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万見
- EMDB-20643: CryoEM Structure of Pyocin R2 - precontracted - baseplate -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20643
タイトルCryoEM Structure of Pyocin R2 - precontracted - baseplate
マップデータStructure of Pyocin R2 - precontracted - baseplate
試料
  • 複合体: Pyocin R2
    • タンパク質・ペプチド: Tri1a PA0618
    • タンパク質・ペプチド: Sheath PA0622
    • タンパク質・ペプチド: Tube PA0623
    • タンパク質・ペプチド: Tri2 PA0619
    • タンパク質・ペプチド: Sheath Initiator PA0617
    • タンパク質・ペプチド: Glue PA0627
    • タンパク質・ペプチド: Ripcord PA0626
キーワードbacteriocin / pyocin / VIRAL PROTEIN / ANTIMICROBIAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Myoviridae, GpU / Uncharacterised protein family, phage P2-GpU-fusion / Phage P2 GpU / Tail protein I / Phage tail protein (Tail_P2_I) / Phage Tail Protein X-like / Baseplate assembly protein J, predicted / Phage Tail Protein X / Tail tube protein / Phage tail tube protein FII ...Myoviridae, GpU / Uncharacterised protein family, phage P2-GpU-fusion / Phage P2 GpU / Tail protein I / Phage tail protein (Tail_P2_I) / Phage Tail Protein X-like / Baseplate assembly protein J, predicted / Phage Tail Protein X / Tail tube protein / Phage tail tube protein FII / Baseplate protein J-like / Baseplate J-like protein / IraD/Gp25-like / Baseplate wedge protein gp25 / Tail sheath protein, subtilisin-like domain / Phage tail sheath protein subtilisin-like domain / Tail sheath protein, C-terminal domain / Phage tail sheath C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable bacteriophage protein / Probable bacteriophage protein / Probable bacteriophage protein / Phage tail protein / Uncharacterized protein / Probable bacteriophage protein / Probable bacteriophage protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Ge P / Avaylon J
資金援助 米国, スイス, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM071940 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21AI085318 米国
Swiss National Science Foundation31003A_146284 スイス
National Science Foundation (NSF, United States)XSEDE MCB140140 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: Action of a minimal contractile bactericidal nanomachine.
著者: Peng Ge / Dean Scholl / Nikolai S Prokhorov / Jaycob Avaylon / Mikhail M Shneider / Christopher Browning / Sergey A Buth / Michel Plattner / Urmi Chakraborty / Ke Ding / Petr G Leiman / Jeff ...著者: Peng Ge / Dean Scholl / Nikolai S Prokhorov / Jaycob Avaylon / Mikhail M Shneider / Christopher Browning / Sergey A Buth / Michel Plattner / Urmi Chakraborty / Ke Ding / Petr G Leiman / Jeff F Miller / Z Hong Zhou /
要旨: R-type bacteriocins are minimal contractile nanomachines that hold promise as precision antibiotics. Each bactericidal complex uses a collar to bridge a hollow tube with a contractile sheath loaded ...R-type bacteriocins are minimal contractile nanomachines that hold promise as precision antibiotics. Each bactericidal complex uses a collar to bridge a hollow tube with a contractile sheath loaded in a metastable state by a baseplate scaffold. Fine-tuning of such nucleic acid-free protein machines for precision medicine calls for an atomic description of the entire complex and contraction mechanism, which is not available from baseplate structures of the (DNA-containing) T4 bacteriophage. Here we report the atomic model of the complete R2 pyocin in its pre-contraction and post-contraction states, each containing 384 subunits of 11 unique atomic models of 10 gene products. Comparison of these structures suggests the following sequence of events during pyocin contraction: tail fibres trigger lateral dissociation of baseplate triplexes; the dissociation then initiates a cascade of events leading to sheath contraction; and this contraction converts chemical energy into mechanical force to drive the iron-tipped tube across the bacterial cell surface, killing the bacterium.
履歴
登録2019年8月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年10月2日-
マップ公開2020年4月15日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.027
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.027
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6u5b
  • 表面レベル: 0.027
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6u5b
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20643.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20643.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of Pyocin R2 - precontracted - baseplate
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.041 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.027 / ムービー #1: 0.027
最小 - 最大-0.08625576 - 0.16245338
平均 (標準偏差)-0.000019184414 (±0.008955304)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-160-160-160
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 333.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0411.0411.041
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z333.120333.120333.120
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ460460460
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-160-160-160
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0860.162-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Pyocin R2

全体名称: Pyocin R2
要素
  • 複合体: Pyocin R2
    • タンパク質・ペプチド: Tri1a PA0618
    • タンパク質・ペプチド: Sheath PA0622
    • タンパク質・ペプチド: Tube PA0623
    • タンパク質・ペプチド: Tri2 PA0619
    • タンパク質・ペプチド: Sheath Initiator PA0617
    • タンパク質・ペプチド: Glue PA0627
    • タンパク質・ペプチド: Ripcord PA0626

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超分子 #1: Pyocin R2

超分子名称: Pyocin R2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

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分子 #1: Tri1a PA0618

分子名称: Tri1a PA0618 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
分子量理論値: 31.986117 KDa
配列文字列: MIIDLSQLPE PEVIENLDFE TIYQELLGDF REAMAGEWTA EVESDPVLKL LQLAAYRELL LRARINDAAR AVMLAYASGA DLDQIGAGF NVQRLLIRPA QPEAVPPVEA QYESDKSLRN RIQLAFEQLS VAGPRNAYIA HALGADGRVA DASATSPAPC E VLISVLGV ...文字列:
MIIDLSQLPE PEVIENLDFE TIYQELLGDF REAMAGEWTA EVESDPVLKL LQLAAYRELL LRARINDAAR AVMLAYASGA DLDQIGAGF NVQRLLIRPA QPEAVPPVEA QYESDKSLRN RIQLAFEQLS VAGPRNAYIA HALGADGRVA DASATSPAPC E VLISVLGV EGNGQAPEAV LQAVRLALNA EDVRPVADRV TVRSAGIVPY QVKAQLYLFP GPEAELIRAA AEASLRDYIS AQ RRLGRDI RRSALFATLH VEGVQRVELQ EPAADVVLDE TQAAYCTGYA ITLGGVDE

