[日本語] English
万見
- EMDB-20432: Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV), C5 portal vertex ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20432
タイトルKaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV), C5 portal vertex structure
マップデータNone
試料
  • ウイルス: Human gammaherpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid vertex component 1
    • タンパク質・ペプチド: Capsid vertex component 2
    • タンパク質・ペプチド: Large tegument protein deneddylase
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Triplex capsid protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Triplex capsid protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Small capsomere-interacting protein
機能・相同性
機能・相同性情報


icosahedral viral capsid / T=16 icosahedral viral capsid / viral genome packaging / viral tegument / viral capsid assembly / chromosome organization / viral process / virion component / viral penetration into host nucleus / host cell ...icosahedral viral capsid / T=16 icosahedral viral capsid / viral genome packaging / viral tegument / viral capsid assembly / chromosome organization / viral process / virion component / viral penetration into host nucleus / host cell / viral capsid / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / ubiquitinyl hydrolase 1 / host cell cytoplasm / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / symbiont entry into host cell / viral envelope / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Gammaherpesvirus capsid / Gammaherpesvirus capsid protein / Large tegument protein deneddylase / Herpesvirus tegument ubiquitin-specific protease (htUSP) domain profile. / Herpesvirus large tegument protein, USP domain / Herpesvirus tegument protein, N-terminal conserved region / Herpesvirus capsid vertex component 1 / Herpesvirus UL17 protein / Herpesvirus UL25 / Herpesvirus UL25 family ...Gammaherpesvirus capsid / Gammaherpesvirus capsid protein / Large tegument protein deneddylase / Herpesvirus tegument ubiquitin-specific protease (htUSP) domain profile. / Herpesvirus large tegument protein, USP domain / Herpesvirus tegument protein, N-terminal conserved region / Herpesvirus capsid vertex component 1 / Herpesvirus UL17 protein / Herpesvirus UL25 / Herpesvirus UL25 family / Herpesvirus capsid shell protein 1 / Herpesvirus capsid shell protein VP19C / Herpesvirus capsid protein 2 / Herpesvirus VP23 like capsid protein / Herpesvirus major capsid protein / Herpesvirus major capsid protein, upper domain superfamily / Herpes virus major capsid protein / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Triplex capsid protein 1 / Capsid vertex component 1 / Triplex capsid protein 2 / Small capsomere-interacting protein / Large tegument protein deneddylase / Major capsid protein / Capsid vertex component 2 / Small capsomere-interacting protein / Core gene UL38 family protein / Core gene UL17 family protein ...Triplex capsid protein 1 / Capsid vertex component 1 / Triplex capsid protein 2 / Small capsomere-interacting protein / Large tegument protein deneddylase / Major capsid protein / Capsid vertex component 2 / Small capsomere-interacting protein / Core gene UL38 family protein / Core gene UL17 family protein / ORF 19 / Similar to Saimirine herpesvirus ORF 26 protein
類似検索 - 構成要素
生物種HHV-8 (ヘルペスウイルス) / Human gammaherpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Gong D / Dai X / Jih J / Liu YT / Bi GQ / Sun R / Zhou ZH
資金援助 米国, 中国, 14件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)1S10RR23057 米国
Other government2016YFA0400900 中国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI-1338135 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1U24GM116792 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1548924 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM071940 米国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)DE028583 米国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)DE025567 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI094386 米国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)DE027901 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA091791 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA177322 米国
Other government2017YFA0505300 中国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)DE023591 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: DNA-Packing Portal and Capsid-Associated Tegument Complexes in the Tumor Herpesvirus KSHV.
著者: Danyang Gong / Xinghong Dai / Jonathan Jih / Yun-Tao Liu / Guo-Qiang Bi / Ren Sun / Z Hong Zhou /
要旨: Assembly of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) begins at a bacteriophage-like portal complex that nucleates formation of an icosahedral capsid with capsid-associated tegument complexes ...Assembly of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) begins at a bacteriophage-like portal complex that nucleates formation of an icosahedral capsid with capsid-associated tegument complexes (CATCs) and facilitates translocation of an ∼150-kb dsDNA genome, followed by acquisition of a pleomorphic tegument and envelope. Because of deviation from icosahedral symmetry, KSHV portal and tegument structures have largely been obscured in previous studies. Using symmetry-relaxed cryo-EM, we determined the in situ structure of the KSHV portal and its interactions with surrounding capsid proteins, CATCs, and the terminal end of KSHV's dsDNA genome. Our atomic models of the portal and capsid/CATC, together with visualization of CATCs' variable occupancy and alternate orientation of CATC-interacting vertex triplexes, suggest a mechanism whereby the portal orchestrates procapsid formation and asymmetric long-range determination of CATC attachment during DNA packaging prior to pleomorphic tegumentation/envelopment. Structure-based mutageneses confirm that a triplex deep binding groove for CATCs is a hotspot that holds promise for antiviral development.
履歴
登録2019年7月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年7月31日-
マップ公開2019年9月11日-
更新2020年11月25日-
現状2020年11月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6ppb
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6ppb
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20432.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20432.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈None
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.03 Å/pix.
x 384 pix.
= 395.52 Å		1.03 Å/pix.
x 384 pix.
= 395.52 Å		1.03 Å/pix.
x 384 pix.
= 395.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.03 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.018 / ムービー #1: 0.018
最小 - 最大-0.052433975 - 0.083979405
平均 (標準偏差)0.0017394623 (±0.006123323)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 395.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.031.031.03
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z395.520395.520395.520
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.0520.0840.002

