike complex, obtained by cryo-electron microscopy. Our structural and functional studies demonstrate that, unlike the single-protein spike composition of other T6SS subtypes, Francisella T6SS's central spike is formed by two proteins, PdpA and VgrG, akin to T4-bacteriophage gp27 and gp5, respectively, and that PdpA has unique characteristics, including a putative cargo within its cavity and an N-terminal helical lid. Structure-guided mutagenesis demonstrates that the PdpA N-terminal lid and C-terminal spike are essential to Francisella T6SS function. PdpA is thus both an adaptor, connecting VgrG to the tube, and a likely carrier of secreted cargo. These findings are important to understanding Francisella pathogenicity and designing therapeutics to combat tularemia. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 11.3 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 12.1 KB 12.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 75.1 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | PdpA-VgrG Complex, Lidless | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : PdpA-VgrG complex
全体 | 名称: PdpA-VgrG complex |
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要素 |
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-超分子 #1: PdpA-VgrG complex
超分子 | 名称: PdpA-VgrG complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: PdpA
分子 | 名称: PdpA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 95.469961 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MIAVKDITDL NIQDIISQLT SEVINGDTTP SSAKFACEIN SYIINYNLSN INLINTQLKN TKILYRKGLI SKLDYEKYKR YCIISRFKN NIDEFILYFS TNYKDSQSLK IAIKELQNSC SSSLILELPH DYIRKIDVLL TSIDSAIQRS SDLNKTIIKQ L NKLRSSLS ...文字列: MIAVKDITDL NIQDIISQLT SEVINGDTTP SSAKFACEIN SYIINYNLSN INLINTQLKN TKILYRKGLI SKLDYEKYKR YCIISRFKN NIDEFILYFS TNYKDSQSLK IAIKELQNSC SSSLILELPH DYIRKIDVLL TSIDSAIQRS SDLNKTIIKQ L NKLRSSLS RYIGYNNVLQ KQEITINIKP INKNFELEDI SFVSTRNKQY FKHNSLTLKN PHIEKLEVCE NIYGINGWLT FD LAYINNH KDFNFLLSPN QPILLDIQIN DSFNFYKKES KKDHHKRTTR FIAIGFNSNS IDIHENFEYS IYSYTKNVSS GVK KFKIQF HDPLKALWTK HKPSYIALNK SLDDIFKDNF FFDSLFSLDT NKSNNLKIRI PQAFISTVNR NFYDFFIQQL EQNK CYLKY FCDKKSGKVS YHVVDQVDND LQRNIVNSDE DLKDKLSPYD ISCFKKQILI SNKSNFYVKE KNICPDVTLN TQRKE DRKI SDTLVKPFSS ILKDNLQSVE YIQSNNDDKQ EIITTGFEIL LTSRNTLPFL DTEITLSKLD NDQNYLLGAT DIKSLY ISQ RKLLFKRSKY CSKQLYENLH NFHYKSDSES DVYEKIAFTK YPSLTHDNSI TYKIKDYSNL TPEYPKYKSF SNFYING RI TIGENVNNDS KKAYKFFKNH KPEESSIAEF QENGEKGTSA ILNSKADILY AIEIAKEMLS DKSSDKPIIY LPLKVNIN S ANNQFIPLRN DDIILIEIQS FTKGEIIELI SNSAISTKKA QQQLLQRQLL GSKENCEMAY TQTSDSETFS LTQVNEDCE NSFLINDKKG IFLRYKSKGN UniProtKB: PdpA |
-分子 #2: VgrG
分子 | 名称: VgrG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 20.539779 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MDYKDDDDKD YKDDDDKDYK DDDDKGSKAD HIFNLEEQGL LIDIKDDSKG CTTKLESSGK ITHNATESIE SSADKQIIEN VKDSKISIT EKEILLATKK SSIMLSEDKI VIKIGNSLII LDDSNISLES ATINIKSSAN INIQASQNID IKSLNNSIKA D VNLNAEGL ...文字列: MDYKDDDDKD YKDDDDKDYK DDDDKGSKAD HIFNLEEQGL LIDIKDDSKG CTTKLESSGK ITHNATESIE SSADKQIIEN VKDSKISIT EKEILLATKK SSIMLSEDKI VIKIGNSLII LDDSNISLES ATINIKSSAN INIQASQNID IKSLNNSIKA D VNLNAEGL DVNIKGSVTA SIKGSAATMV G UniProtKB: Uncharacterized protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 60 sec. / 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 47.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 16889 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | ![]() PDB-6u9e: |