UniProtKB: Probable bacteriophage protein

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分子 #2: Sheath PA0622

分子名称: Sheath PA0622 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
分子量理論値: 41.247332 KDa
配列文字列: MSFFHGVTVT NVDIGARTIA LPASSVIGLC DVFTPGAQAS AKPNVPVLLT SKKDAAAAFG IGSSIYLACE AIYNRAQAVI VAVGVETAE TPEAQASAVI GGISAAGERT GLQALLDGKS RFNAQPRLLV APGHSAQQAV ATAMDGLAEK LRAIAILDGP N STDEAAVA ...文字列:
MSFFHGVTVT NVDIGARTIA LPASSVIGLC DVFTPGAQAS AKPNVPVLLT SKKDAAAAFG IGSSIYLACE AIYNRAQAVI VAVGVETAE TPEAQASAVI GGISAAGERT GLQALLDGKS RFNAQPRLLV APGHSAQQAV ATAMDGLAEK LRAIAILDGP N STDEAAVA YAKNFGSKRL FMVDPGVQVW DSATNAARNA PASAYAAGLF AWTDAEYGFW SSPSNKEIKG VTGTSRPVEF LD GDETCRA NLLNNANIAT IIRDDGYRLW GNRTLSSDSK WAFVTRVRTM DLVMDAILAG HKWAVDRGIT KTYVKDVTEG LRA FMRDLK NQGAVINFEV YADPDLNSAS QLAQGKVYWN IRFTDVPPAE NPNFRVEVTD QWLTEVLDVA

UniProtKB: Probable bacteriophage protein

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分子 #3: Tube PA0623

分子名称: Tube PA0623 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
分子量理論値: 17.957352 KDa
配列文字列:
MIPQTLTNTN LFIDGVSFAG DVPSLTLPKL AVKTEQYRAG GMDAPVSIDM GLEAMEAKFS TNGARREALN FFGLADQSAF NGVFRGSFK GQKGASVPVV ATLRGLLKEV DPGDWKAGEK AEFKYAVAVS YYKLEVDGRE VYEIDPVNGV RAINGVDQLA G MRNDLGL

UniProtKB: Probable bacteriophage protein

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分子 #4: Tri2 PA0619

分子名称: Tri2 PA0619 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
分子量理論値: 20.013682 KDa
配列文字列:
MSSRLLPPNR SSLERSLGDV LPAELPVPLR ELHDPARCEA ALLPYLAWTR SVDRWDPDWS DEAKRNAVAT SFVLHQRKGT LTALRQVVE PIGALSEVTE WWQRSPTGVP GTFEITVDVS DRGIDEGTVL ELERLLDDVR PVSRHLTRLD LRITPVIRSR H GLAVTDGD TLEIFPWKQ

UniProtKB: Probable bacteriophage protein

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分子 #5: Sheath Initiator PA0617

分子名称: Sheath Initiator PA0617 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
分子量理論値: 11.862759 KDa
配列文字列:
MIGMDRRSGL PLSGLAHLKQ SVEDILTTPL GSRRMRPEYG SKLRRMVDMP VSEGWKSAVQ AEVARSLGRW EPRIGLSAVR VVAVVDGRV DLLLSGVFEG ENINMEVSA

UniProtKB: Probable bacteriophage protein

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分子 #6: Glue PA0627

分子名称: Glue PA0627 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
分子量理論値: 7.486475 KDa
配列文字列:
MATTCRTADG DMLDSLCYHV YGHLLGCVEA TLDANPGLAD EQQPFRAGLL ISFPDMPVVN VEQVRLWD

UniProtKB: Phage tail protein

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分子 #7: Ripcord PA0626

分子名称: Ripcord PA0626 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
分子量理論値: 31.326768 KDa
配列文字列: MAYLEQLQAG LRYLGRAGES GRKSLDKVVA PVNGAISEIR GAAAELENLP GVSPEMAARL QRAMRGIGQA QGKVNRVVST YDRASRALL GIDERLDALK VQVNSAAQAV GKVAGDISPT LAGVLPSWLL APSATPPSEA AASLPHLLVL QPLTANAQPF Y FNLNTAAF ...文字列:
MAYLEQLQAG LRYLGRAGES GRKSLDKVVA PVNGAISEIR GAAAELENLP GVSPEMAARL QRAMRGIGQA QGKVNRVVST YDRASRALL GIDERLDALK VQVNSAAQAV GKVAGDISPT LAGVLPSWLL APSATPPSEA AASLPHLLVL QPLTANAQPF Y FNLNTAAF DALQRNSAYN WSGQVRLGRR PALQSVGMGE ESILLKGAVF PLRRQVGNQE KVVGLEQLEA LRRLAERREP LI LSSGYGE VQMGLWCLVR ISENQSALLG NGAPRKQTFD LEFKRYGDDL PNR

UniProtKB: Uncharacterized protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 構成要素:
濃度名称式
10.0 mMTris
130.0 mMSaltNaCl
グリッド支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 80.0 K / 最高: 81.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS
エネルギーフィルター - エネルギー下限: -10 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 3-20 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7331 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 80.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3.4 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.1 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.16 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.16 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 43934
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 22001
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-6u5b:
CryoEM Structure of Pyocin R2 - precontracted - baseplate

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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