-
添付データ

-
ハーフマップ: None

ファイルemd_20432_half_map_1.map
注釈None
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: None

ファイルemd_20432_half_map_2.map
注釈None
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Human gammaherpesvirus 8

全体名称: Human gammaherpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
要素
  • ウイルス: Human gammaherpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid vertex component 1
    • タンパク質・ペプチド: Capsid vertex component 2
    • タンパク質・ペプチド: Large tegument protein deneddylase
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Triplex capsid protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Triplex capsid protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Small capsomere-interacting protein

-
超分子 #1: Human gammaherpesvirus 8

超分子名称: Human gammaherpesvirus 8 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 37296 / 生物種: Human gammaherpesvirus 8 / Sci species strain: BAC16 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Capsid / 直径: 1250.0 Å / T番号(三角分割数): 16

-
分子 #1: Capsid vertex component 1

分子名称: Capsid vertex component 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: HHV-8 (ヘルペスウイルス) / 株: GK18
分子量理論値: 49.586555 KDa
配列文字列: MDAHAINERY VGPRCHRLAH VVLPRTFLLH HAIPLEPEII FSTYTRFSRS PGSSRRLVVC GKRVLPGEEN QLASSPSGLA LSLPLFSHD GNFHPFDISV LRISCPGSNL SLTVRFLYLS LVVAMGAGRN NARSPTVDGV SPPEGAVAHP LEELQRLARA T PDPAPTRG ...文字列:
MDAHAINERY VGPRCHRLAH VVLPRTFLLH HAIPLEPEII FSTYTRFSRS PGSSRRLVVC GKRVLPGEEN QLASSPSGLA LSLPLFSHD GNFHPFDISV LRISCPGSNL SLTVRFLYLS LVVAMGAGRN NARSPTVDGV SPPEGAVAHP LEELQRLARA T PDPAPTRG PLQVLTGLLR AGSDGDRATH HMALEAPGTV RGESLDPPVS QKGPARTRHR PPPVRLSFNP VNADVPATWR DA TNVYSGA PYYVCVYERG GRQEDDWLPI PLSFPEEPVP PPPSLVFMDD LFINTKQCDF VDTLEAACRT QGYTLRQRVP VAI PRDAEI ADAVKSHFLE ACLVLRGLAS EASAWIRAAT SPPLGRHACW MDVLGLWESR PHTLGLELRG VNCGGTDGDW LEIL KQPDV QKTVSGSLVA CVIVTPALEA WLVLPGGFAI KGRYRASKED LVFIRGRYG

