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- PDB-6fn6: Modifying region (DH-ER-KR) of an insect fatty acid synthase (FAS) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fn6
タイトルModifying region (DH-ER-KR) of an insect fatty acid synthase (FAS)
要素Fatty acid synthase 1, isoform A
キーワードTRANSFERASE / Dehydratase / Enoylreductase / Ketoreductase / lipid metabolism / fatty acid
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / : / : / : / triglyceride biosynthetic process / cellular response to sucrose stimulus / fatty-acid synthase system / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase activity ...: / : / : / : / : / triglyceride biosynthetic process / cellular response to sucrose stimulus / fatty-acid synthase system / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase activity / oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase / fatty acyl-[ACP] hydrolase activity / response to sucrose / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Polyketide synthase dehydratase / : / Fatty acid synthase, pseudo-KR domain / Zinc-binding dehydrogenase / Thioesterase / Thioesterase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / : / Polyketide synthase dehydratase domain ...Polyketide synthase dehydratase / : / Fatty acid synthase, pseudo-KR domain / Zinc-binding dehydrogenase / Thioesterase / Thioesterase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / : / Polyketide synthase dehydratase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Zinc-binding dehydrogenase / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / GroES-like superfamily / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold / NAD(P)-binding domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / Fatty acid synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Benning, F.M.C. / Bukhari, H.S.T. / Jakob, R.P. / Maier, T.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Modifying region (DH-ER-KR) of an insect fatty acid synthase (FAS)
著者: Benning, F.M.C. / Bukhari, H.S.T. / Jakob, R.P. / Maier, T.
履歴
登録2018年2月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid synthase 1, isoform A
B: Fatty acid synthase 1, isoform A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)259,3567
ポリマ－259,0102
非ポリマー3465
水3,513195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5320 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area91410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.448, 174.149, 194.454
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Fatty acid synthase 1, isoform A


分子量: 129504.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: FASN1, anon-EST:Posey235, anon-EST:Posey43, anon-WO0138581.1, BcDNA:GH07626, BcDNA:gh07626, dFAS, DM_7295848, Dmel\CG3523, FAS, Fas, fas, FAS[CG3523], FASN, FASN[CG3523], Fatty acid ...遺伝子: FASN1, anon-EST:Posey235, anon-EST:Posey43, anon-WO0138581.1, BcDNA:GH07626, BcDNA:gh07626, dFAS, DM_7295848, Dmel\CG3523, FAS, Fas, fas, FAS[CG3523], FASN, FASN[CG3523], Fatty acid synthase, CG3523, Dmel_CG3523
プラスミド: pAB1G / 詳細 (発現宿主): Gateway-compatible pACEBAC plasmid / 細胞株 (発現宿主): 21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9VQL7, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase, EC: 1.3.1.10, [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase, [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase, beta-ketoacyl-[acyl-carrier- ...参照: UniProt: Q9VQL7, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase, EC: 1.3.1.10, [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase, [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I, fatty-acid synthase system, oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase, 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
#2: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.12 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5, 0.35 M Na Br, 17.5% PEG 3350, 10 mM NADP+

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→129.729 Å / Num. obs: 68241 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 24.06 % / Biso Wilson estimate: 54.01 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.24 / Net I/σ(I): 15.57
反射 シェル解像度: 2.7→2.797 Å / 冗長度: 20.87 % / Mean I/σ(I) obs: 2.33 / Num. unique obs: 6989 / CC1/2: 0.832 / Rrim(I) all: 1.81 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1992精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2vz9

2vz9


解像度: 2.7→129.729 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2546 3384 4.96 %
Rwork0.2206 --
obs0.2223 68241 95.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→129.729 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16905 0 14 198 17117
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00317195
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.69223267
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.7726338
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0352711
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032985
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1473-0.22980.33443.10131.04173.2630.16410.16080.0265-0.4204-0.30060.57540.0012-0.32410.08970.40360.0479-0.13370.4793-0.11720.3389-13.3544101.855870.3348
21.87911.2448-0.43791.8144-0.29590.48590.00940.2390.2748-0.2380.09-0.14130.02870.0175-0.05590.4984-0.0068-0.07850.4480.08530.321528.6381143.579868.317
30.41691.13320.38877.074-0.79440.49350.274-0.0538-0.18780.214-0.0046-0.21740.0719-0.0778-0.03050.3859-0.0069-0.11460.52830.04530.43823.8776101.148191.1695
40.79170.49560.23232.60560.77480.50970.1492-0.1733-0.19290.09490.0194-0.48180.1407-0.0528-0.14650.4233-0.0455-0.09340.44440.06870.281615.3086100.744988.4757
52.8248-0.00310.57476.02920.30172.0289-0.06190.1536-0.1994-0.3924-0.0886-0.5836-0.10240.02310.09160.46660.00410.03440.437-0.0230.3026-0.77859.86753.8213
60.94951.3790.17662.7489-0.21130.1068-0.16090.0033-0.024-0.33880.20730.28760.0075-0.0248-0.07160.53930.00080.01830.57190.12780.535-37.471514.336959.9162
70.02642.07570.73935.37472.81261.33710.2897-0.1993-0.22770.1187-0.2882-0.5462-0.00810.12590.0030.6313-0.1362-0.01040.76660.15440.8584-20.202728.144278.4614
80.30280.4515-0.20333.46330.73440.68570.1701-0.176-0.33990.606-0.40290.06810.12190.05350.20150.4998-0.1823-0.17860.66890.16620.6624-9.626147.671785.0692
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 893 through 1125 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1126 through 1432 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1433 through 1586 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1587 through 2031 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 893 through 1125 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1126 through 1391 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1392 through 1551 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1552 through 2037 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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