-
分子 #2: Capsid vertex component 2

分子名称: Capsid vertex component 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: HHV-8 (ヘルペスウイルス) / 株: GK18
分子量理論値: 61.494383 KDa
配列文字列: MLTSERSYLR YPKNRRWTEA GRFWAPHPEN VLFIHKPTME ETRRVALGLR SQLVRNRERK TKAHLLSLEL DRLVQVHDSR VRVINADID AVKQMIGNMT WSDNIDMPQS RSHEPPLVTS PPQASHRNFT VAIVPGDPHF SVDRDLRGEL MPTLYMNQNQ W LPSFGPWF ...文字列:
MLTSERSYLR YPKNRRWTEA GRFWAPHPEN VLFIHKPTME ETRRVALGLR SQLVRNRERK TKAHLLSLEL DRLVQVHDSR VRVINADID AVKQMIGNMT WSDNIDMPQS RSHEPPLVTS PPQASHRNFT VAIVPGDPHF SVDRDLRGEL MPTLYMNQNQ W LPSFGPWF ISLTDNAMQR RVFPKELKGT VNFQNSTSLK LISHTLTTVA STTADFFADA RHLTDTQAAL CLVNAYFCQK TS RQLPATP DDLLADLPQK LDLLITQLKQ ESGPGDFSFT YSNPQERASL APLNKESRYP TAFFQRHKLH AMMAKAGLFP HNK GTGAPG TAPAMDLVFA ITSAMFGSDI PPFSAYQWNL RAGIVALEVF ILAYGLLEFG QVARGHPNRR LNLVSLLGPK FQPG ALPDP NAPMLKRGQL FSFISEHYII PTLQANPNAP VSFIFPGIIL AALEARSTVS HKQPGPFVNL TGSRFNEIFE ILNQQ LTFR DPLALLQART ALRLATEEGL DVLLSHPSPP TLLQEIIKSQ FGGGDDYDRA YFMVLGCLPV VLAVV

-
分子 #3: Large tegument protein deneddylase

分子名称: Large tegument protein deneddylase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ubiquitinyl hydrolase 1
由来(天然)生物種: HHV-8 (ヘルペスウイルス) / 株: GK18
分子量理論値: 290.024844 KDa
配列文字列: MAAQPLYMEG MASTHQANCI FGEHAGSQCL SNCVMYLASS YYNSETPLVD RASLDDVLEQ GMRLDLLLRK SGMLGFRQYA QLHHIPGFL RTDDWATKIF QSPEFYGLIG QDAAIREPFI ESLRSVLSRN YAGTVQYLII ICQSKAGAIV VKDKTYYMFD P HCIPNIPN ...文字列:
MAAQPLYMEG MASTHQANCI FGEHAGSQCL SNCVMYLASS YYNSETPLVD RASLDDVLEQ GMRLDLLLRK SGMLGFRQYA QLHHIPGFL RTDDWATKIF QSPEFYGLIG QDAAIREPFI ESLRSVLSRN YAGTVQYLII ICQSKAGAIV VKDKTYYMFD P HCIPNIPN SPAHVIKTND VGVLLPYIAT HDTEYTGCFL YFIPHDYISP EHYIANHYRT IVFEELHGPR MDISRGVESC SI TEITSPS VSPAPSEAPL RRDSTQSQDE TRPRRPRVVI PPYDPTDRPR PPHQDRPPEQ AAGYGGNKGR GGNKGRGGKT GRG GNEGRG GHQPPDEHQP PHITAEHMDQ SDGQGADGDM DSTPANGETS VTETPGPEPN PPARPDREPP PTPPATPGAT ALLS DLTAT RGQKRKFSSL KESYPIDSPP SDDDDVSQPS QQTAPDTEDI WIDDPLTPLY PLTDTPSFDI TADVTPDNTH PEKAA DGDF TNKTTSTDAD RYASASQESL GTLVSPYDFT NLDTLLAELG RLGTAQPIPV IVDRLTSRPF REASALQAMD RILTHV VLE YGLVSGYSTA APSKCTHVLQ FFILWGEKLG IPTEDAKTLL ESALEIPAMC EIVQQGRLKE PTFSRHIISK LNPCLES LH ATSRQDFKSL IQAFNAEGIR IASRERETSM AELIETITAR LKPNFNIVCA RQDAQTIQDG VGLLRAEVNK RNAQIAQE A AYFENIITAL STFQPPPQSQ QTFEVLPDLK LRTLVEHLTL VEAQVTTQTV ESLQAYLQSA ATAEHHLTNV PNVHSILSN ISNTLKVIDY VIPKFIINTD TLAPYKQQFS YLGGELASMF SLDWPHAPAE AVEPLPVLTS LRGKIAEALT RQENKNAVDQ ILTDAEGLL KNITDPNGAH FHAQAVSIPV LENYVHNAGV LLKGEKSERF SRLKTAIQNL VSSESFITVT LHSTNLGNLV T NVPKLGEA FTGGPHLLTS PSVRQSLSTL CTTLLRDALD ALEKKDPALL GEGTTLALET LLGYGSVQDY KETVQIISSL VG IQKLVRD QGADKWATAV TRLTDLKSTL ATTAIETATK RKLYRLIQRD LKEAQKHETN RAMEEWKQKV LALDNASPER VAT LLQQAP TAKAREFAEK HFKILLPVPA DAPVQASPTP MEYSASPLPD PKDIDRATSI HGEQAWKKIQ QAFKDFNFAV LRPA DWDAL AAEYQRRGSP LPAAVGPALS GFLETILGTL NDIYMDKLRS FLPDAQPFQA PPFDWLTPYQ DQVSFFLRTI GLPLV RALA DKISVQALRL SHALQSGDLQ QATVGTPLEL PATEYARIAS NMKSVFNDHG LQVRSEVADY VEAQRADAHT PHVPRP KIQ APKTLIPHPD AIVADGLPAF LKTSLLQQEA KLLALQRADF ESLESDMRAA EAQRKASREE TQRKMAHAIT QLLQQAP SA ISGRPLSLQD PVGFLEGIIY DKVLERESYE TGLEGLSWLE QTIKSITVYA PVEEKQRMHV LLDEVKKQRA NTETALEL E AAATHGDDAR LLQRAVDELS PLRVKGGKAA VESWRQKIQT LKSLVQEAEQ AGLLLATIDT VAGQAQETIS PSTLQGLYQ QGQEAMAAIK RFRDSPQLAG LQEKLAELQQ YVKYKKQYLE HFEATQSVVF TAFPLTQEVT IPALHYAGPF DNLERLSRYL HIGQTQPAP GQWLLTLPTF DPTRPACVPA GGHEPPLHRQ VVFSSFLEAQ IRLALSVAGP VPGRGLPGTP QIRRGVEAAA C FLHQWDEI SRLLPEVLDT FFHNAPLPAE SSSNAFLAMC VLTHLVYLAG RAVLGPREPE HAAPDAYPRE VALAPRDLTY LL LAMWPSW ISAILKQPSH AEAAHACLVT LPTMLKAVPY LTLEASAGPL PADMRHFATP EARLFFPARW HHVNVQEKLW LRN DFMSLC HRSPGRARIA VLVWAVTCLD PEVIRQLWST LRPLTADESD TASGLLRVLV EMEFGPPPKT PRREAVAPGA TLPP YPYGL ATGERLVGQA QERSGGAGKM PVSGFEIVLG ALLFRAPLRI FSTASTHRIS DFEGGFQILT PLLDCCPDRE PFASL AAAP RRTVPLGDPC ANIHTPEEIQ IFARQAAWLQ YTFANYQIPS TDNPIPIVVL NANNNLENSY IPRDRKADPL RPFYVV PLK PQGRWPEIMT TATTPCRLPT SPEEAGSQFA RLLQSQVSAT WSDIFSRVPE RLAPNATQKS SQTMSEIHEV AATPPLT IT PNKPTGTPHV SPEADPITER KRGQQPKIVA DNMPSRILPS LPTPKPREPR ITLPHALPVI SPPAHRPSPI PHLPAPQV T EPKGVLQSKR GTLVLRPAAV IDPRKPVSAP ITRYERTALQ PPRTEGEGRR PPDTQPVTLT FRLPPTAPTP ATAALETKT TPPSTPPHAI DISPPQTPPM STSPHARDTS PPAEKRAAPV IRVMAPTQPS GEARVKRVEI EQGLSTRNEA PPLERSNHAV PAVTPRRTV AREIRIPPEI KAGWDTAPDI PLPHSSPESS PPTSPQPIRV DDKSPLPNLV ERYARGFLDT PSVEVMSLEN Q DIAVDPGL LTRRIPSVVP MPHPIMWSPI VPISLQNTDI DTAKITLISF IRRIKQKVAA LSASLAETVD RIKKWYL

-
分子 #4: Major capsid protein

分子名称: Major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: HHV-8 (ヘルペスウイルス) / 株: GK18
分子量理論値: 153.574188 KDa
配列文字列: MEATLEQRPF PYLATEANLL TQIKESAADG LFKSFQLLLG KDAREGSVRF EALLGVYTNV VEFVKFLETA LAAACVNTEF KDLRRMIDG KIQFKISMPT IAHGDGRRPN KQRQYIVMKA CNKHHIGAEI ELAAADIELL FAEKETPLDF TEYAGAIKTI T SALQFGMD ...文字列:
MEATLEQRPF PYLATEANLL TQIKESAADG LFKSFQLLLG KDAREGSVRF EALLGVYTNV VEFVKFLETA LAAACVNTEF KDLRRMIDG KIQFKISMPT IAHGDGRRPN KQRQYIVMKA CNKHHIGAEI ELAAADIELL FAEKETPLDF TEYAGAIKTI T SALQFGMD ALERGLVDTV LAVKLRHAPP VFILKTLGDP VYSERGLKKA VKSDMVSMFK AHLIEHSFFL DKAELMTRGK QY VLTMLSD MLAAVCEDTV FKGVSTYTTA SGQQVAGVLE TTDSVMRRLM NLLGQVESAM SGPAAYASYV VRGANLVTAV SYG RAMRNF EQFMARIVDH PNALPSVEGD KAALADGHDE IQRTRIAASL VKIGDKFVAI ESLQRMYNET QFPCPLNRRI QYTY FFPVG LHLPVPRYST SVSVRGVESP AIQSTETWVV NKNNVPLCFG YQNALKSICH PRMHNPTQSA QALNQAFPDP DGGHG YGLR YEQTPNMNLF RTFHQYYMGK NVAFVPDVAQ KALVTTEDLL HPTSHRLLRL EVHPFFDFFV HPCPGARGSY RATHRT MVG NIPQPLAPRE FQESRGAQFD AVTNMTHVID QLTIDVIQET AFDPAYPLFC YVIEAMIHGQ EEKFVMNMPL IALVIQT YW VNSGKLAFVN SYHMVRFICT HMGNGSIPKE AHGHYRKILG ELIALEQALL KLAGHETVGR TPITHLVSAL LDPHLLPP F AYHDVFTDLM QKSSRQPIIK IGDQNYDNPQ NRATFINLRG RMEDLVNNLV NIYQTRVNED HDERHVLDVA PLDENDYNP VLEKLFYYVL MPVCSNGHMC GMGVDYQNVA LTLTYNGPVF ADVVNAQDDI LLHLENGTLK DILQAGDIRP TVDMIRVLCT SFLTCPFVT QAARVITKRD PAQSFATHEY GKDVAQTVLV NGFGAFAVAD RSREAAETMF YPVPFNKLYA DPLVAATLHP L LANYVTRL PNQRNAVVFN VPSNLMAEYE EWHKSPVAAY AASCQATPGA ISAMVSMHQK LSAPSFICQA KHRMHPGFAM TV VRTDEVL AEHILYCSRA STSMFVGLPS VVRREVRSDA VTFEITHEIA SLHTALGYSS VIAPAHVAAI TTDMGVHCQD LFM IFPGDA YQDRQLHDYI KMKAGVQTGP PGNRMDHVGY AAGVPRCENL PGLSHGQLAT CEIIPTPVTS DVAYFQTPSN PRGR AACVV SCDAYSNESA ERLLYDHSIP DPAYECRSTN NPWASQRGSL GDVLYNITFR QTALPGMYSP CRQFFHKEDI MRYNR GLYT LVNEYSARLA GAPATSTTDL QYVVVNGTDV FLDQPCHMLQ EAYPTLAASH RVMLDEYMSN KQTHAPVHMG QYLIEE VAP MKRLLKLGNK VVY

-
分子 #5: Triplex capsid protein 1

分子名称: Triplex capsid protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: HHV-8 (ヘルペスウイルス) / 株: GK18
分子量理論値: 36.37484 KDa
配列文字列: MKVQAENAAR LGRQVLGLLP PPTHRVSLTR GPEFARGVRD LLSKYAASTR PTVGSLHEAL RQAPFRQPTY GDFLVYSQTF SPQEPLGTF LFSFKQEDNG SSMDMLLTPT SLFMLSGMEA AKAPQTHKVA GVWYGSGSGL ADFIPNLSEL MDTGEFHTLL T PVGPMVQS ...文字列:
MKVQAENAAR LGRQVLGLLP PPTHRVSLTR GPEFARGVRD LLSKYAASTR PTVGSLHEAL RQAPFRQPTY GDFLVYSQTF SPQEPLGTF LFSFKQEDNG SSMDMLLTPT SLFMLSGMEA AKAPQTHKVA GVWYGSGSGL ADFIPNLSEL MDTGEFHTLL T PVGPMVQS VHSTFVTKVT SAMKGVGLAR DEPRAHVGLT LPCDMLVDLD ESCPMVQRRE PAGLNVTIYA SLVYLRVNQR PS MALTFFQ SGKGFAEVVA MIKDHFTDVI RTKYIQLRHE LYINRLVFGA VCTLGTVPFD SHPVHQSLNV KGTSLPVLVF ANF EAACGP WTVFL

-
分子 #6: Triplex capsid protein 2

分子名称: Triplex capsid protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: HHV-8 (ヘルペスウイルス) / 株: GK18
分子量理論値: 34.278473 KDa
配列文字列: MALDKSIVVN LTSRLFADEL AALQSKIGSV LPLGDCHRLQ NIQALGLGCV CSRETSPDYI QIMQYLSKCT LAVLEEVRPD SLRLTRMDP SDNLQIKNVY APFFQWDSNT QLAVLPPLFS RKDSTIVLES NGFDIVFPMV VPQQLGHAIL QQLLVYHIYS K ISAGAPGD ...文字列:
MALDKSIVVN LTSRLFADEL AALQSKIGSV LPLGDCHRLQ NIQALGLGCV CSRETSPDYI QIMQYLSKCT LAVLEEVRPD SLRLTRMDP SDNLQIKNVY APFFQWDSNT QLAVLPPLFS RKDSTIVLES NGFDIVFPMV VPQQLGHAIL QQLLVYHIYS K ISAGAPGD VNMAELDLYT TNVSFMGRTY RLDVDNTDPR TALRVLDDLS MYLCILSALV PRGCLRLLTA LVRHDRHPLT EV FEGVVPD EVTRIDLDQL SVPDDITRMR VMFSYLQSLS SIFNLGPRLH VYAYSAETLA ASCWYSPR

-
分子 #7: Small capsomere-interacting protein

分子名称: Small capsomere-interacting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: HHV-8 (ヘルペスウイルス) / 株: GK18
分子量理論値: 18.597824 KDa
配列文字列:
MSNFKVRDPV IQERLDHDYA HHPLVARMNT LDQGNMSQAE YLVQKRHYLV FLIAHHYYEA YLRRMGGIQR RDHLQTLRDQ KPRERADRV SAASAYDAGT FTVPSRPGPA SGTTPGGQDS LGVSGSSITT LSSGPHSLSP ASDILTTLSS TTETAAPAVA D ARKPPSGK KK

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 298 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: The sample was manually blotted and frozen with a homemade plunger..

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最高: 79.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 1440 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 1440 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 2.5 µm / 実像数: 8007 / 平均露光時間: 13.0 sec. / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 24271 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 14000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 44328
CTF補正ソフトウェア: (名称: CTFFIND (ver. 3.0), RELION (ver. 2.1))
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 39773
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 177.4 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6ppb:
Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV), C5 portal vertex structure

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る